蛋白质结构比较的微分几何方法

本文提出了一种利用蛋白质主链结构的微分几何描述实现蛋白质结构比较的新方法,即用主链的曲率和扰率刻划蛋白质结构有局部构象,再按动态规划算法实现最佳比较。通过对珠蛋白,天冬氨酸蛋白酶和丝氨酸蛋白酶的多重比较表明这个方法既适用于近缘同源蛋白又适用于近缘同源蛋白又适用于远缘同源蛋白的结构比较。     

tRNA研究的近况

转移核糖核酸(tRNA)初期通称为可溶性核糖核酸(sRNA),它的发现已有三十余年的历史。tRNA在蛋白质生物合成的过程中起着关键性的作用,是将核酸的遗传讯息转译成蛋白质一级结构的生物大分子化合物,因此受到重视。早期的研究工作,偏重于从生物材料中分离纯化得到对一种氨基酸专一的纯tRNA,并测定其一级结构(核苷酸排列顺序)。1965年R.W.Holley实验室首先测定了酵母丙氨酸tRNA的一级结构,并因此获得了1968年诺贝尔生理学医学奖。自此以后tRNA的研究一直受到生物化学,分子生物学,分子遗传学等工作     

第三届理论生物物理学术会议会议纪要

中国生物物理学会理论生物物理专业委员会于1992年11月1日—2日在上海生化所举行了第三届理论生物物理学术会议,内容是“蛋白质工程、基因组分析和非线性生物学”参加人数近四十人,其中大都是30岁以下的硕士和博士。宣读的论文已经与国际同行接轨,其主要贡献是:1.蛋白质结构联配-863项目已经制成BX“蛋白质结构联配软件”,从而可能实现远缘同源蛋白质的分子模建。至今的同源分子模建属于近缘同源模建。     

活性多肽研究的概况与展望

<正> 蛋白质结构与功能的研究自五十年代Sanger完成胰岛素的一级结构测定后蓬勃发展,已有上千个蛋白质的一级结构被阐明,上百个晶体结构被测定,获得了大量信息,把分子生物学提到新的高度。但对分子量较小,构象简单而生物功能的重要性并不低于蛋白质的活性多肽的研究却远落后于蛋白质。追其原因主要由于:1)一般多肽类激素在体内含量极低,在10~(-9)克/毫升体液的水平,代谢又快,很容易被相应的蛋白酶所降解。例如下丘脑的各种     

用化学方法降解肽链N-末端被封闭的残基及其鉴定

在测定蛋白质或多肽的一级结构时,常会遇到N-末端被封闭的情况,使Edman降解试剂失去作用,无法用正常的降解程序进行蛋白质或多肽的一级结构的测定。N-末端受封闭的种类很多,其中主要是乙(甲)酰化和焦谷氨酰环化。它们大量存在于自然界的蛋白质或活性多肽中,也有部分是在处理过程中通过化学反应形成的。目前对N-末端酰化的肽链结构除了用质谱法等物化方法测定外,几乎没有别的更好的方法,至于焦谷氨酰残基环化的肽     

从胰岛素研究看等构相互作用在分子识别中的作用

蛋白质分子识别的结构基础是蛋白质的三维结构或折叠,其信息存在于氨基酸序列中。在比较功能已知或未知蛋白质的结构同源性时,常常是根据氨基酸残基的疏水性或亲水性。胰岛素定位突变的研究显示出了“等构相互作用”＾＃在考虑蛋白质同源性中的重要性。“等构相互作用”这一概念使得蛋白质结构与功能研究的视野更加开阔,同时在制药工业中开发多肽与蛋白质的类似物或模拟物有更多的选择。     

用化学方法降解肽链N-末端被封闭的残基及其鉴定

在测定蛋白质或多肽的一级结构时,常会遇到N-末端被封闭的情况,使Edman降解试剂失去作用,无法用正常的降解程序进行蛋白质或多肽的一级结构的测定.N-末端受封闭的种类很多,其中主要是乙(甲)酰化和焦谷氨酰环化.它们大量存在于自然界的蛋白质或活性多肽中,也有部分是在处理过程中通过化学反应形成的.目前对N-末端酰化的肽链结构除了用质谱法等物化方法测定外,几乎没有别的更好的方法,至于焦谷氨酰残基环化的肽     

蛋白质二级结构预测方法初探

蛋白质二级结构的预测是生物信息学中一个重要的研究课题,在对蛋白质组的研究中也是最具难度的一个问题。进行二级结构预测对于理解蛋白质结构与功能的关系,以及分子设计、生物制药等领域都有重要的现实意义。同时也是一级结构与三级结构所联系的媒介,也为三级结构的研究打下基础。虽然目前预测的方法有几十种,但准确率最高的也只有70%多,本文对于目前方法进行分析,希望从中得到更加准确的方法。     

蛋白质进化的几种机制

蛋白质进化的几种机制袁红雨,孙毅（河南省信阳阳师范学院生物系,４６４０００）随着分子生物学的迅速发展,越来越多的蛋白质的一级结构被测定,与此同对,电子计算机技术广泛地运用于生物科学,使人们可以运用电子计算机比较蛋白质的氨基酸排列顺序。这种比较已从对不...     

键的正确书写方法是什么?

答:现行高中“生物”教材中,将肽键写为“-NH-CO-”(甲种本P.13)。有些复习资料据此出题,将“-CO-NH-”这种写法判断为是错误的,这是不正确的,因为蛋白质分子的一级结构是具有方向性的,通常在一级结构的书写表达方法中,将“H_2N-”为头(即把N端     

第二遗传密码与蛋白质结构优化算法

核苷酸通过“三联密码”决定氨基酸顺序 ,这就是第一遗传密码。多肽链中氨基酸的一定顺序就是蛋白质的一级结构。 2 0世纪 5 0年代Ａｎｆｉｎｓｅｎ提出假说 ,认为蛋白质特定的三维空间结构是由氨基酸排列顺序所决定的 ,现在已被广泛接受。从无结构的氨基酸序列到有特定功能的蛋白质的信息传递 ,即蛋白质中的氨基酸序列与其空间结构的对应关系 ,被称为第二遗传密码。收稿日期 :2 0 0 2 - 0 6 - 1 1 ;修回日期 :2 0 0 2 - 0 9- 1 8作者简介 :王华伟 (1 978- ) ,男 ,湖北孝感人 ,硕士生 ,从事生物信息学、ＤＮＡ分子生物计算研究。许进 (1 959…     

病毒衣壳蛋白的解离和重组

在生物微观世界中,某些病毒的结构形态是迄今为止研究得比较透彻的一种。病毒的衣壳蛋白在完成其生物功能——即和病毒核酸的相互作用,而后形成包裹衣壳,是自然界中蛋白质聚合成高级结构(四级结构)的一种典型的有序模型。目前,为数不少的病毒,包括植物、动物及细菌病毒的衣壳蛋白一级结构已经阐明,因此病毒的衣壳蛋白是研究蛋白质的解离、聚合、装配和重组,蛋白质各级结构之间的关系及蛋白质和核酸之间相互作用等问题的一个极好对象。对于病毒衣壳蛋白的解离和重组过程,已有不少研究报道、综述和专著     

质量肽谱在蛋白质结构研究中的应用

蛋白质的一级结构始终是生物学家关心的一个焦点,他们通常使用肽谱分析的方法测定蛋白质的一级结构。肽谱是一种技术,它使用特异性的酶或化学的方法,将蛋白质降解成小肽,然后进行分离和分析[1]。肽谱在蛋白质研究中起着重要的作用,它可以确证蛋白质的序列,用于蛋白质鉴定;鉴定翻译后的修饰及体外的化学修饰;检测单个氨基酸的变异(即突变);鉴定不同的蛋白构型;也可用于产生核苷酸探针检测ＤＮＡ文库;合成多肽诱导...     

蛋白质的折叠模色（foldingmotif）

蛋白质的折叠模色（ｆｏｌｄｉｎｇｍｏｔｉｆ）封面图是根据Ｎａｔｕｒｅ，１９９４，３６７，３３８上刊登的图３和Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９９３，２６８，２６０３４，一文的图２，修改综合而成。通过蛋白质一级结构的比较研究，发现了很多蛋白质都有相同或相似...     

核磁共振技术在蛋白质领域的应用

简要叙述了核磁共振技术(NMR)在蛋白质领域的研究及应用。NMR法通过测定蛋白质在稀溶液状态下反应位点的特定参数来计算蛋白质的三级结构,并可深入了解一定时间范围内化学反应和蛋白质构象转变的动力学过程。通过NMR对抗原决定簇和抗体CDR作图,可以分析其一级结构和三维构象;对抗原抗体动力学的分析,对于设计基因疫苗、检测细胞表面抗原提呈以及分析抗原抗体复合物的构象变化也有着重要意义。     

核磁共振波谱应用于结构生物学的研究进展

综述了核磁共振波谱在结构生物学研究中的进展。在溶液中测定生物大分子的结构,分子大小的限制正被减少,尽管新结构的测定仍然需要付出比较大的努力。核磁共振是一个有效的手段,可用于研究在许多细胞过程中存在的弱的或者瞬态的蛋白质-蛋白质相互作用。结构的柔性在蛋白质分子功能中起了中心作用。由于最近方法学的发展,使NMR可以表征蛋白质的动力学,从而可以对分子机制有新的认识。核磁共振波谱可以在原子分辨率下表征无序的蛋白质系统,可以研究折叠路径。跨膜蛋白在细胞中起了关键作用,这使它们成为药物的靶标。应用液体和固体核磁共振技术已经成功测定了跨膜蛋白质的结构。     

蛋白质折叠、动力学以及蛋白质-配体结合的物理化学基础

蛋白质是生物体的重要组成部分并参与细胞内几乎所有的生物学过程.随着越来越多物种基因组序列的测定,准确理解基因产物的功能并探索蛋白质功能多样性的原因,已经成为当前的研究热点.为了研究蛋白质的功能,已有大量蛋白质的静态三维结构被测定.但是,蛋白功能最终受其动力学行为所控制,这包括折叠过程、构象波动、分子运动以及蛋白质-配体相互作用等.基于自由能图谱理论,本文深入讨论了蛋白质动力学的底层物理化学机制,并回答了以下问题:蛋白质为什么能够折叠、以及如何折叠成其天然三维结构?为什么蛋白质的动力学特征是固有的?其动力学行为如何控制蛋白质的功能?讨论结果将有助于后基因组时代生命科学研究中蛋白质结构-功能关系的理解.     

蛋白质的静态可及性

根据蛋白质分子表面的实际状况,Lee和Richards提出了“可及性”(Accessibility)的概念。本文主要介绍这一新概念,并对蛋白质可及性的定义和计算方法进行了讨论,分析了可及性在研究蛋白质结构—功能关系中的应用。     

基于支持向量机的蛋白质同源寡聚体分类研究

基于支持向量机和贝叶斯方法,从蛋白质一级序列出发对蛋白质同源二聚体、同源三聚体、同源四聚体、同源六聚体进行分类研究,结果表明：基于支持向量机, 采用“一对多”和“一对一”策略, 其分类总精度分别为77.36%和93.43%, 分别比基于贝叶斯协方差判别法的分类总精度50.64%提高26.72和42.79个百分点.从而说明支持向量机可用于蛋白质同源寡聚体分类,且是一种非常有效的方法.对于多类蛋白质同源寡聚体分类,基于相同的机器学习方法（如支持向量机）,采用“一对一”策略比“一对多”效果好.同时亦表明蛋白质同源寡聚体一级序列包含四级结构信息.     

五步蛇蛇毒金属蛋白酶cDNA的克隆和序列分析

抽提五步蛇毒腺总RNA,通过反转录PCR(RT-PCR)扩增出五步蛇毒腺中一种低分子量金属蛋白酶(aculysinl)的cDNA,克隆到pGMT-vector并测定了全序列.推导其编码的蛋白质序列,发现aculysinl是以酶原形式合成的分泌蛋白,酶原包括信号肽、前肽、金属蛋白酶成熟肽和间隔肽4个部分.金属蛋白酶成熟肽与其它蛇毒金属蛋白酶相比,蛋白质一级结构具有一定的同源性,有一个保守的Zn2+结合位点:HEXXHXXGXXH.Aculysinl含有6个半胱氨酸,推测形成3对链内二硫键.五步蛇低分子量金属蛋白酶cDNA的克隆,为研究蛇毒金属蛋白酶结构与功能的关系,以及开发治疗血栓药物打下了良好的基础