九种罕见的人类染色体异常核型报告

ReportonNineRareSpeciesofHumanChromosomalAbnormalKaryotypesHanWeitian;QuOu;YuPing;JiangMiao(LiaoningResearchInstituteofFamilyPlanning,Shenyang110031)自1983年以来,我们对数千例不育及胚胎丢失等生殖异常患者进行细胞遗传学研究,发现大量异常染色体核型,而且异常种类繁多,已报道世界首报人类异常核型25种[1]。最近,在不良妊娠患者中又发现9种异常核型,经湖南医科大学医学细胞遗传学国家培训中心鉴定,为世界首次报道．现报告如下。1病例摘要及核型例1男,30岁,表型及智力正常,其妻子妊娠两次,均在无任何诱因情…     

苯丙氨酸羟化酶（PAH）基因外显子7及其两侧内含子的突变研究

为探讨中国苯丙酮尿症（PKU）人群中苯丙氨酸羟化酶（PAH）基因外显子7的突变特征,对147例PKU患儿的294个PAH基因外显子7以及两侧部分内含子序列,应用PCR－单链构象多态性（SSCP）分析及基因序列分析的方法进行了筛查和确定。共发现13种突变基因：G239D、R241C、R241fs、R243Q、G247S、G247V、R252Q、L255S、R261Q、M276K、E280G、P281L、Ivs7+2T>A,其中7 种突变基因在中国PKU人群首次发现：G239D 、R241fs 、G247S 、E280G、L255S、R261Q、P281L,前4种在国际上尚未见到报道,并已提交到国际PAH突变数据库（www.pahdb.mcgill.ca）。突变基因的总频率为30.61%（90 /294）。突变涉及了错义、缺失、移码和剪接位点4种突变类型。结果明确了PAH基因外显子7的突变种类和分布等特征,表明外显子7是中国人PAH基因突变的热点区域。 Abstract: To study mutation in exon 7 of the gene for the phenylalanine hydroxylase（PAH）, the mutations in exon 7 and flanking sequence of PAH gene were detected by means of SSCP analysis and DNA sequencing, in 147 unrelated Chinese children with phynelketonuria and their parents. Thirteen different mutations, including 11 missense, 1 deletion and 1 splice mutation, were revealed in 90/294 mutant alleles (30.61%). The prevalent mutations were R243Q (22.8%) and Ivs7nt2t->a (2.38%). Seven novel mutations were identified: G239D, R241fsdelG, G247S, E280G, L255S, R261Q, P281L. These new mutations have not been described in Chinese PKU population and the first 4 mutants have not been reported and thus been submitted to www.pahdb,mcgill.ca. The missense was the most common type. The deletion and frameshift mutations were detected for the first time in Chinese PKU population. This study showed the mutation characteristics and their distribution in exon 7 of PAH gene and proved that the exon 7 was the hot region of PAH gene mutation in Chinese PKU population .     

中国北方人苯丙氨酸羟化酶基因外显子7内新突变的鉴定

应用ＰＣＲ－单链构象多态性分析及ＤＮＡ直接测序,对４５例中国北方苯丙酮尿症（ＰＫＵ）患者苯丙氨酸羟化酶（ＰＡＨ）基因外显子７内突变进行了鉴定。共检出６种错义突变及一种静止突变：Ｒ２４３Ｑ．Ｒ４１Ｈ,Ｇ２４７Ｖ．Ｌ２４９Ｈ．Ｐ２５４Ｉ．Ｇ２５７Ｖ和Ｖ２４５Ｖ。经与国际ＰＡＨ基因突变数据库比较,确认Ｇ２５７Ｖ．Ｐ２５４Ｉ和Ｌ２４９Ｈ为国际上首次发现的突变。结果揭示,中国人与其他种族及中国北方与南方人群ＰＡＨ突变特点不同。明确了中国北方人群中ＰＡＨ基因外显子７基因突变分布,有助于提高ＰＫＵ的基因诊断率,对基因的起源、进化研究有参考价值     

癫痫相关基因SCN1A启动子区多态性位点的生物信息学分析

SCN1A是多种神经系统疾病的致病基因,该基因的精确表达对于维持神经系统正常功能非常重要.为了认识SCN1A启动子区多态性位点(single nucleotide polymorphisms,SNPs)的保守性及其功能意义,应用生物信息学方法分析了目前已发表位于SCN1A启动子区的11个SNPs,分别命名S1～S11.分析结果表明,S3、S5和S7等位基因频率没有人种差异性,其余SNP等位基因频率均有人种差异性;接近核心启动子的SNPs要比远离核心启动子SNPs的保守程度高,提示靠近核心启动子的SNPs影响SCN1A基因表达的概率可能越大;大部分SNPs祖传等位基因在哺乳动物中是保守的(S3除外),暗示这些SNPs新生等位基因有可能在人类进化过程起到一定的作用:启动子分析软件预测发现,含S2、S4、S8及S9等4个SNPs不同等位基因的同一序列分别存在不同转录因子结合元件,而含S1和S11不同等位基因的同一序列都只能预测到含其中一个等位基因的序列存在转录因子结合元件,这些差异可能是SNPs影响SCN1A表达的重要原因之一.这些分析将为进一步研究SCN1A启动子区SNPs与神经系统疾病的相互关系打下基础.     

牛FSHR基因第10外显子单核苷酸多态性及其与双胎性状的关系

以秦川牛和荷斯坦奶牛的双胎母牛和单胎母牛为实验材料 ,以牛的FSHR基因的第 10个外显子作为标记牛双胎性状的候选基因 ,用SNP法进行了多态检测 .结果发现 ,在秦川牛的双胎母牛中突变率 6 0 % (6 10 ) ,而在单胎母牛中突变率为 2 0 % (2 10 ) ;在荷斯坦奶牛中 ,双胎母牛突变率为31 2 5 % (5 16 ) ,单胎母牛突变率为 6 6 7% (1 15 ) ;由此可见双胎牛和单胎牛二者之间FSHR基因的第 10个外显子的突变率差异明显 .这表明 ,选择FSHR基因的第 10个外显子有可能作为双胎性状的候选基因 .序列分析发现 ,在FSHR基因的第 15 0 6位碱基发生了突变 (T→C) ,但氨基酸没有发生变化 .     

PCR—单链构象多态性分析对p53基因点突变检测的研究进展

单链构象多态性（ＳＳＣＰ）对分析基因的突变是一种有效的手段,并具有其独特的优点。ＰＣＲ与ＳＳＣＰ结合后检测灵敏度更高,而在许多类型的肿瘤都存在有ｐ５３抑癌基因的突变,章综述了ＰＣＲ－ＳＳＣＰ分析技术检测ｐ５３基因突变的进展。     

四川彝族和新疆维族HLA-B位点基因多态性分析

应用PCR-SSP(Polymerase Chain Reaction-Sequence Specific Primer) 方法对无亲缘关系的106位四川彝族样品和110位新疆维族样品进行HLA-B基因分型。在彝族样品中共检出20个等位基因,其中高频率的等位基因为B*40（0.2028）、B*15（0.1604）、B*51(0.1274),低频率的等位基因为B*47 (0.0189)、B*27(0.0142)、B*44(0.0142)、B*18(0.0094)和B*78(0.0047)。在维族样品中共检出27个等位基因,其中高频率的等位基因为B*35 (0.1136)和B*51（0.1136）,低频率的等位基因为B*41（0.0045）、B*56（0.0045）和B*78（0.0091）。经χ2检验,两个民族群体的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。经遗传分析,四川彝族群体HLA-B基因座杂合度(H)、个体识别率(DP)和非父排除率(EP)分别为0.8977、0.9661和0.8009;维族群体的H、DP和EP分别为0.9372、0.9857和0.8732。本研究获得了四川彝族和新疆维族HL A-B基因座基因频率数据,为临床器官移植配型、人类学、法医学及疾病关联性研究提供了重要的群体遗传学资料。     

CYP2C9 1061 A／C与VKORC1—1639 G／A基因多态性对华法林应用剂量的影响

目的探讨维生素K环氧化物还原酶复合物1基因（VKORC1）-1639G／A与细胞色素P450酶2C9基因CYP2C9 1061 A／C多态性对中国汉族人华法林应用剂量的影响。方法应用PCR—RFLP方法检测129例长期口服华法林的患者VKORC1—1639G／A及CYP2C9 1061 A／C多态性,并按基因型分组,分别比较VKORC1和CYP2C9不同基因型间平均华法林剂量。结果病例组检出VKORC1—1639AA、AG、GG型分别有96例（74．4％）、30例（23．3％）、3例（2．3％）,等位基因A和G频率分别为86％、14％,CYP2C91061;AA、AC、CC型分别有117例（90．7％）、11例（8．5％）、1例（0．8％）,等位基因A和c频率jj别为95％、5％;病例组与正常人组VKORC1—1639、CYP2C9 1061各基因型分布差异无统计学意义;VKORC1—1639不同基因型间患者所需华法林平均剂量AA型低于AG型,后者又要低于GG型;携带CYP2C9 1061 C等位基因的患者（AC和CC型）华法林平均剂量要低于AA型。结论华法林应用剂量偏低可能与VKORC1-1639G→A和CYP2C9 1061A→C转变有关,VKORC1-1639AA型占多数可能是中国汉族人群所需华法林剂量普遍较低的重要原因。     

IL-17A基因单核苷酸位点多态性与胃癌预后的相关性研究

探讨白介素17A基因多态性与胃癌预后的关系。129例研究对象纳入生存分析,分成死亡和存活两组,用基因测序的方法检测血液样本IL-17A基因SNP位点rs3748067、rs17880588基因型分布。rs3748067位点有3种基因型T/T、C/T、C/C,rs17880588位点有2种基因型A/G、G/G。比较存活组和死亡组之间的基因型分布频率和单点等位基因分布频率,发现rs3748067的基因型C/T在死亡组的分布频率较存活组高,基因型T/T和C/C在死亡组的分布频率低于存活组,两组之间分布频率差异有统计学意义(P0.05)。杂合型C/T基因型在存活组分布低于死亡组(OR=2.051,CI=0.016~1.420),该位点基因型杂合可能为胃癌预后的一种危险因素。rs17880588的两种基因型A/G、G/G在存活组和死亡组的分布频率差异无统计学意义(P0.05)。结论:IL-17A基因rs3748067位点SNP与胃癌预后可能有相关性。     

肠杆菌4.5SRNA基因单链构象多态性的比较研究

本文对大肠杆菌(Escherichia coli)不同菌株和肠杆菌科(Enterobacteriaceae)不同属其他三种菌株,即普通变形菌(Proteus vulgaris)、粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)和产气肠杆菌(Enterobacter aerogenes),分别进行4.5S RNA基因聚合酶链式反应(PCR),然后对扩增产物作依赖于序列的单链构象多态性(SSCP)分析.实验结果表明,上述细菌4.5S RNA基因的大小和正链构象均无可觉察的差异,仅产气肠杆菌的负链构象有明显不同.由此可见4.5S RNA基因在进化上相当保守,产气肠杆菌4.5S RNA基因的序列虽有改变,仍能维持其有义链的基本构象.     

New Polymorphic Sites in the Human Phenylalanine Hydroxylase Gene

A previously unknown sequence of the human phelylalanine hydroxylase (PAH) gene intron 7 (GeneBank AN AF204239) has been reported. Screening of the group of phenylketonuria patients from Nobosibirsk region for polymorphic sites within intron 7 revealed single nucleotide substitutions at intron positions 332, 451, 574 and 791. Polymorphic site at intron position 791 corresponds to one of the eight restriction sites (MspI) utilized for haplotype construction. Analysis of the MspI allele frequencies in 29 phenylketonuria patients showed that the frequency of the MspI+ allele in this group was 79.4%. Polymorphic sites at nucleotide position +97 from the beginning of intron 10, and at nucleotide position –54 from the end of intron 5, were also described. The polymorphic sites revealed can be used as markers for identification of the PAH alleles in population genetic studies, and also serve for diagnostics of phenylketonuria (PKU). The presence of numerous nucleotide substitutions within the intronic sequences confirms highly polymorphic structure of the PAH gene.     

中国人苯丙氨酸羟化酶基因的一个新的切接位点突变的鉴定

本文鉴定了苯丙氨酸羟化酶基因355位密码子上的一个新的错义突变Q355 H, 此突变异致谷氨酰胺变成了组氨酸。此突变位点恰位于外显子10和内含子11的交界处, 因此将引起mRNA形成过程中的剪接错误而产生异常的mR NA。Q355H的鉴定为一例苯丙酮尿症胎儿的产前诊断提供了理论依据。 Abstract:A novel missense mutation at code 355 of phenylalanine hydroxlase gene was identified,this mutation caused the substitution of Gln 355 for His 355.The mutant site was at the boundary of exon 10 and intro 11 and might cause splicing errors during RNA processing,Which could result in abnormal mRNA.Identification of Q355H provided a theortic evidence for prenatal diagnosis of a fetus with PKU.     

猪雌激素受体基因（ESR）一个新多态位点的发现

ESR基因是影响猪产仔数的主效基因,而且与猪的生长发育性状及胴体性状之间不存在负的基因多效性影响。目前对它的研究大都局限于Rothschild等人发现的PvuⅡ酶切位点。本实验采用PCR-SSCP方法,对ESR基因的外显子7进行检测,发现了一个新多态性位点,得到3种基因型,可以作为一个新的标记位点进一步研究。     

脱乙酰氧基头孢菌素C合成酶／羟化酶基因cefEF的基因克隆及序列分析

利用氯化苄分别从真菌顶头孢（Cephalosporium acremonium)和产黄头孢（Acremonium chrysogenum)中提取总DNA,通过PCR方法扩增脱乙酰氧基头孢菌素C合成酶／羟化酶基因cefEF,结果只能从黄头孢DNA趸扩增出cefEF基因。测序结果表明,其与已报道的基因序列只有3个碱基的差异,推断的氨基酸序列只有2个氨基酸有差异,并未涉及活性中心。同时表明,国外指所指的与该酶有关的顶头孢（Cephalosporium acremonium或Acremonium chryso-geum)对应的是国内的产黄头孢（Acremonium chrysogenum)。     

Identification of Mutations in Phenylalanine Hydroxylase Gene Using an Automated Genetic Analyzer

Mutations were studied in phenylalanine hydroxylase gene of phenylketonuria patients from Kemerovo oblast and Altaiskii krai (15 and 2 families, respectively). The following mutations were identified in exons of this gene: R408W, R261Q, R243Q, R158Q, Y414C, Y386C, P281L, Y168H, R68S (lead to amino acid substitutions), R243X (leads to stop codon formation), and three splice site mutations (IVS12nt1g a, IVS2nt-13t g, IVS7nt 1g a).     

10个牛品种线粒体12S rRNA基因多态性分析

以鲁西牛、渤海黑牛、大别山牛、南阳牛、晋南牛、秦川牛、中国西门塔尔牛、日本和牛、海福特牛和安格斯牛10个牛品种共计353头牛为研究对象,利用单链构象多态性（SSCP）分子标记方法对其线粒体DNA 12S rRNA基因进行了多态性分析,结果发现该基因出现分布频率不同的3种单倍型（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ）,其中单倍型Ⅰ出现的频率最低,仅在晋南牛1个个体中发现;单倍型Ⅱ在中国本地黄牛中都存在,在中国西门塔尔牛中的分布频率很低,但在3个国外品种海福特牛、安格斯牛和日本和牛中不存在;单倍型Ⅲ在这10个牛品种中均有分布,但以国外品种最丰富。计算平均多态信息含量,发现我国地方品种在0.232～0.423之间,基本属于中度多态,说明我国地方黄牛品种在12S rRNA上多态性比较丰富,国外品种较为贫乏;但是单倍型Ⅰ频率很低有丢失的趋势,需要对其进行保护。     

Characterization of Mutations at the Mouse Phenylalanine Hydroxylase Locus

Two genetic mouse models for human phenylketonuria have been characterized by DNA sequence analysis. For each, a distinct mutation was identified within the protein coding sequence of the phenylalanine hydroxylase gene. This establishes that the mutated locus is the same as that causing human phenylketonuria and allows a comparison between these mouse phenylketonuria models and the human disease. A genotype/phenotype relationship that is strikingly similar to the human disease emerges, underscoring the similarity of phenylketonuria in mouse and man. InPAH^ENU1,the phenotype is mild. ThePah^enu1mutation predicts a conservative valine to alanine amino acid substitution and is located in exon 3, a gene region where serious mutations are rare in humans. InPAH^ENU2,the phenotype is severe. ThePah^enu2mutation predicts a radical phenylalanine to serine substitution and is located in exon 7, a gene region where serious mutations are common in humans. InPAH^ENU2,the sequence information was used to devise a direct genotyping system based on the creation of a newAlw26I restriction endonuclease site.