大规模的酵母双杂交系统在蛋白质相互作用组图谱中的应用

蛋白质-蛋白质之间的相互作用是蛋白质发挥其功能的重要途径之一。通过研究蛋白质组中所有蛋白质之间的相互作用做出蛋白质相互作用对图谱是功能基因组时代许多科学家关注的问题,而大规模的酵母双杂交系统是蛋白质相互作用对图谱的研究中应用较为广泛的策略。近两年来该策略最具代表的实例是用它进行酵母中所有蛋白之间相互作用的检查。但是巨大的蛋白质网络比我们想象要大得多,单一的双杂交系统不能解决所有问题,需要同其它的方法有效地结合。     

酵母双杂交技术应用进展

酵母双杂交技术是鉴定蛋白互作最有效和最广泛的分子生物学技术。该技术能直接作用于活细胞,检测细胞内蛋白质互作,具有成本低、易操作、可达到全基因组水平、能进行品种间的互作鉴定等诸多优点。较之传统的检测方法有明显优势,已在越来越多的领域得到应用。对酵母双杂交的技术原理以及应用进行了综述,介绍了该技术在发现新蛋白质、探究蛋白质功能、建立基因组蛋白连锁图、研究人类DNA文库和筛选药物作用位点等方面的重要应用,以期为该技术的广泛应用提供参考。     

科学家构建大型果蝇蛋白质互作图谱

<正>哈佛大学医学院的研究人员成功构建出了一个包含5000多种蛋白质相互作用数据的大型果蝇蛋白质互作图谱。这是目前世界上最大最详细的多细胞生物体蛋白质互作图谱。这一研究为科研人员探索生命及疾病的分子机制提供了一个强大的新研究平台。相关研究成果发表在2011年10月28日的《细胞》(Cell)杂志上。     

大规模蛋白质相互作用研究方法进展

随着2000年酵母大规模蛋白质相互作用网络图谱的成功描绘,蛋白质相互作用特别是大规模蛋白质相互作用研究成为生命科学领域的又一个研究热点。酵母、果蝇、线虫以及人类蛋白的大规模相互作用图谱的相继完成,不仅对系统研究细胞内各种生命活动有着重要意义,也标志着蛋白质相互作用研究方法的不断发展和完善。本文综述了当前大规模研究蛋白质相互作用的技术方法并进行了比较分析。每种技术都有其各自的优缺点,在实验中要根据不同的要求和目的选择适宜的方法。     

利用酵母双杂交系统研究植物与病毒蛋白相互作用的进展

在长期进化中,植物形成了抵御病毒等病原微生物侵染的精细防御系统。在病毒侵染、复制和传播过程中,其编码的一些蛋白,如外壳蛋白、运动蛋白、复制酶类等能够与植物基因编码的蛋白发生相互作用。酵母双杂交系统是体外研究蛋白质间相互作用的有利工具,不但可以用于研究已知蛋白质的互作,还可以发现新蛋白,揭示特定蛋白互作网络与作用机制,在植物蛋白与病毒蛋白互作研究中已得到广泛的利用。本文主要综述利用酵母双杂交系统研究植物与病毒蛋白相互作用的国内外进展。     

溶菌酶──幽门螺旋菌生长的重要因子

对１２株幽门螺旋菌分离株生长特性研究发现,１２株幽门螺旋菌分离株的生长繁殖呈溶菌酶依赖性,这一依赖性在幽门螺旋菌最初几代传代时极为明显。同时发现,外源溶菌酶有利于幽门螺旋菌维持其独特的菌体形态。因此,溶菌酶是幽门螺旋菌生长的重要因子。     

溶菌酶——幽门螺旋菌生长的重要因子

对１２株幽门螺旋菌分离株生长特性研究发现,１２株幽门螺旋菌分离株的生长繁殖呈溶菌酶依赖性,这一依赖性在幽门螺旋菌最初几代传代时极为明显。同时发现,外源溶菌酶有利于幽门螺旋菌维持其独特的菌体形态。因此,溶菌酶是幽门螺旋菌生长的重要因子。     

蛋白质复合物的深入探讨

生物学这出戏是通过上千种蛋白质的相互作用来完成的。历史上,研究人员只能一个个地研究这些相互作用,但是基因组序列和高通量方法创建了名为interactome的蛋白质相互作用网络——在一个机体内所有蛋白相互作用的完整列表。     

酵母杂交系统的改进与研究进展

蛋白-蛋白相互作用在细胞生命活动中起着关键的作用。后基因组时代主要是研究蛋白的功能,通过研究蛋白的相互作用及其图谱的构建来了解蛋白的功能。研究蛋白-蛋白相互作用的方法很多,酵母杂交是最常用的检测体内蛋白-蛋白相互作用的敏感系统。随着人们对该系统的广泛应用。这一系统得到了不断的完善及改进,并广泛应用于蛋白-蛋白、蛋白质-RNA、蛋白质-DNA以及其他的小分子间相互作用的研究。拟就酵母杂交系统的原理、改进、发展及应用做一综述。     

幽门螺杆菌热休克蛋白70基因的克隆与表达

从幽门螺杆菌染色体ＤＮＡ,用ＰＣＲ方法扩增得到了热休克蛋白７０基因。序列分析表明,我国Ｈｐ临床分离株Ｙ２的热休克蛋白７０基因与经全基因组序列测定的两株幽门螺杆菌２６６９５和ｊ９９有高度同源性。将该基因克性到融合分泌表达载体ｐＭＡＬ－ｐ２中,转化大肠杆菌,在ＩＰＴＧ诱导下表达出与预期大小相符的１１３ｋＤ的融合表达蛋白。该蛋白质３０℃诱导表达５ｈ后,可达到细菌周质总蛋白质的１９．４％。用免疫印迹分析表     

幽门螺旋菌感染与冠心病

幽门螺旋菌感染与冠心病最近研究表明,幽门螺旋菌慢性感染与冠心病发病有关,Ｍｅｎｄａｌ等在一组病例的对照研究中发现幽门螺旋菌感染血清阳性的病人,其冠心病危险性增加一倍,像高同型半胱氨酸血症一样,幽门螺旋菌感染与冠心病的关系是与其它常见危险因子,如吸烟、...     

一种高效的灵芝菌丝体总蛋白的提取方法

灵芝基因组精细图谱的完成必将推动灵芝蛋白质组学的快速发展,因此,建立一种高效稳定的灵芝菌丝体总蛋白的提取方法是蛋白质组学研究的首要步骤。本文以灵芝菌丝为研究对象,使用超声波、液氮冷冻研磨和超声波联合液氮冷冻研磨等三种破碎细胞壁的方法,采用含不同蛋白酶抑制剂的尿素-硫脲法溶解菌丝体总蛋白,经SDS-PAGE电泳分析和蛋白浓度测定,发现液氮冷冻研磨结合尿素-硫脲溶解蛋白质的方法适合灵芝菌丝体总蛋白的提取,从每克新鲜菌丝中能提取16 g蛋白质,且蛋白质种类多,条带丰度高。     

细菌双杂交系统及其在病原微生物学中的应用

细菌双杂交系统是一种用于体内研究蛋白质之间相互作用的有力工具。近年来,新的细菌双杂交系统被不断地开发,并被广泛地应用于病原微生物基因产物功能和致病机制研究。本文主要就细菌双杂交系统的原理与分类,在对病原微生物蛋白质之间相互作用的识别与作用域作图、基因组范围的蛋白质之间相互作用图谱的描绘、基因工程和药物的开发中的应用以及其优缺点等方面进行综述。     

多蛋白复合物的分离

单独存在的蛋白质并不能执行功能,而需要通过同其他蛋白质相互作用来实现。现已发表了一些物种中蛋白-蛋白相互作用谱图。这些谱图揭示了广泛存在的多蛋白复合物以及这些复合物之间的联系。基因组分析结果表明高等物种的复杂性并不是由更多数量的基因来调控,     

现代系统生物技术与图式遗传学

基因组程序化表达调控与生物体形态结构发生的相互对应是图式遗传学和系统生物技术研究复杂生物系统的核心。基因-蛋白质表达与神经-内分泌信号,构成生物系统发生演变的双向调控过程是生物信息控制系统的结构、功能和演变的基础。细胞信号传导与基因差异表达调控是从基因、细胞到器官的细胞动力学转换系统,是基因、蛋白质、脂类等生物高分子相互作用与细胞再生、分化、迁移、凋亡的程序化调控节律,也就是基因定位图谱-细胞定位图谱的基因组-蛋白质组与生物体的细胞节律-形态的发生转换过程。     

Dof基因家族调节植物生长发育功能的研究进展

Dof（DNA binding with one finger）蛋白是一类植物特异性转录因子,通常含有200～400个氨基酸和2个主要结构域。该家族成员的N 末端为高度保守的单锌指Dof结构域,具有与DNA和蛋白质相互作用的双重功能,其C末端的氨基酸序列则较为多变,是Dof蛋白重要的特异转录调控结构域。研究表明,Dof蛋白作为转录激活物或阻遏物参与了多方面的植物生长发育过程。随着基因组测序技术的发展,已有大量的Dof基因从植物基因组数据库中鉴定出来。该文对近年来国内外有关Dof基因家族的结构特点、全基因组鉴定、蛋白互作以及生物学功能等方面的研究进展进行综述,以期为Dof转录因子的深入研究提供参考。     

染色质免疫沉淀技术在研究DNA与蛋白质相互作用中的应用

在后基因组时代,DNA-蛋白质的相互作用是研究基因表达调控的一个重要领域。与其他方法相比,染色质免疫沉淀技术（chromatin immunoprecipitation assay, ChIP）是一种在体内研究DNA-蛋白质相互作用的理想的方法。近年来这种方法与DNA芯片和分子克隆技术相结合,可用于高通量的筛选已知蛋白因子的未知DNA靶点和研究反式作用因子在整个基因组上的分布情况,这将有助于深入理解DNA-蛋白质相互作用的调控网络。总结了染色质免疫沉淀技术的方法,特别介绍了使用这些方法取得的最新进展。     

细胞黏附分子互作网络的构建与分析

借助网络分析可对基因调控、蛋白质互作和信号转导等细胞活动进行全局和局部性质分析.以细胞黏附的蛋白质相互作用为对象,通过数据挖掘和可视化软件构建了整合蛋白介导的黏附分子互作网络,该分子互作网络由156种蛋白质通过690种相互作用相连,其平均节点度为8.66、平均聚集系数为0.24,平均路径长度为2.6.黏附分子互作网络中包含数个功能模块,这些模块涉及网络内部多种分子相互作用的启动与停止,并进一步影响细胞的黏附、迁移和骨架组织.对黏附分子网络进行模体筛选和比较,发现一些数量相对较少、以三元复合物为主要结构的关键模体,同时对各网络模块和模体对细胞黏附的调控作用进行了探讨.     

对EcoRI作用于DNA的新认识

对ＥｃｏＲＩ作用于ＤＮＡ的新认识邹国林皮新春（武汉大学生物化学与生物物理学系,武汉４３００７２）关键词蛋白质与核酸相互作用ＥｃｏＲＩ模体蛋白质与核酸的相互作用是分子生物学研究的中心问题之一。当前以阐明ＤＮＡ结合蛋白的结构与蛋白质－ＤＮＡ复合物的结构为...     

TAP亲和标签选择及其在植物蛋白互作研究中的应用

串联亲和纯化法(TAP)是一种纯化生理条件下蛋白复合物的技术,已广泛应用于鉴定蛋白相互作用和揭示蛋白复合物互作网络。近年来,随着TAP新型标签的不断出现以及与其他技术的联用,TAP技术正逐渐应用于植物蛋白质互作研究中。综述了TAP亲和标签选择,并介绍其在植物蛋白互作研究中的成功应用。