冬虫夏草(Cordyceps sinensis)的随机扩增多态DNA及其遗传分化

本文对来自青藏高原3个区域5个具有代表性地方的13个冬虫夏草(Cordyceps sinensis[Berk.] Sacc.)样本进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析。19个随机引物获得的RAPD谱带清晰并呈现多态,单个引物获得的RAPD片段数在3～10个之间。该19个引物在每个样本中扩增的RAPD片段总数平均约为65个。基于遗传距离分析,受试的13个冬虫夏草样本中,来自同一地方的样本间遗传差异甚微,同一区域不同地方的样本间遗传差异较大,不同区域的样本间遗传差异最大。这说明冬虫夏草地理群体间存在着遗传分化。应用UPGMA和NJ方法构建的分子系统树显示,来自5个地方的冬虫夏草实际上可以归并为显著不同的3个组,对应于样本来源的3个区域,提示RAPD标记在冬虫夏草群体中有显著的地区特异性。我们的结果还表明,冬虫夏草地理群体间的遗传差异度与地理距离呈正相关。因此,RAPD作为有效的遗传标记,可用于研究冬虫夏草的遗传多样性、起源以及系统演化等。     

云南微小按蚊随机扩增多态DNA及遗传分化关系

微小按蚊是东南亚及我国南方山区重要优传疟媒介。对来自云南昭通,景洪,元阳,潞西和镇康等５个地区的２５只雌按蚊,及４只雄按蚊进行随机扩增多态ＤＮＡ分析。从使用的２０个随机引物中,选择其中扩增谱带清晰的１２个引物进行分析。     

滇西北地区冬虫夏草和阔孢虫草的遗传分化研究

应用随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）技术对来自云南西北部高黎贡山和丽江玉龙雪山的６个冬虫夏草Ｃｏｒｄｙｃｅｐｓ ｓｉｎｅｎｓｉｓ（Ｂｅｒｋ．）Ｓａｃｃ．,来自德钦地区三个地方的８个阔孢虫草Ｃ．ｃｒａｓｓｉｓｐｏｒａ Ｚａｎｇ,Ｙａｎｇ ｅｔ Ｌｉ以及来自云南昆明的一个蛹虫草Ｃ．ｍｉｌｉｔａｒｉｓ （Ｖｕｉｌｌ）Ｆｒ．进行分析。１８个随机引物获得的ＲＡＰＤ谱带清晰并呈现多态。遗传距离分析表明,冬虫夏     

中国貉随机扩增多态DNA及其亚种分化关系

对来自陕西、云南、越南、安徽和广西等地的８只中国貉（Ｎｙｃｔｅｒｅｕｔｅｓｐｒｏｃｙｏｎｉｄｅｓ）进行随机扩增多态ＤＮＡ分析。应用２８个１０ｂｐ的随机引物,平均每只貉获得的ＲＡＰＤ标记数约为１３０条。遗传距离计算结果显示,中国貉个体间的平均遗传距离指数值为１１．２０％,最大值为１４．９３％,最小值为２．９４％。以赤狐（Ｖｕｌｐｅｓｖｕｌｐｅｓ）为外群,应用ＰＨＹＬＩＰ３．０计算软件包中的ＵＰＧＭＡ和ＮＪ聚类方法构建分子系统树。结果表明,不同地理群体间的中国貉存在遗传分化;中国貉可分为４组：（１）广西貉,（２）安徽貉,（３）陕西貉,（４）云南貉和越南貉。其中安徽貉和广西貉间的关系稍近,陕西貉则与云南貉－越南貉稍近。对合中国貉的形态分类、地理分布、ｍｔＤＮＡ多态分析以及进化遗传学的观点,认为陕西貉、广西貉和安徽貉可能与云南貉－越南貉具有等同的分类地位。     

滇西北地区冬虫夏草和阔孢虫草的遗传分化研究

应用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对来自云南西北部高黎贡山和丽江玉龙雪山的6个冬虫夏草Cordycepssinensis（Berk．）Sacc．,来自德钦地区三个地方的8个阔孢虫草C.crassisporaZang,YangetLi以及来自云南昆明的一个蛹虫草C.militaris（Vuill）Fr．进行分析。18个随机引物获得的RAPD谱带清晰并呈现多态。遗传距离分析表明,冬虫夏草／阔孢虫草与蛹虫草之间存在显著的遗传差异。冬虫夏草与阔孢虫草之间的遗传差异较为明显。在同种虫草个体中,来自同一地方的样本间遗传差异较小,不同地方的样本间遗传差异较大。说明云南虫草的不同地理群体间存在遗传分化。应用UPGMA和NJ法构建的分子系统树将来自不同地方的冬虫夏草及阔孢虫草分别聚在一起,提示RAPD标记在虫草群体中有显著的地区特异性。RAPD作为有效的遗传标记,可在分子水平上研究虫草属的遗传分化、起源和系统演化等。     

滇金丝猴的随机扩增多态DNA与遗传多样性分析

对6只笼养滇金丝猴(Rhinopithecus bieti)进行了随机扩增多态DNA(RAPD)及遗传多样性分析.用45个10bp随机短引物对每只滇金丝猴的基因组DNA进行了扩增,平均每个个体观察到的RAPD标记约为130个左右,单个引物获得的标记在1～7个之间.80%的RAPD标记表现为无多态的单型性.个体间的遗传距离为0.052,表明笼养滇金丝猴群体的遗传多样性很低.此研究结果与在蛋白多态研究中得到的一致.贫乏的遗传多样性一方面使目前处于濒危境地的滇金丝猴生存情况更加危险,同时其本身也可能是造成目前滇金丝猴濒危的原因之一.另外,通过成对的遗传距离分析,构建了这一群滇金丝猴的谱系关系图,提出了让遗传距离较远的个体间进行交配的笼养繁育计划.     

滇西北地区冬虫夏草和阔孢虫草的遗传分化研究*

应用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对来自云南西北部高黎贡山和丽江玉龙雪山的6个冬虫夏草Cordycepssinensis（Berk．）Sacc．,来自德钦地区三个地方的8个阔孢虫草C.crassisporaZang,YangetLi以及来自云南昆明的一个蛹虫草C.militaris（Vuill）Fr．进行分析。18个随机引物获得的RAPD谱带清晰并呈现多态。遗传距离分析表明,冬虫夏草／阔孢虫草与蛹虫草之间存在显著的遗传差异。冬虫夏草与阔孢虫草之间的遗传差异较为明显。在同种虫草个体中,来自同一地方的样本间遗传差异较小,不同地方的样本间遗传差异较大。说明云南虫草的不同地理群体间存在遗传分化。应用UPGMA和NJ法构建的分子系统树将来自不同地方的冬虫夏草及阔孢虫草分别聚在一起,提示RAPD标记在虫草群体中有显著的地区特异性。RAPD作为有效的遗传标记,可在分子水平上研究虫草属的遗传分化、起源和系统演化等。     

甘肃省冬虫夏草遗传多样性的ISSR分析

对采自甘肃省3个冬虫夏草主产区域6个具有代表性地方的18个样本进行ISSR分析。15条ISSR引物共扩增得到条带清晰并呈多态性的95条谱带,每一引物扩增获得的ISSR条带数在3－9条之间,扩增片段集中在300－3,000bp。基于遗传相似性系数（GS）、不加权成对群算术平均法（UPGMA）构建的系统树分析,可以看出：分离自同一株虫草上不同部位的样本无显著遗传差异;同一地点样本间的遗传分化较小;不同地域的样本间存在着较大的遗传分化,遗传多样性较丰富。同时6个地方的冬虫夏草明显地分为3个区域,而在同一区域不同     

白鲢和鳙鱼的随机扩增多态DNA分析

根据鱼类外周血细胞都有核的特点,采用从冷冻和低渗双重处理分离的细胞核提取基因组DNA.以此法获得的白鲢和鳙鱼的基因组DNA为模板,和Operon公司生产的OPN和OPM两个组共40个随机引物,对这两种鱼进行了随机扩增多态DNA(RAPD)分析;确定了对这两种鱼基因组相关区域可进行随机PCR扩增的有效引物,特别是哪些可产生种群内或群体的RAPD遗传标记,即可产生个体特异性和群体特异性RAPD带谱的引物.讨论了RAPD遗传分子标记在鱼类遗传,特别是遗传多样性研究,和鱼类种质资源评估和管理中的应用前景问题.     

赣中南花猪随机扩增多态DNA与群体遗传关系的研究

用RAPD技术检测了泰和冠朝猪、永丰藤田花猪、瑞金三花猪、兴国茶园猪、上犹花猪、万安花猪、乐安花猪等7个赣中南花猪地方类群基因组混合DNA的多态性,经80个随机引物扩增筛选,16个引物产生了共44个多态标记。遗传距离指数计算结果显示：泰和冠朝猪和瑞金三花猪亲缘关系最近,而兴国茶园猪与乐安花猪遗传距离最远。各类群的UPMGA和NJ聚类分析结果与采用生化、免疫和细胞遗传标记分析的结论不尽相同,在此基础上,结合现行分类方法,认为各受试猪群可暂时归并为赣中南花猪类型,但对泰和冠朝猪和万安花猪的品种归属性应作进一步分析。 Abstract: Random amplified polymorphic DNAs (RAPDs) were used to investigate bulked genomic DNA polymorphism of seven pig populations including Taihe Guanchao,Yongfeng Tengtian Spotted,Ruijin Spotted,Xingguo Chayuan,Shangyou Spotted,Wanan Spotted,and Lean Spotted pig.Eighty random primers were screened,of them,16 primers generated polymorphic markers with total number of 44.The genetic distance index matrix indicated that the genetic relationship between Taihe Gaunchao and Ruijin Spotted pig population was the closest,while that between Xingguo Chayuan and Laan Spotted pig population was the farthest.Our molecular phylogenetic trees constructed by UPMGA and NJ methods were in general consistent with that based on biochemical,immunogenetic and cellular genetic markers except for differences in some populations.It was inferred from this study that all pig populations examined could be temporary classified into one breed,however,the population genetic character of Taihe Guanchao and Wanan Spotted pig populations should be further evaluated.     

随机扩增多态DNA影响因素的研究

随机拉多态ＤＮＡ分析受诸多因素的影响,我们发现不同厂家制造的ＰＣＲ扩增仪,不同厂家出品的ＴａｑＤＮＡ聚合酶和ＰＣＲ缓冲液,ＲＡＰＤ反应体系中的引物浓度,Ｍｇ＾２＋浓度,ｄＮＴＰ浓度,ＢＳＡ和明胶,以及模板ＤＮＡ的量等均可能对ＲＡＰＤ结果有不同程度的影响。     

羊草种群遗传分化的RAPD分析I：扩增片段频率的变化

松嫩草原上分布着灰绿型和黄绿型两种叶色类型的羊草,为进一步明确这两种叶色类型种群分化的分子基础 ,对其9个种群105个个体进行了RAPD分析。15个随机引物（10nt)共扩增出149个多态性片段,总的多态位点为96．1％,黄绿型与灰绿型种群间在10．1％的多态性片段上明显不同,相似生境或同一地域的种群在一些位点上表现出相似或相同的变化;9个种群都检测到了特异性扩增。     

盐渍条件下野大豆群体的遗传分化和生理适应：同工酶和随机扩增多态D…

黄河三角洲野大豆盐渍群体的耐盐性高于附近的正常群体。群体内个体间耐盐能力差别很大。盐渍群体有比最耐盐的栽培大豆品种耐盐能力高得多的个体,也有对盐相当敏感的植株。同工酶分析表明群体内高水平多态性,但酶谱与抗性没有相关性。盐渍与正常群体间的遗传一致性高达０．９６。用改良的随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）方法,１０个引物扩增得出群体内多态位点百分数为６８／１８８＝０．３６。看来,绝大多数位点与耐盐能力无关     

随机扩增多态DNA技术在遗传育种中的应用

RAPD是一项可以在没有任何分子生物学研究的情况下找出DNA的多态性的技术。本综述了RAPD技术在遗传多样性研究、分类及亲缘关系分析、品种(杂种)鉴定、杂种优势预测、构建遗传图谱、基因定位及基于图谱的克隆,分子标记辅助育种等方面的应用;还总结了RAPD技术的原理、优点、缺点及对策。     

随机扩增多态DNA（RAPD）标记用于丁香品种遗传分析及品种分类

采用随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）标记分析了１５个丁香品种的ＤＮＡ扩增产物。研究选用了１６个随机引物,共扩增出９６条带,其中５５条带为可重复性条带,有价值条带大小多在５１７ｂｐ至１６３６ｂｐ之间。这些标记足以区分这些丁香品种。欧丁香（Ｓｙｒｉｎｇａｖｕｌｇａｒｉｓ）与Ｓ．×ｈｙａｃｉｎｔｈｉｆｌｏｒａ间的相似系数为６１．５％,欧丁香与Ｓ．×ｐｒｅｓｔｏｎｉａｅ间的相似系数为４７．２％,Ｓ．×ｈｙａｃｉｎｔｈｉｆｌｏｒａ与Ｓ．×ｐｒｅｓｔｏｎｉａｅ间的相似系数为４３．６％。结果表明,欧丁香与Ｓ．×ｈｙａｃｉｎｔｈｉｆｌｏｒａ亲缘关系最近。应用ＲＡＰＤ资料分析讨论了一些品种的起源。ＲＡＰＤ技术为丁香品种分类鉴定提供了可靠方法。     

白鲢和镛鱼的扩增多态DNA分析

根据鱼类外周血细胞都有核的特点,采用从冷冻和低渗双重处理分离的细胞核的取基因组ＤＮＡ。以此法获得的白鲢和镛鱼的基因组ＤＮＡ为模板,和Ｏｐｅｒｏｎ公司生产的ＯＰＮ和ＯＰＭ两个组共４０个随机引物,对这两种鱼进行了随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析;确定了对这两种鱼基因组相关区域可进行随机ＰＣＲ扩增的有效引物,特别是哪些可产生种群内或群体的ＲＡＰＤ遗传标记即可产生个体特异性和群体特异性ＲＡＰＤ带谱的引物     

巴马小型猪群体遗传结构的随机扩增多态DNA分析

目的分析巴马小型猪的群体遗传结构。方法应用经过筛选的 ３１条引物对巴马小型猪个体基因组ＤＮＡ进行ＲＡＰＤ扩增,利用从ｉｎｔｅｒｎｅｔ网上下载的软件ＲＡＰＤ ｉｓｔａｎｃｅ Ｐａｃｋａｇｅ ｖｅｒ－ｓｉｏｎ１．０４软件对实验结果进行分析,计算不同个体间的相似系数。结果经ＲＡＰＤ反应,共扩增出２７５条带,其中多态性带８５条,多态性带频率在０～６６．７％之间,平均为２７．７％。不同个体猪拥有的ＲＡＰＤ条带具有差异,但拥有相同条带个体猪比率较高。该群体猪的相似系数（Ｆ）为０．９２８（０．７８～０．９７）,平均等位基因频率（ｑ）为０．７３２,最低平均杂合率（Ｈ）为０．２８６。结论巴马小型猪个体具有较好的遗传一致性和遗传稳定性。     

中国紫花苜蓿地方品种随机扩增多态DNA的研究

运用ＲＡＰＤ技术,对１１个样本紫花苜蓿（Ｍｅｄｉｃａｇｏ ｓａｔｉｖａ）的遗传多样性进行了研究。计算了１１个样本之间的遗传相似度和遗传距离,并进行了聚类分析,探讨了它们之间的亲缘关系。结果如下：１．用４３个随机引物对紫花苜蓿的１１个样本的核ＤＮＡ进行了ＲＡＰＤ扩增,共检出４４０条扩增片段,多态性片段３３１条,占７０．６８％。反映了１１个样本之间的遗传变异;２．４３个随机引物对１１个样本扩增出２～１     

林麝和马麝随机扩增多态DNA的研究

用随机扩增多态 DNA(RAPD)技术对饲养的林麝和马麝进行分子遗传标记研究。在选用的42 种随机引物中, 有25种引物产生了清晰稳定的条带, 单个引物获得标记数在1～14 之间,平均每个个体获得168个RAPD标记 , 其中林麝、马麝特异性标记各5个,个体特异性标记有3个, 这些标记可用来鉴定种或个体。平均遗传距离在林麝种内为0.27±0.023, 马麝为0.105±0.013, 种间为0.241±0.02 , 种间差异显著大于种内差异。分析表明饲养马麝种内遗传多样性低, 为增强饲养马麝的生存力, 最好从不同种群中引入种麝进行繁殖。     

随机扩增多态DNA规范化反应体系的探讨

在研究猪分子标记遗传距离同杂种优势的关系时 ,对模板浓度和纯度、引物浓度、dNTP浓度、Mg2 +浓度、不同商标的Tag酶等影响RAPD扩增的因素进行了系统的分析 ,在此基础上建立了适宜于本实验室研究的最佳RAPD技术体系 :2 5 μl反应体系中 ,含 10×buffer 2 .5 μl,MgCl2 1.75mmol/L ,dNTP 0 .2 5mmol/L ,引物 0 .2 4μmol/L ,Tag酶 2U ,模板 5 0～ 10 0 μg ,1μg/μlBSA。反应程序为 :94℃预变性 5min ,然后 94℃变性 1min ,36℃退火1min ,72℃延伸 2min4 0个循环 ,最后在 72℃延伸 10min。