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蛋白质结构成对比较的新方法 总被引:7,自引:3,他引:4
介绍一种蛋白质三维结构的快速比较方法.此方法毋需初始联配,而能自动寻找和智能迭代.利用本程序对珠蛋白、丝氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶、钙结合蛋白和溶菌酶作了系统的结构比较,取得了满意的结果.本文也讨论了衡量联配结果好坏的要素问题. 相似文献
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本文按二级结构、疏水性和侧链氢键把蛋白质的局部结构环境划分为64类,按环境依赖的残基替代频数表构成残基与环境的兼容性分数表,可用来评估一个蛋白质的整体折叠正确与否和检测蛋白质折叠的局部错误。与著名的商品软件Profile-3D相比,此方法不仅能对整体折叠作出合理判断,而且对局部错误的检测更为灵敏。它已成为我们的蛋白质结构模建系统PMODELING的重要模块。 相似文献
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基于结构比较的蛋白质模建系统及其评估:Ⅲ.灵敏的蛋… 总被引:6,自引:1,他引:5
本文按二级结构、疏水性和侧链氢链把蛋白质的局部结构环境划分为64类,按环境依赖的残基替代频数表构成残基与环境的兼容性分数表,可用来评估一个蛋白质的整体折叠正确与否和检测蛋白质折叠的局部错误。 相似文献
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蛋白质MOTIF(纹基)的搜索及库的构建 总被引:1,自引:1,他引:0
蛋白质MOTIF识别方法是研究和预测蛋白质结构和功能的一种工具。本文用理化性质矩阵描述蛋白质的特征保守多肽,构建了一个包含两千多个MOTIF的库。并编制了快速而灵敏的OTIF搜索软件。文中特别以3种重要而难辨别的MOTIF作为例证。此3种MOTIF是:在MRNA剪接和翻译中起关键作用的RNPMOTIF,用于研究甘油激酶缺损和非胰岛素糖尿病等人类遗传病机制的糖激酶MOTIF,以及许多直核组织中媒介序 相似文献
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