一种基于新型再测序芯片的不明原因腹泻样品检测方法的建立和初步应用

本研究建立了一种基于新型再测序芯片(Resequencing Pathogen Microarray,RPM)的腹泻症候群多病原检测方法,能同时检测14种轮状病毒,7种杯状病毒,8种星状病毒,28种肠道病毒,16种少见致泻病毒。选取已验证的阳性病毒样本为模板来评估该方法的特异性。用克隆质粒和体外转录的RNA梯度稀释液来检验RPM的灵敏度,在20~2 000拷贝/μL水平时RPM仍能检测和分辨出相近的病毒亚型。通过调整参考品的浓度优化了阳性判定阈值,并改进了肠道病毒的检测流程以完成分型。对10份不明原因腹泻样品进行了筛查,从中检出6份腹泻病毒阳性样本。根据RPM结果对样品进行了单重PCR并且测序,RPM与测序结果一致。本研究建立了一种高通量,高特异性,灵敏度较高的RPM方法,对于不明原因腹泻病例的诊断和突发疫情的处理有巨大的应用价值。     

基于灰色预测的死亡长江江豚数量分析

对2008—2018年全长江流域已登记死亡长江江豚数量聚类分析后进行灰色预测。结果发现,全长江流域已登记死亡长江江豚数量存在"峰谷"的年际周期性变动,可能存在以6年为周期的变动规律。"高峰年"作为灰色预测原始数据中间年份,预测效果相对较理想。在聚类分析的基础上,灰色预测模型可相对较好地对死亡长江江豚数量进行预测,但对于其年际周期性变动的判断是重要基础,当"高峰年"处于起始年份或末端年份时预测需要采取审慎的态度。     

人博卡病毒基因克隆及衣壳编码基因序列变异分析

为了解人博卡病毒(Human Bocavirus,HBoV)VP1基因进化关系;阐明HBoV目前具体的变化规律,用PCR的方法扩增了1株HBoV的全基因和9株HBoV的VP1基因,克隆并测序,在此基础上,将HBoV的全基因序列和衣壳序列分别与细小病毒亚科其他14个有代表性的病毒进行遗传分析,构建进化树,对目前所有可得到的HBoV的17个衣壳蛋白进行二级结构分析和抗原性分析。结果显示:HBoV全基因序列与B19关系较远,但衣壳序列遗传关系较近。以有典型性的猫瘟细小病毒(Feline parvovirus,FPV)衣壳蛋白为参照,分析多个HBoV衣壳序列之间的变异情况,显示HBoV衣壳的二级结构基础表现出较高的保守性,序列之间的变化主要发生在高抗原区域和感染活性区域。衣壳病毒变异情况显示HBoV在稳定自身的情况下表现出一定的活跃性以逃避免疫反应,也表现出一定的感染适应力。     

双歧杆菌对新生大鼠坏死性小肠结肠炎肠损伤及肠道菌群影响

目的建立新生SD大鼠坏死性小肠结肠炎（NEC）模型,探讨添加双歧杆菌对新生大鼠NEC模型肠损伤的保护作用及肠道菌群的影响,为应用双歧杆菌防治NEC提供依据：方法SD新生大鼠出生48h开始给予鼠配方奶人工喂养,100％氮气缺氧90s,4℃冷刺激10min,每天2次,连续3d,建立新生SD大鼠NEC模型。按析因设计,32只新生SD大鼠随机分成4组,每组动物各8只。A组为NEC模型组并在出生48h起每日给予长双歧杆菌灌胃（1×10^8CFU／d）;B组为NEC模型组,C组为对照组,都未添加双歧杆菌;D组为对照组并给予长双歧杆菌灌胃（1×10^8CFU／d）。在最后一次缺氧、冷刺激后24h空腹断头处死大鼠,留取回盲部近端肠管组织进行肠组织损伤评分,组织学评分≥2确定为NEC;实验前后留取各组新生鼠粪便,按照张秀荣方法进行肠道菌群检测。应用Kruskal-Wallis H检验等方法进行统计学分析,α=0．05为显著性检验标准。结果开始造模后,A、B组新生SD大鼠相继出现腹泻、腹胀、萎靡、活动减少,A组程度较轻。A、B、C和D组肠组织损伤评分（^-x±s）分别为1．88±0.84、3．13±0．84、0．63±0．52、0．50±0.54,各组间肠组织损伤评分差异有显著性,与B组相比,A组肠组织损伤评分明显降低,但仍高于C、D两组,差异均有显著性。各组实验前肠道细菌总数,杆菌、球菌数,G^＋杆菌、G^＋球菌数差异均无显著性,肠道菌群中杆球菌比值在正常范围中。实验结束时,各组间新生鼠肠道细菌总数,杆菌、球菌数,杆球菌比值,G^＋杆菌、G^＋球菌数及其占肠道总菌群数的比率差异均有显著性;除B组杆菌数外,与实验前相比,各组新生大鼠实验结束后肠道细菌总数、球菌数、杆菌数、G^＋杆菌数、G^＋球菌数均有显著增加,差异均有显著性;A、B组肠道杆球菌比值和G^＋杆菌数占肠道总菌群数比     

人干扰素ω(huIFN-ω)的高效表达、纯化及生物学活性

为了获得人干扰素-ω(huIFN-ω)在大肠杆菌中的高效表达,根据大肠杆菌的偏爱密码子,人工设计并合成了huIFN-ω高表达基因,并克隆到原核表达载体pBV220,在大肠杆菌DH5α中实现了高效表达,目的蛋白占细胞总蛋白的15%左右,以包涵体形式存在.表达产物经变性、复性及阳离子和分子筛层析纯化,纯度达90%以上,产物的抗病毒活性约为1.0×108IU/mg,并具有体外促NK杀伤活性.此结果为进一步研究和开发重组huIFN-ω奠定了基础.     

微生态制剂防治婴幼儿肺炎继发腹泻的卫生经济学评价

目的 评价预防性应用微生态制剂(培菲康)防治婴幼儿肺炎继发腹泻的疗效及成本效益.方法 2008年1月到2010年9月住院治疗的婴幼儿肺炎966例为研究对象,对患儿的临床特征、微生态制剂(培菲康)预防性应用情况、是否出现继发腹泻及住院治疗费用的关系进行分析.结果 干预组594例,对照组372例,两组住院治疗期间继发腹泻的发病率分别为18.69％、39.78％,两组比较,x2 =51.889,P ＜0.01,RR=0.470;干预组99例发生继发腹泻后继续原有微生态制剂治疗,对照组134例因继发腹泻才开始应用同类微生态制剂治疗,两组腹泻治疗总有效率分别86.87％、74.63％,差异无统计学意义(x2=5.299,P=O.021).干预组、对照组每例(次)患儿住院总费用分别为(2775.0±1724.2)元和(3130.7±1899.8)元,预防性应用微生态制剂(培菲康)次均节省直接医疗费用支出355.6元,差异有统计学意义(t =2.998,P=0.003);预防性应用微生态制剂(培菲康)的效益成本比为13.02.结论 预防性应用微生态制剂(培菲康)不仅能降低肺炎继发腹泻的发病率,缩短住院病程,提高腹泻治疗总有效率,同时,明显降低患儿的次均医疗费用,效益成本比高.     

小RNA病毒3C蛋白酶研究进展

小RNA病毒科病毒包括数目众多的小RNA病毒,其中很多小RNA病毒是人畜重要的病原体。不同种属的小RNA病毒的3C蛋白酶具有典型的G-X-C-G基序和Cys-His-Asp/Glu催化中心;小RNA病毒3Cpro完成P1区VP2~VP3、VP3~VP1;P2区的2A~2B、2B~2C以及整个P3区成熟剪切;小RNA病毒多聚前体蛋白3Cpro成熟剪切分析显示,3Cpro作用底物具有明显的Q-G/S/A/V/H/R和E-S/G/R/M喜好性及种属特异性;固有免疫应答重要配体分子TRIF、MAVS、IRF3、IRF7和NEMO的3Cpro酶切位点预测显示,不同配体分子具有数目各异的可能酶切位点,其中TRIF和NEMO的3Cpro可能作用位点具有多样性。上述问题的探究,为基于小RNA病毒3Cpro的广谱抗病毒药物研制和小RNA病毒免疫逃逸机制提供资料。     

荞麦野生种的核型及进化特征分析

荞麦起源于我国西南地区,该地区分布着丰富的荞麦野生种,剖析野生荞麦的核型特征对荞麦进化和育种研究具有重要的意义。本研究以甜荞近缘种、硬枝万年荞、疏穗小野荞、细柄野荞、齿翅野荞为试验材料,采用常规压片法进行核型鉴定。结果表明:甜荞近缘种、硬枝万年荞和疏穗小野荞都为二倍体,核型公式分别为2n=2x=16=12M+4m(2SAT)、2n=2x=16=16M、2n=2x=16=14M+2m(2SAT),而细柄野荞和齿翅野荞为四倍体,核型公式分别为2n=4x=32=32M、2n=4x=32=30M+2m(2SAT)。甜荞近缘种和硬枝万年荞核型属1A型,疏穗小野荞、细柄野荞和齿翅野荞核型属1B型,并且甜荞近缘种、疏穗小野荞和齿翅野荞都有1对随体染色体。研究证明,荞麦野生种染色体的基数为8,有二倍体和四倍体野生荞麦。通过比较分析,硬枝万年荞在进化地位上比较原始,齿翅野荞是比细柄野荞较进化的四倍体荞麦野生种。     

葡萄糖醛酸木聚糖酶在枯草芽孢杆菌中的表达及发酵条件优化

为了研究葡萄糖醛酸木聚糖酶在枯草芽孢杆菌中异源表达,笔者从枯草芽孢杆菌中克隆得到带有自身信号肽的葡萄糖醛酸木聚糖酶基因,将其构建到大肠杆菌-枯草芽孢杆菌穿梭质粒中,转化入枯草芽孢杆菌WB800,得到重组菌。通过发酵条件以及培养基成分优化,重组菌中葡萄糖醛酸木聚糖酶酶活达到76.0 U/mL,约为优化前产酶量的5.4倍。葡萄糖醛酸木聚糖酶在枯草芽孢杆菌中实现高效异源表达,为其进一步的实际应用奠定了基础。     

环境水体中GⅡ型诺如病毒浓缩研究

自行设计一种适合野外现场采样的病毒采集浓缩仪,采用一种新型阳离子膜NanoCeram,进行环境水体中GⅡ型诺如病毒浓缩研究。通过预实验,考察了预处理膜、不同的二次浓缩方法、不同洗脱液对病毒回收率的影响,随后优化整个浓缩过程并确定最佳的病毒浓缩方法。结果显示,预处理膜对病毒回收影响较大,PEG-NaCl沉淀、硅藻土吸附这两种二次浓缩方法的效果相当,选择0.15mol/L Na2HPO4作为硅藻土洗脱液。确定了NanoCeram阳离子膜的病毒回收率为3.02%。最后对北京市丰台区洋桥生活污水进行现场采样,成功检测到GⅡ型诺如病毒,证明该方法有效可行,适合于环境水体中诺如病毒的浓缩分离和检测。