用支持向量机预测人类基因5'/3'选择性剪切位点

选择性剪切是调解基因表达的重要机制.识别选择性剪切位点是后基因组时代的一个重要工作.本文从最新的EBI人类基因选择性剪切数据库中,选取5＇/3＇选择性剪切位点作为正集,选取在剪切位点附近的假剪切位点作为负集,并把所有的选择性剪切位点和假剪切位点随机分成训练集和测试集.本文选用的预测选择性剪切位点的方法是基于位置权重矩阵和离散增量的支持向量机方法.此方法仅基于训练集,以不同位点的单碱基概率和序列片断的三联体频数作为信息参数,利用位置权重矩阵和离散增量算法结合支持向量机,得到了选择性供体位点和受体位点的分类器,并用此分类器对测试集中的选择性供体位点和受体位点进行预测.对独立测试集中的选择性供体位点和选择性受体位点的预测成功率分别为88.74%和90.86%,特异性分别为85.62%和81.19%.本文预测选择性剪切位点的方法成功率高于其它选择性剪切位点预测方法预测成功率,此预测方法进一步提高了对选择性剪切位点的理论预测能力.     

乌司他丁联合利奈唑胺对重症肺炎患者血清PCT、CRP、TNF-α及白细胞计数的影响

目的:探讨乌司他丁联合利奈唑胺对重症肺炎患者血清降钙素原(PCT)、C-反应蛋白(CRP)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)及白细胞计数的影响。方法:选择2014年2月-2018年2月在我院住院诊治的重症肺炎患者128例,根据治疗方法的不同分为观察组68例与对照组60例,对照组给予利奈唑胺治疗,观察组在对照组治疗的基础上给予乌司他丁治疗,两组都治疗观察2周,检测和比较两组治疗后临床疗效,治疗前后1秒钟用力呼气量占用力肺活量比值(FEV1/FVC)、血清PCT、CRP、TNF-α水平及白细胞计数的变化情况。结果:观察组与对照组的治疗总有效率分别为94.1%和76.7%,观察组的总有效率显著高于对照组(P0.05)。观察组与对照组治疗后的FEV1/FVC值、白细胞计数均显著高于治疗前(P0.05),且观察组以上指标明显高于对照组(P0.05)。观察组与对照组治疗后的血清PCT、CRP、TNF-α水平都显著低于治疗前(P0.05),且观察组以上指标均显著低于对照组(P0.05)。结论:乌司他丁联合利奈唑胺治疗重症肺炎患者能显著提高临床疗效,改善患者肺功能,可能与其降低血清PCT、CRP、TNF-α水平,提高白细胞计数有关。     

野生蔬菜椒蒿的组织培养及植株再生研究

把椒蒿种子接种在MS基本培养基上获得无菌苗,将其生长整齐一致的茎段接入不同激素浓度组合的MS培养基上进行继代增殖培养和生根培养。结果表明,茎段增殖的最佳培养基为MS BA0.1~0.2 mg/L IBA0.02~0.06 mg/L;适宜的生根培养基为MS IBA0.1~2 mg/L或MS NAA0.1 mg/L,生根率可达100%。     

准噶尔小胸鳖甲短时低温胁迫响应的转录组分析

【目的】拟步甲科昆虫小胸鳖甲Microdera punctipennis是分布于中国新疆古尔班通古特沙漠的特有物种,具有很强的耐寒性,但其低温响应的分子机制尚不明确。本研究旨在利用转录组测序技术丰富小胸鳖甲的已知基因信息,分析在短时低温胁迫下,上调表达基因的主要类群及参与的主要代谢通路。【方法】利用Trinity软件对分别在4℃低温和25℃(对照)下处理3 h的小胸鳖甲成虫RNA-Seq数据进行从头组装,利用Blast2go软件进行基因注释。通过DESeq和GFOLD软件分析差异表达基因,并对上调表达基因进行GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)代谢途径富集分析。【结果】测序过滤后得到68 165 001个有效读序,51 712个平均长度为984 bp的非冗余基因,其中29 925个基因(约57.87%)有同源序列(E-value10-5),与拟步甲科的赤拟谷盗Tribolium castaneum相应基因相似性最高(核苷酸序列一致性为72.75%)。低温响应上调表达基因有514个,富集到35个GO类群,18个KEGG途径。其中胁迫响应类群、生物调节类群和免疫系统过程类群都占有重要比例,嘌呤代谢、硫胺素代谢、糖酵解/糖异生等代谢通路显著富集。在胁迫响应类群中,热激蛋白Hsp90基因、超氧化物歧化酶(SOD)基因和钙联接蛋白Calnexin基因等8个非生物胁迫相关基因显著上调表达。【结论】荒漠昆虫小胸鳖甲低温转录组揭示,在4℃冷驯化过程中,代谢过程、胁迫响应、生物调节和免疫系统等生物学过程相关基因表达显著上调,其中几个非生物胁迫响应基因提示小胸鳖甲可能从分子伴侣、细胞周期阻滞、线粒体稳定性、抗氧化胁迫等多方面应对低温胁迫。KEGG富集分析所揭示的小胸鳖甲在低温下的转录组代谢通路与其他物种有较大差异。研究结果为后续生物信息学分析及小胸鳖甲耐寒关键基因的发掘及耐寒机制的揭示提供了基础数据。     

关于高通量测序背景下生物信息学教学的一些建议

高通量数据背景下,生物信息学已成为解决生物问题一门必备知识和工具,本文从生命科学的现实背景出发,探讨了高通量测序时代关于生物信息学课程的教学内容、教学方式和教学目的方面的一些建议。期望通过现代生物信息学课程的设计和讲授,使学生及时掌握利用生物信息学处理前沿问题的能力,强化生物信息学实践教学中技能的培养,培养在获取、处理、开发和利用等方面有较强的研究能力和实践能力的生物信息技术人才,提高生命科学相关专业学生的社会就业竞争力。     

乌鲁木齐南部山区岩面生地衣群落特征的研究

应用多元分析中的主分量分析及聚类分析方法对分布在乌鲁木齐南部山区森林生态系统中岩面生地衣群落进行数量分类并对群落结构物种多样性、相似性和均匀度等群落参数进行了比较系统的研究。结果表明,乌鲁木齐南部山区的岩面生地衣共计49种,隶属于4目13科23属,岩面生地衣形成3种群落:(1)湿润石生地衣群落(Hygro-lichen community)定名为疣微孢衣Acarospora verruculosa+粉盘平茶渍A.alphaplaca+斑纹网衣Lecidea tessellata群落;(2)干燥石生地衣群落(Xero-lichen community)定名为多形茶渍Lecanora polytropa+破小网衣Lecideacarpathica群落;(3)高山石生地衣群落(Alpino-lichen community)定名为不等瓶口衣Verrucaria iaequalis+皮果衣Dermatocarpon miniatum群落。同时发现在乌鲁木齐南部山区森林生态系统中岩面生地衣群落的分布与海拔高度和基物的种类有密切的关系,不同海拔的不同类型的森林生态系统中分布着不同种类的岩面生地衣。     

小花糖芥花蜜腺的解剖学研究

小花糖芥（Erysimum cheiranthoides L.)花蜜腺位于雄蕊部花托上,仅有2枚侧蜜腺,属十字花科侧蜜腺类型中的侧半环亚型,其2枚密腺均由分泌表皮,产蜜组织和维管束组成。分泌表皮上有变态气孔器,产蜜组织中有维管束分布,属较进化的十字花科花蜜腺亚型类型。蜜腺原基是在花的各部分原基基本分化完成后,由花托表面及雄蕊基部区域的1－2层细胞,经反分化形成,在蜜腺发育过程中,蜜腺组织中的液泡和多糖物质都发生了有规律的变化,其原蜜汁在产蜜组织中加工合成,最后由表皮细胞和变态气孔泌出。     

乌鲁木齐南部山区森林生态系统树生地衣群落结构

为了探明乌鲁木齐南部山区树生地衣种类及其群落结构特征,应用多元分析中的主成分分析及聚类分析方法,对分布在乌鲁木齐南部山区森林生态系统中的树生地衣植物群落进行数量分类,并对其群落结构的物种多样性、相似性和均匀度等群落参数进行了比较系统的研究。结果表明,分布在乌鲁木齐南部山区的树生地衣共有39种,隶属于5目13科26属。根据多元分析结果,将该地区的树生地衣划分为3种类型：（1）小茶渍（Lecanorahageni（Ach．）Ach．）＋蜈蚣衣（肋归ciastellaris（L．）Nyl．）＋柳茶渍（￡-。saligna（Schrad．）Zahlbr．）群落;（2）斑面蜈蚣衣（Physciaaipolia（Humb．）Furm．）＋对开蜈蚣衣（Ph．dimidiata（Arn．）Nyl．）＋喇叭石蕊（Cladoniapyxidata（L．）Hoffm．）群落：（3）拟石黄衣（Xanthoria fallax（Hepp）Arnold．）＋丽石黄衣（xelegans（Link．）Th．Fr．）群落。群落3的多样性指数最大,为1．509,其次为群落2,其多样性指数为1．109,群落1的多样性指数最低,为1．088。同时,研究发现海拔高度和树种是影响乌鲁木齐南部山区森林生态系统树生地衣结构的两个重要因素。     

新疆杏树吐伦球坚蚧的防治指标与田间药效试验

通过对吐伦球坚蚧Rhodococcus turanicus Arch.种群密度与杏树产量的调查和田间药效试验研究得出:40％毒死蜱·机油乳剂对其防治效果较好,7d后的防治效果可达83.99％;初步探明了吐伦球坚蚧的为害损失率,建立了杏树损失率与吐伦球坚蚧种群密度的回归模型为y=24.671Ln (x)-16.56(y为...     

新生犊牛不同时间段肠道微生物菌群结构的变化

了解犊牛在不同生长发育的过程中肠道菌群的建立及肠道菌群结构的动态变化。

采集不同时间点（1 d、3 d、6 d、9 d、12 d、24 d、36 d、48 d、60 d和72 d）新生6头健康犊牛的新鲜直肠粪便样本,利用16S rDNA测序技术及生物信息学测序方法,分析犊牛不同时间点的肠道微生物结构组成及多样性。

OTUs聚类分析中共有的OTUs有413个。Alpha多样性指数显示,随着日龄的增加,物种的相对丰度逐渐增多。通过不同组间相对丰度展示了在科水平不同种类物种的相对丰度,包括厌氧环境、致病菌等方面生成了物种丰富度柱形累加图。在厌氧环境中,梭菌科随着日龄的增加逐渐增加。真菌科在48 d后逐渐出现在肠道菌群中。毛螺菌科从犊牛出生就一直存在肠道中,并逐渐增加成为优势菌群。在致病菌中,肠杆菌科随着日龄的增加逐渐减少,梭菌与瘤胃球菌不断增加。

通过分析新生犊牛肠道微生物菌群多样性的动态结构变化,对新生犊牛胃肠道微生态环境的改善和免疫调控及其生产性能具有重要的意义。