徐闻西岸造礁石珊瑚的组成及空间分布

2008年5-6月在徐闻西岸设置了25个站点,运用截线样带法调查了造礁石珊瑚的种类多样性和空间分布.本次研究共发现造礁石珊瑚57种,每个站位的种类数均不超过30种.Shannon-Wiener多样性指数和Pielou均匀度指数均值分别为1.79和0.42.二异角孔珊瑚(Goniopora duofasciata)、盾形...     

鲤鱼汤对阿霉素肾病大鼠肾组织TGF-β1及下游因子表达的影响

本研究探讨鲤鱼汤利尿消肿拮抗肾纤维化保护肾脏的分子机制。阿霉素6.2 mg/kg尾静脉单次注射制备ADRN模型,2 W后干预连续7 W。检测尿、血生化指标,光镜电镜观察肾组织形态变化,免疫组化检测转化生长因子β1(TGF-β1)及下游因子表达。结果发现模型组较对照组12 h尿量(12 h-Uv)减少,血白蛋白(Alb)降低,肾小球硬化指数(GSI)及间质损伤指数(TII)升高,肾组织Smad7表达下调,转化生TGF-β1、成纤维细胞特异性蛋白-1(FSP-1)、I型胶原(Col-I)表达上调;鲤鱼汤组较模型组12 h-Uv增加,血Alb升高,GSI及TII下降,肾组织Smad7表达上调,TGF-β1、FSP-1、Col-Ⅰ表达下调。表明鲤鱼汤的肾保护作用至少部分与其利尿消肿、调节TGF-β1/Smad7信号通路、抑制上皮细胞转分化(EMT)及细胞外基质沉积(ECM)有关。     

面向生物信息学的工作流管理系统框架

生物信息学实验的实施通常需要整合多种类型的数据和工具,随着大量的web服务、算法程序和分析工具的出现,如何高效整合这些可用资源共同完成分析实验是当前生物信息学研究的重要内容之一,工作流技术已经成为解决这类问题的一种通用机制.然而,生物信息学工作流的实施涉及高通量数据的计算与存储,同时面临着资源异构性和分布性的挑战.本文首先介绍了生物信息学工作流的基本机制,然后阐述了面向生物信息学的工作流管理系统框架,最后讨论了框架应用中存在的问题和可能的解决途径.     

人工湿地中指示与病原微生物动态分布及相关性分析

选择总大肠菌群(total coliforms)、粪大肠菌群(fecal coliforms)、粪链球菌(fecal streptococci)、大肠杆菌(Escherichia coli)、产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)和沙门氏菌(Salmonella spp.)6种指示和病原微生物,采用多管发酵法和倾注平板法研究其在自由表面流人工湿地中的去除效果、相关性及动态分布特征.结果表明:人工湿地进水中沙门氏菌数量最多,其次为总大肠菌群、粪大肠菌群、产气荚膜梭菌和大肠杆菌,粪链球菌数量最低;人工湿地对不同指示和病原微生物去除效果存在差异,对总大肠菌群、粪大肠菌群和大肠杆菌去除效果最好,年平均去除率分别为94.1％、93.4％和84.0％;对沙门氏菌和产气荚膜梭菌去除效果较差,年平均去除率分别为55.8％和63.6％,并且存在较大波动;出水中粪链球菌数量高于进水;人工湿地对指示和病原微生物的去除效果在不同季节间无显著差异,但迸水中总大肠菌群数量、进出水中沙门氏菌数量及进水中产气英膜梭菌数量在不同季节间存在差异.相关性分析表明,总大肠菌群、粪大肠菌群以及大肠杆菌之间存在较强相关性,沙门氏菌和粪大肠菌群以及产气荚膜梭菌和总大肠菌群、粪大肠菌群间存在弱相关性.     

小型简易厌氧手套箱的研制与考核

近年关于厌氧菌培养技术和方法获得惊人的发展,从六十年代亨格特转管法到八十年代的Ｇａｓ－Ｐａｋ厌氧罐和厌氧手套箱的开发研制,使厌氧菌的培养技术日趋完善［１］,我国八十年代曾由陈聪敏教授等人［２］开发厌氧手套箱和义乌生产的抽气换气厌氧培养装置,但终因造价...     

球囊菌胁迫中华蜜蜂幼虫肠道过程中病原的转录组学研究

【目的】本研究利用RNA-seq技术对球囊菌胁迫的中华蜜蜂(中蜂)幼虫肠道进行深度测序,经趋势分析得到差异表达基因(DEGs)的显著表达模式,进而对胁迫过程中的球囊菌进行转录组学分析。【方法】利用Illumina HiSeq 2500平台对球囊菌胁迫的中蜂幼虫肠道进行深度测序,并利用相关软件进行了深入分析。最后,通过RT-qPCR对RNA-seq数据进行了验证。【结果】本研究共得到球囊菌的41133932条高质量clean reads。22865个DEGs共聚类为8个基因表达模式,其中,16769个DEGs聚类为2个显著上调趋势与2个显著下调趋势。GO富集分析结果显示,显著上调与显著下调趋势中的DEGs分别富集于40与37个GO term,基因富集数最多的为细胞进程(2486 unigenes)。KEGG代谢通路(pathway)富集分析结果显示,显著上调与显著下调趋势中的DEGs分别富集于119和112个pathway,基因富集数最多的分别是氨基酸生物合成(127 unigenes)与核糖体(98 unigenes)。进一步分析表明球囊菌在胁迫中蜂幼虫肠道的过程中通过提高物质合成促进其增殖,而宿主通过抑制球囊菌的蛋白合成抵御病原入侵。富集在MAPK信号通路的11个DEGs的表达水平随着胁迫时间的延长而逐渐下降,推测中蜂幼虫通过抑制该通路而阻遏球囊菌增殖。【结论】本研究不仅为揭示白垩病过程中的球囊菌-中蜂幼虫互作提供了重要信息,也为阐明不同抗性蜂种的球囊菌抗性差异奠定了基础。     

基于生物质谱的蛋白质C末端研究进展

蛋白质的C末端在蛋白质进行各项生命活动过程中都起着极其重要的作用。它不仅标志着DNA转录翻译成蛋白质过程的初步完成,更是参与和调控了蛋白质的各种生理功能。研究蛋白质的C末端不仅有利于完整蛋白质的鉴定,对于在分子水平理解蛋白质的信号传导和生化功能是十分必要的。文中结合我们的研究工作,综述了近年来基于生物质谱的蛋白质C末端研究的相关进展,包括了C末端的识别、鉴定以及蛋白质C末端肽段富集的新方法和新技术。     

中国Btken-Ag的特性及其杀虫毒肽的研究

苏芸金芽孢杆菌肯尼亚亚种Ag株(Bacillus thuringiensis serovar.kenyae strainAg,以下简称为Btken-Ag)是血清型H4a-4c中对棉铃虫、粘虫等多种夜蛾科害虫具有高毒力的优良品系,经生理生化、H抗原、酯酶谱、抗生谱和质粒谱等性状比较分析,与标准株肯尼亚亚种023大体相同,但其质粒谱及伴孢晶体多肽组分与023明显有别.该菌株伴孢晶体多形,其主要杀虫成分为61000多肽,经ELISA同源分析,此毒肽与同血清型中的023、7501晶体蛋白高度同源,与商品生产株H3a-3b—HD-1株部分同源,与对蚊虫高效的H14-1897及球形芽孢杆菌Ts-1无同源性.此外,对H4中10株相关株、H7-5、HD-1及1897共13株进行了对棉铃虫、粘虫及蚊虫的杀虫毒力比较测定,其中Btken-Ag的优选株H4-1及b1-4对棉铃虫的毒力高于023株及HD-1株.     

铜绿假单胞菌全局调控因子RsmA的缺失影响2个吩嗪基因簇的表达

[目的]为了研究铜绿假单胞菌全局调控因子RsmA对两个吩嗪(Phenazine)合成基因簇phz1和phz2的调控方式与机制.[方法]采用基因缺失和抗性基因(gentamycin resistance cassette,aacC1)插入相结合的策略构建了rsmA基因缺失突变株PA-RG ;通过构建互补表达载体和过表达载体,进一步确认RsmA对绿脓菌素的调控作用 ;采用电转化方法将构建的翻译融合表达载体pMEZ1(phz1'-'lacZ)和pMEZ2(phz2'-'lacZ)分别导入铜绿假单胞菌突变株PA-RG和野生株PAO1,采用Miller法测定融合β-半乳糖苷酶活性.[结果]在GA培养基中,互补分析和过表达分析表明,RsmA抑制绿脓菌素的合成.此外,pMEZ1在突变株PA-RG中的表达增强,为野生株的2-3倍 ;而pMEZ2在突变株PA-RG中的表达降低,野生株是突变株的2倍.[结论]由此初步判定,铜绿假单胞菌全局调控因子RsmA对两个不同吩嗪合成基因簇的调控作用具有特异性,在一定程度上RsmA负调控phz1,正调控phz2.     

大肠杆菌F18菌毛及其亚型的PCR鉴定

F18菌毛是产肠毒素大肠杆菌 (ETEC)与产vero细胞毒素大肠杆菌 (VTEC)的重要致病因子 ,可介导细菌对小肠细胞的黏附 ,并具有F18ab和F18ac 2个抗原亚型。根据已发表的F18ab菌毛A亚单位 (FedA ab)的基因 (fedA ab)设计 3条引物 ,建立了 2种聚合酶链式反应 (PCR)扩增方法。通过对F18ab 大肠杆菌、F18ac 大肠杆菌、K88 大肠杆菌、K99 大肠杆菌、987P 大肠杆菌、F4 1 大肠杆菌的试验 ,结果表明所建立的PCR方法可特异性鉴定F18 大肠杆菌并区别其亚型F18ab与F18ac