Mirtron类microRNA6894-5p过表达促进胃癌细胞的迁移、侵袭和增殖

该文主要探讨Mirtron类micro RNA6894-5p过表达对胃癌细胞迁移、侵袭和增殖的影响。将miRNA6894-5p的模拟物分别转染进入胃癌MGC803和SGC7901细胞中,构建miRNA6894-5p过表达的细胞系;实时荧光定量PCR测miRNA6894-5p的RNA表达;Transwell实验检测细胞迁移侵袭能力;Cell Counting Kit 8实验检测细胞的增殖能力;荧光素酶报告基因实验检测miRNA6894-5p与肝配蛋白A3的靶向关系;实时荧光定量PCR和蛋白质印迹法进一步检测miRNA6894-5p过表达后EFNA3的m RNA和蛋白的变化。结果显示,成功构建miRNA6894-5p过表达模型的胃癌细胞系;与相应阴性对照组相比,过表达miRNA6894-5p可提高细胞迁移侵袭能力(P0.05)和增强细胞增殖能力(P0.05);荧光素酶报告基因实验证实,miRNA6894-5p靶向作用于肝配蛋白A3,过表达miRNA6894-5p后肝配蛋白A3的m RNA及蛋白水平显著下降(P0.05)。该研究结果显示,Mirtron类miRNA6894-5p在人胃癌细胞中过表达可促进胃癌细胞的迁移、侵袭和增殖。     

MicroRNA——关节炎治疗的新靶点

关节炎是一种较为常见的累及运动系统的慢性疾病,可分为骨性关节炎和风湿性关节炎等．我国北方地区冬季寒冷,该病发病率较高．小干扰RNA（small interfering RNA, siRNA）是一类长度约为21～23对核苷酸的双链小分子RNA,参与基因沉默,已经应用于关节炎治疗的研究中. MicroRNA(miRNA）是一类内源性小分子RNA．其常规作用方式是通过与靶基因的3′UTR结合抑制靶基因的表达．目前,已有研究表明miRNA与关节炎发病联系密切．通过局部注射等多种途径,向体内递送各种经过修饰的miRNA能够发挥改善关节炎症状等作用．这些研究提示miRNA将成为关节炎治疗的新靶点．     

非小细胞肺癌组织中mir-483-5p的差异表达

目的:寻找非小细胞肺癌组织中微小RNA(miRNA)表达谱的差异,并鉴定非小细胞肺癌组织与癌旁组织差异表达的miRNA。方法:应用miRNA芯片分别检测非小细胞肺癌组织与癌旁组织的miRNA表达丰度,并比较两者中差异表达的miRNA;挑选mir-483-5p通过荧光定量PCR进行验证。结果:非小细胞肺癌组织与癌旁组织检测的miRNA表达谱存在较大差异。其中,鳞癌组织中有16条miRNA上调,22条miRNA下调;腺癌组织中有40条miRNA上调,51条miRNA下调。对mir-483-5p进行了定量PCR验证,发现其在非小细胞肺癌组织中的表达丰度显著高于癌旁的正常组织。结论:mir-483-5p在非小细胞肺癌组织中高表达。     

血清microRNA——一种非侵入性的肿瘤标志物

microRNA(miRNA)是一类自然形成的非编码小RNA,不少miRNA分子已被证实与癌症的生成有关联。近期的研究发现人血清中稳定存在一定水平的miRNA,并且血清miRNA表达谱的变化与多种肿瘤的发生、发展具有明确的相关性,说明血清miRNA可以作为肿瘤临床诊断和预后评估的分子标志物。因此,特定的血清miRNA表达谱可以构成识别癌症与其他疾病的"指纹",为癌症及其他疾病的诊断提供一种新的非侵入性的检测方法,同时,该技术还可用于肿瘤分类、预后判断、手术疗效监测及疾病复发预测等领域,并可能带来未来临床医学上的变革。     

植物中的一种内源小RNA——ta-siRNA

随着对miRNA和siRNA研究的逐步深入,越来越多的新型小RNA被科学家们所认识和了解。内源ta-siRNA是新近在植物中发现的依赖于miRNA、长度为21个碱基的小RNA,对植物的生长发育过程具有重要的表达调控功能。ta-siRNA的产生需要miRNA的剪切引发,之后通过siRNA途径形成,但产生的ta-siRNA生物学功能上不同于其他siRNA,其作用机制类似于miRNA。文章通过综述ta-siRNA的一些研究进展,对ta-siRNA的形成机制和功能进行简单介绍。     

基于RNA-seq的无量山乌骨鸡(Gallus gallus)肝脏脂代谢相关miRNAs的筛选

为研究无量山乌骨鸡(Gallus gallus)肝组织脂代谢相关miRNA (microRNA)在不同发育阶段的表达特征,本研究采集出壳当日(D1)和168日龄(D168)母鸡肝组织样品作为试验材料,利用DNBSEQ平台进行测序,采用DEGseq筛选差异表达的miRNA及其靶基因,随机选取9个差异表达miRNA进行RT-qPCR验证,KEGG通路分类筛选出脂代谢相关miRNA并进行聚类分析,预测脂代谢相关miRNA靶基因并进行GO和KEGG通路功能富集,构建脂代谢相关miRNA和靶基因关联网络。分析结果表明,筛选出106个差异表达miRNAs,包括54个上调miRNA和52个下调miRNA;聚类得到41个脂代谢相关的miRNAs;预测到38个靶基因,对靶基因的功能注释确定主要富集于甘油磷脂代谢、脂肪酸代谢和鞘脂代谢等脂质代谢相关通路,novel-gga-miR2311-5p-DGKZ、 novel-gga-miR2047-3p-ACACA、 novel-gga-miR866-3p-DGKH是脂代谢相关候选miRNA-mRNA关系对。研究提示无量山乌骨鸡肝组织miRNA在不同发育阶段的表...     

miR-252-5p通过靶向调控保幼激素酸甲基转移酶基因JHAMT的表达而影响果蝇变态发育

【目的】保幼激素酸甲基转移酶(juvenile hormone acid methyl transferase, JHAMT)是保幼激素(juvenile hormone, JH)合成通路中的关键限速酶。本研究旨在筛选并验证靶向调控黑腹果蝇Drosophila melanogaster JHAMT转录表达的miRNA,揭示miRNA在JH生物合成中的作用机理。【方法】首先通过miRanda, TargetScan和microT-CDS在线网站对靶向黑腹果蝇JHAMT的miRNA进行预测,取3个网站均能预测到的miRNA作为候选靶向JHAMT的miRNA;利用双荧光素酶系统对候选miRNA与JHAMT的靶向关系进行验证;qRT-PCR检测候选miRNA与JHAMT在黑腹果蝇生长发育中的表达模式;利用qRT-PCR和果蝇GAL4-UAS系统分别检测黑腹果蝇咽侧体中超表达miRNA对JHAMT的表达以及对黑腹果蝇变态发育的影响。【结果】 miRanda, TargetScan和microT-CDS分别预测到5, 18和16个靶向JHAMT的miRNA,共同预测到4个miRNA,分别是miR-252-5p, miR-277-3p, miR-1002-5p和miR-987-5p。双荧光素酶检测结果表明,miR-252-5p mimics可显著降低野生型JHAMT 3′UTR荧光素酶报告基因载体所表达的荧光素酶活性,而JHAMT 3′UTR区中miR-252-5p结合位点突变后,该抑制作用被解除。qRT-PCR检测结果表明,miR-252-5p与JHAMT在黑腹果蝇卵、幼虫及预蛹期的转录表达模式相反。咽侧体中超表达miR-252后,可显著降低JHAMT和JH初级反应基因Kr-h1的表达水平;且表现出类似JH缺失的表型,如化蛹时间推迟、体重变轻以及蛹期死亡增加。【结论】miR-252-5p可通过靶向作用于JHAMT参与JH生物合成调控,从而影响果蝇变态发育。     

miR-424对雌激素受体α表达的抑制作用

目的:筛选能够抑制在乳腺癌发生中起关键作用的雌激素受体α(ERα)表达的microRNA(miRNA)分子,并在ERα阳性的乳腺癌细胞株中初步检测其生物学功能。方法:在ERα阳性的乳腺癌细胞ZR75-1中转染多种miRNA的表达载体,Western印迹检测ERα的表达水平,找到可以抑制ERα表达的miRNA分子;将该miRNA的表达载体转染ZR75-1后,在雌激素E2的作用下,检测该miRNA分子对细胞生长的影响。结果:经过筛选,得到能够抑制ERα表达的miRNA分子miR-424;生长曲线结果显示,miR-424能够在不依赖于E2的情况下阻抑ZR75-1的生长。结论:该研究为进一步研究miR-424在ERα信号通路中的生物学功能及研究乳腺癌的发生发展机制奠定了基础。     

microRNA多态性与肿瘤发生和药物反应相关

microRNA(miRNA)是进化保守的、非编码单链小RNA,长度约为18-25个核苷酸.作为基因表达的微观管理者,miRNA通过结合在mRNA的3′-UTR抑制翻译过程或使其降解.miRNA多态性是指一类能够干扰miRNA功能的新多态性或单核苷酸的多态性.这种多态性不仅出现在pri-miRNA、pre-miRNA和成熟的miRNA序列中;也可以出现在靶基因3′-UTR;还可以呈现在miRNA基因表观遗传学的改变.miRNA多态性可能导致疾病的产生,也可以判断临床用药疗效及预后监测.目前miRNA多态性正在作为疾病（尤其是肿瘤）生物学研究的强有力工具,而且已应用于疾病的诊断和预后.     

microRNA——新的髓系白血病致病因子及临床标物

微RNA(MicroRNA,miRNA)是一类长18～25 nt的非编码RNA,主要通过与靶基因mRNA3'UTR上的互补区域结合后在转录后水平(RNA切割或翻译抑制)负性调控靶基因的表达.现已发现,miRNA参与了多种正常细胞过程以及肿瘤发生的调控.miRNA也在造血链系分化和相关白血病中发挥重要作用.急性髓系白血病...     

利用TCGA数据库构建肾透明细胞癌相关miRNA预后模型

利用TCGA数据库中肾透明细胞癌的miRNA与mRNA数据及临床信息,构建由miRNA组成的预后风险评分模型,并筛选与生存预后相关的miRNA-mRNA调控关系对,为研究提供理论依据。下载并整理TCGA[JP+1]数据库中肾透明细胞癌的miRNA与mRNA数据;对数据进行差异分析,将差异表达的miRNA与临床信息进行合并,利用单因素与多因素Cox回归分析,构建预后模型并进行模型评价;对模型中的miRNA进行靶基因预测,结果与差异表达的mRNA进行取交集,构建miRNA-mRNA调控网络;对网络中的mRNA进行生存分析,筛选生存相关的miRNA-mRNA调控关系对。共得到49个差异表达的miRNA与3 613个差异表达的mRNA;预后模型计算公式为:风险值(risk score)=hsa-miR-21-5p表达量×0.603＋hsa-miR-1251-5p表达量×-0.093;调控网络中共纳入31个miRNA-mRNA调控关系对;对mRNA进行生存分析,共得到7个有价值的关系对。所构建预后模型可有效预测肾透明细胞癌患者生存预后情况,筛选到的miRNA-mRNA调控关系对可为相关研究与治疗提供参考。     

干燥综合征合并特发性肺纤维化miRNA表达谱的变化及生物标志物的研究*

目的: 探究干燥综合征合并特发性肺纤维化患者血清中miRNA表达谱之间的差异关系。方法: 选择在云南省第一人民医院确诊为干燥综合征的3例患者作为对照组,平均年龄为(55.67±4.78) 岁,病程为(10.67±1.70)月;3例干燥综合征合并特发性肺纤维化患者作为观察组,平均年龄为(57.67±3.68) 岁,病程为(11.00±2.45) 月;6例患者均为女性。两组基本资料没有差异(P＞0.05)。利用芯片检测两组患者血清中miRNA表达谱的差异。通过GO富集分析,筛选出13个免疫细胞功能相关的聚类;表达差异明显的基因集中于免疫调节的信号通路。采用qRT-PCR验证其中5个表达有差异的miRNA。结果: 芯片检测结果共筛选出差异表达基因13个,其中6个miRNA上调:hsa-miR-6740-5p,hsa-miR-4507,hsa-miR-6775-5p,hsa-miR-4281,hsa-miR-4459,hsa-miR-6089,7个miRNA下调:hsa-miR-6873-3p,hsa-miR-4290,hsa-miR-6858-3p,hsa-miR-574-3p,hsa-miR-92b-3p,hsa-miR-3151-3p,hsa-miR-6886-3p。qRT-PCR结果验证了5个最明显的差异miRNA,结果和芯片趋势一致,差异显著,具有统计学意义。结论: 干燥综合征与干燥综合征合并特发性肺纤维化血清中miRNA表达存在差异,其中miR-6886-3p,miR-6873-3p,miR-574-3p,miR-6740-5p和miR-4507特异性和敏感度较高,可能作为干燥综合征特发性肺纤维化区别于原发性干燥综合征的生物标志物。     

miR-769-3p 对甲型 H1N1流感病毒核蛋白表达的调控

目的:预测靶向甲型流感病毒核蛋白(NP)基的微小 RNA(miRNA),并检测其对 NP 表达的影响.方法:从miRBase 数据库中获取人成熟 miRNA 序列,利用 miRanda 软件预测潜在靶向流感病毒 A/FM/1/47(H1N1) NP 基的人 miRNA;通过双萤光素酶报告基系统及 Western 印迹验证所预测的 miRNA 对 NP 表达的影响.结果:用 miRanda软件在流感病毒 A/FM/1/47(H1N1) NP 基上预测得到分值及最小结合自由能均较好的 miR-769-3p;双萤光素酶报告基结果显示 miR-769-3p 能显著降低报告基载体萤光素酶的表达;Western 印迹结果显示 miR-769-3p 能明显抑制 NP 的表达,但突变 NP 基上的 miR-769-3p 结合位点后,miR-769-3p 不能抑制 NP 的表达.结论:miR-769-3p 可靶向流感病毒 A/FM/1/47(H1N1) NP 基并抑制 NP 的表达,为抗甲型流感病毒的 miRNA 药物研发提供了据和潜在药物靶标.     

大鼠肝纤维化相关microRNA及其候选靶基因的筛选

microRNAs (miRNAs)是一类功能性非编码RNA,在多种生物过程中具有重要作用.然而,miRNA的表达模式、调控网络以及参与肝纤维化的miRNA仍有待阐明.为了探讨与肝纤维化相关的miRNA及其靶基因的功能,为临床肝纤维化治疗提供理论依据,本研究前期已采用胆管结扎法(BDL)建立大鼠胆汁淤积性肝纤维化模型.从大鼠肝脏中提取总RNA,应用基因芯片技术对胆汁淤积性肝纤维化肝组织中miRNA和mRNA表达谱进行综合分析;结合生物信息方法分析在胆汁淤积性肝纤维化中差异表达miRNA可能的靶基因;实时荧光定量PCR技术检测TGF-β1处理人肝星状细胞LX-2细胞中miR-29a-3p、miR-194-5p和miR-22-3p相对表达水平.结果 表明,与正常肝组织相比,纤维化肝组织中有48个差异表达miRNA (FC＞2,P＜0.05),其中36个上调,12个下调;筛选出18个预测靶基因参与与纤维化相关的生物过程;TGF-β1处理LX-2细胞中miR-29a-3p、miR-194-5p和miR-22-3p相对表达水平显著下调(P＜0.05).本研究筛选的差异表达miRNAs通过调节靶基因的表达在肝纤维化中可能发挥重要作用,将为miRNA在肝纤维化中的作用提供新的见解.     

人卵巢癌OVCAR3细胞FOXM1相关差异miRNA表达谱分析鉴定

为探究人卵巢癌OVCAR3细胞FOXM1基因敲减前后miRNA表达差异,并建立FOXM1相关miRNA差异表达谱,我们应用感染复数为20的靶向FOXM1 shRNA慢病毒颗粒及阴性对照慢病毒感染人卵巢癌OVCAR3细胞96 h,此后提取并鉴定细胞总RNA,纯化分离miRNA,应用高通量miRNA芯片技术分析2组miRNA的表达差异,并对5倍以上差异表达的miRNA进行RT-PCR验证。通过实验我们共发现34个miRNA发生表达变化,其中上调超过5倍的miRNA 4个:miR-327、miR-505、miR-1297、miR-122;下调超过5倍3个:miR-21、miR-409-3p、miR-200a,其中miR-122、miR-1297、miR-21、miR-200a等4个miRNA经RT-PCR验证为真实差异表达。这表明我们成功建立人卵巢癌OVCAR3细胞FOXM1相关miRNA差异表达谱,所筛选出的差异表达miRNA可能与FOXM1具有密切调控关系。     

miRNA调控恶性黑色素瘤细胞上皮-间充质转化的分子网络及机制

黑色素瘤是一种极易发生转移的恶性皮肤肿瘤,具有高度的致死性。上皮-间充质细胞转化(Epithelial-mesenchymal transition, EMT)在胚胎发育过程中起到非常重要的作用,同时在肿瘤的发生和恶化过程中也扮演着重要的角色。miRNA具有广谱的调节能力,对于肿瘤发生和EMT形成都能产生不同程度的影响。本文整合黑色素瘤细胞系转录组和miRNA组测序数据,在转录组数据中筛选得到参与肿瘤EMT过程的基因,通过Mirsystem软件预测并从miRNA组数据中筛选出与之负相关的11个miRNA,包括miR-130a-3p、miR-130b-3p、miR-125a-5p、miR-30a-3p、miR-195-5p、miR-345-5p、miR-509-3-5p、miR-374a-5p、miR-509-5p、miR-148a-3p和miR-330-3p。经过生物信息学分析miRNA靶基因富集的分子网络和信号途径,发现了两个与细胞发育和细胞间相互作用密切相关的网络,以及多个参与调控EMT过程的信号通路。对11个miRNA进行分子生物学验证,发现miR-195-5p、miR-130a-3p、miR-509-5p和miR-509-3-5p共4个可以调节重要肿瘤基因的miRNA。本研究运用mRNA和miRNA两种转录组的测序数据筛选EMT相关miRNA的方法,为肿瘤多组学数据整合分析提供了新的研究思路,并以期能为肿瘤精准基因组学的发展发挥重要的推进作用。     

基于纳米孔通道检测microRNAs对乳腺癌辅助诊断的研究

乳腺癌的发生、发展与miRNA 31、miRNA 195、miRNA 892b等的异常表达明显相关。因此,miRNA 31、miRNA 195、miRNA 892b可作为乳腺癌的生物标志物及治疗预后指标。本文研究了一种对乳腺癌早期检测的新方法:设计探针(probe)并使用α-溶血素(αHL)纳米孔道单分子检测方法检测乳腺癌miRNAs。DNA探针与miRNA的中间序列完全匹配,特异性识别目标miRNA。miRNA·probe复合物分子穿过纳米孔道时,由于probe序列不同导致复合物分子与αHL相互作用不同,以至于miRNA 31·probe 31、miRNA 195·probe 195、miRNA 892b·probe 892b有不同形状和不同堵塞时间特征信号,可以有效区分该三种miRNAs。因此,未来有望实现乳腺癌的早期检测。     

大鼠运动性肌损伤特征microRNA表达及其膜损伤调控靶点的预测

本文旨在筛选大鼠运动性肌损伤(exercise-induced muscle damage,EIMD)的特征microRNA(miRNA),并预测分析特征miRNA调控膜损伤的靶点。将24只健康雄性Sprague-Dawley(SD)大鼠平均分为安静对照(C)组、运动后24 h(E24)组、运动后48 h(E48)组,采取一次间歇性离心运动(-16°下坡跑台跑)复制EIMD模型,用伊文氏蓝荧光染色法鉴定EIMD特征,用基因芯片进行差异性miRNA筛选,用RT-q PCR验证芯片检测结果后获得EIMD差异性miRNA表达谱,RT-qPCR检测EIMD膜损伤相关特征蛋白和相关通路核心分子的m RNA表达水平并预测特征miRNA的靶基因。本研究筛选出并验证了2条EIMD特征miRNA:miR-206-3p和miR-139-3p。骨架蛋白dystrophin(r=-0.68)、utrophin(r=-0.64)和MAPK信号通路核心分子JNK(r=-0.62)、ERK1(r=-0.68)均与miR206-3p呈中度负相关(P0.001),而均与miR-139-3p无显著相关。以上研究结果提示,EIMD可诱导成年大鼠腓肠肌miRNA表达谱明显改变,miR-206-3p和miR-139-3p是EIMD特征miRNA,miR-206-3p可能通过调控骨架蛋白dystrophin、utrophin和MAPK信号通路分子JNK、ERK1调控膜损伤。     

植物miRNA作用方式的分子机制研究进展

miRNA是一类真核生物中广泛存在的约20-24个核苷酸长度的内源单链非编码RNA分子。植物miRNA通过剪切mRNA或抑制翻译负调控基因表达,在细胞增殖分化、个体生长发育和抵御逆境胁迫等生理过程中发挥重要作用。自2002年首次发现植物miRNA以来,miRNA迅速成为植物分子生物学领域的研究热点,数十年的研究已经使植物miRNA生物发生、降解、调控植物生长发育等机制及作用得到了清晰的阐述;但是对植物miRNA作用机制的认知仍然处于初级阶段,尤其是miRNA介导翻译抑制的分子机制仍有待挖掘。概述了植物miRNA介导的m RNA剪切和翻译抑制的研究历史和最新进展,探讨了两种机制的影响因素和相互关系,并提出了未来的研究方向和思路,以期为深入了解植物mi RNA的作用机制及促进miRNA的基础研究和实际应用提供理论依据。     

通过miRNA基因表达谱的基因共表达网络构建对星形细胞瘤的基因靶标进行预测

星形细胞瘤为浸润性生长肿瘤,生长缓慢,多为隐形症状,难以早期发现。多数肿瘤切除后有复发可能,且复发后肿瘤可演变成间变性星形细胞瘤或多形性胶质母细胞瘤。因此寻找其生物标志物早期诊断,并研究新的治疗方法就十分重要。方法:通过选用GEO数据库的星形细胞瘤miRNA表达谱数据,进行差异分析以及靶基因预测,通过2者共表达网络的构建对筛选出的miRNA的研究价值进行探讨。结果:得出hsa-miR-29b-2-5p;hsa-miR-339-5p与hsa-miR-362-3p3个较为关键的miRNA及与3者关系密切的8个mRNA。结论:通过对8个mRNA在癌症中的作用的讨论,肯定了这3个关键miRNA作为潜在靶点的研究价值。