EST-SSR标记在水曲柳雌雄鉴定中的应用

选用黑龙江省青山林木种子园成年水曲柳200棵树为实验材料,在来自NCBI中的5 423条白蜡属EST序列和该实验室测得的水曲柳转录组的179 502条序列中查找SSR位点并设计引物,通过PCR扩增筛选有效扩增和有差异片段的引物,用于水曲柳雌雄的鉴别。结果显示:(1)白蜡属EST和水曲柳转录组中的5 423条和179 502条序列中,分别查找到9 488个和3 557个SSR位点,SSR出现的频率分别是174.96%和1.98%,SSR的类型都是以二核苷酸为主。(2)232对引物中有208对引物获得有效扩增,74对引物在雌雄DNA中有差异,27对扩增片段符合预定大小片段。(3)经过3轮筛选,选出19号和56号引物用于200棵水曲柳中,雌雄差异率分别是64.5%和89.5%。研究表明,利用EST-SSR分子标记对水曲柳性别进行鉴定是一种有效可行的方法。     

水曲柳EST-SSRs位点信息分析

为使EST-SSRs分子标记技术在水曲柳辅助育种、基因定位、雌雄鉴定等研究中应用,本文对NCBI数据库中的12 100条水曲柳ESTs进行了分析,序列拼接得到全长为3.02×106bp的非冗余的5 423个ESTs聚类,利用在线软件SSRIT进行SSRs位点搜索,共检索出9 489个SSRs位点。EST-SSRs的长度从6~46 bp之间变化。二核苷酸重复在水曲柳中占主导地位(6 914个),占总SSRs的72.86%,其次是三核苷酸(24.96%)和四核苷酸(1.37%)。各种不同重复模式中出现最多的是(AG/CT)n(3 458次),占二核苷酸重复的50.01%,其次分别是(AC/GT)n(24.47%)和(AT/AT)n(24.23%)。利用Primer 5.0软件共设计了147对EST-SSRs引物。水曲柳ESTs中SSRs出现频率较高,类型丰富,这一研究结果提供了水曲柳EST-SSRs信息,使该分子标记技术在水曲柳研究中的进一步应用成为可能。