DLGCN:基于图卷积网络的药物-lncRNA[]关联预测

为实现高通量识别新的药物-长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)关联,本文提出了一种基于图卷积网络模型来识别潜在药物-lncRNA关联的方法DLGCN(Drug-LncRNA graph convolution network)。首先,基于药物的结构信息和lncRNA的序列信息分别构建了药物-药物和lncRNA-lncRNA相似性网络,并整合实验证实的药物-lncRNA关联构建了药物-lncRNA异质性网络。然后,将注意力机制和图卷积运算应用于该网络中,学习药物和lncRNA的低维特征,基于整合的低维特征预测新的药物-lncRNA关联。通过效能评估,DLGCN的受试者工作特性曲线下面积(Area under receiver operating characteristic, AUROC)达到0.843 1,优于经典的机器学习方法和常见的深度学习方法。此外,DLGCN预测到姜黄素能够调控lncRNA MALAT1的表达,已被最近的研究证实。DLGCN能够有效预测药物-lncRNA关联,为肿瘤治疗新靶点的识别和抗癌药物的筛选提供了重要参考。     

云南含笑花粉萌发研究

应用离体培养和人工授粉的方法对云南含笑花粉的萌发进行了研究。栽培和野生云南含笑花粉的萌发率有很大的差异,分别为20％和90％。首次报道了云南含笑的花粉粒在离体培养基上萌发2条花粉管的现象。云南含笑花粉在灰岩含笑花柱头上的萌发率和萌发时间与离体培养基上的相同,表明灰岩含笑的柱头对云南含笑的花粉没有排异现象。     

α-肿瘤坏死因子的肿瘤靶向性改造

α-肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor-α,TNF-α)是一种多效性的细胞因子,能高效地杀伤或抑制肿瘤细胞。但是由于其对全身有毒副作用,这使T N F-α的应用受到了限制。提高T N F-α的抗肿瘤活性,降低毒副作用以及开发具有肿瘤靶向性的融合蛋白是将其应用于临床的关键。     

非嗜食植物乙醇提取物对小菜蛾种群控制作用评价

通过建立实验种群生命表和自然种群生命表,应用种群趋势指数(indexofpopulationtrend,I)和干扰作用控制指数(interferenceindexofpopulationcontrol,IIPC),评价花椒(Zanthoxylumbungeanum)、细叶桉(Eucalyptustereticornis)、烟草(Nicotianatabacum)、构树(Broussonetiapapyrifera)、羊蹄甲(Bauhiniavariegata)、假莲翘(Durantarepens)、飞扬草(Euphorbiahirta)、茶枯(Camelliaoleifera)8种非嗜食植物乙醇提取物对小菜蛾实验种群的控制作用,以及细叶桉、烟草、茶枯3种非嗜食植物乙醇提取物及其混合液对小菜蛾自然种群的控制作用.室内试验结果表明,在各种植物乙醇提取物作用下,I值从小到大的顺序为4.4842(细叶桉)、5.3702(花椒)、5.5199(飞扬草)、6.1609(假莲翘)、6.8937(羊蹄甲)8.0945(烟草)、9.8052(茶枯)、11.1382(构树),对照的I值为69.8964;IIPC值从小到大的顺序为0.0642(细叶桉)、0.0768(花椒)、0.0790(飞扬草)、0.0881(假莲翘)、0.0986(羊蹄甲)、0.1158(烟草)、0.1403(茶枯)、0.1594(构树),说明供试植物提取物对小菜蛾实验种群增长都有一定的抑制和干扰作用.小菜蛾自然种群生命表研究结果表明,在各种植物乙醇提取物作用下,I值从小到大的顺序为5.1997(细叶桉)、7.4160(烟草)、7.3644(茶枯)和3.1399(混合液),对照的I值为21.6232;IIPC值从小到大的顺序为混合液(0.1608)、细叶桉(0.2405)、茶枯(0.3549)、烟草(0.3695),说明供试植物提取物都能明显降低种群趋势指数,在一定程度上抑制和干扰小菜蛾自然种群增长,在生产中有一定的应用前景.     

淀粉酶链霉菌BAC基因组文库的构建及鉴定

提取淀粉酶链霉菌SM33基因组DNA,用Hind III部分酶解后回收40 kb～60 kb大小的高分子量DNA,与质粒载体pIndigoBAC536连接,电击转化EPI300感受态细胞,经蓝白斑筛选共挑取了5 184个白色克隆.从文库中随机挑选10个克隆,酶切检测平均插入片段约为50 kb,覆盖了32.4倍基因组.并且插入片段均具有9～15个Not I酶切位点,符合链霉菌基因组特征.通过对BAC文库的筛选,获得苹果酸脱氢酶基因(mdh)的保守序列,与已知的链霉菌mdh具有很高的相似性.淀粉酶链霉菌BAC基因组文库的建立,对基因克隆、基因组物理图谱、次级代谢途径、新抗生素的发现以及工业用酶的应用等研究均有重要意义.     

siRNA制备技术的研究进展

近年来,siRNA(small interfering RNA)被广泛用于诱导哺乳动物体系中的RNA干扰。目前有五种siRNA制备方法：化学合成法、体外转录法、RNase Ⅲ家族体外消化法、表达载体法和表达框架法。在这些方法中siRNA序列的选择至关重要。随着药物研究和基因组研究的进展,siRNA的制备技术需要在高通量筛选、稳定性、基因导入和调控等方面进一步发展与完善。作者综述了siRNA序列的选择原则和哺乳动物系统中的siRNA产生方法,并简要讨论了其发展前景。     

基于生态位模型的番荔枝实蝇潜在适生性分布预测

番荔枝实蝇Ceratitis artortoe(Graham)是一种重要的外来人侵性检疫害虫.在广东口岸,其幼虫连续从入境旅客所携带的水果中被榆出.目前关于番荔枝实蝇潜在适生性分布的研究进行得很少,但对于我国的生物生态安全却有重要意义.本研究中,我们使用3种牛态位模型(ENFA模型,马氏典型性模型和Maxent模型)对番荔枝实蝇在中斟以及全球范尉内的潜在适生性分布区域进行了预测分析.结果显示:Maxent模型拥有最好的预测精确度,马氏典型件模型次之,而ENFA模型的预测精确度最差;Maxent模型和马氏典型性模型的预测精确度无显著性差异;根据Maxent模型的预测结果,番荔枝实蝇在中国的潜在适生区主要是广西、广东、海南以及云南的少部分地区.分析结果显示,番荔枝实蝇从境外传人中国南部地区并最终在上述地区定殖的风险可能性存在,但风险较小.另外,折刀法(Jackknife)分析显示,6种环境因子,例如地面霜冻频率、年平均降雨量、十月降雨量、四月降雨量、年最低温度以及蒸气压,对于番荔枝实蝇在全球和局部地区的分布模式有显著的影响.     

Mechanism of selective stabilization of extrinsic polypeptides in PSII particles by glycinebetaine

Ｔｈｒｅｅｅｘｔｒｉｎｓｉｃｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅｓ,ｗｈｉｃｈａｒｅｌｏｃａｔｅｄｏｎｔｈｅｉｎｎｅｒｓｕｒｆａｃｅｏｆｔｈｙｌａｋｏｉｄｍｅｍｂｒａｎｅ,ｐｌａｙｅｓｓｅｎｔｉａｌｒｏｌｅｓｉｎｍａｉｎｔａｉｎｉｎｇｔｈｅｐｈｏｔｏｓｙｎｔｈｅｔｉｃｅｖｏｌｕｔｉｏｎｏｆｏｘｙｇｅｎ.Ｔｈｅｙａｒｅｇｅｎｅｒａｌｌｙｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄａｓｌｉａｂｌｅｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓｏｆｔｈｅｐｈｏｔｏｓｙｎｔｈｅｔｉｃａｐｐａｒａｔｕｓ,ａｎｄｃａｎｂｅｒｅｌｅａｓｅｄｂｙａｖａｒｉｅｔｙｏｆｐｈｙｓｉｃ…     

中国东南高海拔黄山松生长对气候的响应——以浙江省九龙山和安徽省牯牛降为例

利用中国浙江省西南部九龙山自然保护区和安徽省南部牯牛降的高海拔黄山松树轮径向宽度资料,分别建立了2个树轮宽度差值年表(RES).由子样本信号强度(SSS)>0.8判定,九龙山年表(JLS01)的可靠时段为1884—2010年,牯牛降年表(GNJ01)的可靠时段为1837—2008年.将采样点周围气象站气象数据做算术平均代表区域气候状况,利用相关函数检验了两年表与区域气象数据的月降水量、月平均温度、月平均相对湿度、月总云量和月日照时数的关系.结果表明： 2个高海拔点树木径向生长主要受夏季(上年6、7月,当年6月)水热条件的影响.九龙山年表与上年6、7月温度呈显著正相关,与上年6、7月和当年6月降水及相对湿度呈显著负相关,与上年7月总云量呈显著负相关,与上年6、7月日照时数呈显著正相关;牯牛降年表与上年7月温度呈显著正相关,与上年7月和当年6月降水及相对湿度呈显著负相关,与上年6月总云量呈显著负相关,与上年7月、当年6月日照时数呈显著正相关.由于高海拔地区温度较低,夏季温度的升高有利于该地区树木生长,同时较多降水对应的高相对湿度、高云量和低日照时数,限制了光合作用产物的合成,导致树木的径向生长受到抑制.
     

用cDNA微阵列技术快速筛选粗毛栓菌的表达基因(英)

利用cDNA微阵列技术快速筛选具有较强降解木质纤维素能力的白腐真菌粗毛栓菌(Trametes gallica)的表达基因.利用木质素生物降解模式菌株黄孢原毛平革菌（Phanerochaete chrysosporium）的cDNA制备研究所用微阵列.在含有2 596个cDNA片段的芯片上共检测到172个阳性克隆,其中有165个克隆的荧光信号比值（Cy-5/Cy-3）在0.5和2.0之间,占所检测阳性克隆数的95.9％.对应于在限氮条件下生长５天和12天的粗毛栓菌培养物,分别有３个和４个时序特异性差异表达基因.随机挑取122个克隆进行测序和序列比对,发现所测序列中有118个能够很好地定位于黄孢原毛平革菌的基因组上.结果显示,粗毛栓菌与黄孢原毛平革菌在表达序列上存在较大差异,表明这两种真菌之间存在着较远的亲缘关系.通过同源性比对分析,发现２个令人感兴趣的克隆,一个对应于黄孢原毛平革菌过氧化物酶基因lpoB的部分片段,另一个为编码一种热激蛋白的基因.