人体蠕形螨的DNA提取与随机引物PCR检测

【目的】探索人体毛囊蠕形螨和皮脂蠕形螨DNA的提取方法。【方法】采用液氮反复冻融研磨法破碎螨体细胞, 选用改良小昆虫DNA提取法、碱裂解法和试剂盒提取法, 分别提取冻存时间在5个月内和8~10个月的毛囊蠕形螨和皮脂蠕形螨基因组DNA, 并用随机引物PCR方法进行检测。【结果】蛋白核酸测定仪检测结果显示, 试剂盒法提取的DNA纯度较高、量较多, 明显优于改良小昆虫法和碱裂解法。随机引物扩增结果显示清晰的DNA指纹图谱, 两种人体蠕形螨DNA指纹具有明显差异。蠕形螨冻存时间影响DNA提取的量, 但对DNA提取的纯度和RAPD指纹图谱影响较小。不同DNA提取方法提取的同一种蠕形螨DNA指纹图谱基本相似, 试剂盒法和改良小昆虫法提取的DNA样本条带多而清晰, 碱裂解法提取的样本条带少而模糊。【结论】液氮反复冻融研磨法破碎蠕形螨细胞是有效的, 蠕形螨冻存时间不宜超过6个月, 试剂盒提取法是提取蠕形螨DNA的好方法。RAPD技术可以用于这两种人体蠕形螨DNA分子水平上的检测和分类。     

DNA指纹图谱法及其应用

DNA指纹图谱法是利用卫星DNA作探针,探测不同生物的卫星区,产生相应的DNA指纹图谱的杂交方法。它是八十年代中期发展起来的最新技术。短暂几年,该法得到迅速发展和完善,并在法医学、人类遗传学以及鸟类和其它哺乳类的遗传研究中得到广泛应用。     

DNA指纹图谱的创造者——杰弗里

20世纪80年代出现的DNA指纹图谱为个体的身份鉴定提供了一个精确的方法,已经在法医学、亲子鉴定以及移民身份确定等方面得到了广泛的应用.杰弗里是英国的一位遗传学家,通过研究基因组中卫星DNA的特征而开发出了DNA指纹图谱技术,从而为分子生物学提供了一项新的研究手段.对杰弗里生平的了解有利于对DNA指纹图谱技术的发现背景、发现过程及广泛应用有一个轮廓性的认识.     

胶带纸粘面上汗潜指纹的STR分型检测

目的:建立胶带纸粘面上汗潜指纹的STR分型检测方法.方法:采用EZ1 Tissue试剂盒与EZ1 BioRobot全自动DNA纯化装置提取纯化汗潜指纹中的DNA,低拷贝模板(LCN)STR复合扩增,荧光电泳检测.结果:胶带纸粘面上的汗游指纹可得到完整的powerplex16基因座的STR分型,经磺酸双三嗪类荧光显色液喷雾显现的胶带纸粘面的汗潜指纹可成功进行PowerPlex16位点的分型.结论:成功建立了胶带纸粘面上汗潜指纹的微量DNA检验方法.     

土壤微生物群落多样性解析法:从培养到非培养

土壤微生物群落多样性是土壤微生物生态学和环境科学的重点研究内容之一.传统的土壤微生物群落多样性解析技术是指纯培养分离法(平板分离和形态分析法以及群落水平生理学指纹法).后来,研究者们建立了多样性评价较为客观的生物标记法(磷脂脂肪酸法和呼吸醌指纹法).随着土壤基因组提取技术和基因片段扩增(PCR)技术的发展,大量的现代分子生物学技术不断地涌现并极大地推动了土壤微生物群落多样性的研究进程.这些技术主要包括:G+C％含量、DNA复性动力学、核酸杂交法(FISH和DNA芯片技术)、土壤宏基因组学以及DNA指纹图谱技术等.综述了这些技术的基本原理、比较了各种技术的优缺点并且介绍了他们在土壤微生物群落多样性研究中的应用,展望了这些技术的发展方向.     

动物的双亲判别与DNA指纹图谱

在亲缘识别和婚配选择等动物行为学研究中,需要知道动物之间的亲缘关系。通过分析以往的各种双亲判别方法,如蛋白电泳和血清学技术等,其中DNA指纹图谱法被认为是目前最好的。这种方法已在许多种动物(狗、猫、小家鼠、家燕、蓠雀、天鹅等)和人的研究中得到应用。DNA指纹图谱方法的基本原理是这样,两个动物的DNA 片断具有完全相同的碱基排序的情形从理论上讲其可能性极小,所以每个个体(除同卵双生子外)的DNA经提取、酶切、凝胶电泳、RNA或DNA探针杂交和放射性自显影后所形成的条带分布应该是有区别的、具有个体的特异性,这些条带就是DNA指纹图谱。动物个体DNA 指纹图谱中的每一条带,除了偶然发生的基因突变, 都可以从父母双方、或父方、或母方找到。据此,本文介绍了如何使用DNA指纹图谱进行包括父方和母方亲代判别的方法,如条带比较法和相似性系数法。     

用REP—PCRDNA指纹鉴别Frankia菌

用4种方法提取CPI1菌基因组DNA,并进行了REP-PCR扩增,结果表明,提取方法不影响REP-PCR带型。对14株Frankia菌株作REP-PCRDNA指纹分析,并对之进行比较鉴别,证明REP-PCR指纹法能有效地实现菌株间的差异鉴别,其结果与DNA同源相关性所得结果具有良好的相关性。     

改良DNA指纹图谱的新技术

DNA指纹技术发明者Alec Jeffreys研究小组开发了一种DNA分类的新方法。由此排除了旧方法的许多局限性。旧方法利用衔接重复小卫星或可变量衔接重复子(VNTR)位点(其重复拷贝数显示高度等位变异),由此,当用限制性酶切时产生可变量DNA片段长度。随着PCR的出现,现已可对极短小的衔接重复小卫星进行扩增,从而提高了该技术的灵敏度。采用PCR法还可以从降解的DNA样本获得指纹的图谱。     

RAPD条件优化及天麻基因组DNA多态性分析

建立了RAPD扩增条件快速优化程序与方法．并应用于天麻基因组DNA扩增条件的优化及多态性的测定：获得了天麻基因组DNA的RAPD扩增优化条件和DNA指纹图谱;分析了模板DNA、引物、dNTP、Taq DNA聚合酶等的浓度和退火温度对RAPD扩增的影响．结果表明：天麻基因组DNA用引物S1扩增的片段具有更明显的多态性,这种指纹图谱更适合于天麻遗传分化研究;而用引物S12扩增的DNA指纹图谱具有更大的相似性,这种指纹图谱更适合于天麻真伪鉴别．该方法使RAPD扩增条件优化过程实现了程序化和数量化,是获得RAPD优化条件的简便快速、经济实用方法．应用该方法进行RAPD扩增,可获得图谱清晰、稳定可靠的实验结果．     

鲍曼不动杆菌随机扩增多态性DNA法基因分型的研究

目的 利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对鲍曼不动杆菌进行基因分型建立DNA指纹图谱,调查该菌在各临床科室的流行情况,并将其与药敏谱进行比较.方法 随机收集中南大学湘雅二医院2007年9月到2008年9月分离出的86株鲍曼不动杆菌,采用WHO推荐的K-B法对鲍曼不动杆菌进行药物敏感试验,建立药敏谱,同时利用随机扩增多态性DNA法(RAPD)技术进行基因分型,建立DNA指纹图谱,对二者进行比较,然后结合药敏谱和指纹图谱分析各临床科室鲍曼不动杆菌的感染情况.结果 药物敏感试验将86株鲍曼不动杆菌分为47型,RAPD技术将其分为14型,其中A、F、D、B和L型为5种优势型,其菌株数分别为22、15、11、9和7株.本院ICU,老年病科,神经内科,呼吸内科,神经外科鲍曼不动杆菌检出率较高.结论 RAPD分型方法优于药敏分型,其在流行病学研究上更能证实菌株的相关性,在早期发现和预防感染暴发流行中起重要作用.     

近交系大鼠DNA指纹分析研究

目的建立DNA指纹技术对近交系大鼠遗传监测的方法.方法采用DNA指纹图法对国内已知的7个品系9个近交系大鼠群体进行了分析,并对相同DNA进行了多次DNA指纹图重复实验.结果(1)不同品系之间DNA指纹图差异较大,其平均图带数为16.360±2.178,共有带率为0.061±0.008,相似系数为0.062±0.008,相同DNA指纹图概率为3.691×10-23.(2)同一群体不同个体之间DNA指纹图带的相似系数和共有带率(除SHR(哈)和WKY(哈)小于0.7外),其他均在大于0.9.(3)不同地区同一SHR和同一WKY品系间DNA指纹图也存在不同,其相似系数和共有带率均小于0.6.(4)相同DNA不同次制作的DNA指纹图谱基本一致(P>0.05).结论证实了该方法在近交系大鼠遗传监测中的可行性.     

海南龙血树DNA提取与ISSR反应体系的优化

目的:从海南龙血树叶片巾提取出高质量的总DNA,建立与优化海南龙血树ISSR的反应体系.方法:采用4种DNA提取方法,提取海南龙血树叶片中的总DNA,并对DNA进行紫外和电泳检测.采用改良CTAB法提取了基因组DNA模板,对海南龙血树ISSR-PCR反应体系中各个主要影响因子进行了优化和筛选.结果:改良CTAB法提取的DNA A260/A260在1.7～1.9之间,纯度高、杂质少、DNA完整性好.根据PCR产物的琼脂精凝胶检测结果,由试验得到的最佳反应体系为:60ng模板DNA,1.5mmol/L Mg2+,0.25mmol/L dNTPs,1.0μmol/L引物,1U Taq酶,总体积为20μl.结论:改良CTAB法可以从海南龙血树叶片中提取高质最DNA,该反应体系适用于应用ISSR标记开展海南龙血树DNA指纹、遗传多样性等研究.     

指纹图谱技术在黄芩质量控制中的应用

通过目前国内外对黄芩指纹图谱研究的考察,重点论述了高效液相指纹图谱、毛细管电泳指纹图谱、红外指纹图谱、DNA指纹图谱等在黄芩质量控制中的应用,为提高黄芩质量控制水平提供依据.     

甘薯质体遗传方式的DNA指纹图谱分析

用DNA指纹图谱分析了甘薯(Ipomoea batatas Lam.)徐薯18和AB78-1品系及它们的正反交子代叶绿体DNA,结果显示子代叶绿体DNA指纹均与母本相同,而未发现与父本或双亲相同的指纹图谱,因此在该杂交组合中质体遗传方式为母系遗传.这个结论与先前根据细胞学研究所推测的甘薯质体遗传方式不同,表明旋花科植物可能并不存在一个一致的父系或双亲质体传递模式.DNA指纹图谱分析用于质体遗传的研究尚未见报道,本文对其优越性进行了讨论.     

RAPD技术在微生物学领域的研究与应用

新型DNA指纹技术--RAPD(随机多态DNA)作为一种基因分析法,具有简便、重复性好、价格相对低廉等诸多优点,在无需预知靶基因DNA的情况下,可迅速得出多态性很好的DNA指纹图.目前,这种方法在细菌、分枝杆菌、真菌等领域中都已得到了广泛的应用.     

武夷山及周边地区黄精植物ISSR分子标记鉴定及HPLC指纹图谱研究

采用ISSR分子标记鉴定方法及HPLC色谱方法对武夷山及周边地区5份黄精植物样本进行DNA分子标记鉴定及指纹图谱分析,并通过聚类分析软件分别探讨其遗传相关聚类图谱。ISSR分子标记法能较好地对5份黄精植物样本进行区分,HPLC指纹图谱分析同样表明5份黄精样本化学成分存在一定的差别。DNA分子标记及HPLC指纹图谱分析的遗传相关聚类分析结果相似,表明武夷山及周边地区的野生黄精种质资源存在明显的差别。     

幽门螺杆菌临床分离株的随机扩增多态性DNA指纹图分析

目的:建立武汉及周边地区幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染病人胃内分离的Hp的DNA指纹图谱,并进行数理统计分析,探讨Hp基因型与疾病的相互关系,为临床诊断、防治及致病机制提供理论与实践基础.方法:采取随机扩增多态性DNA指纹法(Random amplified polymorphic DNA,RAPD)对48例病人Hp基因组DNA进行PCR反应,其随机引物为:1290 5'-GTGGATGCGA-3'.反应产物经2%琼脂糖凝胶电泳,成像存盘.用统计分析软件(Statistic analysis software,SAS)对Hp DNA指纹图的相似性以及与疾病的相关性进行分析.结果:每个菌株都有其独特的DNA指纹图,显示其基因的多态性;计算机聚类分析显示:Hp DNA指纹图可分为两大类,其与宿主疾病之间有一定程度的相关性(P＜0.05).结论:(1)RAPD对 Hp DNA扩增结果是稳定、可靠的,是一种较好的分型方法.(2)幽门螺杆菌感染所致疾病可能与其基因型相关.     

DNA指纹图谱技术在作物品种(系)鉴定与纯度分析中的应用

阐述了常用DNA指纹图谱技术（RFLP、RAPD、SSR、AFLP等）以及其他的几种DNA指纹图谱技术（SCAR、ISSR、SNP、SRAP、TRAP等）的原理、优点及其应用研究概况,认为利用DNA指纹技术通过鉴定品种DNA水平上的差异来鉴定品种真实性和纯度,具有准确可靠、成本较低、不受环境因素影响、便于实现鉴定自动化,且可鉴定表型上难于鉴别的品种等优点;已初步应用于多种作物的品种真实性和纯度分析,有些已实现商业化。虽然DNA指纹技术还存在许多不足,该文认为利用DNA指纹图谱鉴定品种纯度和真实性是品种鉴定的发展趋势,应加大力度不断完善和发展DNA图谱鉴定技术,实现DNA指纹鉴定的简单化、自动化和商业化。     

DNA指纹图谱在乳酸菌分类鉴定中的应用

目的 探讨DNA指纹图谱在乳酸菌分类鉴定中的应用。方法 选用S23随机引物,对乳酸菌基因组DNA进行RAPD随机扩增,获得能够区分不同菌株的DNA指纹图谱,依据图谱DNA条带的多态性,对10株乳酸菌菌株进行分类与鉴定。结果 实验室保藏菌株LAP2、LAT、LAM、LAC和LAO之间的基因组DNA相似性达80%,亲缘关系最为相近,而LAB菌株与所有菌株的亲缘关系最远。结论 DNA指纹图谱技术与常规方法结合使用,将使乳酸菌的分类、鉴定更为准确、便捷。     

甘蓝品种'争春'和'寒光2号'的DNA指纹图谱构建

用SDS法提取甘蓝（Brassfca oleraceavat．capitata）品种‘争春’、‘寒光2号’及其各自亲本的基因组DNA,通过SRAP、RAPD两种分子标记方法,构建其DNA指纹图谱,用于种子纯度鉴定。利用30对SRAP引物组合和200个RAPD随机引物,以各品种及其亲本的基因组DNA为模板组进行筛选,结果显示：多数SRAP引物组合对模板组的扩增带型一致,少数组合扩增出差异,但未能找到具有互补差异的引物组合;通过RAPD标记方法筛选出能鉴定2个品种纯度的引物分别为S42、S103、S193和S42、S89、S151,其中引物S42对2组材料均能扩增出特异的RAPD指纹图谱,并将RAPD指纹图谱转变为相应的数字指纹。