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利用PCR技术克隆了产紫杉醇内生真菌EFY-21的18S rDNA序列,通过同源性分析,初步确定该菌与拟盘多毛孢属(Pestalotiopsis)有较高的同源性,相似性为99%。为了进一步了解EFY-21的有关生物学特性,分别选用PDA、PSA、查氏、玉米粉琼胶、牛肉膏蛋白胨5种培养基,按照常规方法培养,用十字法测量菌落直径;同时选用查氏培养基为基本培养基,分别观察不同碳源葡萄糖、甘露醇、麦芽糖、果糖、可溶性淀粉,不同氮源KNO3、Ca(N03)2、(NH4)2SO4、NH4N03、(NH4)2HPO4、蛋白胨、尿素,不同培养温度10,15,20,25,28,30,37℃,不同pH值4,5,6,7,8,9对内生真菌菌丝的影响。试验结果表明:EFY-21在PDA培养基上生长最快,生长状况最好;供试的碳氮源中,对EFY-21菌丝生长影响的大小顺序为葡萄糖甘露醇果糖麦芽糖可溶性淀粉;蛋白胨KNO3Ca(N03)2NH4N03(NH4)2HPO4(NH4)2SO4尿素;最适培养温度为25~30℃;最适pH为5~7。 相似文献
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基于二层特征筛选的HIV-1蛋白酶特异位点预测 总被引:1,自引:1,他引:0
在抗艾滋病治疗中,HIV-1蛋白酶抑制剂发挥着重要作用。对于HIV-1蛋白酶裂解作用位点的研究有助于找到新的治疗靶点。为了对HIV-1蛋白酶特异位点进行预测,本研究用氨基酸索引数据库(Amino Acid Index,AAIndex)中的531个氨基酸物理化学性质参数直接表征肽样本的结构,通过二层特征筛选,最终将4248个表征参数降为57个表征参数。分别采取四种核函数进行HIV-1蛋白酶特异位点的支持向量机(SVM)建模,并通过10折交叉验证及外部测试集方法来验证建模的准确性。结果表明选取NormalizePolyKernel核函数进行SVM建模效果优于其他核函数(PolyKernel、PUK、RBFKernel),所建立的模型对于训练集的10组交叉验证预测准确率达到93.947%,对于外部测试集的预测正确率达到93.684%。 相似文献
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根据肿瘤分类检测模型的特点,提出了一种新的算法,该算法结合使用了基因选择和数据抽取的有效方法,并在此基础上使用支持向量机对基因表达数据进行分类或者检测。其中乳腺癌的分类交叉验证结果由88.46%提高到100.0%,急性白血病的也由71.05%提高至100.0%。实验结果说明了这一方法的有效性,为在大量的基因表达数据中提高检测癌症的准确性提出了一种比较通用的方法。 相似文献
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在转基因生物全球化形势下,我国十分重视转基因生物安全管理及转基因生物安全性风险交流。通过建设转基因生物相关平台,可以加强我国转基因生物安全评价、转基因生物检测、风险交流及信息的整理和共享,拓宽我国转基因生物安全管理服务和信息交流渠道。平台主要由五部分组成,即:转基因生物安全性评价数据库、转基因生物安全检测方法数据库、转基因生物安全管理政策法规数据库、转基因生物检测服务子平台、公众风险交流子平台。平台的访问界面友好、美观、实用,能方便快捷地为用户提供信息查询和浏览等服务。平台可于此地址浏览:http://www.shgmo.org/。 相似文献
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采用HMMER与BLAST相结合的方法确定拟南芥,水稻和杨树三种模式植物全基因组JMJC蛋白基因个数分别为21,20,24,并对其染色体定位,基因结构,保守功能域进行了系统分析,在系统进化分析基础上,将JMJC家族分为11个亚家族,内含子外显子结构分析与MPSS表达模式分析结果也进一步支持了进化关系研究.本研究有助于揭示植物JMJC基因家族的进化历史,为后续JMJ基因家族的功能提供线索,为进一步研究植物JMJC基因家族提供理论基础。 相似文献
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本研究旨在利用计算机方法对水稻胚乳特异性表达基因进行挖掘和功能分析,及特异性顺式调控元件的预测。我们将基因在不同组织中的表达信号谱看作多维空间内的向量,利用向量夹角余弦法计算其与理想状态下该基因在某一组织特异表达向量的相似度,以此来判断组织特异性表达基因。本文通过对水稻芯片数据的大规模分析,共挖掘出了127个在水稻胚乳中特异表达基因。并对其启动子进行顺式元件预测,发现两个与胚乳特异表达相关的顺式调控元件,其保守序列分别为CATGCATSCM和GATCGATCGR。与已知功能的顺式元件比较显示,前者为种子特异基因表达相关的RY repeat元件,而后者则与元件RNFG1相似,但其具体功能尚不明确。 相似文献
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单核细胞增生李斯特菌的检测技术进展 总被引:2,自引:0,他引:2
单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes)是一类人畜共患的食源性致病菌。近年来其检测技术取得了迅猛的发展,本文对目前使用的基于培养、免疫学和分子生物学技术的三大类单核细胞增生李斯特菌检测方法进行了综述,同时对单核细胞增生李斯特菌检测的新策略进行了展望。 相似文献
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