An adaptive, object oriented strategy for base calling in DNA sequence analysis.

An algorithm has been developed for the determination of nucleotide sequence from data produced in fluorescence-based automated DNA sequencing instruments employing the four-color strategy. This algorithm takes advantage of object oriented programming techniques for modularity and extensibility. The algorithm is adaptive in that data sets from a wide variety of instruments and sequencing conditions can be used with good results. Confidence values are provided on the base calls as an estimate of accuracy. The algorithm iteratively employs confidence determinations from several different modules, each of which examines a different feature of the data for accurate peak identification. Modules within this system can be added or removed for increased performance or for application to a different task. In comparisons with commercial software, the algorithm performed well.     

慢性心功能不全大鼠心脏和血淋巴细胞β-肾上腺素受体的改变

在主动脉与肾动脉缩窄造成的慢性心功能不全大鼠,血浆儿茶酚胺浓度增高;心脏β-肾上腺素受体(β-AR)数量增加,其中β_1-AR及其mRNA增加,而β_2-AR及其mRNA不变;左心房异丙基肾上腺素(ISO)浓度-收缩效应曲线右移;而心肌ISO浓度-cAMP蓄积曲线无显著改变;血淋巴细胞β-AR数量显著减少.结果提示心功能不全时心脏β_1-AR数量增多,但其介导的正性变力效应反而降低,在cAMP生成以后的信号转导过程或心肌收缩成分功能存在障碍,而血淋巴细胞β-AR的改变与心脏β-AR的功能改变平行.     

草甘膦对空心莲子草叶甲Agasicles hygrophila成虫3种代谢酶活性的影响

采用不同浓度的草甘膦0.41 g/L、0.82 g/L、1.23 g/L、1.64g/L、2.05 g/L分别以胃毒和触杀法处理空心莲子草叶甲Agasicles hygrophila成虫,测定其乙酰胆碱酯酶(AChE)、羧酸酯酶(CarE)和谷胱甘肽S-转移酶(GSTs)比活力.试验结果表明:两种处理,草甘膦对AChE活力均有不同程度的抑制作用;对CarE活力影响较为显著,在2.05 g/L浓度下,胃毒处理CarE对α-乙酸萘酯(α-NA)和β-乙酸萘酯(β-NA)水解能力分别是对照组的50%和57%,触杀处理CarE对α-乙酸萘酯(α-NA)和β-乙酸荼酯(β-NA)水解能力分别是对照组的53%和59%;胃毒处理埘酶活力影响大于触杀处理,草甘膦对GSTs的活力影响不明显.     

中药益智的化学成分研究

采用正反相硅胶、Sephadex LH-20凝胶、MCI树脂等层析技术从中药益智95%乙醇提取物的乙酸乙酯部位分离得到13个化合物,运用现代波谱技术分别鉴定为:益智酮甲(1,yakuchinone A)、益智醇(2,oxyphyllacin-ol)、白杨素(3,chrysin)、rhamnocitrin(4)、oxyphyllenodiol A(5)、oxyphyllenodiol B(6)、nootkatone(7)、dehydro-noot-katone(8)、7-epi-teucrenone(9)、oxyphyllenone A(10)、oxyphyllenone B(11)、原儿茶酸(12,protocatechuic acid)和琥珀酸(13,succinic acid)。其中化合物4、13为首次从该植物中分得,化合物8为新的天然产物。     

炭疽芽胞杆菌(Bacillus anthracis)检测质粒的构建及其应用

根据炭疽芽胞杆菌(Bacillus anthracis)毒性质粒pX01和pX02上的2个毒力相关基因cya和capA的序列特点,以pIJ2925为出发载体,采用一步重叠延伸PCR技术(One-step Overlap Extension PCR,简称OOE-PCR)构建了包含cya基因和capA基因保守区DNA片段的炭疽检测质粒pBIB2006。采用复合PCR对模拟炭疽危险品进行分析,结果表明pBIB2006可以为炭疽芽胞杆菌的检测提供准确、安全和方便的阳性参照品,从而为检测炭疽芽胞杆菌和炭疽芽胞杆菌灭活疫苗提供了便利。     

盐碱胁迫下西伯利亚蓼体内无机离子的变化

研究了碳酸氢钠溶液处理后西伯利亚蓼营养器官内部无机离子含量的变化。实验结果表明碳酸氢钠溶液处理前西伯利亚蓼茎部认为是“K+库”;碳酸氢钠溶液处理过程中“K+库”转变成为“Na+库”,以维持叶部的正常生理功能,并且“Na+库”具有一定的限度;碳酸氢钠溶液处理后,西伯利亚蓼不同部位对外界盐碱胁迫的反应存在多样性。植株在“Na+库”达到限度之前进行旺盛的光合作用,在有限的时间内向地下组织输送更多的有机养分,用以繁殖后代。     

解脲脲原体诱导脐静脉血管内皮细胞凋亡的研究

目的通过探讨解脲脲原体(Ureaplasma urealyticum,UU)诱导人脐静脉内皮细胞(human umbilicalvein endothelial cells;HUVEC)凋亡的情况,揭示妊娠期间UU垂直传播影响胚胎发育的可能机制。方法不同剂量血清4型UU标准菌株刺激体外培养的HUVEC,通过Annexin-V.FITC/PI双染流式细胞术和DNA Ladder实验观察细胞凋亡情况。结果对照组细胞凋亡率小于各实验组(P<0.01~0.05),其凋亡率和刺激剂量、时间之间呈现一定的剂量-时间-效应关系(P>0.05)。结论UU可诱导人脐静脉内皮细胞凋亡,提示妊娠期间UU感染可能通过诱导脐静脉内皮细胞凋亡破坏胎盘屏障而影响胚胎发育。     

传输靶向COX-2 siRNA联合化疗药物对大鼠胃癌细胞生长

目的：通过动物实验探讨传输靶向COX-2 siRNA联合化疗药物对大鼠胃癌细胞生长的抑制作用。方法：24 只健康SD 大鼠 平分为三组,治疗组用COX-2-siRNA转染的胃癌SGC7901 细胞接种,同时进行环磷酰胺、丝裂霉素C 化疗治疗;阴性对照组,用 阴性对照siRNA 转染的胃癌SGC7901 细胞接种,同时进行环磷酰胺、丝裂霉素C 化疗治疗;对照组(n=8),用未经转染的胃癌 SGC7901 细胞接种,不进行化疗治疗;三组转染后都接种了裸鼠。结果：治疗组、阴性对照组及对照组胃癌细胞凋亡率分别为 （22.28± 0.12）%、（1.23± 0.17）%和（1.03± 0.14）%,治疗组与阴性对照组和对照组比较差异都有统计学意义(t=18.152,17.555, P<0.05)。治疗组的抑瘤率为76.7%,阴性对照组和对照组分别为12.8%和6.89%,治疗组的抑瘤率明显高于其他两组(x2=15. 211,13.899,P<0.05)。Western blotting检测结果显示治疗组的COX-2 蛋白表达含量得到了明显抑制。结论：传输靶向COX-2 siRNA和化疗药物的配合应用可有效抑制COX-2 蛋白的表达,从而抑制胃癌细胞的生长,从而起到更好的治疗效果。     

灰飞虱与褐飞虱种内和种间密度效应比较

在人工气候室内比较研究了灰飞虱和褐飞虱在汕优63和秀水11上的种内和种间密度效应对其主要生物学参数的影响,结果表明两种稻飞虱均存在显著的种内竞争,主要表现为随着密度增加,若虫发育历期延长、若虫羽化率下降、雌成虫寿命缩短、每雌产卵量下降。种内密度效应与稻飞虱种类和寄主品种有显著互作关系,灰飞虱种内竞争较褐飞虱明显,二者在适宜寄主上种内竞争更为明显。同时,两种稻飞虱存在着显著的种间密度效应,主要表现为异种存在时的促进作用,即异种共存时若虫历期缩短、若虫羽化率提高、雌虫寿命延长、每雌产卵量增加。种间密度效应也与稻飞虱种类和寄主品种有显著互作关系,两种共存对灰飞虱的有利作用显著大于对褐飞虱的有利作用,在欠适宜寄主上种间互利效应更为明显。最后,本文对稻飞虱种内和种间密度效应的机制和进化意义进行了讨论。     

代谢、血液碱化和纯氧影响呼吸调控的人体实验研究III： 血液碱化后纯氧运动试验*

目的: 在急性血液碱化前、后空气吸入下完成症状限制性最大极限心肺运动试验(CPET)的基础上,本文探讨在血液碱化后吸入纯氧对呼吸调控的影响。方法: 正常志愿者5名在碱化血液后呼吸纯氧CPET,在静息、热身、运动及恢复期,连续测定肺通换气指标及每分钟动脉取样的血气指标,对CPET期间的呼吸气体交换和血气指标的动态变化进行分析,同时与急性碱化血液前、后空气CPET数据比较。结果: 碱化血液后吸入纯氧运动呼吸反应与急性碱化血液前、后空气CPET呼吸反应基本一致。CPET期间,各运动状态下的每分通气量均与对照组相似(P>0.05);仅静息每分通气量较血液碱化空气CPET略高(P<0.05),而其它状态和恢复2min时均相近(P>0.05)。潮气量仅峰值运动时较对照和血液碱化空气CPET略低(P<0.05);而运动过程和恢复2min时的潮气量均相近(P>0.05)。呼吸频率在各个时间与血液碱化前后CPET均无差异(P>0.05)。在碱化血液后吸入纯氧运动各个时期的PaO₂和SaO₂较碱化血液前后空气CPET时明显提高(P<0.001,P<0.05)。血红蛋白浓度虽然较急性血液碱化前后均低,但仅较血液碱化前显著降低(P<0.05),比血液碱化后差异不显著(P>0.05) ; 开始时的PaCO₂较碱化血液前后空气CPET时降低(P<0.05),无氧阈时相近(P>0.05),但到峰值及恢复2 min时明显增高(P<0.05);pH仅较对照增高(P<0.05),但与碱化血液空气试验时无差异;乳酸水平较对照略高,但仅在热身和恢复期有差异(P<0.05)。纯氧提高了两人无氧阈和三人峰值运动的功率和时间。结论: 虽然血液碱化给予纯氧, CPET呼吸反应与碱化血液前、后空气CPET呼吸反应模式相似,表明运动中呼吸反应主要取决于代谢变化,而非动脉血气平均值高低。