READER REACTION

On the Nonidentifiability of Population Sizes
Lorsqu'un modèle de mélange non paramétrique est utilisé pour prendre en compte l'hétérogénéité des probabilités de capture entre individus, la taille de la population n'est pas identifiable (Link 2003). Holzmann et al. (2006) ont discuté des conditions sous lesquelles une sous-famille de distribution de mélange est identifiable. Link (2006) a montré que la non-identifiabilité peut se produire dans des sous-familles identifiables. Je démontre qu'il existe une sous-famille dans laquelle chaque distribution de mélange est déterminée par son mélange et que la taille de la population admet une limite inférieure qui peut être utilisée pour construire un intervalle de confiance.     

Estimating larger carnivore numbers from track counts and measurements

Résumé Avoir conscience de l'abondance des grands carnivores est très important pour la gestion de leur conservation. Cependant, l'évaluation directe des nombres de carnivores est souvent difficile, nècessitant beaucoup d'argent et de temps, ce qui importe que l'échantillonnage indirect est une alternative fiable et valable. Les techniques de recensement à distance se sont montrèes économiques, renouvelables, et objectives. Nous avons donc estimé le nombre de grands carnivores de six espèces dans une superficie assez petite au nord de l'Afrique du Sud, en comparant trois méthodes d'échantillonnage basèes sur des décomptes des traces et mesures: (i) une approche qualitative, où les individus furent identifiés de manière subjective en étudiant les différences dans les mesures des traces; (ii) une approche quantitative qui se sert de la forte corrélation linéaire de la densité des traces à la densité des carnivores démontrée dans d'autres études; et (iii) une approche quantitative qui impliquent des analyses répétées de la variance et des post-enquêtes sur les mesures des traces afin de disposer des données statistiques pour identifier les différences entre des services des traces. Les trois méthodes fournirent des résultats comparables qui semblent raisonnables et qui peuvent être une bonne indication du vrai nombre de grands carnivores dans la zone de l'étude. Les rèsultats étayent la fiabilité des estimations indirectes de l'abondance de grands carnivores basés sur les données des traces, et sont prometteurs pour des futures recherches et pour la conservation de ces animaux.     

REGULAR ARTICLES

Marginal Analysis of Correlated Failure Time Data with Informative Cluster Sizes
Nous nous intéressons à la modélisation de données de survie corrélées quand la connaissance de la taille des strates peut fournir une information sur le critère de jugement. Celle-ci est basée sur une approche de ré-échantillonnage au sein des strates et sur une méthode de fonction de score pondérée. Nous déterminons les propriétés asymptotiques pour les estimateurs de ré-échantillonnage au sein des strates dans le cadre d'un modèle à risques proportionnel de Cox. Nous établissons la convergence et la normalité asymptotique des estimateurs des coefficients de régression et la propriété de convergence faible des estimateurs de la fonction de base du risque cumulé. La méthode de fonction du score pondérée consiste à prendre l'inverse de la taille des strates comme poids dans la fonction de score. Nous procédons à des études de simulations pour déterminer et comparer le comportement des estimateurs pour des échantillons finis et appliquons les méthodes proposées à une étude dentaire.     

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Time-Varying Coefficient Models for the Analysis of Air Pollution and Health Outcome Data
Nous présentons un modèle à coefficient dépendant du temps pour étudier la relation entre exposition aiguë (à court terme) à la pollution atmosphérique et altérations de la santé. Ce modèle permet au risque relatif de varier en fonction du temps comme cela peut se produire en cas d'interaction avec la température ou de modification de la composition en polluants, par exemple en particules solides. Le modèle fournit une estimation lissée de ces effets dépendant du temps sans qu'il soit nécessaire de spécifier une forme paramétrique particulière. Cette forme est estimée à partir des données à l'aide de fonctions spline cubiques pénalisées. Nous développons des modèles de régression de Poisson dont les coefficients sont estimés soit en maximisant une quasi-vraisemblance par une procédure itérative de moindres carrés repondérés, soit par une approche bayésienne utilisant une méthode de Monte Carlo par chaîne de Markov (MCMC). L'efficacité de ces approches pour estimer différents effets dépendant du temps est évaluée par simulations et les modèles sont appliqués aux données recueillies dans quatre villes pour l'enquête NMMAPS (Enquête Nationale Morbidité, Mortalité et Pollution Atmosphérique).     

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A Simple Local Sensitivity Analysis Tool for Nonignorable Coarsening: Application to Dependent Censoring
Les données censurées à droite ou sur certains intervalles de temps sont des cas particuliers fréquents de données dégradées (Heitjan et Rubin, 1991). Comme avec les données manquantes, les méthodes statistiques courantes qui ignorent la nature aléatoire du mécanisme de dégradation peuvent conduire à des inférences incorrectes. Nous généralisons un outil simple d'analyse de sensibilité, l'indice de sensibilité locale à la non-ignorabilité (Troxel et al., 2004), à un modèle général de dégradation. En transformant cet indice en un simple graphique on peut facilement établir la sensibilité des inférences-clés à une dégradation non ignorable. Nous illustrons la validité de la méthode sur un exemple simulé, et l'appliquons à des observations de transplantation cardiaque censurées à droite, et à un essai clinique dans la maladie HIV où le temps nécessaire pour atteindre une charge virale détectable est censuré sur certains intervalles.     

DISCUSSION PAPER

C.-F. Burman and C. Sonesson              664
Les plans adaptatifs permettent, en cours d'étude, de modifier le plan d'expérience initial de façon importante. La taille de l'échantillon, en particulier, peut être réévaluée au vu de données intermédiaires ou d'informations extérieures à l'essai. Dans les plans adaptatifs standard, on associe ces modifications à un test pondéré qui garantit le contrôle de l'erreur de première espèce. Cette méthode, cependant, viole des principes de base de la statistique inférentielle. C'est ainsi que, dans un exemple portant sur des données indépendantes issues de la loi normale N (μ, 1), un test adaptatif peut rejeter l'hypothèse nulle μ≤ 0, alors même que la moyenne des observations est négative. Nous en concluons que les plans adaptatifs, au moins dans leur forme la plus générale où l'on recourt à un test pondéré, ne sont pas valides. Nous discutons plusieurs modifications possibles de cette méthodologie des plans adaptatifs, en nous concentrant sur la recherche de solutions satisfaisantes quant aux tests d'hypothèses.     

REGULAR ARTICLES

Line Transect Methods for Plant Surveys
En raison de la nécessité de bien quantifier la diminution de la biodiversité, on observe actuellement un regain d'intérêt pour les méthodes de suivi de l'abondance des plantes. Les suivis par transects constituent une méthode efficace de suivi pour de nombreuses espèces. Mais dans certaines circonstances, la méthode ne fonctionne pas bien, par exemple quand les sites d'étude sont petits, quand les plantes ont des distributions très agrégées, ou quand les plantes qui se trouvent sur la ligne ne sont pas facilement détectables. Pour résoudre ces problèmes, nous utilisons une stratégie basée sur des transects croisés combinés à des méthodes qui exploitent l'information additionnelle que fournissent de tels plans expérimentaux. Cette méthode est illustrée avec des données provenant d'une colonie de primevères coucou.     

READER REACTION

Sensitivity Analysis: Distributional Assumptions and Confounding Assumptions
Dans la présentation de diverses méthodes pour évaluer la sensibilité des résultats de la régression à une variable de confusion non mesurée, Lin et al. (1998) utilisent une hypothèse d'indépendance conditionnelle pour en déduire des relations algébriques entre l'effet de la véritable exposition et l'effet de l'exposition apparente dans un modèle réduit qui ne contrôle pas la variable de confusion non mesurée. Néanmoins, Hernán et Robbins (1999) ont noté que si les covariables mesurées et la confusion non mesurée affectent ensemble l'exposition d'intérêt, alors la principale supposition d'indépendance conditionnelle qui est utilisée pour en déduire les relations algébriques ne peut pas se produire. Un résultat particulier de Lin et al. n'est pas reliéà la supposition d'indépendance conditionnelle mais seulement à des suppositions concernant l'additivité. Il peut être montré que cette dernière supposition est satisfaite pour une famille entière de distributions même si les covariables mesurées et la variable de confusion non mesurée affectent ensemble l'exposition d'intérêt. Ces considérations clarifient le contexte approprié dans lequel des techniques d'analyse de sensibilité pertinentes peuvent être appliquées.     

CONSULTANT'S FORUM

The DNA Database Search Controversy Revisited: Bridging the Bayesian--Frequentist Gap
Deux quantités différentes ont été proposées pour mesurer l'évidence dans les cas où un suspect est identifiéà partir d'une base de données de profils ADN. Le rapport de vraisemblance, habituellement développé dans le cadre bayésien, est préféré par de nombreux experts du domaine. La règle dite np a été suggérée sur des arguments fréquentistes par l'American National Research council (NRC) et Stockmarr (1999). Ces deux quantités différent considérablement et sont à la source d'une controverse sérieuse sur l'utilisation des bases d'ADN. Bien que plusieurs auteurs aient critiqué ces différentes approches, une explication claire sur le pourquoi de ces différences observées n'a jamais été proposée. Dans cet article, nous montrons que le degré de signification P dans un contexte fréquentiste est approximativement égal au résultat de la règle np . Nous soutenons cependant qu'une procédure plus raisonnable consiste à utiliser une stratégie de test conditionnel qui génère un P directement lié aux probabilités a posteriori ainsi qu'un rapport de vraisemblance. Cette façon d'aborder le problème construit un pont entre les approches bayésienne et fréquentiste et indique également que la règle np ne doit pas être utilisée pour quantifier l'évidence.     

BIOMETRIC METHODOLOGY

Matching in Studies of Classification Accuracy: Implications for Analysis, Efficiency, and Assessment of Incremental Value
Dans les études cas-témoins qui visent àévaluer une classification effectuée à partir d'un marqueur, il est courant d'apparier les témoins aux cas sur des facteurs liés à la maladie et au marqueur. Dans ce type d'études, par opposition aux études étiologiques, l'appariement n'a pas fait l'objet de travaux rigoureux. Nous étudions les implications de l'appariement sur le choix d'un modèle d'analyse statistique, sur l'efficacité et sur l'évaluation de l'apport supplémentaire du marqueur par rapport aux variables d'appariement. Nous observons que l'ajustement sur les variables d'appariement est essentiel car les mesures non ajustées des qualités du marqueur peuvent être biaisées. Dans de nombreuses situations, l'appariement est la plus efficace des méthodes d'échantillonnage en fonction des covariables et nous donnons une expression du rapport optimal nombre de cas/nombre de témoins. En revanche, nous montrons également que l'appariement complique sérieusement l'évaluation de l'apport supplémentaire du marqueur. Nous recommandons d'envisager l'intérêt d'un appariement à la lumière de ces résultats.     

REGULAR ARTICLES

Dans ce papier, nous proposons un modèle hiérarchique bayésien prenant simultanément en compte les effets liés au support (i.e. la puce) pour détecter les gènes différentiellement exprimés. Nous montrons comment interpréter et utiliser les informations obtenues pour définir la liste des gènes nécessitant des investigations supplémentaires. Nous montrons empiriquement que la prise en compte des effets de support influençant les niveaux d'expression est nécessaire et nous explorons différentes fonctions non linéaires dans notre approche modèle-dépendante de normalisation des données. Notre modèle inclus des variances gène-spécifiques mais impose des contraintes relatives à la structure hiérarchique. La validité du modèle est discutée sur la base de contrôles prédictifs a posteriori. Modéliser les effets de support (la normalisation) simultanément avec les niveaux d'expression conduit à moins de résultats faussement positifs. Pour optimiser le choix de la liste de gènes d'intérêt, nous proposons de combiner plusieurs critères (par exemple la variation relative et l'expression totale) dans une variable indicatrice pour chaque gène. La distribution a posteriori de ces variables indicatrices est utilisée pour définir la liste de gènes d'intérêt, prenant ainsi en compte l'incertitude sur l'estimation des paramètres. Dans une application sur des données de souris invalidées, les annotations de Gene Ontology sur- et sous-représentées parmi les gènes de la liste choisie sont en accord avec les prévisions biologiques.     

The Virgin of Guadalupe: a nexus of affect

Par le biais d'une analyse des célébrations actuelles de la Vierge de Guadalupe à Rome, l'auteure discute de la manière dont la Vierge fait écho aux inquiétudes pour «la patrie et la foi>> ( patria y fe ) ainsi que sur la mobilisation de la foi catholique en réaction aux sécularisme. Les célébrations performatives de la Vierge révèlent une unité fantasmatique de la nation et de la famille par le biais de l'affect et de tensions raciales subtiles au sein, d'une part, de la migration transnationale religieuse liée à la politique diocésaine et missionnaire, et d'autre part à la diffusion à l'étranger de narrations culturelles et indigènes d'une identité mexicaine. En s'intéressant aux traces de la guerre des Cristeros au Mexique (1926-1929), remises en récit sous un angle affectif dans la Rome du XXI^e siècle, l'auteure affirme que la célébration de la Vierge de Guadalupe ne manifeste pas une religiosité liée au retour des dépossédés et à un symbole de libération (comme cela semble faire être le cas à la frontière entre le Mexique et les États-Unis) mais elle devient plutôt, dans ce contexte, un point de fusion des affects qui signale la montée en puissance d'une Église catholique transnationale empreinte d'orthodoxie ultramontaine.     

Les voiles microbiens. Leur contribution à la fossilisation des organismes au corps mou

Dans certains gisements fossilifères, la conservation des organismes au corps mou est imputable à la prolifération de voiles microbiens. II en est ainsi des shales du Grès à Voltzia (Trias inférieur) où des méduses, des annèlides et diverses pontes sont fossilisés dans des lamines grises, d'épaisseur inframillimétrique, dont la nature bactérienne est démontrée. En recouvrant rapidement les cadavres, les voiles microbiens les protégeaient contre les animaux saprophages et les actions mécaniques. En měme temps, ils créaient un milieu clos, appauvri en oxygène, qui inhibait la décomposition de la matière organique. □ Fossilisation, voiles microbiens, cyanobactéries, Buntsandstein.
Preservation of soft-bodied organisms in some fossiliferous localities is attributable to spreading of microbial veils. This is the case of the shales of the Grès à Voltzia (Lower Triassic), where fossil medusae, worms and clutches occur in grey, less than a millimeter thick laminae, the bacterial origin of which is demonstrated. Covering the bodies rapidly, the microbial veils protected them from scavengers and physical injuries. They created enclosed spaces, with poor oxygen content, inhibiting the decay of organic matter. □ Fossilization, microbial veils, cyanobacteria, Buntsandstein.     

REGULAR ARTICLES

Marginalized Models for Moderate to Long Series of Longitudinal Binary Response Data
Les modèles marginalisés (Heagerty, 1999) permettent l'inférence basée sur la vraisemblance lorsqu'on s'intéresse à des modèles marginaux de régression pour des données longitudinales binaires. Deux modèles de ce type sont le modèle de transition marginalisée, et le modèle à variable latente marginalisée. Le premier reflète la dépendance sérielle intra-sujet au sein des mesures répétées avec des termes de transition dans le modèle, tandis que le deuxième suppose l'échangeabilité ou la non-décroissance de la dépendance de la réponse avec des intercepts aléatoires. Dans cet article, nous étendons la classe des modèles marginalisés en proposant un modèle simple unifié décrivant à la fois la dépendance sérielle et la dépendance au long terme. Ce modèle est particulièrement utile dans des analyses longitudinales avec un nombre de mesures répétées par sujet modéré ou large, où aussi bien les formes sérielles et échangeables de la corrélation de la réponse peuvent être identifiées. Nous décrivons des approches bayésiennes et au maximum de vraisemblance pour l'estimation des paramètres et pour l'inférence, et nous étudions les caractéristiques opérationnelles pour de grands échantillons, sous deux types de mauvaise spécification du modèle de dépendance. On analyse les données de l'étude longitudinale de schizophrénie de Madras (Thara, 1994).     

BIOMETRIC PRACTICE

The Skill Plot: A Graphical Technique for Evaluating Continuous Diagnostic Tests
Nous présentons ici le ≪ Skill Plot ≫ (graphe d'aptitude), une méthode d'aide à la décision, immédiatement exploitable, conçue pour les tests diagnostiques. Contrairement aux courbes ROC, une telle courbe d'aptitude permet un examen visuel aisé du seuil ou de la règle de décision optimal pour un test diagnostique. Le ≪ Skill Plot ≫ et le test qui lui est associé permettent également de juger si les diagnostics basés sur le seuil ainsi obtenu sont meilleurs qu'une imputation naïve (diagnostics tous estimés positifs ou tous négatifs). La mesure d'aptitude facilite ici la comparaison directe de l'utilité prédictive de deux classifications, comme l'aire sous la courbe est la statistique d'intérêt dans l'analyse ROC. Nous démontrons par ailleurs que le seuil issu du ≪ Skill Plot ≫ est équivalent au seuil obtenu par optimisation des rapports de cotes a posteriori dans le cadre de la théorie bayésienne de la décision. Enfin, nous présentons et discutons brièvement une méthode permettant de construire l'intervalle de confiance de ce seuil optimal.     

READER REACTION

B. C . Jung , M . Jhun , and J. W . Lee              626
Ridout, Hinde et Demétrio (2001, Biometrics 57, 219–223) ont construit un test du score pour tester un modèle de régression de Poisson à inflation de zéro (ZIP) contre des alternatives binomiales négatives à inflation de zéro (ZINB). Ils précisent que le test du score utilisant l'approximation normale peut sous estimer le niveau de signification nominal notamment pour des petits échantillons. Pour y remédier, une méthode de bootstrap paramétrique est proposée. On montre que la méthode du bootstrap garde un niveau de signification proche du nominal et a une puissance uniformément plus grande que l'approximation normale existante pour tester cette hypothèse.     

On vegetable love: gardening, plants, and people in the north of England

La comparaison du corps humain à une machine est une métaphore dominante dans la pensée occidentale depuis le Siècle des Lumières au moins. À partir de recherches menées dans le Nord de l'Angleterre auprès de jardiniers, l'auteure explore un autre ensemble d'associations. Elle examine les implications des pratiques et connaissances du jardinage en Angleterre qui mettent l'accent sur des parallèles réciproques entre le corps et l'intentionnalité des humains et ceux des plantes. Bien que les humains ne soient pas assimilés aux végétaux, les plantes sont intégrées dans une vision du monde qui n'est pas rigoureusement mécaniste. L'auteure examine les implications qu'aurait une approche «simplement>> métaphorique de ces liens entre plantes et personnes et avance qu'il faut, pour les décrire, un cadre théorique dont l'espace analytique irait au-delà de la métaphore.     

CONSULTANT'S FORUM

Nous proposons un modèle conjoint du déclin cognitif et du risque de démence pour décrire la phase pré-diagnostique de la démence. L'objectif est d'estimer le moment où l'évolution cognitive des sujets en phase pré-démentielle commence à se distinguer de l'évolution normale et d'étudier si la forme du déclin cognitif dépend du niveau d'études. Le modèle combine un modèle mixte polynomial par morceaux comportant un point de changement aléatoire pour l'évolution du test cognitif et un modèle log-normal dépendant du point de changement aléatoire pour l'âge de démence. Les paramètres sont estimés par le maximum de vraisemblance à l'aide d'un algorithme de type Newton-Raphson. L'évolution cognitive attendue sachant l'âge de démence est ensuite estimée ainsi que la distribution marginale de l'âge de démence afin de vérifier l'hypothèse log-normale.     

DISCUSSION PAPER

R. L. Prentice, M. Pettinger, and G. L. Anderson          899
Statistical Issues Arising in the Women's Health Initiative
Nous proposons un bref panorama du plan de l'essai clinique et de l'étude observationnelle de la WHI, ainsi qu'un résumé des résultats obtenus à partir de la partie de l'essai clinique dévolue à la thérapeutique hormonale post-ménopause. Depuis son démarrage en 1992, la WHI a été confrontée à plusieurs questions de nature statistique pour lesquelles de plus amples développements méthodologiques étaient nécessaires. Parmi ceux-ci, la modélisation des erreurs de mesure, et des méthodes d'analyse pour l'évaluation de la diététique et de l'activité physique; des méthodes de surveillance d'essai clinique lorsque les traitements peuvent concerner plusieurs champs cliniques aussi bien en bénéfice qu'en réaction adverse; le plan d'étude et les procédures d'analyse pour des données génomiques et protéiques de dimension élevée; et aussi des procédures d'analyse de données de durée lorsque les rapports de risque dépendent du temps. Ce dernier point apparaît important pour comprendre les différences entre les résultats de l'essai clinique et ceux de l'étude observationnelle en ce qui concerne le traitement hormonal postménopause et la pathologie cardio-vasculaire.     

Ormieresia carcini gen. n., sp. n., Microsporidie du Crabe Méditerranéan, Carcinus mediterraneus Czerniavsky, 1884: Cycle Évolutif et Étude Ultrastructurale

RÉSUMÉ. Une nouvelle microsporidie, Ormieresia carcini gen. n., sp. n., est trouvée dans Carcinus mediterraneus Czerniavsky, 1884. Son évolution et ses ultrastructures sont étudiees.
Le cycle débute par un méronte limité par une membrane unitaire et possédant un diplocaryon. Toute la sporogonie se déroule dans la musculature de l'höte. Les stades sporogoniaux sont enveloppés dans une membrane pansporoblastique persistante. Dans chaque pansporoblaste, la sporoblastogenése (donnant naissance à 8 sporoblastes) est particulière; un plasmode sporogonial octonucléé manque. Au cours des divisions schizogoniques et sporogoniques, chaque centre cinétique est formé de 2 plaques, une incluse dans l'enveloppe nucléaire, l'autre occupant une position extranucléaire. Les sporontes en division et les sporoblastes sécrètent des substances métaboliques (granules, tubes) qui sont déposées dans l'espace pansporoblastique.
La spore uninucléée est longue et cylindrique (19,1 × 2,4 μm). Un manubrium rectiligne traverse la spore. Son extrémité postérieure se rétrécit brusquement en un filament polaire décrlvant 4 ou 5 tours de spire. L'extrémité antérieure du manubrium est attachée au capuchon polaire lui-même comprimé par un double anneau. La partie antérieure du manubrium est entourée par un polaroplaste formé d'une zone spongieuse et d'une zone lamellaire.