微生物转录组学技术研究进展

随着分子生物技术的不断进步,转录组学技术已广泛应用于生物基因表达水平的研究。近年来,针对微生物转录组学的研究技术也在不断发展。在基因层面上,由片段RNA与微生物样本进行互补验证,发展到直接对全长RNA进行测序得到序列信息;在空间上,由传统群体转录组发展到空间、单细胞以及表观等层面的研究。随着转录组学技术在微生物研究领域中的应用,相应的缺陷也逐渐显现并不断被完善。本文主要是对微生物研究方面传统的和新型的转录组学技术进行了总结归纳,为微生物转录组学研究提供参考。     

基于新一代测序技术的昆虫转录组学研究进展

新一代测序技术具有快速、 高通量和低成本的特点, 为“组学”研究带来了新方法、 新方案, 正在深刻地改变着当前生物学的研究模式。近年来, 新一代测序技术极大促进了昆虫特别是无参考基因组信息昆虫的转录组学研究。自2008年至今, 采用新一代测序技术已对7个目的68种昆虫进行了转录组测序, 其中由我国学者完成了6个目的22种昆虫的转录组测序。目前, 昆虫转录组学研究主要集中在基因挖掘、 分子标记开发、 基因表达分析等方面, 为全面揭示昆虫生命活动中相关基因功能、 系统发生与进化以及昆虫与其他生物相互作用等奠定了基础。本文总结了当前昆虫转录组学研究的已有成果, 分析了其今后的发展趋势, 讨论了采用新一代测序技术开展昆虫转录组学研究中存在的诸如研究对象相对局限、 测序准确性不够高等不足, 并指出开展昆虫转录组学研究时需充分思考所要回答的科学问题, 选择合适的研究策略, 评估性价比, 以及开发转录组信息高效利用的方法等。作者建议未来的研究方向侧重于： （1）大规模开展基于新一代测序技术的昆虫转录组学研究, 特别是对其他目以及独特生态环境中的代表性昆虫应予以重点关注; （2）开发昆虫转录组数据存储及分析的软硬件; （3）合理利用新一代测序技术研究昆虫转录组并充分挖掘已测昆虫转录组中的遗传信息。     

刀鲚嗅觉受体基因MOR-51I2克隆、序列分析及组织表达

为研究刀鲚的嗅觉受体（Olfactory receptor,OR）是否参与其生殖洄游过程,利用基因组步移技术,从洄游型刀鲚（Coilia nasus）中克隆出嗅觉受体基因MOR-51I2的基因序列全长。该基因为单外显子结构,编码区长为999 bp。在3'UTR区域具有一段微卫星序列,以（AC）n为重复单位,并夹有若干T或G碱基,且在不同生态型间具有明显长度差异。MOR-51I2基因所编码的蛋白具有7次疏水性α-螺旋的跨膜结构,为G-蛋白偶联受体。MOR-51I2基因与已报道的其他鱼类的OR基因所编码的氨基酸序列的同源性在51%以上,其中与大西洋鲱（Clupea harengus）的OR51I2-like基因的同源性高达83%。经qRT-PCR分析显示,在定居型刀鲚中,MOR-51I2基因主要在嗅囊和性腺中表达,在肝脏、鳃、肌肉微弱表达,在心脏和眼睛中几乎不表达。其中,雌性嗅囊中的表达量约是雄性嗅囊中的2倍,是精巢和卵巢中的80-100倍。在洄游型刀鲚中,该基因在雄性嗅囊的表达量约是雌性嗅囊中的6倍。MOR-51I2基因在洄游型刀鲚的雌性嗅囊中的表达量约是定居型刀鲚的雌性嗅囊中的1/5,而在洄游型刀鲚的雄性嗅囊中的表达量却是定居型刀鲚的雄性嗅囊中的3倍。这些结果表明,MOR-51I2基因不但参与刀鲚的嗅觉功能,而且可能参与了刀鲚的性腺发育及生殖洄游过程,同时也可能与其生态型的分化相关。     

基于表达及网络拓扑结构挖掘动脉粥样硬化风险疾病基因

基于功能基因组信息、网络拓扑结构信息整合分析方法,利用基因表达谱数据和蛋白质互作数据挖掘动脉粥样硬化(AS)风险疾病基因,为从基因组层面研究动脉粥样硬化提供了新的视角．经过差异表达分析,支持向量机(SVM)的机器学习方法双重筛选,可以鉴别出可信度水平较高的风险疾病基因,对于研究动脉粥样硬化疾病基因在网络中的拓扑性质,建立基因与疾病发生发展过程的联系,提供了新的思路．得到了巨噬细胞样本中59个风险疾病基因,泡沫细胞中61个风险疾病基因．这些风险基因与已知疾病基因共享大部分动脉粥样硬化病变相关生物学过程及信号通路．并应用到对其他复杂疾病致病机理的研究中．