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系统发生(phylogeny)是指生物之间的进化关系。系统发生分析就是通过比较物种的特征,研究物种之间的进化关系。本文主要对系统发生分析中,基于全基因组分析的各个特征提取的方法进行了综述。首先阐述了用基于全基因组进行系统发生分析的原因,然后介绍了六种基于全基因组的系统发生分析方法,最后对这些方法的优缺点进行了总结。 相似文献
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一种高密度基因芯片的优化方法 总被引:1,自引:0,他引:1
基因芯片 (genechip) ,又称DNA微阵列(microarray) ,是分子生物学和微电子、微机械学科交叉的产物。基因芯片技术将生命科学研究中所涉及的许多不连续的分析过程 ,如探针制备、杂交反应和检测分析等 ,通过采用微电子、微机械等工艺集成到芯片中 ,使之连续化、集成化和微型化。这一技术的成熟和应用将在新世纪里给遗传研究、疾病诊断和治疗、新药发现和环境保护等生命科学相关领域带来一场革命。本文探讨高密度基因芯片的优化技术。1 高密度基因芯片高密度基因芯片是由大量DNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵… 相似文献
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蛋白质-核酸复合物界面氨基酸与核苷酸偏好性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
蛋白质-核酸相互作用机制到目前还不是很清楚,尤其是蛋白质与RNA的相互作用。目前,可得到的蛋白质-核酸复合物结构数据不断增多,作者收集了Protein Data Bank数据库中所有的蛋白质-核酸复合物结构数据,对复合物中结合残基和结合核苷酸的偏好性进行了统计分析。发现:1)不同功能的蛋白质-核酸复合物间的结合残基数量存在显著差异;2)在蛋白 质-DNA和蛋白质-RNA复合物界面,碱性氨基酸都是最受欢迎的;3)氨基酸的极性大小及方向在决定它是否与RNA分子进行结合时起到重要的作用,同时发现氨基酸侧链形成的空间位阻会影响氨基酸残基与RNA分子的相互作用;4)随着定义结合残基距离阈值的增大,其氨基酸使用的特异性降低,而受欢迎与不受欢迎的氨基酸种类均没有变化。 相似文献
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研究产电微生物胞外电子传递过程和机制,发现与产电效率相关的关键基因、通路和代谢物,是微生物燃料电池研究中的关键技术。为了发现在胞外电子传递过程中起到关键作用的基因以及通路,首先利用比较基因组学的方法,以模式微生物大肠杆菌和同属希瓦氏菌的其他菌株为参考,构建了Shewanella.onedensis MR-1的全基因组基因转录调控网络,大大扩展了目前已知的基因调控关系。然后以此网络为基础,结合基于蛋白质相互作用分析得到的胞外电子传递通路,构建了与胞外电子传递直接传递密切相关的细胞色素C编码基因及其相关调控基因构成的子网络,结合全基因组基因表达数据,研究了特异性条件下胞外电子传递的可能通路和基因调控过程。 相似文献