北京地区G1—G4型人轮状病毒地方株VP7编码基因的序列分析

本文报告了北京地区流行的４个轮状病毒地方株（Ｇ１－Ｇ４）ＶＰ７编码基因的核苷酸序列。４个地方株的该基因核苷酸全长均为１０６２ｂｐ,读码框架在已往的研究一致。地方株和相同血清型的标准株之间ＶＰ７氨基酸序列具有高度同源性（９２－９４％）,而不同血清型间则是较大（６９－８０％）。不同血清型间氨基酸序列的变异主要存在于高变区内,高变区以外的区域在不同血清型轮状病毒间保守。这一序列分析结果进一步从分子水平分     

在昆虫细胞中表达G2型轮状病毒地方株VP7基因

Ａ组轮状病毒是导致婴幼儿重症腹泻的最主要病毒病原,ＶＰ７是病毒外壳上的主要糖蛋白,它具有中和抗原活性,与病毒的毒力及免疫保护性有关,也是划分病毒血清型的最主要标志之一〔１〕。ＶＰ７基因及其编码蛋白一直是人们研究的主要对象,很多研究工作和诊断试剂都需大...     

G1型A组轮状病毒地方株VP7基因在杆状病毒系统中的表达

Ａ组轮状病毒是导致婴幼儿重症腹泻的最主要病毒病原,每年因轮状病毒腹泻造成的死亡超过１００万人。ＶＰ７是病毒外壳上的主要糖蛋白,具有中和抗原活性,与病毒的毒力及免疫保护性有关。也是划分血清型的主要标志,而对疫苗的研究证明,不同血清型之间的交叉保护作用甚...     

北京地区G1-G4型人轮状病毒地方株VP7编码基因的序列分析

本文报告了北京地区流行的４个轮状病毒地方株（Ｇ１－Ｇ４）ＶＰ７编码基因的核苷酸序列。４个地方株的该基因核苷酸全长均为１０６２ｂｐ,读码框架和已往的研究一致。地方株和相同血清型的标准株之间ＶＰ７氨基酸序列具有高度同源性（９２％－９４％）,而不同血清型间则变异较大（６９％－８０％）。不同血清型间氨基酸序列的变异主要存在于高变区内,高变区以外的区域在不同血清型轮状病毒间保守。这一序列分析结果进一步从分子水平分析了地方流行毒株的血清型别,揭示了轮状病毒地方流行毒株和标准株之间ＶＰ７序列的变异情况     

南京地区2012～2013年G9型轮状病毒VP7基因特征的分析

A组轮状病毒是引起成人和婴幼儿急性腹泻的主要病原。了解轮状病毒流行株的型别,对主要中和抗原VP7的编码基因进行遗传变异分析,可为当地轮状病毒疫苗的应用和开发提供指导。我们对2012年10月至2013年12月南京地区908例腹泻门诊患者的粪便标本进行轮状病毒检测,采用RT-PCR方法对随机抽取的50份阳性标本进行G分型,并对其中19份G9型轮状病毒的VP7基因序列测序分析。结果发现轮状病毒阳性率11.34%(103/908),其中以G9型为主,占78.0%(39/50),其次是G2、G1和G3型。对G9型轮状病毒VP7基因核苷酸序列进行分析,显示主要分为G9-VI亚型和G9-III亚型,以G9-VI亚型为主,且属于中国和日本G9型轮状病毒亚簇,部分毒株在A、B、C、F四个中和抗原表位中有变异,这可能有助于G9型轮状病毒的流行,值得引起注意。     

昆明婴幼儿腹泻的轮状病毒分子基因特征研究

目的了解昆明婴幼儿腹泻中轮状病毒感染情况。方法收集昆明医学院第一附属医院儿科2004年10-12月住院的腹泻的患儿粪便标本60份,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）法和RT—PCR法进行轮状病毒分型。结果60份粪便标本中,29份检测到A组轮状病毒RNA基因,阳性检出率为48.3％,未发现B组及C组轮状病毒。其中RNA长型有29份（100％）,未发现短型和混合型。对29份有明确编号的轮状病毒阳性标本来源的患儿分析显示,平均发病年龄10.5个月。29份标本中,有20份可用RT—PCR分型,均为G3型,未发现其他型。结论A组轮状病毒是昆明地区5岁以下婴幼儿腹泻病的主要病原,3月龄-2岁婴幼儿是轮状病毒的易感人群,以冬季10月份至12月份为流行高峰,基因组以长型为主,血清型为G3型。     

A组轮状病毒G4型地方株VP7基因在杆状病毒系统中的表达

Ａ组轮状病毒是导致婴幼儿重症腹泻的最主要病毒病原,位于病毒外壳上的ＶＰ４和ＶＰ７蛋白具有中和抗原活性,与病毒的毒力及免疫保护性有关。ＶＰ７是外壳上的主要糖蛋白,根据其抗原性的不同,可将Ａ组轮状病毒划分出不同的血清型（Ｇ１～Ｇ１４）［１］,而对疫苗的研...     

婴幼儿腹泻A群轮状病毒G和P的基因分型研究

目的研究浙江萧山医院婴幼儿童腹泻标本中人轮状病毒（Human Rotavims）毒株的感染情况及G和P基因型流行特点。方法收集该院2009年8月至2010年8月腹泻儿童15233份粪便标本采用酶联免疫吸附试验、逆转录-巢式聚合酶链反应进行轮状病毒病原检测,将128份阳性标本进行VP7和VP4基本分型。结果15233份婴幼儿腹泻标本中有2706份标本为轮状病毒阳性,阳性率17．8％;男孩和女孩检出率差异无统计学意义,以6-12月龄段检出率最高;对128份阳性标本进行G血清分型和P基因分型,G1型53份（41．4％）、G3型38份（29．7％）、G1G3型17份（13．3％）、G未分型20份（15．6％）;P[8]型72份（56．3％）、P[4]型16份（12．5％）、P[8]P[4]型3份（2．3％）、P未分型37份（28．9％）,G血清型和P基因型的组合以G1P[8]为主,占29．7％（38／128）。结论浙江萧山医院A群轮状病毒G血清以G1型为主,其次为G3型,P基因型以P[8]型为主。     

羊轮状病毒NT株VP1基因的测序和分子进化分析

摘要：【目的】为了研究羊轮状病毒NT株VP1基因的遗传进化规律,【方法】根据GenBank中相关VP1基因的保守序列,设计合成引物,扩增NT株VP1基因并进行克隆测序和序列分析。【结果】 氨基酸序列比较表明NT株与其他毒株VP1基因的相似性为77.3%～98.4%,且氨基酸突变多发生在VP1蛋白的非功能区。VP1蛋白进化树表明NT株与牛轮状病毒处于同一进化分支,有较近的亲缘关系。结合26株具有代表性的轮状病毒,计算毒株间VP1基因的核苷酸和氨基酸进化距离,并对核苷酸的同义突变率（dS）和非同义突变率（dN）进行研究,发现dN/dS的比值小于1,说明同义替代是VP1基因在进化过程中的主要变异。【结论】本文首次对羊轮状病毒NT株进行了VP1基因的测序,并对VP1基因的进化距离和进化规律进行深入探讨。     

2018–2020年人轮状病毒锦州地方株VP4及VP7基因特征

【背景】人A组轮状病毒(Rotavirus Group A,RVA)是婴幼儿胃肠炎的主要病原体及发展中国家婴幼儿死亡的重要原因,目前无特效药物治疗,疫苗预防是唯一可行的预防感染方法。外衣壳蛋白VP7和VP4是疫苗设计的主要靶点,针对该基因加强RVA地方株分子流行病学监测十分必要。【目的】对锦州地方流行RVA株VP7和VP4基因进行型别鉴定和序列特征分析。【方法】收集锦州地区2018-2020年RVA感染腹泻患儿的粪便标本,提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增VP7、VP4基因片段并测序,得到7株RVA VP7和VP4序列。使用在线基因分型工具Rota C V2.0对测序结果进行分型分析。应用BLAST、DNAStar、MEGA X、Bio Edit等生物软件与临床流行株及疫苗株进行系统发育分析及氨基酸序列比对分析。【结果】分型结果表明7株锦州地方株均为G9P[8]型,系统发育分析证实其VP7和VP4基因分别属于G9-Ⅵ和P[8]-3谱系,核苷酸序列相似性分别为99.32%-100%与99.41%-100%。JZ株VP7与疫苗株Rotavac和Rotasiil相比,在抗原表位区7-1a、7-1b、7-2中分别存在4个和3个氨基酸替换。JZ株VP4与疫苗株Rotarix和Rota Teq VP4氨基酸序列相比,发现7个和4个氨基酸替换,位于抗原表位区8-1和8-3。【结论】2018-2020年在辽宁锦州地区检测到7株G9P[8]型RVA株,VP7和VP4序列相似性高于99%,G9P[8]型可能是辽宁省锦州地区2018-2020年婴幼儿轮状病毒腹泻的主要流行基因型之一。与同基因型疫苗株比较,位于JZ株VP7和VP4抗原表位区的氨基酸位点差异对于野毒株免疫逃逸机制的研究具有意义。     

G5型人A组轮状病毒LL36755株的VP4、VP6和NSP4编码基因的分子特征

最近在亚洲首次发现并报道了感染人的G5型人A组轮状病毒LL36755株,为进一步探讨其进化来源,克隆了G5型人A组轮状病毒LL36755株的VP4、VP6、NSP4编码基因,并分析其基因序列的分子特征。结果发现卢龙株LL36755为罕见的G5P[6]型,其VP6的亚群为SGⅡ型,NSP4的基因型为B型。系统进化树分析表明,卢龙株LL36755的VP7、VP4编码基因与猪来源的毒株关系密切,而VP6、NSP4编码基因与人来源的毒株紧密相联系。可以推断新的人腹泻A组轮状病毒LL36755株是猪的VP7,VP4编码基因与人的VP6,NSP4编码基因的自然重组;而且该毒株不是G5的原型,很可能是人类轮状病毒与猪轮状病毒毒株的自然重组后逐步进化而来。     

2010-2019年北京地区腹泻患儿中人腺病毒41型Fiber基因分子特征和进化分析

人腺病毒41型(Human adenovirus 41,HAdV-41)是引起儿童腹泻的重要病原之一.为了解北京地区腹泻儿童中HAdV-41 Fiber基因的分子变异和遗传进化特征,选取2010-2019年首都儿科研究所附属儿童医院门诊腹泻患儿HAdV-41阳性的粪便标本,扩增Fiber全基因,使用多种生物信息学软件进行系统发生、遗传进化、种群演变和选择压力等分析.结果显示HAdV-41本地毒株存在1644碱基(547氨基酸)和1689碱基(562氨基酸)两种长度的Fiber基因,截短的15个氨基酸位于Fiber蛋白纤维轴区.Mann-Whitney U秩和检验提示检测到感染短Fiber基因的HAdV-41的患儿年龄更小(P=0.036).同源性分析结果显示Fiber基因的核苷酸和氨基酸序列同源性均大于97％,主要分为四个进化分支(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ),其中Ⅰ和Ⅲ是主要的流行分支,分支Ⅰ主要在国内流行,而分支Ⅲ全球均有流行.HAdV-41共祖起源可追溯到1856年,平均进化速率每年为6.81×105碱基替换/位点,10年间理论有效种群一直比较平稳呈缓慢下降趋势.压力选择分析表明,一个正向和三个负向选择位点均位于Fiber蛋白的纤维轴区.上述结果表明2010-2019年间不同进化分支的HAdV-41在北京地区流行,进化速率稳定.Fiber蛋白轴区存在两种不同类型的氨基酸缺失.     

被动免疫轮状病毒NSP4&VP7双抗原重组腺病毒对感染乳鼠的排毒保护作用

为建立小鼠轮状病毒(Rotavirus,RV)感染动物模型,研究可同时表达轮状病毒NSP4 (Nonstructural protein 4)和VP7(Viral protein 7)的重组腺病毒疫苗免疫孕鼠后对新生乳鼠感染RV的被动保护作用.新生乳鼠口服异源株轮状病毒Wa、ZTR-68或SA11株后(分2次给予,每次含5×104 CCID50的RV),观察乳鼠是否有腹泻症状、肠道病理变化,检测乳鼠粪便排毒百分率;另以重组腺病毒rAd-NSP4-VP7免疫孕鼠后,检测母鼠血清抗体产生情况,并对比乳鼠粪便中RV抗原检出率初步评价疫苗的被动免疫保护作用.发现口服异源株RV的乳鼠未出现类似人类婴幼儿感染后的明显腹泻症状,但在粪便中可检测到RV抗原的存在(Wa、ZTR-68攻毒组均超过80％).经rAd-NSP4-VP7被动免疫的乳鼠接受Wa和ZTR-68攻毒后其粪便中的RV检出率比未受到被动免疫保护的对照组降低(P＜0.05).rAd-NSP4-VP7重组腺病毒免疫母鼠可显示出对孕鼠感染RV的被动免疫保护作用.     

2009～2010年北京儿童腹泻中轮状病毒新VP4基因亚型的研究

P[8]b基因亚型是国内外新近发现的A组人轮状病毒(HRV)VP4基因的一种新亚型,本研究旨在建立有效鉴别HRV P[8]a和P[8]b基因亚型及P[4]和P[6]基因型的VP4基因打点杂交分型方法,并运用此方法对2009～2010年首都儿科研究所附属儿童医院门诊及住院腹泻患儿中P[8]b基因亚型HRV的流行情况及其G/P基因组合情况进行研究。通过对GenBank序列数据库可检索到的国内外HRV各种P基因型及亚型的VP4基因序列应用相关软件进行基因分析,在不同基因型别间核苷酸变异密集而相同P基因型内核苷酸高度保守的的位置设计各型别探针,并分别以本实验室上传GenBank的北京HRV地方株P[4]和P[6]基因型及P[8]a和P[8]b亚型的VP4基因作为相应型别探针的合成引物的设计模板及探针经PCR合成的合成模板,合成地高辛素标记的DNA探针。经测序验证所建立的VP4基因杂交分型方法结果可靠。对门诊88例(55%,88/160)及住院79例(70.5%,79/112)HRV腹泻患儿的P分型结果显示P[8]a亚型仍为主要型别,前者为96.6%(85/88),而后者为62.0%(49/79);P[8]b亚型在住院HRV感染腹泻患儿中占较高比例(27.9%,22/79),虽然其在门诊HRV感染患儿中也存在,但仅占2.3%(2/88);另外单纯P[4]基因型HRV感染仅在住院腹泻患儿中检测到1例(1.3%,1/79),而P[6]基因型在门诊及住院HRV感染腹泻患儿中均未检测到;本组标本中HRV P[8]b亚型主要与G9基因型组合。本研究表明G9P[8]b型HRV在北京腹泻儿童中有流行。     

宁夏地区犬细小病毒的分离鉴定及其VP2基因进化分析

犬细小病毒(Canine parvovirus,CPV)具有高度传染性,是幼犬最危险的消化道传染病病原之一。为了解宁夏地区CPV的流行现状及其VP2基因的遗传变异情况,本研究采集了14份经胶体金试纸条检测为CPV阳性的腹泻犬粪样,进行病毒分离和鉴定,并将分离株VP2基因全序列进行克隆和测序分析。结果显示,14份样品中成功分离到5株CPV;病毒TCID50在104.9/0.1mL～105.4/0.1mL之间;HA效价均达1∶512以上;序列分析显示,5株分离株中3株为new CPV-2a型,2株为new CPV-2b型;分离株与参考株的核苷酸和氨基酸相似性分别为98.2%～99.9%和96.9%～99.8%;聚类分析显示,分离株序列全部聚类在同一分支。本研究的结果为我国西北地区CPV分离株的分子流行病学和遗传多样性提供了依据,有助于该地区预防和控制CPV感染。     

中国H5N1禽流感病毒HA基因的分子进化分析

为了阐明中国H5N1禽流感病毒血凝素(HA)基因的分子进化规律,从GenBank下载中国近年来分离的27株禽流感H5N1病毒的HA基因,利用LaserGene软件包中的EditSeq程序剪切共同序列并翻译成氨基酸序列,与DNAMAN软件进行比对,并以LaserGene软件包中的MegAlign程序构建分子进化树,结合背景资料分析其传播流行规律。结果显示:①在HA裂解位点上游毗邻的位置,gdch04、gddu04、gxch0405、gxdu05、gxqu0502、hkcph05、stch05、stqu05、ynch0502株都缺失了三个碱基;②27株毒株在HA裂解位点上游毗邻的位置存在多个连续的碱性氨基酸;③来自广西的gxch0405、gxdu05、gxqu0502和来自香港的hkcph05、hkgh04的序列同源性很高,很可能与苍鹭的迁移有关;④来自广西的gxqu0502和来自香港的hkcph05亲源关系很近,很可能来自同一祖先。