菠菜rDNA及端粒多色荧光原位杂交分析

以拟南芥25S rDNA、5S rDNA以及端粒序列为探针对菠菜的中期染色体进行了多色荧光原位杂交分析, 其中25S rDNA用生物素标记, 端粒序列用地高辛标记, 5S rDNA用生物素和地高辛共同标记。杂交结果显示, 菠菜中期染色体25S rDNA杂交位点为6个, 分别位于3号、5号和6号染色体的随体部位; 5S rDNA杂交位点为4个, 分别位于3号和5号染色体长臂, 端粒序列杂交位点位于6号染色体端部以及其余染色体的端部和着丝粒部位。     

45S rDNA和5S rDNA在南瓜、丝瓜和冬瓜染色体上的比较定位

首次利用荧光原位杂交和双色荧光原位杂交技术对45S和5S rDNA在南瓜(Cucurbita moschata Duch)、丝瓜(Luffa cylindrical Roem)、冬瓜(Benincasa hispida Cogn)的有丝分裂中期染色体上进行了物理定位分析。南瓜有5对45S rDNA位点, 2对5S rDNA位点; 丝瓜具有5对45S rDNA位点, 1对5S rDNA位点; 冬瓜具有2对45S rDNA位点, 1对5S rDNA位点, 5S rDNA位点与其中一对45S rDNA位点都位于7号染色体短臂上, 并在物理位置上紧密相邻。45S rDNA在这3种作物染色体上数目变化较大, 但在染色体上都倾向分布在短臂末端, 其分布模式较为一致。5S rDNA在这3种作物染色体上数目相对保守, 但在染色体上分布的位置变化较大。文中讨论了45S rDNA和5S rDNA在植物基因组中不同的进化趋势。     

栽培荞麦45S和5S rDNA的染色体物理定位研究

采用双色荧光原位杂交技术,对栽培荞麦甜荞和苦荞有丝分裂中期染色体上的45S和5S rDNA基因物理位置进行了定位分析。结果表明,甜荞有4对45S rDNA位点,位于ⅠS、ⅡS、ⅢL、ⅤL(L和S代表长臂和短臂,罗马数字代表染色体序号,下同);2对5S rDNA位点,位于ⅠL、ⅣS。苦荞有5对45S rDNA位点,位于ⅠS、ⅡS、ⅢL、ⅤL、ⅦS;3对5S rDNA位点,位于ⅠL、ⅣS、ⅥS。甜荞与苦荞的45S和5S rDNA位点具有明显的差异,显示其起源上关系较远。依据中期染色体45S和5SrDNA位点信息及经典核型特征,可以准确鉴别甜荞与苦荞8对同源染色体。     

普通小麦-簇毛麦6V代换系45S rDNA和5S rDNA位点的FISH分析

采用顺序基因组原位杂交和双色荧光原位杂交技术,对普通小麦-簇毛麦6v代换系K0736的45S rDNA和5S rDNA基因位点进行了分析.结果表明,该代换系2n=42,有1对簇毛麦6V染色体,为6V/6A代换系,45S rDNA位点有8对,位于7对染色体上.5S rDNA位点有6对,分别位于6对染色体上.在1AS、1BS、5DS的端部同时存在458 rDNA和5S rDNA位点,并在物理位置上紧密相邻.同时讨论了rDNA位点的数目和分布位置存在变异的可能因素.     

黄褐棉45S rDNA的FISH定位及核型分析

黄褐棉是棉属5个四倍体棉种之一,利用荧光原位杂交技术将45S rDNA定位在黄褐棉2、4、9号染色体,2号染色体上的45S rDNA特别大,信号位于随体并覆盖了染色体的短臂,比二倍体和四倍体棉种的45SrDNA都要大得多;另外的2对信号很小,形状与陆地棉中的弱信号类似。黄褐棉的核型公式为：2n=4x=52=50m（2SAT）＋2sm,属于2B类型,第2对染色体为亚中着丝粒染色体,其余都为中部着丝粒染色体。黄褐棉的核型、随体数、45S rDNA与其他四倍体棉种区别很大,黄褐棉是一个非常特殊的四倍体棉种。     

植物45S rDNA的染色体位置的CPD染色和FISH分析

采用PI和DAPI组合(CPD)染色结合45SrDNA探针的荧光原位杂交(FISH)对分属6个科的16种植物的45S rDNA的染色体位置进行了分析。在所有供试植物中,共检测到53个45S rDNA位点。大多数45S rDNA位点分布在染色体的短臂;位于染色体臂内和染色体末端的位点的比例大体相当;多数位于染色体臂内的45S rDNA位点有次缢痕形成,但rDNA重复单位簇所处的位置存在差异。根据45S rDNA所处的染色体臂的不同、距着丝粒远近的差异、形成次缢痕与否以及rDNA重复单位簇相对于次缢痕的位置等特征,将植物的45S rDNA位点划分为12种染色体分布类型。基于我们的结果和其他的报道对45S rDNA位点、核仁组织区(NOR)、次缢痕和随体相互之间的关系进行了分析。     

花生45S rDNA和5S rDNA的染色体定位研究

对四粒红和蜀花四号花生材料进行了核型分析,四粒红为2B核型,核型公式为2n=4x=40=38m＋2sm（4SAT）;蜀花四号为1B核型,核型公式为2n=4x=40=40 m（2SAT）。利用双色荧光原位杂交技术,对45S rDNA和5S rDNA这两个材料有丝分裂中期染色体上的物理位置进行了定位分析。定位结果表明,四粒红有6对45S rDNA位点,位于A2L、A7S、A9L、B3L、B7S、B8L（A和B分别代表基因组A和基因组B,L和S代表长臂和短臂,数字代表染色体序号,下同）;2对5S rDNA位点,位于A3S和B3S;蜀花四号有5对45S rDNA位点,位于A2L、A9L、B3L、B7S、B9L;2对5S rDNA位点,位于A3S和B3S。花生的45S rDNA位点具有可变性,5S rDNA则相对保守。     

中国17种蔷薇属植物45S和5S的rDNA分布研究

为了探寻蔷薇属植物亲缘关系及系统发育研究的分子细胞遗传学证据,该研究采用双色FISH(荧光原位杂交)技术,对原产中国7个组的17种蔷薇属植物的45S和5S rDNA进行了定位分析。结果表明:(1)多数蔷薇属植物1组染色体对应1个45S rDNA位点和1个或2个5S rDNA位点,偶尔出现1~2个rDNA位点的丢失,但复伞房蔷薇(Rosa brunonii)的1组染色体对应了2个45S rDNA位点。(2)二倍体的蔷薇属植物至少有1对5S rDNA位点与45S rDNA位点共定位,而四倍体材料的5S rDNA位点与45S rDNA位点没有共定位,但所有四倍体材料均至少有1种rDNA信号纯合,表明它们应为二倍体直接加倍产生的同源四倍体。(3)绝大多数材料45S rDNA位于染色体短臂、5S rDNA位于染色体长臂,但缫丝花(R. roxburghii f. roxburghii)有1个5S rDNA信号位于染色体的短臂上,表明它与蔷薇属其他种的亲缘关系较远。(4)阿克苏地区和伊犁地区的疏花蔷薇的核型不同,且45S和5S rDNA的数量和位置不同,分子细胞遗传学证据也支持阿克苏地区的疏花蔷薇应为疏花蔷薇的新变种。(5)该研究中共有8个二倍体和6个四倍体蔷薇属植物的双色FISH为首次报道。研究认为,无论二倍体还是四倍体蔷薇属植物中出现的异形同源染色体、rDNA信号位置在同源染色体上的差异以及rDNA信号的增加和丢失,可能都与染色体结构变异和染色体重组有关,在分子细胞遗传学水平上证明染色体结构变异和染色体重组在蔷薇属植物演化过程中具有重要的作用。     

豆科三属八种植物的核型及rDNA定位研究

对豆科槐属的国槐(SophorajaponicaL.)、五叶槐(S.japonicaL.f.oligophyllaFranch.)、龙爪槐(S.japonicaL.f·pendulaLoud.)、黄金槐(S.xanthanthaC.Y.Ma.)(以上均为四倍体,2n=4x=28)、红花槐(S.rubrifloraTsoong.,2n=3x=21),刺槐属的刺槐(Robiniapseudoa-caciaL.,2n=2x=22)、毛洋槐(R.hispidaL.,2n=2x=30)和紫穗槐属的紫穗槐(AmorphafruticosaL.,2n=2x=40)核型进行了分析,并应用荧光原位杂交技术进行了45SrDNA的染色体定位。槐属4个四倍体种各具4个45SrDNA位点,位于两对染色体的着丝粒周围;红花槐,3个45SrDNA位点位于第5组染色体随体区域。刺槐,4个rDNA位点位于两对随体染色体端部;毛洋槐,8个rDNA位点,4个位于两对染色体的随体及次缢痕,另4个位于两对染色体着丝粒周围。紫穗槐,6个45SrDNA位点,分别位于3对染色体的着丝粒和随体。本文对rDNA作为染色体标记在核型分析中的应用及在基因组中的分布特点进行了讨论。     

眼斑拟石首鱼重复DNA序列的染色体定位

针对眼斑拟石首鱼Sciaenops ocellatus染色体标记匮乏的问题, 利用荧光原位杂交(FISH)定位了眼斑拟石首鱼的18S rDNA、5S rDNA和端粒序列。结果显示, 眼斑拟石首鱼的核型公式为2n=48t; 仅有1对18S rDNA位点, 位于第1对染色体的次缢痕部位; 有2对5S rDNA位点, FISH信号强度不等, 强信号位于第8对染色体的近着丝粒端, 弱信号位于第3对染色体的臂间。端粒FISH信号出现于所有染色体的两端, 但表现出染色体两端信号不平衡的特点, 着丝粒端FISH信号明显强于远端信号。这一特点为判定染色体的方向提供了便利。结合其他石首鱼的核型数据可以推断, 2n=48t的核型及单对近着丝粒分布的18S rDNA位点是石首鱼的共同祖征; 在石首鱼进化过程中, 曾发生活跃但不影响宏观核型的小规模重排。研究结果丰富了眼斑拟石首鱼染色体的辨识标记, 并为研究石首鱼染色体进化提供了基础数据。     

二种淡水微囊藻rDNA16S-23S基因间隔区的序列测定与分析

本研究采用ＰＣＲ及序列测定的方法,对我国淡水铜绿微囊藻有毒株和另一低毒的种类惠氏微囊藻（Ｍ５７４）ｒＤＮＡ１６Ｓ－２３Ｓ基因间隔区进行了序列的测定和分析,结果表明：ｒＤＮＡ１６Ｓ－２３Ｓ基因间隔区可以作为一个精细且稳定的指标,用一微囊藻的分类和鉴定。并从分子水平提出了同囊藻与惠氏微囊藻在种系有较近缘的关系,本文首次对微落属ＭｉｃｒｏｃｙｓｔｉｓｒＤＮＡ基因间隔区全序列作了报道。为微囊藻属的鉴定及系     

四膜虫T.S1株rDNA分子的形态以及限制性内切酶图谱分析

用电镜以及Southern杂交技术测得从我国分离的四模膜虫T.S1株的rDNA(rRNA基因)分子为20kb(相当于12.5×10~6道尔顿)的回文二聚体结构。制定了该rDNA分子的四种限制性内切酶图谱,并与已知的四膜虫10个物种的相应的限制酶图谱作了比较分析,发现T.S1株与其中9个物种的图谱显著地不同,但是与T.australis的rDNA的7种限制酶图谱相比较,竟有6种是一致的。两者的BglI图虽有差别,但也只是一个酶切位点之差。     

Phylogeny of coral-inhabiting barnacles (Cirripedia; Thoracica; Pyrgomatidae) based on 12S, 16S and 18S rDNA analysis

The traditional phylogeny of the coral-inhabiting barnacles, the Pyrgomatidae, is based on morphological characteristics, mainly of the hard parts. It has been difficult to establish the phylogenetic relationships among Pyrgomatidae because of the apparent convergence of morphological characteristics, and due to the use of non-cladistic systematics, which emphasize ancestor-descendant relationships rather than sister-clade relationships. We used partial sequences of two mithochondrial genes, 12S rDNA and 16S rDNA, and a nuclear gene, 18S rDNA, to infer the molecular phylogeny of the pyrgomatids. Our phylogenetic results allowed us to reject previous classifications of Pyrgomatidae based on morphological characteristics. Our results also suggested the possibility of paraphyly of the Pyrgomatidae. The hydrocoral barnacle Wanella is not found on the same clade as the other pyrgomatids, but rather, with the free-living balanids. The basal position of Megatrema and Ceratoconcha is supported. The archeaobalanid Armatobalanus is grouped with Cantellius at the base of the Indo-Pacific pyrgomatines. Fusion of the shell plate and modification of the opercular valves are homoplasious features that occurred more than three times on different clades. The monophyly of the "Savignium" group, comprising four nominal genera, is also not supported, and the different taxa are placed on different clades.     

Variability of the 5S and 45S rDNA sites in Passiflora L. species with distinct base chromosome numbers

Cytologically, the species of Passiflora with known chromosome number can be divided into four groups: (1) 2n = 12, 24, 36; (2) 2n = 24; (3) 2n = 18, 72; and (4) 2n = 20. The base chromosome number proposed for the genus is x = 6, with x = 9, x = 10 and x = 12 being considered secondary base numbers. In the present study, variability of 5S and 45S rDNA sites was investigated in 20 species of these four groups to check the reliability of this hypothesis. In the group with x = 6, five diploid species (2n = 12) exhibit two 5S rDNA sites and two (P. capsularis, P. morifolia and P. rubra) or four (P. misera 2x and P. tricuspis) 45S rDNA sites. The hexaploid cytotype of P. misera had 12 45S rDNA sites and six 5S rDNA. A tetraploid species, P. suberosa, had ten 45S rDNA sites and four 5S rDNA sites, both in the same chromosomes as the 45S rDNA sites. In the group with x = 9, P. actinia, P. amethystina, P. edmundoi, P. elegans, P. galbana, P. glandulosa and P. mucronata displayed six 45S rDNA sites, whereas P. alata, P. cincinnata, P. edulis f. flavicarpa, P. edulis var. roxo and P. laurifolia had four sites. In this group, all species were diploid (2n = 18) and had only two 5S rDNA sites. Passiflora foetida, the only species with 2n = 20, had six 45S rDNA sites and four 5S rDNA sites. The species with x = 12 (2n = 24), P. haematostigma and P. pentagona, showed four 45S rDNA sites and two 5S rDNA. In general, the number and location of 5S and 45S rDNA sites were consistent with the hypothesis of x = 6 as the probable ancestral genome for the genus, while the groups of species with x = 9, x = 10 and x = 12 were considered to be of tetraploid origin with descending dysploidy and gene silencing of some redundant gene sites, mainly those of 5S rDNA.     

基于28S rDNA序列的姬小蜂科(膜翅目,小蜂总科)分类

选择28S rDNA D2区基因,针对GenBank中姬小蜂科总计542条相关序列,借助Blast Align、MUSCLE及TNT等生物信息学软件进行计算分析,提出了一种基于亚科水平的姬小蜂科快速DNA分类鉴定方法。建树结果对目前分类系统中姬小蜂科4亚科分类体系(Bouek,1988)予以支持;综合分析结果基本支持对于姬小蜂亚科以及灿小蜂亚科的分族、分属方法。同时对地位不明的两属Anselmella和Ophelimus的分类学地位提出了假设。     

斜茎黄芪根瘤菌的16SrDNA和23SrDNAPCR—RFLP比较分析

在表型性状数值分析和ＡＦＬＰ指纹图谱分析的基础上,选取５４株斜茎黄芪根瘤菌的代表菌株及已知根瘤菌参比菌株,进行１６ＳｒＤＮＡ和２３ＳｒＤＮＡ的ＰＣＲ－ＲＦＬＰ比较分析。结果表明斜茎黄芪根瘤菌具有极大的系统发育多样性,分别具有２４个１６ＳｒＤＮＡ遗传图谱类型和２２个２３ＳｒＤＮＡ遗传图谱类型,１６ＳｒＤＮＡ与２３ＳｒＤＮＡＰＣＲ－ＲＦＬＰ聚类分析树状图谱有较好的一致性,但也存在一些差异。在对较大类群的划分上,它们的结果与表型性状数值分析结果有较好的一致性。将１６ＳｒＤＮＡ和２３ＳｒＤＮＡＰＣＲ－ＲＦＬＰ分析数据合并在一起进行分析时,得出２６个综合遗传图谱类型和１个综合聚类分析树状图谱。很明显,１６ＳｒＤＮＡ与２３ＳｒＤＮＡ的合并,能够得出更可靠的系统发育结论。     

波兰小麦和矮兰麦45S rDNA和5S rDNA基因位点FISH分析

采用双色荧光原位杂交技术, 以45S rDNA和5S rDNA基因为探针, 对波兰小麦(Triticum polonicum L.)和矮兰麦(T. turgidum L. cv. Ailanmai)进行了分析。结果表明, 高秆波兰小麦(T. polonicum L. High)和矮兰麦的45S rDNA和5S rDNA基因位点高度一致, 都显示4个45S rDNA和6个5S rDNA基因位点; 矮秆波兰小麦(T. polonicum L. Dwarf)的45S rDNA基因位点与高秆波兰小麦和矮兰麦也一致表现出4个位点, 而其5S rDNA基因位点有8个。同时讨论了rDNA基因位点的数目和分布位置在种间和种内存在差异的原因。     

苯酚降解菌phen8的分离筛选及其16SrDNA序列分析

为筛选高效苯酚降解菌株 ,从炼油厂排污废水中分离筛选到 1株苯酚降解菌 phen8。利用PCR方法和琼脂糖凝胶电泳技术检测到 phen8菌中苯酚羟化酶基因片段的特异性条带 ,从基因水平上证实了 phen8菌的苯酚降解功能的遗传基础。应用PCR技术克隆到 16SrDNA片段 ,其核苷酸序列分析结果表明 ,该菌株的 16SrDNA全序列与斯氏假单胞菌DSM 5 0 2 2 7和DSM 5 0 2 38的同源性为 98% (在GenBank中的登记号为AF 2 8476 4)。初步确立了该菌在微生物系统发育学上的地位 ,暂定为假单胞菌 (Pseudomonassp .) phen8。     

新疆意大利蝗不同地理种群16S rDNA序列差异研究

研究新疆东部和西部不同地理种群意大利蝗Calliptamus italicus(L.)线粒体基因中16SrDNA序列差异。结果表明:(1)意大利蝗A+T的含量(67.7%)明显高于G+C的含量(32.3%);(2)多重序列比对和UPGMA系统发育树的结果表明新疆东、西部不同地理种群的意大利蝗的遗传变异极小。