柯萨奇病毒A组2型江苏分离株(JS16-80)全基因组序列分析

柯萨奇病毒A组2型(CV-A2)是引起手足口病和疱疹性咽峡炎暴发流行的重要病原体。本文选取中国大陆流行的D基因型代表毒株JS16-80/JS/CHN/2016(简写JS16-80)进行全基因组序列测定和分析,了解其基因特征,并进行重组和进化分析。结果提示,JS16-80在非结构蛋白P2和P3多区段均有出现重组现象,并且多个A组肠道病毒血清型参与了非结构蛋白的重组。本研究可帮助了解CV-A2的全基因组特征和重组特点,进一步为CV-A2重组对其进化和潜在致病力的影响提供基础数据。     

安徽省2017-2018年手足口病柯萨奇病毒A6型基因进化特征分析

人肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)和柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CV-A16)是引起手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)的主要病原体.近年来非EV-A71和非CV-A16的其他肠道病毒(Enterovirus,EV)已成为HFMD流行或暴发疫情的优势病原体.安徽省HFMD监测数据显示,2017-2018年HFMD样本非EV-A71和非CV-A16其他EV核酸阳性率超过50％,其中大部分为柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6).为了解安徽省2017-2018年HFMD其他肠道病毒构成和CV-A6基因进化特征,本研究收集2017-2018年HFMD咽拭子EV核酸阳性标本,采用人横纹肌肉瘤(RD)细胞进行病毒分离培养,对分离到的CV-A6毒株VP1全长序列基因扩增及核苷酸序列测定.从NCBI GenBank数据库下载CV-A6原型株和代表性毒株基因参考序列,运用生物软件MEGA 6.0构建VP1基因序列系统进化树,分析其基因遗传特征.结果 显示,安徽省2017-2018年HFMD实验室确诊病例其他EV占66.1％,CV-A16占23.5％,EV-A71占10.4％.52株CV-A6毒株均为D3a基因亚型,其VP1区核苷酸序列间相似度为93.7％～100％,编码的氨基酸序列相似度为98.3％～100％;与CV-A6 Gdula原型株核苷酸相似度为78％～82.3％,氨基酸相似度为94.6％～96.3％.VP1区15个氨基酸位点有变异,氨基酸位点Q98L和G160S的变异发生率为100％.其他EV已成为安徽省引起HFMD流行的重要病原体,D3基因型CV-A6为优势流行毒株.持续加强其他EV的病原学监测与分析,对安徽省HFMD防控策略制定与疫情处置具有重要意义.     

2017～2018年宁夏回族自治区手足口病流行特征及CV-A6基因特征分析

手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)是一种常见的儿童急性传染病,近年来由柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)引起的HFMD病例不断增多,CV-A6已逐渐成为HFMD的主要病原体之一。为了解2017～2018年宁夏回族自治区HFMD的流行特征及其病原谱构成,并分析CV-A6的基因特征,本研究收集2017～2018年宁夏回族自治区HFMD的流行病学资料,分析其流行特征及主要致病病原体;采集HFMD临床标本,并使用RD细胞进行病毒分离;对分离出的肠道病毒(Enterovirus,EV)毒株进行全长VP1区扩增及核苷酸序列测定,使用分子定型法鉴定其血清型,选取鉴定结果为CV-A6的序列与GenBank上下载的其他地区的CV-A6代表株共同构建系统进化树。结果显示,2017年宁夏HFMD的主要致病病原体为肠道病毒A组71型(EV-A71)(56.18%)和非EV-A71非CV-A16的其他EV(37.39%),2018年的主要病原为非EV-A71非CV-A16的其他EV(70.72%)和CV-A16(27.70%)。2017...     

2012年江苏省柯萨奇病毒A组14型分离株全基因序列分析

目的探讨2012年江苏省手足口病(HFMD)病原体CVA14病毒的全基因序列特点。方法采集江苏省邳州市2012年HFMD患儿的咽拭子或肛拭子样本,分离培养得到2株CVA14病毒,利用RT-PCR扩增CVA14全长基因。利用DNAStar软件包的Meg Align进行核苷酸序列分析,构建系统进化树。结果扩增得到覆盖CVA14全基因组的3个片段,拼接后为CVA14全基因组,分别命名为PZ05Y/JS/2012和PZ15G/JS/2012。同源性分析结果显示,这2株分离株之间同源性为99.4%,原型株(G-14)的核苷酸同源性为84.4%。进化树结果显示,所有的CVA14形成A、B和C共3个分支。结论获得了江苏省CVA14的全基因序列,分析了该毒株的进化特点,补充了中国CVA14病毒的基因信息。     

广东省2018年手足口病病原谱及柯萨奇病毒A10型基因特征分析

广东省手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)监测数据显示,2018年5～7月非肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)、非柯萨奇病毒A16型(Coxsackievirus A16,CV-A16)和非柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)的其他肠道病毒(以下简称"其他EV")阳性率大幅度增高,经鉴定60%为柯萨奇病毒A10型(Coxsackievirus A10,CV-A10)。因此,为了解广东省2018年HFMD病原谱及CV-A10的基因特征,本研究收集2018年哨点监测数据进行统计分析,采集HFMD其他EV标本进行分型鉴定,并随机选取2008～2018年CV-A10阳性标本开展VP1全长序列测序与分析。结果显示,广东省2018年HFMD病原谱包括24种肠道病毒,阳性率位于前三位的分别是CV-A16(30.73%)、CV-A6(24.29%)和CV-A10(≈11.0%)。CV-A10主要流行于5～7月份,且在各市广泛流行,所致HFMD重症率低于EV-A71,却高于CV-A16和CV-A6。遗传...     

2015～2018年柯萨奇病毒A组6型在黑龙江省的持续流行

手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)是一类常见的儿童传染病,自2009年以来,柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)已经成为引起HFMD流行持续循环的重要病原之一,是其他肠道病毒(Enterovirus,EV)中的优势病原,而黑龙江省CV-A6相关研究报道尚欠缺。本研究为了解2015～2018年黑龙江省HFMD流行概况和病原学组成,并分析该地区CV-A6的基因特征,收集2015～2018年黑龙江省HFMD疫情资料进行流行病学分析,并采集HFMD病例临床标本进行EV核酸检测。对分离出的EV毒株进行CV-A6的特异性荧光定量PCR法检测,对所有CV-A6阳性毒株进行全长VP1区扩增和核苷酸序列测定,并与GenBank上下载的CV-A6分型代表株构建系统进化树,以了解CV-A6的基因特征。流行病学结果显示,2015～2018年黑龙江省HFMD疫情平稳且2017年有所下降,无死亡病例。黑龙江省每年7月～8月为HFMD流行高峰,患病人群平均年龄为(4.39±3.74)岁,男女患病比例为1.44∶1。全省13个地市均收集到标本,...     

手足口病病例肠道病毒CVA12型的鉴定及VP1基因特征分析

目的运用分子生物学方法对长沙市1例手足口病(Hand foot and mouth Disease,HFMD)患者咽拭子标本进行未分型肠道病毒的鉴定及VP1基因特征分析。方法采用兼并引物RT-PCR扩增病毒VP1区片段,BLAST比对确定其型别;特异性引物扩增VP1区基因全长,测定序列进行分析。结果所得序列BLAST比对分析为Coxsackievirus A12(CVA12)型肠道病毒;病毒VP1区基因序列全长为888bp,编码296个氨基酸,同源性分析显示与国内外CVA12毒株核苷酸同源性介于81.9%~98.4%之间;氨基酸同源性在95.3%~100.0%之间。与CVA12美国标准株Texas-12核苷酸同源性为81.9%,氨基酸同源性为95.3%。系统进化表明,长沙市CVA12与国内毒株亲缘关系较近,而与日本、美国则亲缘关系较远。结论从1例手足口病轻症病例中鉴定出CVA12型肠道病毒,该病毒VP1区基因进化特征与国内CVA12毒株亲缘关系近。     

2014年陕西省柯萨奇病毒A10型相关手足口病的流行特征和其VP1区基因特征研究

了解陕西省手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)的致病病原体柯萨奇病毒A10型(CV-A10)的流行特征及VP1区基因特征。对2014年收集的HFMD病例标本,通过荧光定量PCR检测确定肠道病毒型别,对CV-A10引起的HFMD流行特征进行描述性分析。使用RD细胞进行病毒分离,RT-PCR扩增CV-A10的VP1区基因片段并进行序列测定,使用Meg Align软件进行核苷酸及氨基酸的同源性分析,并使用MEGA5.0软件构建系统进化树。2014年CV-A10是陕西HFMD病原谱中的第三大病原,占其他肠道病毒的57.71%,13例重症HFMD病例的致病病原体鉴定为CV-A10,占重症病例的9.03%。CV-A10感染HFMD病例以≤3岁年龄组儿童为主(83.07%),男女性别比为1.15∶1。发病时间主要集中在4～7月。实验室分离出101株CV-A10,覆盖全省10市(区)。完成测序的18株CV-A10核苷酸和氨基酸同源性分别为94.0%～100.0%和97.3%～100.0%,与A型原型株的核苷酸和氨基酸同源性分别为76.2%～77.5%和91.9%～93.0%,与近年来河北、湖南和河南地区流行株具有较高的同源性。系统进化显示陕西CV-A10分离株属于C基因型。CV-A10是2014年陕西HFMD的优势病原,能引起重症HFMD,本次分离到的CV-A10毒株均属于C基因型。     

中国广东省18株柯萨奇病毒A6型分离株全基因组特征分析

为了解2013年广东省引起手足口病的CVA6全基因组特征,探索研究暴发流行期与非流行期CVA6毒株间的基因异同,本研究选取18株广东省CVA6毒株进行全基因组序列扩增及测序,采用DNASTAR6.0、MEGA5.2和SimPlot3.5.1等软件对获取全基因组序列进行遗传进化、比对及重组分析。序列比对显示,18株广东省CVA6毒株基因组长度在7 390~7 392bp之间,与原型株Gdula比较,在编码区无碱基插入或缺失,在非编码区存在个别碱基的插入或缺失。遗传进化分析显示,18株广东省CVA6毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为90.5%~99.6%和97.5%~99.9%。2013年广东省CVA6流行期毒株在全基因组进化树中处于Ⅲ、Ⅳ两个分支,2011年非流行期毒株只存在于Ⅳ分支。基因重组分析显示,广东省GD870/2013株在P2和P3区存在基因重组现象,GD839/2013株未发现明显的重组来源。结果表明,2013年广东省引起手足口病的CVA6在暴发流行期存在Ⅲ、Ⅳ两条病毒传播链的共同流行,其中Ⅲ传播链在非结构蛋白编码区存在基因重组现象,与Ⅳ传播链相比具有较大基因差异,然而2011年CVA6非流行期间只存在Ⅳ病毒传播链。     

柯萨奇病毒A组6型构象表位的生物信息学预测

柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)近年成为手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)最重要的病原体之一。本实验室在之前的研究中发展了人肠道病毒构象表位的生物信息学预测算法,并成功应用于柯萨奇病毒A组10型(Coxsackievirus A10,CV-A10)构象表位的预测,发现CV-A10的构象表位在病毒衣壳表面呈现site 1、site 2和site 3三簇分布。本研究中,应用相同算法对CV-A6的构象表位进行系统性预测,并将CV-A6和CV-A10这两种手足口病的病原体的构象表位进行对比。结果显示:CV-A6(A颗粒)和CV-A10(A颗粒)的构象表位具有高度一致的site 1、site 2和site 3三簇分布模式,而且这种分布一致性超过了CV-A10两种颗粒状态(A颗粒和成熟颗粒)的一致性,说明衣壳结构和颗粒状态对于构象表位非常重要。虽然CV-A6(A颗粒)和CV-A10(A颗粒)具有高度一致的构象表位分布模式,但在共享的58个氨基酸残基位点中,仅有21个(36.2%)残基保守,而且绝大多数构象表位都有3个以上...     

怀化市2008—2015年手足口病流行病学特征分析

目的分析怀化市2008—2015年手足口病的流行病学特征,为制定本地区手足口病的防控措施提供科学依据。方法采用描述性流行病学方法,对怀化市2008—2015年报告的手足口病病例进行流行病学特征及病原学检测分析。结果怀化市2008—2015年共报告手足口病病例46 333例,每年发病率分别为51.04/10万、33.40/10万、98.85/10万、84.79/10万、181.96/10万、126.44/10万、269.57/10万、125.95/10万。共报告重症病例601例,重症病例发生率占比1.30%,报告死亡病例8例,病死率占比0.02%。在此期间怀化市所有县市区均有病例报告,年均发病率较高的分别是鹤城区252.86/10万、中方县159.48/10万、洪江区152.27/10万、芷江县130.13/10万。每年4—6月和10—12月为发病高峰期;0~3岁儿童是发病重点人群,该年龄段发病数占总报告病例数85.07%;男女性别比1.8∶1。在2 880份实验室确诊病例中肠道病毒71型阳性1 915例,柯萨奇病毒A16型阳性380例,其他肠道病毒阳性585例,2015年其他肠道病毒阳性占比升至43.43%。结论怀化市手足口病在高发季节应继续采取综合防控措施,控制疫情的流行和暴发。     

柯萨奇病毒A组16型中国分离株(Cox.A16 SHZH00-1)全基因组序列测定及分析

对分离自2000年中国深圳地区手足口病患儿粪便标本的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,Cox．A16)病毒SHZH00—1株进行全基因组序列测定及分析后发现,Cox．A16SHZH00—1的基因组(未包括多聚腺苷酸尾)长度为7410bp,其中5’端非编码区(5’UTR)长为745bp,病毒基因组编码区全长6582个核苷酸,编码一个含2193个氨基酸残基的多聚蛋白,3’端非编码区长为83bp。Cox．A16SHZH00—1基因组的结构与Cox．A16亚洲地方株Tainan-5079-98(AFl77911)十分相近,整个基因组的核苷酸同源性为97．5％,氨基酸同源性为98．8％;而与Cox．A16国际标准株G10(U05876)差别较大,两者核苷酸同源性仅为79．1％,氨基酸同源性为94．5％。Cox．A16SHZH00—1与两株肠道病毒71型SHZH03(AY465356)和BrCr(U22521)比较,核苷酸同源性均不超过80％。     

江西省2010年柯萨奇病毒A组24型变异株的全基因组序列分析

急性出血性结膜炎(Acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)是目前人类最常见的眼病之一,柯萨奇病毒A组24型变异株(Coxsackievirus A24 variant,CV-A24v)是近年来报道引起该病的主要病原体。本研究选取10株来自江西省2010年AHC暴发疫情的CV-A24v,采用特异性引物扩增并测定其全基因组序列。对该10条CV-A24v的全基因组序列进行系统发育分析以及重组分析,计算本研究测定的江西10条以及GenBank中所有22条CV-A24v的全基因组序列的氨基酸置换熵值,并预测其正向选择位点。结果表明,在江西10条CV-A24v基因组序列中未检测到重组。基于全基因组序列构建的最大似然树表明江西10株CV-A24v属于GIV基因型,且分处于两条传播链。对上述32条CV-A24v序列的氨基酸置换熵值计算,共得到25个易突变位点(熵值>0.6),易突变概率最高的区段为2A区。基于Datamonkey中FUBAR和FEL模型分析,发现位于结构蛋白VP2区的234位氨基酸为两种模型共同获得的CV-A24v的正向选择位点。本研究分析了江西10株CV-A24v的全基因组序列特征,为CV-A24v引起的AHC防控工作提供了基础资料。     

柯萨奇病毒B5的VP1区域基因特征分析及蛋白二级结构预测

柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus B5,CVB5)感染人体后可引起一系列疾病,包括上呼吸道感染、腹泻、手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)、病毒性脑炎、无菌性脑膜炎、胰腺炎、弛缓性麻痹、扩张性心肌炎以及糖尿病等症状。为了解云南省手足口病和疱疹性咽峡炎患者中CVB5的分子特征,本研究从2018-2019年昆明市儿童医院收集的HFMD和疱疹性咽峡炎(Herpangina,HA)患者粪便中分离得到9株CVB5,基于CVB5的VP1区的系统进化树以及蛋白二级结构的预测来分析分离株的基因序列特征以及与CVB5原型株Faulkner之间的差异,并对CVB5的分子流行病学特征进行分析。结果显示,2018-2019年分离株均属于E基因簇,与Faulkner株相比,所有分离株的VP1区域的氨基酸出现共同的10个氨基酸突变且增加了1个蛋白连接位点。本研究初步探索了肠道病毒CVB5进化过程中突变导致患者症状的差异以及揭示CVB5的全球流行趋势。     

2018-2021年广东汕头手足口病病原谱及CVA6/CVA10基因特征分析

本研究旨在通过对手足口病（Hand, foot and mouth disease,HFMD）病例的病原学标本进行肠道病毒分型鉴定,和对CVA6和CVA10开展VP1基因全长序列分析,探究广东省汕头市HFMD病原谱及CVA6和CVA10基因进化特征,为当地HFMD肠道病毒监测及预警提供一定的技术支撑。将汕头市病原监测哨点医院2018-2021年的HFMD样本进行RT-PCR肠道病毒病原学分型,筛选出CVA6和CVA10样本进行VP1区全长基因扩增和测序,并通过系统进化分析、同源性和突变位点分析了解其遗传进化特征。结果显示,2018-2021年共监测到HFMD阳性样本706份,其主要病原体为CVA6和CVA10。CVA6和CVA10流行株分别属于D3和C2亚型。CVA6样本VP1核苷酸和氨基酸的相似性分别为91.37%～100.00%和92.79%～100.00%,与2010年的中国台湾株高度同源（GenBank:JQ946055.1）。CVA10样本VP1核苷酸和氨基酸的相似性分别为92.28%～100.00%和96.98%～100.00%,与2014年的广东株高度同源（GenBank...     

2009-2019年中国大陆柯萨奇病毒A14型基因特征分析

柯萨奇病毒A14型属于肠道病毒A组,可引起手足口病和无菌性脑膜炎等疾病,但目前全球对CVA14的分子流行病学研究较少,尚无对CVA14基于全长VP1区进行明确分型的相关研究。因得到中国手足口病监测网络的技术支持,本研究获得2009-2019年在中国大陆分离到的15株CVA14,应用RT-PCR对其全长VP1区进行扩增、测序和分析,并与GenBank中下载的22条CVA14全长VP1序列共同构建系统发育树。结果显示,2009-2019年中国大陆分离的15株CVA14与原型株G-14的核苷酸与氨基酸相似性分别为81.8%～82.9%与95.6%～96.9%,15株CVA14之间的核苷酸与氨基酸相似性分别为91.7%～99.7%与98.3%～100%。中国大陆所有的22条CVA14序列之间的核苷酸与氨基酸相似性分别为91.7%～100.0%与98.3%～100.0%。中国大陆所有的CVA14与国外8条CVA14序列之间的核苷酸与氨基酸相似性分别为80.7%～86.0%与94.9%～97.9%。基于全长VP1系统发育树,全球CVA14可划分为A-G七个基因型,目前全球范围内流行的CVA14的基...