基于18S rRNA基因序列分析唇口目苔藓动物主要类群的系统发生关系

对隶属于3亚目、5次目、20科、23属共25个种类的唇口目(裸唇纲)苔藓虫18S rRNA基因部分序列进行了序列测定.结合从GenBank中获得的该类群其它7个种类的18S rRNA基因同源序列,以序列分析软件对其序列组成和变异进行了比较分析;同时,以羽苔虫(被唇纲)和管孔苔虫(窄唇纲)为外类群,以邻接法和最大简约法重建了它们的系统发生树,分析了该目主要类群系统发生关系.序列分析结果显示:经比对后序列长度为884 bp,其中保守位点241个,可变位点643个,简约信息位点357个;A,T,C和G 4碱基平均含量分别为23.8%、22.8%、24.4%和28.9%.分子系统树表明:本研究所有有囊类构成1个单系群,其中檐胞次目的几种苔虫位于皮壳次目内部;无囊类形成1个多系群,其中的亚目级(新唇口亚目)和次目级分类阶元(枝室次目、假软壁次目和隐壁次目)也都为多系发生,这些结果与前人的分子系统学研究结果大体一致,而与传统的形态分类体系间存在明显的冲突.     

苔藓动物的起源与系统发生研究进展—形态学和分子生物学的证据

苔藓动物是后生动物中的一个重要类群。然而,和其它主要后生动物类群相比,长期以来对它的系统学研究却相对滞后。其起源,系统发生地位以及与其它后生物门类之间、其内部各高级分类群间的谱系发生关系一直存在争议。一般认为它是介于原口动物和后口动物之间的过渡类群。但是,近年来的分子系统学研究已经证实了它的原口归属。古生物学资料表明,虽然苔藓动物的大多数类群在奥陶纪已经分化出来,但它在寒武纪却缺乏任何化石记录。另外,苔藓动物起源的时间和方式、其内部各类群间的系统发生关系特别是现生类群和化石类群之间的关系等诸多问题的解决,还有待于大量的形态学和不同的分子数据的进一步积累,并结合其地层分布等各种相关资料进行综合研究。     

从12S rRNA基因片段序列研究20种蛇的系统发生关系

本文测定了中国产蛇亚目20种蛇约800bp的mtDNA 12S rDNA基因片段序列。所测序列与楔齿蜥的同源序列一起经Clustal X1.8软件比对,共有881个位点,其中变异位点有494个。以楔齿蜥为外群,用NJ法构建了4科20种蛇的进化关系树,对这20种蛇的系统发生关系作了初步探讨。研究结果表明：所研究的4个科20种蛇分成4个支系。第一个支系包括蟒科的东方沙蟒和蟒2种蛇;第二个支系为蝰科3种蛇,即草原蝰、尖吻蝮、竹叶青组成一个单系群;眼镜蛇科的眼镜蛇和银环蛇构成第三个支系;游蛇科的13种蛇构成了第四个支系,其中灰鼠蛇、乌梢蛇和赤链蛇组成一个支系,锦蛇属的7种蛇组成一个单系群,然后它们与前一支系相聚。剩下的颈槽蛇属两种聚类后与赤链华游蛇构成一个支系,并与游蛇科其它蛇组成姐妹群。第四支系首先与第三支系眼镜蛇科聚类,第二支系蝰科构成了三、四支系眼镜蛇科和游蛇科的姐妹群,第一支系蟒科在系统树的最基部,为四个科中较原始的类群。     

凤蝶亚科(凤蝶科,鳞翅目)16S rRNA基因的分子系统发生分析

对15种凤蝶亚科蝶类线粒体16S rRNA基因部分序列进行了测定,并结合GenBank中其它相关类群的序列,采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法构建凤蝶亚科的分子系统树,探讨该亚科各类群间的系统发生关系.结果表明,燕凤蝶族构成凤蝶亚科蝶类系统树基部的一个独立分支;燕凤蝶族和裳凤蝶族为单系发生,且裳凤蝶族聚在凤蝶族内部;喙凤蝶族的单系性尚不能确定.综合分子系统学、形态学及寄主植物等相关证据,推测斑凤蝶类为凤蝶族中早期分化的一支;较之裳凤蝶类,斑凤蝶类可能更早从二者最近的共同祖先中分化出来.     

双壳纲贝类18S rRNA基因序列变异及系统发生

双壳纲贝类栖息于环境多变的海域,是一个形态学和生态学都具有多样性的类群,清晰而可靠的进化关系对于养殖与相关种类的管理具重要意义。然而,目前对双壳类宏观分子系统学研究的报道较少。研究用18S rRNA基因(18S)分析了双壳类3个亚纲贝类的系统发育关系。从GenBank下载帘蛤目、海螂目、贻贝目、胡桃蛤目、蚶目、珍珠贝目6个目94个种类的18S全/部分序列107个,通过ClustalX软件进行序列比对, 用MEGA4.1软件和PHyML软件计算遗传距离, 构建系统发育树, 研究了双壳类18S变异规律及其在系统发生研究中的应用。结果显示18S有插入/缺失序列, 存在长度多态性。序列比对显示有5段约30 70bp的保守区, 4段约130 550bp的高变区。碱基组成平均为T:24.4%, C:23.6%, A:24.5%, G:27.5%。G+C含量为51.1%。在1796个比对位点中, 变异位点占31.7%, 简约信息位点占24.0%。目内科间遗传距离为0.003 0.043, 目间遗传距离为0.026 0.093。NJ树和ML树显示贻贝目、珍珠贝目、胡桃蛤目、蚶目和海螂目的缝栖蛤科先分别聚为支持率很高(BPN=94 100)的单系支, 后聚为一大支(BPN=100)。蛤蜊科与帘蛤目的其他科分离形成一置信度很高的单系支(BPN=93)。帘蛤科种类聚为置信度较低(BPN=60)的一支。海螂目、帘蛤目的种类没能完全聚到所属支系, 彼此嵌套,缝栖蛤科的种类从海螂目中分离出来。18S资料揭示帘蛤目的蛤蜊科、海螂目的缝栖蛤科已经进化为独立的支系。     

从12S rRNA和Cyt b基因部分序列研究13种猫科动物的分子系统关系

为探讨中国猫科动物(Felidae)的系统发生关系,本文对中国产13种猫科动物的12SrRNA基因(约371bp)和细胞色素b基因(Cytb)部分序列(约355bp)进行了分析,并采用“最大简约法”和“最大似然法”构建了分子系统树。结果表明:在Cytb基因序列中,有113个位点存在变异(约为总位点数的31.8%),高于12SrRNA基因序列的44个变异位点(约为总位点数的11.9%);构建的分子系统树显示,猞猁(Lynxlynx)可能是中国最早起源的猫科动物,与其它猫科动物之间的亲缘关系较远,支持将其立为猞猁属(Lynx)的观点;草原斑猫(Felislibyca)、丛林猫(Felischaus)、兔狲(Otocolobusmanul)和荒漠猫(Felisbieti)具有较近的亲缘关系,支持将兔狲划归于猫属(Felis)的观点;金猫(Caopumatemminckii)、云猫(Pardofelismarmorata)具有较近的亲缘关系,但它们与猫属物种之间的亲缘关系可能较远,不支持将它们划归于猫属;豹猫(Ponailurusribengalensis)、渔猫(Prionailurusviverrinus)具有较近的亲缘关系,支持将它们同归于豹猫属(Ponailurus);云豹(Neofelisnebulosa)、豹(Pantherapardus)、雪豹(Unciauncia)、虎(Pantheratigris)具有较近的亲缘关系,支持将它们同归于豹属(Panthera)的观点     

基于线粒体16S rRNA基因探讨鹿科动物系统发生关系

鹿类动物的系统演化关系一直存在争议,特别是獐亚科的设立与否.通过测定獐的线粒体16S rRNA基因,并从GenBank获得鹿类另外14种动物的线粒体16S rRNA基因全序列,以水牛和绵羊作双外群,构建系统进化树,探讨鹿类动物系统发生关系及獐亚科的有效性.结果分析表明:(1)支持鹿科分为鹿亚科、麂亚科、獐亚科和美洲鹿亚科,麝科成立;(2)獐亚科有效,支持獐与原属美洲鹿亚科狍共同组成獐亚科;(3)毛冠鹿的分类地位还有待进一步确定.     

从12S rRNA基因序列探讨中国10种壁虎的系统关系

对肌肉样品采用SDS／蛋白酶K裂解,酚－氯仿抽提和乙醇沉淀提取总DNA,用线粒体12SrDNA通用引物扩增,用银染测序和ABI Prism 310型遗传分析仪测定了Gekko japonicus,G.swinhonis,G.hokouensis,G.gecko,Cyrtopodion elongatus,C.russowi,Teratoscincus roborowskii,Hemidactylus bowringii.,H.frenatus和Gehyra mutilata 10种壁虎的线粒体12SrRNA基因片段的序列,对位排列后的序列长421bp,含201个变异位点,属间核苷酸变异范围为0．228－0．282,属内是0．005－0．263。重建的分子系统树将10种壁虎聚为三支：第1支是大壁虎和截趾虎,第2支由壁虎属其余的3个种构成一个单系;第三支由基余3个属的5个种组成,研究结果表明：截趾虎与壁虎属4物种亲缘关系较近;吐鲁番沙虎和弯脚虎属2物种,晰虎属2物种之间的亲缘关系较近,支持Russell(1976)关于弯脚虎属与晰虎属间进化关系的研究结果而不支持Kluge(1987)将沙虎属另立亚科的系统发生假说;铅山壁虎与无蹼壁虎最先聚为姐妹群,再与多疣壁相聚组成一个单系。     

苔藓动物主要类群28S rDNA多变区的分子形态分析及其系统学意义

测定了苔藓动物主要代表类群3种苔虫的28S rDNA全序列(3 459～3 613 bp),结合已公布的相关类群的28S rDNA全序列数据,分析了其一级结构特征,并分别绘制了D2、D3和D8区段的二级结构.比较分析结果显示:各类群的全序列总长均超过3 300 bp,GC含量为41.8%～57.7%;D3和D8区段的二级结构保守性较高,D2区差异显著;各区段的长度变化较大,但是,大多都具有相似的主干结构.基于二级结构多变区分子形态学特征的比较基本和基于一级结构的分子系统学结论相吻合,提示它们同样包含着重要的系统发育信息.     

基于12S rRNA基因的鹳形目系统发生关系

采用分子系统学的方法探讨鹳形目5个科之间的系统发生关系.文中测出鹳形目鸟类7种mtDNA 12SrRNA基因全序列,并结合来自Genbank的鹳形目另外7个物种及原鸡的同源区序列,经Clustal W软件对位排列后共1 009位点,包含405个变异位点,其中多态性位点381个,260个简约信息位点.基于上述序列数据,以原鸡为外群,使用距离邻接法、最大简约法、最大似然法及贝叶斯法分别重建了鹳形目5科14种的系统发生树.重建的系统发生树显示,内群中的14个种聚合为4支:鹮科构成第一支,聚在系统树的基部;锤头鹳科与鲸头鹳科聚为一支;鹭科和鹳科各自聚成一支.在比较不同建树方法的结果并进行合意树分析后认为:在鹳形目的系统发生中,鹮科可能是最早分化出的一支;锤头鹳科与鲸头鹳科之间的亲缘关系最近,它们祖先与鹭科、鹳科之间的分歧在时间上可能非常接近.鹳形目5个科之间的系统关系可以表示为:(鹮科,(鹭科,鹳科,(锤头鹳科,鲸头鹳科))).     

基于16S rRNA基因序列对织纹螺属的分子系统学分析

研究利用线粒体16S rRNA基因序列片段,对织纹螺属6亚属11种动物进行分子系统学分析。结果显示,种内遗传距离(0～0.007)与种间遗传距离(0.019～0.088)无重叠,这表明线粒体16S rRNA基因能较好地反映织纹螺种间的亲缘关系; 而亚属内遗传距离(0.018～0.031)与亚属间遗传距离(0.028～0.083)存在重叠,表明线粒体16S rRNA基因不能对一些贝壳形态相似的亚属进行区分。同时,确定了疑难种灰白织纹螺Nassarius(Zeuxis)canaliculatum的分类地位,并与相似种西格织纹螺N.(Z.)siquijorensis进行了对比; 确认了秀丽织纹螺Nassarius(Hima)festivus应属于Hima亚属;建议保留单型亚属Varicinassa的有效性。     

基于18S rRNA基因序列的直翅目主要类群系统发育关系研究

基于78种直翅目昆虫的18S rRNA基因全序列构建了直翅目各主要类群间的系统发育关系。本研究的结果支持直翅目的单系性,但不支持蝗亚目和螽亚目各自的单系性;直翅目下除蜢总科和蝗总科外各总科的划分多数与Otte系统相一致;蜢总科的单系性得不到支持;蝗总科的剑角蝗科、斑腿蝗科、斑翅蝗科、网翅蝗科和槌角蝗科5科均不是单系群,各物种间的遗传距离差异不大,应合并为一科,即蝗科;本研究支持将Otte系统中蚱总科和螽蟖总科下各亚科级阶元提升为科级阶元;18S rRNA基因全序列可以作为划分科级阶元的工具,当位于同一分支上互成姐妹群的类群间的遗传距离超过1%时,这几个类群属于不同的科;但由于其在进化上的保守性,18S rRNA基因只能用于纲目等高级阶元间关系的研究,而由其获得的总科以下阶元间的关系并不可靠。     

A PHYLOGENETIC STUDY OF THE CORALLINALES (RHODOPHYTA) BASED ON NUCLEAR SMALL-SUBUNIT rRNA GENE SEQUENCES

Conflicting classifications for the Corallinales were tested by analyzing partial sequences for the nuclear small-subunit ribosomal RNA (SSU) gene of 35 species of coralline algae. Parsimony and likelihood analyses of these data yielded congruent hypotheses that are inconsistent with classifications for the group that include as many as eight subfamilies. Four major clades are resolved within the order, including the early-diverging Sporolithaceae as well as the Melobesioideae and Corallinoideae. The fourth clade, which is supported robustly, includes both nongeniculate and geniculate species classified in the subfamilies Mastophoroideae, Metagoniolithoideae, Lithophylloideae, and Amphiroideae. Molecular and morphological data support the proposal that the latter two subfamilies are sister taxa. Although relationships among some genera are not resolved clearly, the order of branching of taxa among and within the four principal lineages is concordant with paleontological evidence for the group. Relationships inferred among genera within each of the clades is discussed. Seven morphological characters delimiting higher taxonomic groups within the order were combined with the sequence data, analyzed, and optimized onto the resulting tree(s). Except for the presence or absence of genicula, all other characters were found to be phylogenetically informative. Genicula are nonhomologous structures that evolved independently in the Amphiroideae, Corallinoideae, and Metagoniolithoideae. The phenetic practice of separating coralline algae into two categories solely on the basis of the presence or absence of genicula does not accurately reflect the evolutionary history of the group.     

介形纲丽足目和速足目及相关类群18S rDNA分子系统发育的研究

文中分析现生介形类 (Ostracoda) 4目 2 1科 2 9属的 18SrDNA部分序列 ,采用最大似然法 (ML)、邻接法 (NJ)和最大简约法 (MP) ,尝试构建介形类的分子系统树 ;结合介形类的形态特征和化石记录 ,主要对速足目(Podocopida)、丽足目 (Myodocopida)及其超科级分类阶元的系统发生关系进行探讨。 3种分析方法均支持形态学上Podocopida ,Myodocopida和海萤超科 (Cypridinacea)的界定 ;但对Podocopida目土菱介超科 (Bairdiacea)的系统地位提出质疑 ,该类群可能不是单系发生的自然类群。上述分析显示 ,Podocopida,Myodocopida,Platycopida和Halo cypridina组成一个单系群 ;介形类在目、超科、科和属的水平上可能发生过多次辐射分化     

基于16S rRNA基因序列探讨中国粉蛉科的系统发育关系

本研究测定了粉蛉科Coniopterygidae9属15种昆虫16SrRNA基因部分序列,对序列的碱基组成、转换/颠换比率、遗传距离、变异位点等进行分析。基于16SrRNA基因序列数据,分别采用邻接法（NJ）、最大简约法（MP）和最大相似法（ML）建立粉蛉科分子系统发育关系。研究结果表明：粉蛉亚科的粉蛉属Coniopteryx与重粉蛉属Semilalis是姊妹群,（虫齿）粉蛉属Conwentzia较前二者原始;囊粉蛉亚科的卷粉蛉属Helicoconis和隐粉蛉属Cryptoscenea的亲缘关系较近。曲粉蛉属Coniocompsa和异粉蛉属Heteroconis聚类在一起,但自展值较低。瑕粉蛉属Spiloconis和囊粉蛉属Aleuropteryx的位置在囊粉蛉亚科中不够稳定。     

PHYLOGENETIC RELATIONSHIPS OF THE FRESHWATER ALGA BOLDIA ERYTHROSIPHON (COMPSOPOGONALES, RHODOPHYTA) BASED ON 18S rRNA GENE SEQUENCES

The nuclear small-subunit ribosomal DNA sequence from the freshwater red alga Boldia erythrosiphon Herndon emend Howard et Parker was determined. Phylogenetic analysis confirms the positioning of this species within the bangiophycidean order of the Compsopogonales. The results strongly suggest that occupation of freshwater habitats by marine red algae has happened at least twice during red algal evolution.     

PHYLOGENY OF THE BATRACHOSPERMALES (RHODOPHYTA) INFERRED FROM rbcL AND 18S RIBOSOMAL DNA GENE SEQUENCES

The sequence data from the large subunit of ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase ( rbc L) gene and 18S ribosomal DNA (small subunit) of taxa in the freshwater rhodophyte order Batrachospermales were used to construct phylogenetic hypotheses. Taxa examined in this study represent four families, eight genera, and six sections of the genus Batrachospermum . In addition, Rhododraparnaldia oregonica Sheath, Whittick et Cole, was included in the analysis because it shares particular ultrastructural, reproductive, and morphological characteristics with members of the Batrachospermales and Acrochaetiales. The trees generated from each gene, as well as a combined data set, were largely congruent. Rhododraparnaldia consistently occurs on an early branch within the Acrochaetiales – Palmariales clade and does not appear to be a member of the Batrachospermales. In addition, Thorea violacea Bory de St. Vincent was not closely related to the other taxa of the Batrachospermales in all trees and hence the family Thoreaceae does not appear to be a natural grouping within this order. All other taxa analyzed, which are presently classified within this order, formed a monophyletic clade in most analyses. Psilosiphon scoparium Entwisle was not closely allied with the taxa of the Lemaneaceae, lending support to the newly proposed family Psilosiphonaceae. Sequence data from the remaining taxa of the Lemaneaceae support the concept of a derived monophyletic clade. The genus Batrachospermum appears to comprise many morphologically similar but distantly related taxa, which will need further investigation to resolve their taxonomic status. Tuomeya, Sirodotia and Nothocladus are retained at the generic level until further data are obtained.     

PHYLOGENYOF THE VLE-14 CHLAMYOMONAS (CHLOROPHYCEAE) GROUP: A STUDY OF 18S rRNA GENE SEQUENCES1

Comparative specificity of sporangial wall autolysins (i.e. vegetative lytic enzymes [VLE]) derived from sporulating cultures has been used to group Chlamydomonas taxa into 15 different VLE types. The VLE-14 group, including isolates of C. geitleri, C. noctigama, C. monoica, C. pinicola, C. terricoia, and C. hindakii, is one of the largest of these VLE groups. Genetic studies have shown that a number of the VLE-14 taxa are interfertile, albeit with little or reduced viability of progeny. A reevaluation of the VLE-14 group suggested that all members should be regarded as distinct isolates of C. noctigama. The present investigation tests the phylogenetic implications of the VLE evidence and examines the validity of the taxonomic reevaluation in a phylogenetic context by analysis of 18S rRNA gene sequence data. Results from analyses of the sequence data are consistent with an interpretation of the VLE evidence as indicative of monophyletic taxa. Phylogenetic analyses of the sequence data are also consistent with the taxonomic reevaluation and reidentification of the group. However, at least some of the VLE-14 isolates studied in this investigation fit criteria for distinct biologic or phylogenetic species. It is concluded that the VLE-14 taxa represent a very closely allied group that includes some isolates that are in the early stages of speciation ly reproductive isolation.     

基于18S rRNA基因部分序列探讨四种蛙类多盘科吸虫分类地位

分析了寄生于蛙类膀胱的4种多盘虫科Polystomatidae吸虫:石林双睾吸虫Diplorchis shilinensis、锯腿树蛙多盘吸虫Polystoma carvirostris和分别寄生于昭觉林蛙Rana chaochiaoensis、华西雨蛙Hyla a.annectans的2未定种的分类地位,并利用18S rRNA基因部分序列进行了系统发育重建.结果表明:4种多盘科吸虫为多盘虫属Polystoma和双睾虫属Diplorchis的4个分类单元,其中2未定种为多盘虫属未记录种;肠管、生殖系统、后吸器、大钩和生殖棘等为多盘虫属属内种定种的可靠性状.基于18S rRNA基因序列,4种多盘科吸虫呈现以下进化关系:1)寄生于昭觉林蛙和华西雨蛙的多盘虫属2未定种进入欧非混合进化支;2)锯腿树蛙多盘吸虫位于多盘虫属进化支的最基部;3)石林双睾吸虫进入澳洲进化支.