分支系统学简介

分支系统学简介樊晋江（浙江省医学科学院寄生虫病研究所杭州３１００１３），关键词分支系统学，分支分类，系统发育１９５０年诞生的分支系统学，现在已经发展成为探索生物系统发育的有效工具之一。分支系统学与现代计算机技术的结合形成了新的分支学科─—数值分支系统...     

一类Hodgkin-Huxley模型的分支研究

考虑一类描述肌细胞膜电位变化的Hodgkin-Huxley模型的分支问题.利用常微分方程的分支理论,结合数值模拟结果,对模型的单参数分支与双参数分支进行了讨论.分析了Bogdanov-Takens分支,得到了相应的鞍结点分支曲线,Hopf分支曲线与同宿分支曲线.     

分支系统学评述

本文论述了分支分类学说的主要内容及有关问题。全文包括7方面的内容：(1)分支分类学说 的哲学原理为波普尔的证伪主义科学哲学;(2)分支分析的三个基本原则是近裔共性原则、严格单系 原则及简约性原则;(3)分支分析的工作步骤包括：单系类群的确立、性状分析、分支分析运算、分支图与分类系统的建立及分支图与性状再分析;(4)本文讨论厂分支分类学派、表型分类学派与演化 分类学派;(5)由于板块构造理论及分支分析的兴起,生物地理学发生了重大变化,出现了传统的演化生物地理学、系统发育生物地理学及替代生物地理学争鸣的局面;(6)由于杂交导致性状矛盾,因 此可以由分支分析识别杂种;(7)由科学理论的三条标准来看,分支系统学属于严格意义的科学理论。     

分支系统学简介

分支系统学简介史立群分支系统学（Ｃｌａｄｉｓｔｉｃｓ）（也有人译为分支分类学、支序学等等）,是推测生物体之间相互关系的一种特殊方法。象其他方法一样,它有着一套自身的假设、程式和局限性。它于１９５０年由德国昆虫学家和分类学家Ｗ．Ｈｅｎｎｉｇ首次提出并兴...     

分支分类问题的遗传算法

分支分类问题可归结为聚类问题.通常的分支分类方法一般只能保证得到局部最优解.本文首先给出一种聚类方法,即同步插入法,然后将之转化为离散空间上的优化问题,并应用遗传算法以期得到全局最优解.实验结果表明该方法是正确和可行的.     

木兰科植物的分支分析

本文以形态学为依据,参考其它学科的研究成果,用分支分析的方法探讨了木兰科研下系统的演化关系,并提出了一些设想和建议。在分支分析中,番荔枝科原始的紫玉盘属被和在群。主要根据外类群比较原则,化石原则和一般演化规律,确定了性状的祖征和衍征,共选取２７个性状,采用ＰＡＵＰ３．１．１和Ｈｅｎｎｉｎｇ８６ｖ．１．５分别在Ｍａｃｉｎｔｏｃｈ和ＩＢＭ微机上运行,以前才以启发法搜索,后者以ＢＢ命令运算,经严格一致化     

分支系统学简介

分支系统学是本世纪70年代以来发展起来的一个新的系统学派。本文扼要地介绍了分支系统学的创立、历史和发展,分支系统学的基本概念、特征分析法以及分支系统学的广泛应用给现代生物系统学所带来的广泛影响和冲击。     

分支系统学简介

分支系统学是本世纪70年代以来发展起来的一个新的系统学派。本文扼要地介绍了分支系统学的创立、历史和发展,分支系统学的基本概念、特征分析法以及分支系统学的广泛应用给现代生物系统学所带来广泛影响和冲击。     

滇桐属系统位置的分支分析

本文以讨论系统位置有争议的滇桐属的归属问题,尝试在植物分类学中具体应用分支系统学原理和方法的可能性。作者认为近年来分支系统学中出现的一种倾向,即不再强调祖先和直接的谱系关系,而把分支图解仅仅作为一种归类手段,为本文提供了理论基础。通过对梧桐科和椴树科7个属15个性状状态的分支分析,建立了符合简约性原则的分支图解。分支图解表明,滇桐属与通常置于梧桐科的马克韦桐属具有较密切的关系,而它们与椴树科的关系比与梧桐科的关系更接近。结论支持把滇桐属作为椴树科成员的观点。     

木兰科的分支分析

主要以形态学、解剖学、细胞学为依据,以德坚木属为外类群,用分支分析的方法探讨了木兰科属间的系统发育关系。有２３个分支单位,选取３２个性状,根据外类群比较原则和化石地层学资料,确定了性状的祖征和衍征。对数据矩阵的分支分析使用ＰＡＵＰ３．１．１和Ｈｅｎｎｉｇ ８６ ｖ．１．５分别在Ｍａｃｉｎｔｏｓｈ和ＩＢＭ机上运行,前者以启发法,后者以ＢＢ命令运算,经严格一致化处理,得到一致化分支图。结果表明：１）木     

景观空间动态模型研究现状和应重点解决的问题

分析了景观空间动态模型研究的现状及今后的重点发展方向。论文重点介绍了随机景观模型、邻域规则模型和景观过程模型(包括渗透模型、个体行为模型和空间生态系统模型)3类景观空间模型的发展现状、存在的主要问题以及对这些模型途径进行完善的有关工作,并从确证性分析、有效性分析与敏感性分析等3个方面阐述了模型检验技术的发展现状。最后,总结了未来景观空间动态模型发展中应重点解决的主要问题,即模型算法的优化、尺度转换、模型的复杂化与简化、模型检验与评价,通用模型的建立以及传统模型与社会经济因素衔接问题。     

气孔导度模型在北方农牧交错带的适用性评价——以马铃薯和油葵为例

基于北方农牧交错带主要作物马铃薯和油葵的叶片气孔导度、净光合速率和气象因子的平行观测数据,对常用气孔导度模型(Jarvis模型、Ball-Berry模型、Leuning模型和Medlyn模型)进行了适用性评价.结果表明:马铃薯的气孔导度与净光合速率呈现较强的线性关系,而油葵气孔导度与净光合速率的线性关系较弱.对于马铃薯气孔导度,Ball-Berry模型模拟效果最佳,Leuning模型和Medlyn模型次之,Jarvis模型模拟效果最差;各模型的模拟值与观测值的均方根误差(RMSE)分别为0.0331、0.0371、0.0456和0.0794 mol·m^-2·s^-1,归一化均方根误差(NRMSE)分别为26.8%、30.0%、36.9%和64.3%,拟合度(R²)分别为0.96、0.61、0.91和0.88.对于油葵的气孔导度,Jarvis模型模拟效果略好于Ball-Berry模型、Medlyn模型和Leuning模型,其RMSE分别为0.2221、0.2534、0.2547和0.2758 mol·m^-2·s^-1,NRMSE分别为40.3%、46.0%、46.2%和50.1%,R²分别为0.38、0.22、0.23和0.20.气象因子对气孔导度作用的通径分析表明,北方农牧交错带马铃薯和油葵气孔导度日变化主要受饱和水汽压差影响.模型评价结果表明用于油葵的气孔导度模型需要进一步改进.     

Reliability Analysis of the Groundwater Conceptual Model

The hydrologic model is the foundation of water resource management and planning. Conceptual model is the essential component of groundwater model. Due to limited understanding of natural hydrogeological conditions, the conceptual model is always constructed incompletely. Therefore, the uncertainty in the model's output is evitable when natural groundwater field is simulated by a single groundwater model. A synthetic groundwater model is built and regarded as the true model, and three alternative conceptual models are constructed by considering incomplete hydrogeological conditions. The outputs (groundwater budget terms from boundary conditions) of these groundwater models are analyzed statistically. The results show that when the conceptual model is closer to the true hydrogeological conditions, the distributions of outputs of the groundwater model are more concentrated on the true outputs. Therefore, the more reliable the structure of the conceptual model is, the more reliable the output of the groundwater model is. Moreover, the uncertainty caused by the conceptual model cannot be compensated by parameter uncertainty.     

大兴安岭塔河地区林火发生的优势预测模型选择

选取在经济学和社会科学领域广泛应用的零膨胀模型(zero-inflated models)和栅栏模型(Hurdle models)对大兴安岭地区林火发生进行模拟,应用赤池准则(AIC)、似然比检验(LR)和模型残差平方和(SSR)对两类共4个回归模型——零膨胀泊松模型(ZIP)、零膨胀负二项模型(ZINB)、栅栏泊松模型(PH)、栅栏负二项模型(NBH)进行拟合分析,最终选取适合此林火发生特性的预测模型.模型的AIC和SSR值表明,ZINB模型对当地林火数据的拟合度最高.运用LR检验对嵌套模型(ZINB与ZIP,NBH与PH)进行检验,结果显示: ZINB和NBH均优于各自的嵌入模型,说明负二项(NB)模型对数据结构中的过度离散现象可以很好地模拟和解释.根据研究区林火实际发生规律和两类不同模型的应用假设条件判断,零膨胀模型更适合塔河地区的林火特性.     

Decompositions for 2-Ratios-Parameter Symmetry Model in Square Contingency Tables with Ordered Categoriesat

For square contingency tables with ordered categories, Agresti (1983) considered the linear diagonals-parameter symmetry model. An extended model including that model is proposed which has only one more parameter than that model. The model also includes the conditional symmetry model considered by McCullagh (1978). Decompositions for the proposed model and Agresti's model are given.     

Statistical methods for estimating doubling time in in vitro cell growth

Summary Doubling time has been widely used to represent the growth pattern of cells. A traditional method for finding the doubling time is to apply gray-scaled cells, where the logarithmic transformed scale is used. As an alternative statistical method, the log-linear model was recently proposed, for which actual cell numbers are used instead of the transformed gray-scaled cells. In this paper, I extend the log-linear model and propose the extended log-linear model. This model is designed for extra-Poisson variation, where the log-linear model produces the less appropriate estimate of the doubling time. Moreover, I compare statistical properties of the gray-scaled method, the log-linear model, and the extended log-linear model. For this purpose, I perform a Monte Carlo simulation study with three data-generating models: the additive error model, the multiplicative error model, and the overdispersed Poisson model. From the simulation study, I found that the gray-scaled method highly depends on the normality assumption of the gray-scaled cells; hence, this method is appropriate when the error model is multiplicative with the log-normally distributed errors. However, it is less efficient for other types of error distributions, especially when the error model is additive or the errors follow the Poisson distribution. The estimated standard error for the doubling time is not accurate in this case. The log-linear model was found to be efficient when the errors follow the Poisson distribution or nearly Poisson distribution. The efficiency of the log-linear model was decreased accordingly as the overdispersion increased, compared to the extended log-linear model. When the error model is additive or multiplicative with Gamma-distributed errors, the log-linear model is more efficient than the gray-scaled method. The extended log-linear model performs well overall for all three data-generating models. The loss of efficiency of the extended log-linear model is observed only when the error model is multiplicative with log-normally distributed errors, where the gray-scaled method is appropriate. However, the extended log-linear model is more efficient than the log-linear model in this case.     

熟鸡肉中金黄色葡萄球菌生长预测模型的建立

【目的】研究不同浓度和不同温度条件下金黄色葡萄球菌接种在熟鸡肉中的生长情况,比较3种常见预测模型拟合的准确性,选择最适合的预测模型建立一级和二级模型,为进一步探讨建立三级模型提供数据基础。【方法】测定浓度为102、103和104 CFU/g的金黄色葡萄球菌接种在15-36°C熟鸡肉中的生长数据,使用Matlab软件分别建立修正的Gompertz、Logistic和Baranyi模型,通过比较残差和拟合度(RSS、AIC、RSE)选择最优模型,并且拟合出生长参数(迟滞期、最大比生长速率和最大细胞密度),在此基础上通过响应面方程建立二级模型。最后对模型的可靠性进行了内部和外部实验验证。【结果】36°C和29°C条件下,修正的Gompertz模型最适合;22°C和15°C条件下,最适合模型按接种浓度依次为修正的Gompertz、Logistic和Baranyi模型,综合考虑,最优模型选择修正的Gompertz模型。通过计算预测标准差(%SEP)、平方根误差(RMSE)、准确性因子(Af)和偏差因子(Bf)对建立的二级模型进行数学检验,检验结果均在可接受范围内。【结论】用修正的Gompertz方程和响应面方程建立的一、二级预测模型可以为建立三级模型提供有效、精确的基础。     

用光合-蒸散耦合模型模拟冬小麦CO2通量的日变化

根据 SPAC理论建立了一个冬小麦光合和蒸散的耦合模型。冬小麦 CO2 通量包括冠层光合、呼吸和土壤呼吸。冠层光合采用了 Farquhar光合作用生化模型 ,并通过冠层阻力的参数化将光合作用与蒸腾作用耦合起来。用涡度相关方法观测了 CO2通量 ,对模型进行了验证 ,结果显示模型可以较好地模拟 CO2 通量日变化过程。对模型的敏感性分析发现日间 CO2 通量最敏感的参数是初始量子效率。其次 ,CO2 通量对光响应曲线凸度、CO2 补偿点、凋萎点和叶面积指数的变化也有着较强的敏感性 ;夜间 CO2 通量敏感的参数是最适温度下 Rubisco催化能力和暗呼吸参数     

用光合-蒸散耦合模型模拟冬小麦CO2通量的日变化

根据SPAC理论建立了一个冬小麦光合和蒸散的耦合模型.冬小麦CO2通量包括冠层光合、呼吸和土壤呼吸.冠层光合采用了Farquhar光合作用生化模型,并通过冠层阻力的参数化将光合作用与蒸腾作用耦合起来.用涡度相关方法观测了CO2通量,对模型进行了验证,结果显示模型可以较好地模拟CO2通量日变化过程.对模型的敏感性分析发现日间CO2通量最敏感的参数是初始量子效率.其次,CO2通量对光响应曲线凸度、CO2补偿点、凋萎点和叶面积指数的变化也有着较强的敏感性;夜间CO2通量敏感的参数是最适温度下Rubisco催化能力和暗呼吸参数.     

Analysis of several biomechanical models for the simulation of lamb liver behaviour using similarity coefficients from medical image

In this study, six biomechanical models for simulating lamb liver behaviour are presented. They are validated using similarity coefficients from Medical Image on reconstructed volumes from computerised tomography images. In particular, the Jaccard and Hausdorff coefficients are used. Loads of 20 and 40 g are applied to the livers and their deformation is simulated by means of the finite element method. The models used are a linear elastic model, a neo-Hookean model, a Mooney–Rivlin model, an Ogden model, a linear viscoelastic model and a viscohyperelastic model. The model that provided a behaviour that is closest to reality was the viscohyperelastic model, where the hyperelastic part was modelled with an Ogden model.