基于CRISPR/Cas系统的DNA碱基编辑技术及其在生物医学和农业中的应用

近年来,基于成簇的规律间隔短回文重复序列及其相关系统(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated protein,CRISPR/Cas)的基因编辑技术飞速发展,该系统可以利用同源定向重组(Homology directed repair,HDR)来完成其介导的精准编辑,但效率极低,限制了其在农业和生物医学等领域上的推广应用。基于CRISPR/Cas系统的DNA碱基编辑技术作为一种新兴的基因组编辑技术,能在不产生双链断裂的情况下实现碱基的定向突变,相对于CRISPR/Cas介导的HDR编辑具有更高的编辑效率和特异性。目前,已开发出了可将C碱基突变为T碱基的胞嘧啶碱基编辑器(Cytidine base editors,CBE),将A碱基突变为G碱基的腺嘌呤碱基编辑器(Adenine base editors,ABE),以及可实现碱基任意变换和小片段精准插入和缺失的Prime编辑器(Prime editors,PE)。另外,能实现C到G颠换的糖基化酶碱基编辑器(Glycosylase base editors,GBE)以及能同时编辑A和C两种底物的双碱基编辑器也已被开发出来。文中主要综述了几种DNA碱基编辑器的开发历程、研究进展及各自优点和局限性;介绍了DNA碱基编辑技术在生物医学以及农业中的成功应用案例,以期为DNA碱基编辑器的进一步优化和选择应用提供借鉴。     

先天性心脏病患儿术后并发医院感染的危险因素及其病原菌分布和药敏实验分析

目的:统计先天性心脏病(CHD)患儿术后医院感染的病原菌分布及细菌耐药性情况,分析影响CHD患儿术后医院感染的危险因素。方法:回顾性选取2010年3月-2017年10月我院行CHD手术治疗的患儿3800例,收集临床标本进行致病菌培养并进行药敏试验,统计CHD术后医院感染患儿病原菌种类及主要致病菌的耐药情况,分析影响CHD患儿术后医院感染的危险因素。结果:3800例CHD患儿术后医院感染率为3.13%(119/3800),共分离出菌株172株,G^-菌、G⁺菌、真菌分别占55.81%(96/172)、26.74%(46/172)、17.44%(30/172)。肺炎克伯雷菌、大肠杆菌对头孢类抗生素高度耐药,鲍曼不动杆菌检出率逐年增高,且仅对多黏菌素B保持敏感;肺炎链球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、金黄色葡萄球菌对大环内脂类抗生素、克林霉素、青霉素高度耐药,对万古霉素和替加环素保持敏感。术后医院感染与年龄、体重、病程、手术时间、体外循环时间、机械通气时间、ICU停留时间、住院时间、合并肺动脉高压、吸痰次数、静脉营养、应用丙种球蛋白或白蛋白有关(P<0.05),且合并肺动脉高压、体外循环时间≥100 min、机械通气时间≥120 h、吸痰次数≥5次/d是CHD患儿术后医院感染的危险因素(P<0.05)。结论:G^-菌、G⁺菌是CHD患儿术后医院感染的主要致病菌,且对常用抗生素高度耐药,此外鲍曼不动杆菌的检出率和耐药性上升极为明显,合并肺动脉高压、体外循环时间及机械通气时间过长、吸痰次数多的CHD患儿医院感染风险升高。     

蕙兰SSR引物开发及渝贵川地区兰属遗传多样性研究

采用磁珠富集法对野生蕙兰DNA进行SSR引物开发,并以开发出的多态性引物为研究工具,选取来自渝、贵、川3省(市)的9个野生兰属居群为研究对象,探讨遗传多样性与其地理位置分布的关系,从而在分子水平上为如何保护兰属植物提供有利参考。结果显示:8对SSR引物共扩增出53个等位基因,平均每个位点的等位基因为6.6250个,平均多态性位点百分率为98.6%。兰属植株个体间存在交配不平衡现象,Nei′s多样性指数范围为0.3158~0.8661,Shannon信息多样性指数变化范围为0.8833~1.3557。重庆黔江野生兰属居群的遗传多样性最高,79.97%的遗传分化存在于居群内,20.03%的遗传分化存在于居群间,居群内的变异高于居群间,基因流Nm<1,遗传漂变在兰属的遗传分化中起一定的作用。通过比较居群间遗传聚类结果与兰属植株采集地理位置的关系,发现野生兰花居群的划分在分子遗传学水平受其地理因素的影响较大。     

氢氧化钠瘤内注射通过抗血管生成作用抑制肝癌生长的机制研究

目的:研究氢氧化钠溶液瘤内注射对肝癌的生长抑制作用并探索其机制。方法:对SMMU-LTNM肝癌裸鼠皮下模型进行2%浓度的氢氧化钠溶液瘤内注射,检测肿瘤组织微血管密度、HIF-1α和VEGF的表达情况。结果:与生理盐水瘤内注射组相比,氢氧化钠显著抑制肿瘤生长(P<0.01)、降低肿瘤微血管密度(P=0.01)、抑制肿瘤组织HIF-1α和VEGF的表达(P=0.02和P=0.01)。结论:氢氧化钠瘤内注射可有效抑制肝癌生长,主要机制可能是抗血管生成作用。     

有核红细胞数在白血病患者危险度分层评估中的意义

摘要 目的：探讨有核红细胞数(nucleated red blood cell count,NRBCs)在白血病患者危险度分层评估中的意义。方法：选择2016年2月到2019年7月在厦门大学附属成功医院(本院)诊治的急性髓系白血病(Acute myeloid leukemia,AML)患者120例,检测其NRBCs并进行危险度分层,回顾分析患者的临床资料并与其NRBCs进行相关性分析。结果：120例患者中,危险度分层为低危40例,中危60例,高危20例。低危组和中高危组的患者年龄、性别、核仁磷酸蛋白(nucleophosmin,NPM1)突变、骨髓原始细胞等对比差异无统计学意义(P>0.05),其外周血原始细胞、FMS 样酪氨酸激酶-3(FMS-like tyrosinekinase 3,FLT3)突变、急性生理和慢性健康状况Ⅱ(acute physiology andchron ic health evaluationⅡ,APACHEⅡ)评分、白细胞（white blood cell,WBC）、血红蛋白（hemoglobin,Hb）、血小板（platelet,PLT） 、白蛋白（albumin,ALB）与丙氨酸氨基转移酶（alanine aminotransferase,ALT）值等对比差异有统计学意义(P<0.05)。低危组的NRBCs为3.94±0.29个,显著低于中高危组(11.87±2.11个,P=0.000)。Pearson相关分析显示危险度分层与NRBCs、外周血原始细胞、APACHEⅡ评分、FLT3突变、PLT有显著相关性(r=0.823、0.566、0.494、0.578、0.781,P<0.05)。logistic回归分析显示NRBCs、外周血原始细胞、APACHEⅡ评分、FLT3突变、PLT为影响急性髓系白血病患者危险度分层的主要因素(P<0.05)。结论：不同危险度分层的白血病患者的NRBCs具有显著差异,其与患者的病理特征显著相关,也是影响患者危险度分层的主要因素。     

表现为腹部淀粉样瘤及多系统功能异常的AA型系统性淀粉样变性1例暨文献复习

目的:报道1例AA型系统性淀粉样变性患者的临床资料和病理资料,分析该病例特殊表现,总结淀粉样变性常见的临床表现及诊治要点。方法:回顾性分析1例表现为腹部淀粉样瘤及多系统功能异常的AA型系统性淀粉样变性患者的临床资料及诊治过程,结合该例患者的临床资料及诊治过程进行文献复习,明确淀粉样变性的临床特点、诊治要点。结果:该例患者为一名62岁女性,自2012年开始相继出现四肢麻木、贫血、食欲下降、腹泻、水肿、蛋白尿及肾功能不全等多系统病变的症状。既往有"肺结核、胸椎结核"病史。病程中检查发现:重度缺铁性贫血,肾病综合征,血肌酐258μmol/L,球蛋白升高;血沉快,血轻链κ/λ比值为1.39,其他免疫学检查均阴性;骨髓细胞学检查未见异常增殖浆细胞;影像学示左下腹部一卵圆形大肿块,腹膜后多发淋巴结肿大;结肠镜检诊断为糜烂性结肠炎;腹部肿块、结肠粘膜及肾脏穿刺病理最终确诊考虑为结核感染导致AA型系统性淀粉样变性。结论:系统性淀粉样变性临床表现多样、缺乏特异性,因此常常被误诊或漏诊。本病例患者除了多系统受累的临床表现外,更为特殊的是在患者的腹部出现了一淀粉样物质所构成的淀粉样瘤,这种少见的临床表现很容易被误诊为肿瘤而延误诊治。因此,及时对该类患者进行组织活检,通过病理学及特殊染色将有助于系统性淀粉样变性的早期诊断,减少及延缓并发症的发生。     

百合病毒的DNA芯片检测技术研究

根据已知的黄瓜花叶病毒,百合无症病毒、百合斑驳病毒基因核苷酸序列,设计引物和探针,制备寡核苷酸芯片.用Cy3标记核苷酸引物,不对称RT-PCR扩增产物与芯片上的寡核苷酸探针杂交,荧光扫描仪检测并分析信号.研究制备的基因芯片能够检测侵染百合的3种重要病毒核酸的特异性荧光信号,该项技术具有特异、灵敏、快速的优点.     

东莞市预防接种不良反应监测和处理控制系统的建立及评价

为了解东莞市各种疫苗预防接种不良反应的发生情况,建立预防接种不良反应(AEFI)监测和处理控制系统,评价其运行状况,提高预防接种工作质量。根据WHO对AEFI的定义和分类方法,确定了东莞市AEFI报告范围,报告人、报告程序、报告制度以及调查内容和方法,并对该系统2005年收集的AEFI病例进行描述性分析。全市共登记预防接种不良反应560例,其中疫苗反应占了95.36%。男性多于女性。在所使用的26种疫苗中有18种出现不良反应,以Hib和百白破(DPT)的发生率最高,且百白破的报告数最多,占57.5%。在报告的预防接种不良反应中,发热、局部红肿疼痛以及皮疹等过敏性反应占了94.1%。结果认为该系统在评价疫苗的安全性,发现不良反应发生的危险因素,改善预防接种服务质量起着重要作用。     

多重耐药鲍曼不动杆菌氨基糖苷类修饰酶与16S rRNA甲基化酶基因的研究

了解氨基糖苷类修饰酶、16S rRNA甲基化酶基因在多重耐药鲍曼不动杆菌中的流行情况。收集2014年12月至2015年3月厦门大学附属成功医院住院患者临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌共28株,采用VIKET Compact 2全自动细菌鉴定系统进行细菌鉴定,应用纸片扩散法(K-B法)检测鲍曼不动杆菌对抗菌药物的耐药性,采用聚合酶链反应(PCR)法检测氨基糖苷类修饰酶、16S rRNA甲基化酶基因。结果显示,多重耐药鲍曼不动杆菌除对头孢哌酮/舒巴坦耐药率为21.4%外,对其他所测药物耐药率均50%,本组28株多重耐药鲍曼不动杆菌共检出5种氨基糖苷类修饰酶基因aac(3)-Ⅰ、aac(3)-Ⅱ、aac(6')-Ⅰb、ant(3")-Ⅰ、aph(3')-Ⅰ和1种16S rRNA甲基化酶基因arm A,阳性率分别为85.7%(24株)、7.14%(2株)、67.8%(19株)、92.9%(26株)、53.6%(15株)和82.1%(23株)。氨基糖苷类修饰酶、16S rRNA甲基化酶耐药基因是多重耐药鲍曼不动杆菌对氨基糖苷类耐药的重要原因。     

汉城湖浮游动物群落结构特征及与水质关系

为了探究陕西西安汉城湖浮游动物群落结构特征及与水体营养化水平关系, 于2015 年的3、6、9 和12 月份对汉城湖浮游动物进行了调查研究, 运用丰度、生物量、E/O 指数、Q_B/T 指数、E 指数、S 指数、多样性指数和综合营养状态指数(TSI)评价水体营养化程度, 应用典范对应分析法(CCA)分析了环境因子与浮游动物的相关性, 结果显示:共检测出浮游动物21 属28 种, 其中原生动物3 种, 轮虫21 种, 枝角类2 种, 桡足类2 种, 浮游动物丰度为17-48 个·L^-1,生物量为0.012-0.058 mg·L^-1, 优势种有20 种; 丰度和生物量显示水体处于贫营养状态, E/O 指数、Q_B/T 指数、肥度指数(E)和综合营养状态指数(TSI)均显示水体为富营养型, 污生指数(S)和多样性指数显示水体为中营养型, 综合结果表明, 汉城湖整体处于中-富营养水平; 水温、总氮、溶解氧、叶绿素a 和透明度是影响汉城湖浮游动物种群结构的主要环境因子。