乙型肝炎病毒X蛋白的优势氨基酸序列与热点突变位点的生物信息学分析

乙型肝炎病毒X蛋白(hepatitis B virus X protein,HBx)全长154个氨基酸,与肝癌发生密切相关.为确定HBx的优势氨基酸序列和热点突变位点,在GenBank中下载所有HBx的氨基酸序列13950条,剔除插入突变、缺失突变和起始密码子非甲硫氨酸的序列,最后保留7126条.通过分析这7126条序列,计算出HBx每个位点的氨基酸分布情况,出现频率最高的氨基酸为该位点的优势氨基酸,其他氨基酸为突变氨基酸.154个位点的优势氨基酸组成HBx优势氨基酸序列.突变率>10.0%的热点突变位点有32个.其中第36、42、44、87、88和127位氨基酸有4种(突变率>1.0%)以上突变形式,具有较高的多态性.与肝癌密切相关的K130M/V131I双突变率为34.7%.通过7126条HBx序列与优势序列的同源性比较,随机选出其中50条序列(2条与优势序列同源性<75%,48条同源性为76%~99%),与23条参考序列及优势序列共同构建系统发生树.结果显示,HBx优势氨基酸序列属于基因型C,这与基因型C为全球主要流行型一致.本研究首次系统性分析了GenBank中HBx的优势序列,确定了32个HBx热点突变位点和6个多态性较高的位点,为基于HBx突变的基础和应用研究奠定了基础.     

西藏墨脱发现灰头钩嘴鹛

正2015年10月20日08:46和09:33时,于西藏林芝市墨脱县巴日村仁青崩附近(29°20′N,95°21′E)海拔1 380 m及1 450 m处以SWAROVSKI 8.5×42双筒望远镜分别观察记录到有钩嘴鹛个体(2只)和小群体(4只)在灌丛间活动觅食并拍摄到照片,其羽色明显有别于当地所曾记录到的数种钩嘴鹛,经查阅相关野外手册(约翰·马敬能等2000,Robson 2005,Collar et al.2007,Grimmett et al.2011),认定为灰头钩嘴鹛(Pomatorhinus schisticeps)。     

microRNA-21 表达水平对新疆地区食管癌患者早期诊断及预后评估的临床价值

目的:探讨microRNA-21表达水平对新疆地区食管癌早期诊断及预后评估的临床价值。方法:收集我院收治的100例食管癌患者,其中哈萨克族患者50例,汉族患者50例,采用RT-PCR以及RT-qPCR的方法对患者血清microRNA-21表达水平进行检测并比较。结果:食管癌患者癌组织中microRNA-21表达水平均高于癌旁组织,差异具有统计学意义(P0.05);有淋巴结转移、ⅡB+Ⅲ期、低分化癌组织中的miRNA-21相对表达量高于无淋巴结转移、I+ⅡA期以及高分化癌组织患者,差异具有统计学意义(P0.05);miRNA-21在不同民族、性别、年龄分组中表达无明显差异(P0.05)。结论:microRNA-21表达水平对新疆地区食管癌患者癌组织中表达水平较高,在有淋巴转移、ⅡB+Ⅲ期以及低分化癌组织中表达水平较高,民族、性别以及年龄对microRNA-21水平的影响较小,因此microRNA-21检测对食管癌的早期诊断及预后判断具有指导意义。     

丙酮酸乙酯的合成及药理作用研究

丙酮酸乙酯是一种重要的医药中间体,在医药、农药、食品、化妆品等领域有广泛的用途。其合成方法和药理作用一直是研究的热点。近年来愈来愈多的文章报道了丙酮酸乙酯的各种合成及工艺方法,一些新的生理活性也不断见诸于文献。本文从丙酮酸乙酯的合成方法及药理作用两方面进行综述,主要介绍了乳酸乙酯氧化法、有机金属试剂法和酯化法三种合成丙酮酸乙酯的方法,并从工艺角度对各种方法的优缺点进行了分析;阐述了其抗氧化、抗炎、抗肿瘤作用的研究进展,并对丙酮酸乙酯的药物应用前景进行了展望,期望能够为丙酮酸乙酯的进一步成药性研究提供思路和启发。     

幽门螺杆菌基因分型与胃病关系研究进展

幽门螺旋杆菌(Helicobacter pylori,Hp)已被国际癌症组织确认为胃部疾病最主要的致病因子。近年来对于Hp菌株的基因分型、流行病学和致病性等方面的研究逐步深入,越来越多的研究成果证实对Hp基因分型进行细化可为精准医疗提供依据。Hp可依照Cag A羧基末端磷酸化位点、Vac A信号区(s)中间区(m)过渡区(i)缺失区(d)和粘附因子(OMPs)进行基因分型。Hp基因型差异可导致不同毒性作用,从而引起不同临床结果和疗效预后。因此对Hp基因分型可为胃病的防治提供重要依据。本文就Hp基因分型方法、基因分型及其与胃部疾病研究进展进行如下综述。     

诱饵诱集时间与红火蚁工蚁诱集量的关系研究

为了明确诱饵诱集时间与红火蚁工蚁诱集量之间的关系,确定最佳的诱饵放置时间,本研究采用火腿肠诱饵诱集法,观察不同季节、不同时间段红火蚁诱集的个体数量,利用房室模型分析诱饵诱集时间与红火蚁工蚁诱集量之间的关系。结果表明,随着诱饵放置时间的增加,红火蚁工蚁的诱集数量会出现一个高峰,春季诱集高峰出现在诱饵放置后38-44 min,秋季出现在诱饵放置后24-29 min,并建立了不同季节、不同时间段红火蚁诱集量与时间的关系模型,分别为Y=12764.8807×e(-0.029102 X)"12820.4625×e(-0.030064 X)(春季上午)、Y=16166.6800×e(-0.023994 X)"16217.0808×e(-0.024866 X)(春季下午)、Y=12211.9095×e(-0.040576 X)"12275.2496×e(-0.041620 X)(秋季上午)、Y=12306.4111×e(-0.049724 X)"12383.6907×e(-0.051217 X)(秋季下午)。因此,在利用火腿肠诱饵监测红火蚁时,春季诱饵放置的最适时间约为40 min,秋季的最适时间约为30 min。     

饲料中添加溶菌酶对吉富罗非鱼生长、免疫-抗氧化功能及血清抗菌性能的影响

为研究在饲料中添加不同水平的溶菌酶制品对吉富罗非鱼(GIFT, Oreochromis niloticus)生长性能、免疫-抗氧化功能和血清抗菌性能的影响, 选用平均体重为(11.350.08)g的吉富罗非鱼960尾, 随机分为6组(每组4个重复, 每个重复40尾), 分别投喂基础饲料(对照组)和5种添加水平分别为18、36、54、72和90 mg/kg溶菌酶制品的试验饲料, 养殖周期为60d。结果表明: (1) 54 mg/kg溶菌酶添加组鱼的生长性能和饲料利用情况最优, 增重率和蛋白质效率均显著高于对照组, 饲料系数显著低于对照组(P0.05); 肝体比随溶菌酶添加水平的增加呈现下降趋势, 90 mg/kg添加组显著低于对照组(P0.05); 脾脏指数在36和54mg/kg添加组显著低于对照组(P0.05); 全鱼粗蛋白和粗灰分含量在54 mg/kg添加组均呈现较高水平, 显著高于对照组(P0.05)。(2)溶菌酶添加水平对罗非鱼的免疫-抗氧化能力产生影响, 54和72 mg/kg添加水平能显著提高鱼体血清和肝脏的超氧化物歧化酶、过氧化氢酶活性, 降低丙二醛含量(P0.05); 肝脏溶菌酶活性在54和72 mg/kg添加组均显著高于对照组(P0.05), 而血清溶菌酶活性随溶菌酶添加水平的增加呈现下降趋势(L90组除外), 显著低于对照组(P0.05)。(3)血清抗菌试验显示, 54和72 mg/kg溶菌酶添加组罗非鱼对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、嗜水气单胞菌和溶藻弧菌的抑制能力显著高于对照组(P0.05), 而对枯草芽孢杆菌的抵抗能力最低, 比对照组分别低34.71%和42.21% (P0.05)。结果表明, 在本试验条件下, 在吉富罗非鱼饲料中添加54 mg/kg溶菌酶制品可以改善其生长性能; 当添加水平为54和72 mg/kg时, 罗非鱼的免疫-抗氧化能力和血清抗菌性能均得到了显著提高。     

目标?鄄诱饵库搜索策略在蛋白质组质谱鉴定和质控中的应用及研究进展

基于串联质谱的蛋白质组研究会产生海量的质谱数据,这些数据通常使用数据库搜索引擎进行鉴定分析,并根据肽段谱图匹配(PSM)反推真实的样品蛋白质．对于高通量蛋白质组数据的处理,其鉴定结果的可信是后续分析应用的前提,因此对鉴定结果的质量控制尤为重要,而基于目标-诱饵库(target-decoy)搜索策略的质量控制是目前应用最为广泛的方法．本文首先介绍了基于目标-诱饵库搜索策略搜库和质量控制的实施流程,然后综述了基于目标-诱饵库搜索策略的质量控制工具,并提出了目标-诱饵库搜索策略的不足及改善方法,最后对目标-诱饵库搜索策略进行了总结与展望．     

中国昆虫表皮碳氢化合物与昆虫化学分类学的研究进展

基于表皮碳氢化合物的昆虫化学分类学已成为昆虫分类的一个重要工具。本文首先简述了世界范围内昆虫化学分类学的起源、发展及应用领域;其次在收集的大量文献基础上,综合分析了我国已开展昆虫表皮碳氢化合物组成研究的昆虫种类、研究内容、取样与进样技术、数据的统计分析、应用领域和存在的问题。针对我国昆虫表皮碳氢化合物研究进展及其在昆虫分类中应用的现状,提出了今后我国在昆虫化学分类领域的研究方向,并展望其应用前景。     

马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)细胞粘附分子3(Pm-CAM3)基因的克隆与表达分析

细胞粘附分子3 (cell adhesion molecule 3, CAM3)是免疫球蛋白家族(immunoglobulin family, IgSF)的一员,在细胞黏连、外源病原体的识别等方面具有重要作用。本实验利用末端快速克隆(RACE)技术,克隆获得马氏珠母贝(Pinctada facata martensii)细胞粘附分子3的全长序列(Pm-CAM3),并使用荧光定量PCR(Real-time PCR, q RT-PCR)技术检测了Pm-CAM3在马氏珠母贝不同组织中的表达模式。结果显示,Pm-CAM3基因全长2 245 bp。其中5'UTR 335 bp,3'UTR 166 bp,开放阅读框(ORF)长度为1 744 bp,共编码581个氨基酸;预测其相对分子量为63.21 kD,等电点为5.07,脂溶指数(aliphatic index)为67.21;总平均亲水性(grand averageofhydropathy, GRAVY)为-0.549,属于亲水性蛋白;Pm-CAM3具有跨膜结构域,其胞外区域具有一个Ig SF家族典型的Ig结构域以及一个Ig-like结构域。多序列比对结果显示,Pm-CAM3在物种间的保守性较低,其中Pm-CAM3与太平洋牡蛎的CAM3 (Crassostrea gigas, Cg-CAM3)的氨基酸序列相似性最高,但仅为37%。qRT-PCR分析表明Pm-CAM3在马氏珠母贝的9个组织中均有表达,其中在鳃中的表达量最高(p<0.05)。