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构树可培养内生真菌的多样性初探 总被引:1,自引:0,他引:1
构树Broussonetia papyrifera为桑科重要的资源植物。为调查逆境构树内生真菌的多样性,我们对铅锌矿区构树根、茎、叶和果实各部位进行内生真菌分离鉴定,从中分离得到187株内生真菌,根据形态学与分子生物学方法鉴定为20属,其中链格孢属Alternaria(50.27%)、镰孢属Fusarium(11.76%)为优势属。不同培养基的内生真菌分离率结果表明,马铃薯葡萄糖琼脂培养基(PDA)分离出的菌株数最多,占总数的73.96%;构树不同部位的菌株分离数目显示,叶中分离出的菌株较多,占38.02%。在属的分类水平上,根、茎、叶、果实不同部位的真菌数量也存在明显差异。Shannon-Wiener多样性指数和Simpson多样性指数分析结果提示不同样地的构树内生真菌的多样性也存在差异。Chao1指数和ACE指数也提示构树内生真菌丰富度与样地和组织有关。 相似文献
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内生细菌对宿主植物生长发育和生理代谢具有重要影响, 揭示其群落组成和多样性具有重要的生物学和生态学意义。本研究采用可培养法从东乡野生稻(Oryza rufipogon)不同组织中分离获得94株内生细菌, 基于16S rRNA基因序列比对和系统发育分析将其归属于变形菌门、放线菌门和厚壁菌门3门14科17属, 其中芽孢杆菌属(Bacillus)和微小菌属(Microbacterium)为优势属, 分别占总株数的27.7%和20.2%。不同组织中内生细菌的分布和多样性存在差异, 根中内生细菌数量最多(34株, 36.2%), 叶次之(32株, 34.0%), 茎最少(28株, 29.8%); 根中内生细菌Shannon-Wiener多样性指数(H′ = 2.52)、Simpson优势度指数(D = 0.88)和Pielou均匀度指数(E = 0.72)均高于茎与叶, 根和茎的Jaccard相似性系数(C = 0.29)低于根和叶(C = 0.47)以及茎和叶(C = 0.45)。研究结果表明, 东乡野生稻内生细菌具有丰富的物种多样性, 并且不同组织部位的内生细菌组成存在差异, 根中内生细菌多样性最丰富。 相似文献
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【目的】分析树干仿生栽培和大棚种植的铁皮石斛根、茎中内生细菌的组成与分布,并挖掘潜在的微生物资源及功能。【方法】利用Illumina MiSeq高通量测序技术,对不同栽培方式铁皮石斛根、茎中免培养内生细菌丰富度及多样性进行比较分析;通过传统的内生菌分离法以及16S rRNA基因测序技术对可培养内生细菌进行分离鉴定;采用滤纸片法筛选拮抗石斛病原菌的内生菌株。【结果】高通量测序分析中内生细菌以Pseudomonas(30.52%)为主,其次是Mycobacterium(10.22%)以及Brachybacterium(8.32%),树干仿生栽培石斛内生细菌组成丰富度及多样性高于大棚种植,石斛根中内生细菌组成丰富度及多样性高于石斛茎。可培养内生细菌中Bacillus(18.37%)所占比例最高,其次是Curtobacterium (8.16%),同时筛选得到8株具有抑制石斛病原菌活性的菌株。【结论】铁皮石斛中蕴含着丰富的内生细菌资源,菌群组成和分布受其不同栽培方式和组织部位的影响。此外,筛选得到8株具有抑制病原菌活性的菌株,表明铁皮石斛内生细菌代谢产物具有抗菌活性。本试验对铁皮石斛内生细菌多... 相似文献
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为了解喀斯特典型物种-小蓬竹根际土壤微生物及不同部位内生真菌多样性,采用沿等高线等距离取样法采集小蓬竹根际土壤及健康植株,通过可培养对根际土微生物及内生菌进行分离,利用分子技术对其进行鉴定,根据鉴定结果构建系统发育树,并计算小蓬竹根际土壤微生物和根茎叶内生真菌多样性。结果如下:(1)共从根际土壤、根、茎、叶分离得到139个真菌菌株,隶属于27属,其中根际土壤分离得到34个真菌菌株隶属于12属,根部分离得到的63个内生真菌菌株隶属于17个属,茎部分离得到的14个内生真菌菌株隶属于8个属,叶部分离得到28个内生真菌菌株隶属于9个属;(2)根际土壤共分离得到41株细菌菌株,隶属于7个属26个种,20株放线菌菌株,隶属于1属15种;从Shannon-Wiener多样性指数、均匀度指数、Simpson指数排序来看,真菌主要表现为根 > 根际土壤 > 茎 > 叶,细菌和放线菌多样性均较低。(3)按层次聚类分析可分别将真菌、细菌、放线菌聚为3支。小蓬竹根际土壤、根、茎和叶具有丰富的微生物多样性,不同部位菌群组成存在差异性(P<0.05),且存在以假单胞菌属、芽孢杆菌属等为优势属的抗盐耐旱菌群,这有助于揭示小蓬竹对喀斯特生境的适应性,以及为微生物-植物群落之间相互关系提供一定基础数据,为后期寻找小蓬竹相关耐性功能菌奠定基础。 相似文献
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为了解香樟产芽孢内生细菌的多样性,采用改良的NA培养基分离、去除冗余及芽孢染色,得到40株产芽孢内生细菌,占分离所得内生细菌总数的29.9%,其中根、茎、叶中分别分离到25、5和10株。16SrRNA序列系统发育分析结果表明,这40株菌分属于Bacillus、Lysinibacillus、Paenibacillus和Brevibacillus属的12个种;7株菌的16SrRNA部分序列与数据库中模式菌株对应序列相似性小于97%,代表着潜在新类群的存在。同时,3个部位分离出的产芽孢内生细菌既呈现出一定程度的细菌区系相似性,又表现出细菌区系的器官特异性。 相似文献
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商洛山区人工油松群落物种多样性与环境因子关系研究 总被引:1,自引:0,他引:1
在陕西省商洛山区人工油松群落分布集中的地段设置16个样地,对其分布的乔木、灌木和草本植物进行了调查,并对样地附近土壤理化指标进行了测定;采用α多样性指数对研究区域的物种多样性进行测度,并分析了12个环境因子与3个物种多样性指数的关系。结果表明:(1)研究区群落样地共记录植物48科84属95种,油松林下灌草组成丰富,分布较广的物种有木兰科、菊科、蔷薇科、百合科和莎草科,群落Shannon-Wiener多样性指数计算结果与Margalef丰富度指数、Pielou均匀度指数的变化趋势基本一致。(2)群落Margalef丰富度指数与年龄的二项式回归达显著水平(P=0.023 7)、与20~40cm土壤速效N含量的二项式回归达极显著水平(P=0.003 3);Pielou均匀度指数与0~20cm土壤pH值二项式回归达显著水平(P=0.014 4);Shannon-Wiener多样性指数与标准化坡向的直线回归达显著水平(P=0.049 6)、与40~60cm土壤pH值的二项式回归达显著水平(P=0.029 0)。研究表明,该群落物种多样性主要受年龄、土壤速效N、坡向、以及土壤pH值影响。 相似文献
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[目的]为研究秦岭中段主峰太白山野生桃儿七(Sinopodophyllum hexandrum)中内生真菌的群落组成及多样性,揭示不同生境对其内生真菌群落组成和分布的影响。[方法]选取红河谷、蒿坪两地野生桃儿七为研究对象,采用三步法对两个样地30株野生桃儿七根、茎、叶组织块进行内生真菌的分离、纯化及鉴定,并对所分离菌株群落组成及多样性进行统计分析。[结果]共获得1 865株内生真菌菌株,涉及22个属,链格孢属和茎点霉属为主要优势类群。多样性指数分析结果表明,两样地间不同组织的内生真菌多样性呈现出相似的趋势,即茎>根>叶。[结论]太白山野生桃儿七各组织中内生真菌群落组成不同,不同样地间及同一样地桃儿七内生真菌种类均具有一定差异性,具有丰富的物种多样性。 相似文献
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对采自广西、云南和广东的美花石斛(Dendrobium loddigesii Rolfe)野生植株根、茎和叶内的内生细菌进行分离并测定其促生特性,采用扩增核糖体DNA限制性酶切分析(ARDRA)与UPGMA聚类分析相结合的方法对内生细菌菌株进行分类并确定优势属;在此基础上,对具有解磷、解钾和产生长素能力的菌株进行促生潜力评价。结果显示:从不同产地美花石斛植株不同部位共分离得到67株内生细菌菌株,其分布呈现出组织与地区的特异性;其中,来源于广西的植株中菌株数量最多(42株),分离自茎的菌株数量最多(34株)。67株内生细菌菌株可分为31个ARDRA簇,经16S rDNA序列比对鉴定为12个属,包括假单胞菌属(Pseudomonas)、微杆菌属(Microbacterium)、肠杆菌属(Enterobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、短波单胞菌属(Brevundimonas)、涅斯捷连科氏菌属(Nesterenkonia)、副球菌属(Paracoccus)、泛菌属(Pantoea)和沙雷氏菌属(Serratia),其中芽孢杆菌属、微杆菌属和肠杆菌属为优势属;来源于广西的植株中内生细菌的丰度与多样性均高于其他两地。在67株内生细菌菌株中,有30株菌株具有解无机磷和解有机磷的双重能力、22株具有解钾能力、24株具有产生长素能力,其中仅8株菌株兼具3种促生能力。组培实验结果显示:在培养基中接种1×106CFU·mL-1芽孢杆菌DLB20菌株,对株高2~3 cm和3~4 cm的美花石斛试管苗生长有促进作用,且更有利于株高3~4 cm试管苗的生根,表明具有解磷、解钾和产生长素能力的菌株对美花石斛试管苗有一定的促生潜力。 相似文献
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研究拟境栽培下附石(stone epiphytic cultivation, SE)和附木(tree epiphytic cultivation, TE)两种附生方式金钗石斛化学成分组成和根内生菌的差异性及二者的相关性。采用高通量测序技术对根内生菌进行了测序与分析,并初步探究了化学成分含量与根内生菌的差异性和相关性。研究结果表明,SE金钗石斛中石斛碱、总生物碱、总黄酮含量高于TE,TE总多糖含量高于SE。两种附生方式金钗石斛根内生菌物种相对丰度差异较大,SE金钗石斛根内生菌物种丰富性、多样性高于TE,SE中的壳三毛孢属(Robillarda)促生菌、根瘤杆菌属(Rhizobacter)和芽孢杆菌属(Bacillus)固氮菌、镰刀菌属(Fusarium)致病菌属较TE增加,而TE中的柱孢属(Cylindrocarpon)和Ralstonia致病菌属较SE增加。相关性研究发现,SE金钗石斛富集的假诺卡氏菌属(Pseudonocardia)、根瘤杆菌属(Rhizobacter)细菌相对丰度与石斛碱含量显著正相关;TE富集的Cladophialophora真菌、热酸菌属(Acidothermu... 相似文献
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恩诺沙星残留对土壤细菌种群基因多样性的影响 总被引:2,自引:0,他引:2
为了解恩诺沙星在环境中残留对土壤微生物的影响,应用扩增核糖体DNA限制性分析(ARDRA)对土壤细菌16S rDNA基因多样性进行了研究,并结合肠杆菌基因间的重复共有序列(ERIC-PCR)指纹图谱分析了恩诺沙星对土壤细菌种群基因多样性的影响.结果表明: 恩诺沙星作用于土壤后第35天,添加药物组的细菌总数均低于对照,且药物浓度越高,细菌数量越少;ARDRA分析将分离的土壤细菌分成了不同的操作分类单元(OTU),各组的OTUs类型数分别为:Ⅰ组15个、Ⅱ组13个、Ⅲ组10个、Ⅳ组8个、Ⅴ组6个、Ⅵ组6个;对各组优势OTU进行了ERIC-PCR基因指纹图谱分析,Ⅰ~Ⅵ组的Shannon-Wiener指数分别为2.78、2.14、1.78、1.11、0.69和0.31,对照组的Margalef指数、Simpson指数和Pielou指数均明显高于添加药物组,且各多样性指数随药物浓度的增加而减少. 相似文献
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采用传统分离培养技术和高通量测序技术, 系统研究了入侵植物紫茎泽兰不同组织内生真菌及其根际土壤真菌的物种组成差异。培养法选用三种培养基, 从其根、茎、鲜叶、腐叶等组织片段和根际土壤分离获得了140个菌株。这些真菌在97%的ITS序列同源水平下分划为43个OTUs (operational taxonomic units), 属于5个纲、30个属, 优势纲为Sordariomycetes和Dothideomycetes, 各占总分离菌株数的52.86%和30.00%。前6个优势属分别为Diaporthe(23.57%)、Stagonosporopsis(10.71%)、Phialophora(8.57%)、Colletotrichum(6.43%)、Alternaria(5.71%)、Penicillium(5.71%), 占总分离菌株数的60.71%; 不同植物组织之间以及根际土壤之间的真菌群落组成差异明显, Shannon多样性指数在1.37—2.46之间。高通量测序获得了112802个序列, 在97%的ITS序列同源水平下划分为个4216个OTUs, 前6个优势种属分别为Rachicladosporium(19.81%)、Mycosphaerella(11.18%)、Aureobasidium(5.10%)、Agaricus (4.75%)、Alternaria(3.27%)、Delicatula(2.58%), 占测序数的46.69%, Shannon 指数在0.98—4.84之间。两种方法获得的真菌群落组成具有显著差异, 仅Alternaria为共有优势属,但所揭示的不同分离来源的真菌组成情况是一致的, 即植物根、茎、鲜叶、腐叶之间内生真菌群落组成差异明显, 具有组织特异性。根际土壤与根内生真菌群落组成存在一定程度的相似, 说明两者之间联系紧密。研究结果表明, 紫茎泽兰的内生真菌具有较高的多样性, 高通量测序技术能更加全面地反映植物内生真菌的物种组成及多样性信息。 相似文献
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为了解春兰植物内生细菌的多样性,采用稀释涂布法对表面灭菌的天目山野生春兰根内生细菌进行分离培养。通过R2A和TSA两种培养基共分离获得63株内生细菌。对16S rDNA序列测定结果进行系统发育分析可知,63株细菌分属于β-变形菌纲(31.74%)、γ-变形菌纲(7.94%)及厚壁菌门(60.32%)。其中厚壁菌门为最优势类群,芽孢杆菌属为最优势菌属,占分离总菌数的50.79%。天目山野生春兰根内生细菌多样性指数为1.56。结果表明,初春季节天目山野生春兰根内生细菌多样性较低。 相似文献
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通过用两种传统培养基(PDA、SDA)分离方法对5个自然野生分布的桃儿七群落(分布于青海省、甘肃省和四川省)茎叶组织内的内生真菌多样性进行研究,并用形态学与分子生物学的方法鉴定菌株。实验结果显示,720个茎叶组织块中共分离到141株内生真菌。依据真菌在培养基上的形态初步划分为52个分类单元,经鉴定归属于19属,其中茎组织中16属叶组织中6属,桃儿七茎叶组织中的真菌优势属为拟青霉属,相对分离频率为26.34%。5个采样点间内生真菌的香浓维纳多样性指数为0.71—1.41,Sorenson相似性系数为0.13—0.50,定殖率为14.58%—28.47%。通过对PDA、SDA两种培养基以及茎、叶组织的定殖率进行统计,结果显示:PDA(17.50%)SDA(21.67%),茎(29.72%)叶(9.44%)。研究结果表明,桃儿七茎叶组织中内生真菌的多样性较低,不同采样点间宿主植物内内生真菌群落的相似性较低,真菌群落结构存在差异。研究为进一步扩大从桃儿七中筛选产鬼臼毒素等活性物质内生真菌提供了一种新的思路。 相似文献
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新疆阿魏内生真菌菌群多样性 总被引:1,自引:0,他引:1
【目的】探索新疆阿魏植物内生真菌的分离方法,了解其状况,为进一步深入研究其作用机理及应用价值提供基础。【方法】采用微生物学研究方法与技术,对新疆阿魏不同年份、不同部位的内生真菌进行了分离鉴定。通过分离率、分离频率、Shannon-Wiener多样性指数和Margalef丰富度指数等分析新疆阿魏内生真菌的分布、多样性及偏好性。【结果】本研究共分离得到内生真菌140株,经形态和分子生物学鉴定分别归属于18个属,其中,短梗霉属、链格孢属和叶点霉属为优势菌群,分别占总菌株数量的25.7%、16.4%和15.7%。不同年份的新疆阿魏中1-2年生新疆阿魏的Shannon-Wiener多样性指数(H’)和均匀度指数最高,分别为1.12和0.51,开花年份新疆阿魏的丰富度指数最高,为1.40;不同组织的新疆阿魏中,根的三项多样性指标最高,分别为1.27、1.26和0.55。此外,不同年份新疆阿魏中1-2年和3-4年生新疆阿魏中内生真菌菌群相似性系数最大,达到0.63;不同组织新疆阿魏中则以叶与茎中的相似性系数稍高,达到0.50。【结论】新疆阿魏不同年份及不同部位中的内生真菌分布及组成存在较大差异,具有一定的年份及组织的专一性。 相似文献
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为了研究仙草植株内生芽胞杆菌种群的多样性,利用营养琼脂培养基分离仙草根、茎、叶中的内生芽胞杆菌,采用16SrRNA序列鉴定法对分离获得的芽胞杆菌进行鉴定。同一组织内,对16SrRNA序列及形态完全一样的菌株合并冗余,用ClustalX对分离得到的菌株16SrRNA进行排序,构建Neighbor-Joining系统进化树,并计算多样性指数。实验结果显示,共分离得到58株仙草内生芽胞杆菌(根29株、茎28株、叶1株),分属于芽胞杆菌属(Bacillus)、类芽胞杆菌属(Paenibacillus)和赖氨酸芽胞杆菌属(Lysinibacillus),共3个属的11个种,其中与阿氏芽胞杆菌B.aryabhattai、简单芽胞杆菌B.simplex和B.flexus 3个种最接近的内生芽胞杆菌占总分离芽胞杆菌株数的62%;根部内生芽胞杆菌数量及种属均最丰富,其多样性指数高于茎和叶。 相似文献
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以延安市4个不同县区苹果树根为研究对象,分析苹果树根内生细菌的群落组成和多样性,揭示内生细菌的群落结构及多样性差异。采用高通量测序技术分析4个不同县区苹果树根内生细菌16S rRNA基因V3~V4 变异区序列,使用生物信息学方法分析其内生细菌的群落结构及多样性。结果表明,测序共获得994 571条有效序列,在97%一致性下共产生1 559个有效的操作分类单元(operational taxonomic uunits,OTUs)。在门水平上,4个样地苹果树根内生细菌群落组成中共有的优势类群分别为放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria),其相对丰富度分别为33.1%~60.7%和30.9%~61.6%;属水平上的优势菌属为假单胞菌属(Pseudomonas)、节杆菌属(Arthrobacter)、链霉菌属(Streptomyces)、诺卡氏菌属(Nocardioides)、叶杆菌属(Phyllobacterium)、黄杆菌属(Flavobacterium)、农杆菌属(Agrobacterium)和贪噬菌属(Variovorax)。Alpha多样性和Beta多样性分析表明,宜川县(YC)的Chao1指数(433.54)和Shannon指数(6.45)最大,基于韦恩图分析4个样地苹果树根内生细菌群落存在354个共有OTUs,延长县(YS)、宝塔区(BT)、宜川县(YC)、洛川县(LC)独有苹果树根内生细菌群落的OTUs分别为378、430、486和477。典范对应分析(Canonical Correlation Analysis, CCA)结果表明,土壤pH是影响4个样地苹果树根内生细菌的群落多样性变化的主要因素。4个样地苹果树根内生细菌种类丰富,但群落结构组成和丰富度的差异不明显,功能预测分析表明无论是Level 1还是Level 2,均未发现显著性差异的代谢通路,此结果表明苹果树根系招募了特异型有益的内生细菌菌群。本研究可为苹果树根内生细菌菌种资源的开发和应用提供参考。 相似文献
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以广西雅长兰科植物自然保护区和贵州兴义温室的野生流苏石斛(Dendrobium fimbiratum)为试验材料, 利用本研究小组改进的兰科植物根部内生真菌分离法, 结合形态学和分子生物学方法对分离到的真菌进行了鉴定。结果 :从两种生境的流苏石斛根中共分离出内生真菌 28 株, 鉴定为 3 门 6 纲 9 目 10 科 11 属 17 种 , 其中镰刀菌属 Fusarium(25.00%)、胶膜菌属 Tulasnella(17.86%)、毛壳菌属 Chaetomium(14.29%)及拟盘多毛孢属 Pestalotiopsis(10.71%)为分离的优势菌群。两种生境及同生境下不同附生型的流苏石斛根部内生真菌的组成和多样性均存在差异, 大部分内生真菌种类具有特定的地理分布特性, 广西雅长内生真菌 Shannon-Wiener 多样性指数达 1.700 8, 贵州兴义仅为 0.853 0。对比雅长保护区内树附生和石附生的流苏石斛, 树附生型 Shannon-Wiener 多样性指数为 1.482 9, 石附生型为 1.140 1 。推测流苏石斛根部内生真菌多样性可能受生境和附生型的影响。 相似文献
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银杏内生真菌多样性研究(英文) 总被引:2,自引:0,他引:2
采用组织块分离法,从中国福建、江苏、贵州三省银杏Ginkgo biloba的根、茎、叶、树皮组织中分离内生真菌,利用形态学与ITS rDNA序列分析相结合的方法对所分离的菌株进行鉴定。结果表明从根、茎、叶和树皮分离出175株内生真菌,归为47类,每一类取代表菌株进行ITS测序及系统分析,分别属于子囊菌门的8个目,即Eurotiales、Hypocreales、Xylariales、Trichosphaeriales、Glomerellales、Diaporthales、Botryosphaeriales、Pleosporales,11科,16属。其中刺盘孢属Colletotrichum(19.75%)、链格孢属Alternaria(19.15%)、镰孢菌属Fusarium(10.64%)和拟茎点霉属Phomopsis(10.64%)为优势菌群;并且新丛赤壳属Neonectria和生赤壳属Bionectria为首次从银杏中分离出。Shannon-Wiener指数(H=2.4192)和Simpson指数(1-D=0.8856)的计算结果反应出所获得的银杏内生真菌菌群具有较高的多样性。 相似文献
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三星堆遗址城墙对中华文明探源工程具有重要意义。研究不同维护措施下草本植物物种多样性、根系与土壤抗冲性的关系对防止遗址城墙水土流失、发挥原生植被的水土保持作用意义重大。本研究基于样地调查,以三星堆遗址城墙的草本植物群落为研究对象,探讨了自然更新、种植、弃耕、灌木去除、修剪5种维护措施下草本植物物种多样性、根系和土壤抗冲性特征及其相关性。结果表明:(1)研究区共记录草本植物103种,隶属40科81属,以菊科及禾本科植物占优,多年生草本植物居多。(2)灌木去除样地的物种多样性水平相对较高,自然更新样地次之,再次是修剪样地和种植样地,弃耕样地物种多样性水平显著低于其余样地(P <0.05)。(3)灌木去除样地和自然更新样地的土壤抗冲系数(分别为138.86 L/g和118.31 L/g,二者无显著差异(P> 0.05))显著高于其余类型(P <0.05)。除根长密度外,灌木去除样地的根表面积密度、根体积密度和平均根径均显著高于其他类型(P <0.05)。(4) 4种多样性指数(Shannon-Wiener多样性指数、Simpson优势度指数、物种丰富度指数、Pielou... 相似文献
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《生命科学研究》2017,(3):220-227
为探究峨眉山大蚯蚓秉前环毛蚓(Pheretima carnosa)肠道可培养细菌多样性,测定采样点土壤基本理化性质,从蚯蚓肠道中分离可培养细菌并进行16S r DNA系统发育分析,探究分离菌株的相似性、多样性、优势度及均匀度,绘制稀释曲线。结果显示:峨眉山大蚯蚓生活在有机质丰富的土壤环境中,其肠道中分离出的56株细菌分布在3门14属,其中芽孢杆菌属(Bacillus)为明显优势菌群;此外,Shannon-Wiener多样性指数(1.73)、Berger-Parker优势度指数(0.536)、Margalef指数(3.23)、Evenness均匀度指数(0.66)均表明峨眉山大蚯蚓肠道可培养细菌多样性丰富,而且稀释曲线表明尚有大量未分离细菌。上述研究为峨眉山大蚯蚓肠道微生物资源的开发利用奠定了基础。 相似文献