乙型肝炎病毒S蛋白的序列特征分析

乙肝病毒S蛋白是病毒的包膜蛋白,与病毒进入细胞有关,它存在逆转录过程并且具有极强的潜伏性。本论文应用生物信息学分析乙肝病毒S蛋白的序列特征,利用在线分析软件预测乙肝病毒S蛋白的理化性质和亲疏水性、跨膜区域、信号肽特征、磷酸化位点、二级结构以及乙肝病毒S蛋白的最佳抗原表位形成位置等。结果显示了乙肝病毒S蛋白由226个氨基酸组成,理论等电点是8.21,为不稳定蛋白,总平均亲水性为0.649,是疏水蛋白质,并且该蛋白存在信号肽,有4个跨膜区,有30个潜在的磷酸化位点,主要二级结构为α螺旋和无规则卷曲,同时,结合乙型肝炎病毒S蛋白的序列可及性、线性表位、β转角、柔性、抗原性的预测结果,可以找到潜在的抗原表位区域,为乙型肝炎的表位疫苗研制提供重要的参考依据,有利于进一步对乙型肝炎S蛋白的抗原性进行研究。     

Provincial distribution of three HIV-1 resistant polymorphisms (CCR5-Δ32, CCR2-64I, and SDF1-3' A) in China

CCR5-Δ2, CCR2-641, mutants in two chemokine receptors and SDF1-3' A, mutant in a ligand gene, can delay AIDS pathogenesis. The distribution of the three polymorphic loci was studied in 1 046 DNA samples from 26 provinces (cities) in China. No CCR5-Δ32 was observed. CCR2-64I and SDF1-3' A had reverse distribution cline from south to north in China, with average frequency of 20.8% and 24.8% respectively. Relative hazard was evaluated. Important information to the epidemiology of AIDS and the origin and spread of these polymorphic loci in Chinese was provided.     

Three-dimensional structure of the inner core of rice dwarf virus

Rice dwarf virus (RDV) is a double-shelled icosahedral virus. Using electron cryomicro-scopy and computer reconstruction techniques, we have determined a 3.3 nm resolution three-dimensional (3D) structure of the inner shell capsid without the outer shell and viral RNA. The results show that the inner shell is a thin, densely packed, smooth structure, which provides a scaffold for the full virus. A total of 120 copies of the major inner shell capsid protein P3 forms 60 dimers arranged in a T=1 icosahedral lattice. A close examination on the subunit packing of the T=1 inner core P3 with that of the T=13/ outer shell P8 indicated that P8 trimers connect with P3 through completely non-equivalent, yet highly specific, intermolecular interactions.     

耐热DNA连接酶介导的TLCR技术在简化DNA重组实验中的应用

传统的DNA重组方法Type Ⅱ型限制酶技术受到片段纯化的限制,无法做到复杂混合体系中DNA片段的特异性连接。为解决这个问题,本研究将耐热连接酶链式反应(Thermostable ligase chain reaction, TLCR)引入DNA片段的连接与捕获。该技术利用耐热型DNA连接酶的特性,在热循环反应中配合针对目的片段末端序列设计的单链寡核苷酸连接模板--Helper,实现目的片段的特异性连接和产物数量的指数性增长。两个质粒构建实验被用于验证TLCR技术的可行性和应用效果。首先利用TLCR技术从一个未经纯化的含有7种不同大小片段的混杂体系中特异性地将一段1.5 kb的片段捕获进载体,随机抽取的克隆样品经检验准确率达到80%,验证TLCR技术在复杂混合体系中特异性连接DNA片段的可行性和准确性。在另一个质粒构建实验中,TLCR技术从λ噬菌体基因组Hind消化物中将两段总长达27 kb的片段按顺序捕获进载体,随机抽取的克隆样品经检验同样达到了80%的准确率。结果表明,TLCR技术能够简化DNA重组实验的操作,并且适用于多片段和大片段的连接,可以为生物学研究提供便利。     

Cry1Ab杀虫蛋白在水稻-褐飞虱-拟水狼蛛食物链中转移与富集

采用ELISA方法检测了2个转cry1Ab基因水稻（Bt水稻）品系KMD1和KMD2不同生育期叶鞘内Cry1Ab杀虫蛋白的含量及其通过褐飞虱和拟水狼蛛的转移和富集情况。结果表明,这2个品系中抽穗期和黄熟期叶鞘内Cry1Ab的含量均显著低于苗期、分蘖期和孕穗期,KMD1和KMD2中Cry1Ab杀虫蛋白可以通过食物链转移到Bt水稻非靶标害虫褐飞虱及其天敌拟水狼蛛体内。褐飞虱在KMD1或KMD2上取食2 d后,体内均含有Cry1Ab杀虫蛋白,但连续取食2、4、6、8和10 d后,其体内含量并未因取食时间的延长而呈现明显增加的趋势。当拟水狼蛛捕食以KMD1或KMD2为食的褐飞虱时,在捕食2、4、6、8和10 d后,其体内均可检测到Cry1Ab杀虫蛋白,其含量并未随捕食时间的延长而明显上升,但均显著高于相应时间褐飞虱体内的含量。可见,该蛋白可通过水稻转移至褐飞虱,再转移至拟水狼蛛,并存在明显的富集现象,而这种富集并不随蜘蛛捕食时间的延长而加强。拟水狼蛛捕食以KMD1或KMD2为食的褐飞虱时,其捕食量未受到显著影响,其中肠酶粗提物对Cry1Ab杀虫蛋白具有明显的降解作用。     

指间区纹的遗传学研究Ⅱ.指间区纹的镶嵌显性遗传

10 1个核心家庭的指间区纹分布状况经分析发现Ⅲ、Ⅳ区 ,左右手控制花纹的基因都是等位的。Ⅲ、Ⅳ区是等位的不同基因的镶嵌显性遗传。一个基因同时控制左右手对应区 ,不同基因表达的左右对称度不一。复等位基因中有 6种是完全显性的 ,另发现一种不完全显性。这是指区间区纹的主基因 ,还极少地存在着一种隐性的Ⅲ区纹基因。在随机人群中计算出了这些基因的频率。这一遗传模型可有亲子鉴定佐证等应用。     

西双版纳地区森林变化碳效应与生态效益评估

减少发展中国家因森林砍伐与森林退化导致的碳排放和保持碳储量(REDD+),不仅能减少因森林砍伐和森林退化造成的碳排放,而且还可以带来其它生态效益,如减缓森林破碎化、保护生物多样性和增强水土保持功能等。以中国的西双版纳地区为研究区域,以毁林最严重的1976—2007年为REDD+基线,基于卫星影像,并结合植被指数,提取了研究区的土地利用变化信息。基于IPCC温室气体清单方法,计算了研究区的森林碳储量变化。在此基础上,对REDD+的碳汇效益和生态效益进行了系统综合评估。结果显示：(1)1976—2007年间天然林碳储量从占总碳储量的78.24%减少至50.52%,这是造成西双版纳地区碳储量减少的主要原因。(2)1976—2007年,天然林的斑块数量和平均最近邻距离分别增加了120.00%和25.21%,平均斑块面积下降了71.98%,说明天然林的破碎化程度加剧。从研究区整体景观格局来看,斑块数量、Shannon多样性指数和Shannon均一性指数分别增加了8.16%、51.39%和34.07%;与此同时,平均斑块面积和景观内聚力指数分别下降了26.26%和2.13%,表明研究区整体景观格局...     

携带人肝细胞生长因子重组质粒pUDK-HGF对大鼠肾纤维化的防治作用

目的:研究肝细胞生长因子(HGF)基因转导对庆大霉素诱导的大鼠肾纤维化损伤的防治效果。方法:以雄性Wistar大鼠腹腔注射硫酸庆大霉素注射液制备肾纤维化模型;实验分为正常对照组、肾纤维化模型组、HGF治疗组;造模后第30 d,HGF治疗组于左侧肾脏直接注射重组质粒pUDK-HGF注射液,模型组注射质粒pUDK,正常对照组只进行假手术;于造模后第60 d处死大鼠,评价HGF对血尿素氮、血肌酐、24 h尿蛋白、肾系数等肾功能指标的改善作用,并对肾纤维化进行组织学评价。结果:与正常对照组相比,模型组肾功能下降,肾系数(8.8±0.95 g/kg)、血尿素氮(9.4±2.61 mmol/L)、血肌酐(42±10.33μmol/L,P<0.05)及24 h尿蛋白定量(25.78±8.66 mg,P<0.05)升高;HGF治疗组对肾功能有所改善,可缓解肾纤维化的进展。此外,本实验表明,对已纤维化肾脏直接注射HGF基因,可促进肾间质血管再生,并进一步降低肾小管间质损伤积分。结论:将HGF基因靶向导入大鼠体内可有效防治肾纤维化。     

金黄色葡萄球菌核酸酶A与不同外源DNA片段融合表达的作用比较

金黄色葡萄球菌核酸酶A(Staphylococcal nuclease A,SNA)可用于菌蜕制备中宿主菌的进一步灭活及残存遗传物质的去除。关于SNA在去除了信号肽后是否仍能分泌至胞外以及是否需要融合其他氨基酸片段才能在宿主菌胞质中发挥作用尚存争议。为厘清这一争议,分别构建一系列含SNA、SNA与λ噬菌体cro基因或结核杆菌脲酶基因部分序列的融合片段c SNA或u SNA的温控质粒并对其在大肠杆菌内的作用进行评价。结果显示,SNA、c SNA和u SNA的表达产物对大肠杆菌的4 h灭活率分别为99.9%、99.8%和74.2%。升温诱导30 min后,SNA和c SNA即可在宿主菌胞内被检出,而u SNA需1 h;相较之下,SNA和c SNA在培养液上清中的被检出时间要晚1 h,u SNA则晚2 h。对三者的核酸酶活性检测均为:SNA﹥c SNA﹥u SNA,且胞外活性都显著低于胞内。此外,SNA和c SNA在诱导2 h后即将宿主基因组成功降解,而u SNA则在整个实验期间均未能使宿主基因组完全降解。这表明SNA、c SNA和u SNA的表达产物均具有核酸酶活性,可被动释放至胞外,外源DNA片段的融入反而会降低SNA的核酸酶活性。     

中国家驴的非洲起源研究

对我国13个家驴品种367条序列(其中引用文献资料241条)的mtDNA D-loop 区399 bp进行分析, 共检测到96种单倍型57个多态位点, 其单倍型多样度为0.767~0.967, 核苷酸多样度为0.014~0.032, 表明我国家驴的遗传多态性丰富。与3个努比亚野驴、3个索马里野驴和6个亚洲野驴的序列构建 NJ系统发育树, 证明我国家驴的母系起源为非洲野驴中的索马里驴和努比亚驴, 亚洲野驴不是中国家驴的母系祖先。