微卫星标记分析罗非鱼群体的遗传潜力

利用25个微卫星标记,对奥利亚罗非鱼2个群体["夏奥1号"(ZA)、广西群体(GA)]和尼罗罗非鱼4个群体[埃及品系(ZN)、88品系(XN)、广西群体(GN)、美国品系(MN)]进行检测。共检测到7 775个扩增片段,长度在100~400 bp;等位基因数3~8个不等,共计143个等位基因;平均每个基因座扩增得到5.72个等位基因。各群体平均观测杂合度(H o)在0.7253~0.8160之间,平均期望杂合度(He)在0.5146~0.6834之间,平均多态信息含量(PIC)在0.4212~0.6105之间,平均有效等位基因数(A e)在2.20~3.23之间。ZA与GA遗传相似系数最高(0.9130),ZA与ZN遗传相似系数最低(0.4352)。总的说来,4个尼罗罗非鱼群体的遗传潜力较高,2个奥利亚罗非鱼群体的遗传潜力适中。     

大黄鱼连续两代雌核发育群体的微卫星标记分析

通过对大黄鱼(Pseudosciaena crocea)异质雌核发育一代群体(meio-G1)与二代群体(meio-G2)微卫星位点的纯合度进行分析,研究异质雌核发育对大黄鱼基因纯化的效率。结果显示:meio-G1和meio-G215个微卫星座位的平均纯合度分别为0.661和0.803,纯合位点比例最高个体分别为0.867(13/15)和0.933(14/15),两个群体内个体间的平均相似系数分别为0.5903和0.8672,最高分别达0.9286和1.0(遗传距离为0.0741和0),远高于两性交配繁殖群体(平均纯合度0.376,平均相似系数0.4687,个体间最小遗传距离0.2288);其中meio-G2群体有7个位点(46.7%)已经完全纯合固定,并与普通养殖群体产生较明显的遗传分化;表明人工诱导异质雌核发育可大大加速大黄鱼大多数基因位点的纯合,是快速建立高纯品系的有效手段。但不同位点的纯合度差异很大,部分位点在异质雌核发育后代中迅速纯合,在meio-G1中就达到很高的纯合度,而有些位点则在meio-G1和meio-G2中仍保持很高的杂合度;meio-G1和meio-G2群体中不同个体纯合位点比例差异也很大。研究培育的雌核发育群体为大黄鱼进一步选育提供了良好的遗传材料。       

吉富罗非鱼群体遗传多样性的AFLP分析

为了分析吉富罗非鱼的遗传多样性,为其育种提供理论依据,本实验利用5对引物组合(E-AGG/M-CTT, E-AGG/M-CTG, E-AAC/M-CAG, E-ACA/M-CTG, E-ACA/M-CAG)对广东省化州光辉养殖场有限公司新选育的吉富罗非鱼第16代群体(F16)进行遗传多样性的AFLP分析.27个个体共检出187个扩增位点,其中多态位点163个,平均每对引物扩增出32.6个位点,多态位点比例87.17%;平均Nei's基因多样性0.2886;平均Shannon's指数0.4339.结果说明实验群体存在较丰富的遗传多样性且保持有较高的遗传杂合度,具有进一步育种和开发的价值.     

吉富罗非鱼雌雄群体遗传差异的SSR分析

为探讨吉富罗非鱼(genetic improvement of farmed tilapia,GIFT)雌、雄群体间的遗传差异,本研究对国家级广西南宁罗非鱼良种场雌、雄吉富罗非鱼进行了遗传差异分析。研究结果表明,选取的11对SSR引物中有10对能获得稳定的目的条带;每个SSR基因座的等位基因数在2～4个之间,雌性罗非鱼的平均等位基因(Na)2.9个,稍高于雄性的2.8个;雌、雄吉富罗非鱼平均观察杂合度(HO)分别为0.4183和0.4154,多态信息含量(PIC)分别为0.4048和0.3932,属中度多态;雌雄个体间的遗传距离和相似性指数分别为0.0908和0.9132。此外,SSR基因座PRL-SO2在雄鱼中偏离Hardy Weinberg平衡(P0.005)。上述结果表明,吉富罗非鱼雌、雄群体的SSR多态性基本相同,推测这两者基因组间的差异较小。     

四个奥利亚罗非鱼群体的微卫星分析

应用筛选到的19对微卫星引物,对四个不同来源的奥利亚罗非鱼（Oreochromis aureus）群体（奥利亚罗非鱼83系、奥利亚罗非鱼02系、奥利亚罗非鱼05系和红色奥利亚罗非鱼）的基因组DNA进行PCR扩增,分析其群体遗传结构和亲缘关系。根据几个群体在19个位点上的PCR扩增图谱,统计计算各群体的遗传多样性指数。四个群体的平均观测遗传杂合度值在0．154—0．391间;平均预期杂合度在0．181—0．428间;平均多态信息含量值在0．1513—0．3882间,说明它们的遗传多样性水平较低。遗传偏离指数D的评估结果显示这4个群体有多个位点存在不同程度的Hardy—Weinberg遗传平衡偏离。运用MicroChecker软件进行零等位基因预测,结果显示除红色奥利亚罗非鱼群体外,其他3个群体中均可能存在零等位基因位点。各群体零等位基因的位点数分别为：83系1个,02系3个,05系7个,红奥群体为0。零等位基因位点的存在可能是导致位点发生Hardy—Weinberg遗传平衡偏离的原因之一。4个群体中,05系群体与83系群体间的遗传相似性系数最高（0．9422）,遗传距离最小（0．0596）,说明两者亲缘关系最近;83系群体与红奥群体的遗传相似性系数最低（0．6977）,遗传距离最大（0．3599）,可推断两者亲缘关系最远。根据群体间的遗传距离采用UPGMA法进行聚类,结果表明：83系首先与05系聚类为一支,然后与02系群体聚类,最后与红奥群体聚类。聚类结果说明红奥群体与其他三个群体亲缘关系最远;83系群体与05系群体亲缘关系最近,与02系群体次之。     

微卫星DNA标记在绒山羊群体中的初步研究

利用7个微卫星标记对4个绒山羊品种共计18个个体的遗传多样性进行了研究。计算了有效等位基因数、遗传杂合度、遗传距离等,分析了群体相关的遗传变异。结果表明：辽宁多绒山羊的有效等位基因数最大,杂合度最高,而辽宁绒山羊的有效等位基因数最小,杂合度最低;奈氏遗传距离说明：库布旗杂种绒山羊和辽宁多绒山羊的亲缘关系最近,而和阿尔巴斯绒山羊的亲缘关系最远。     

秦川母牛群体遗传特性的微卫星标记研究

为了从DNA分子水平揭示秦川牛群体遗传多态性和群体遗传结构,寻找可用于秦川牛的微卫星标记,本研究选择了12个普通牛（Bos taurus）微卫星标记检测了90头秦川母牛各微卫星位点的遗传变异及多态性。结果表明,在秦川母牛群体中,12个微卫星位点共检测到了247个等位基因,各位点的等位基因数在13（INRA005）～33个（HEL13）之间,平均每个微卫星位点的等位基因数为21个;总有效等位基因数和平均每个位点平均有效等位基因数（Ne）分别分为142．6229和11．8852。各位点平均基因频率取样方差（V（pij））为2．6036×10^-4。12个微卫星位点平均观察杂合度（Ho）和平均期望杂合度（He）在0．7842（INRA005）～0．9775（BM315）和0．7952（BM315）～0．9446（HEL13）之间。12个位点平均多态信息含量（PIC）在0．7653（INRA005）～0．9420（HEL13）之间,平均为0．8965．12个微卫星位点均属于高度多态位点,这表明秦川母牛群体中所检测各微卫星位点具有丰富的遗传多态性,具备较大的选择潜力。12个微卫星位点的平均固定指数（F）为-0．0076,即各位点杂合子的缺陷度不高,即偏离Hardy—Weinberg平衡的程度不大。     

利用微卫星DNA标记研究绒山羊群体遗传多样性

利用7个微卫星标记对4个绒山羊品种共计18个个体的遗传多样性进行了分析和研究。计算了有效等位基因数、遗传杂合度、遗传距离等,分析了群体相关的遗传变异。结果表明,辽宁多绒山羊的有效等位基因数最大,杂合度最高;而辽宁绒山羊的有效等位基因数最小,杂合度最低。奈氏遗传距离表明,库布齐杂种绒山羊和辽宁多绒山羊的亲缘关系最近,而和阿尔巴斯绒山羊的亲缘关系最远。     

微卫星标记在玉米群体遗传多样性研究中的应用

简要综述了近几年利用微卫星(SSR)分子标记技术分析玉米群体遗传多样性过程中的研究进展对研究中混合取样,荧光标记技术,共享数据库等新方法的使用作了阐述.     

我国新引进吉富品系尼罗罗非鱼群体的遗传多样性分析

选取罗非鱼(Oreochromis spp.)第二代遗传连锁图谱中的26个微卫星位点,对淡水渔业研究中心引进的、由60个家系组成的吉富品系尼罗罗非鱼(O.niloticus)群体进行遗传结构分析。结果显示,26个微卫星位点在吉富罗非鱼群体中共检测到124个等位基因,各位点的等位基因数为3～7个,平均4.8个。片段长度104～322 bp,平均杂合度观测值为0.622 1,平均杂合度期望值为0.642 3,平均多态信息含量(PIC)为0.633 4。所检测的26个位点中,有25个位点属于高度多态位点(PIC0.5),占所检测位点的96.15%;1个位点属于中度多态位点。结果表明,该吉富罗非鱼群体多态信息含量丰富,遗传多样性水平较高。因而该群体仍然具有较大的选育潜力,可以作为选育的基础群体开展进一步的选育工作。     

布氏罗非鱼微卫星位点筛选和群体遗传多样性分析

为阐明布氏罗非(Tilapia buttikoferi)群体遗传变异和遗传结构状况,采用50个尼罗罗非鱼特异性的微卫星分子标记对45个布氏罗非鱼个体进行遗传检测.结果有27对引物能获得稳定的特异性条带,占总数的54%,其中16个多态性微卫星座位共检测出52个等位基因.每个座位的等位基因数为2～6之间,平均每个座位为3.24;平均观测杂合度(Ho)为0.5266,平均期望杂合度(He)为0.5237,平均多态信息含量为0.4652,表明布氏罗非鱼群体遗传多样性较丰富,种群结构处于合理状态.     

德宏水牛微卫星标记分析的群体遗传变异

德宏水牛是云南省地方水牛的优良品种之一,为了进一步阐明其群体遗传变异和遗传结构,筛选了分别位于水牛14条染色体上的15对微卫星引物,对德宏水牛81个个体进行了检测分析.共检测到62个等位基因,每个座位等位基因数目从2到6个不等,平均等位基因数为4.13,该水牛群体期望杂合度和多态信息含量分别为0.6520±0.1526和0.5863±0.1789,各座位的遗传分化系数在0～0.0919之间,平均值为0.0202.每个座位的基因流较大,平均12.1502.研究结果表明德宏水牛群体遗传多样性较丰富,亚群间的遗传分化程度低,基因流较大,且很少发生近交.     

东平湖麦穗鱼群体遗传结构的微卫星标记分析

利用微卫星标记技术,采用26对鲤微卫星引物对山东东平湖麦穗鱼进行全基因组扫描.结果表明,有13对引物能获得稳定的特异性条带(占总数的50%),其中有6个微卫星位点具有多态性(占总数的23.1%).6个多态位点共检测到22个等位基因,每个位点的等位基因数从2个到7个不等,大小在80～406bp之间;平均多态信息含量(PIC)为0.5115,平均观测杂合度(H0)为0.6812,平均期望杂合度(HE)为0.5775.研究结果表明,东平湖麦穗鱼群体遗传多样性较丰富,种群结构合理,种质资源处于安全状态.     

牙鲆微卫星标记的筛选及群体遗传结构分析

采用生物素-磁珠吸附微卫星与质粒二次检测相结合的方法克隆牙鲆微卫星,并利用所得到的引物分析野生群体遗传结构.共获得2805个阳性克隆,测序得到3120个含微卫星的序列.其中完美型、非完美型和混合型分别占57.97%、7.25%和34.78%.用Primer 3.0软件设计牙鲆微卫星引物,从中筛选出具稳定多态性的30对,分析中国黄海、渤海海域4个不同海区牙鲆野生群体(大连、北戴河、丹东、青岛)遗传结构.结果显示:有效等位基因数为3.93～9.94,平均为6.95;观测杂合度为0.532～0.895,平均为0.753;期望杂合度为0.635～0.902,平均为0.820;Hardy-Weinberg平衡指数(d)的变化范围为-0.247～0.512,其中7个位点表现为杂合子过剩(d>0),其余位点表现为杂合子缺失(d>0).聚类分析显示:4个群体聚为两类,大连与丹东聚为一类,北戴河与青岛聚为一类.     

微卫星DNA标记分析野生鲤鱼群体的遗传多样性

利用30个微卫星分子标记对海南鲤(HN)、长江鲤(CY)、月亮湖鲤(YL)、黑龙江鲤(FY)、呼伦湖鲤(ZL)、贝尔湖鲤(BR)6个野生鲤鱼群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ae)等进行了遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,χ2检验估计Hardy-Weinberg平衡,用近交系数(FST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化及其来源。同时,使用PHYLIP3.63软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA进化树。6个群体共检测到8,136个扩增片段,长度在125bp～414bp,30个基因座扩增出等位基因数从3～13个不等,共计210个等位基因,平均每个基因座扩增得到7个等位基因。结果显示:(1)6个野鲤群体的多态性指标均适中,多态信息含量依次0.44、0.52、0.53、0.57、0.63和0.64,有效等位基因数1.04～4.72个不等,平均有效等位基因数依次为2.19、2.60、2.42、2.43、2.45和2.33,无偏期望杂合度平均值为0.50、0.59、0.56、0.56、0.57和0.54;(2)遗传相似系数BR与ZL最高(0.8511),BR与HN最低(0.6688),聚类结果与地理分布呈一定相关性。     

利用微卫星标记分析楼来牛群体遗传多样性的分析

利用POPGENE软件分析48头楼来牛在16个微卫星座位上遗传信息。通过分析楼来牛群体遗传多样性信息,目的是了解楼来牛群体的现状和遗传多样性,为利用分子标记进行楼来牛的选育提供理论依据。结果显示:16个座位中,平均有效等位基因数、平均期望杂合度、平均多态信息含量分别为:2.503 7、0.555 9、0.517 25。其中,9个微卫星座位高度多态,7个微卫星座位中度多态,选取的微卫星位点适合用于遗传多样性评估。研究表明楼来牛群体遗传多样性较为丰富。     

用微卫星标记分析皱纹盘鲍群体的遗传变异

利用微卫星标记技术, 对皱纹盘鲍山东长岛和辽宁獐子岛的两个野生群体以及山东崆峒岛一个养殖群体的遗传变异进行了分析。对6个微卫星基因座的多态性进行了评估, 各基因座的多态信息含量(PIC)值均大于0.5, 适合对鲍群体遗传结构的分析。结果表明, 这6个基因座在3个皱纹盘鲍群体中共获得57个等位基因, 等位基因数(A)平均为9.50, 有效等位基因数(N_e)平均为5.8572, 平均杂合度观测值(H_o)和期望值(^H_e)分别为0.6925和0.7966; 两个野生群体的杂合度观测值(H_o)和期望值(H_e)均高于养殖群体。上述结果为保护和利用皱纹盘鲍的遗传多样性提供了依据。     

吉富罗非鱼不同组织中4种同工酶研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳分析了吉富罗非鱼肌肉、肠、肝、胰、胃不同组织中酯酶(EST)、乳酸脱氢酶(LDH)、超氧化物歧化酶(SOD)、蛋白酶同工酶组成。结果表明:吉富罗非鱼的这4种同工酶均有明显的组织特异性。EST在肌肉组织中表达量较低,EST-1在肠中表达较高,胰、肝组织中均由6种EST同工酶谱带组成;LDH-5在肌肉组织中含量较高;SOD在肝、肌肉组织中表达较高;肠、肝蛋白酶活性较高,由5种同工酶谱带组成,胰蛋白酶含有一种同工酶。该研究为杂交鱼类的酶工程、生化遗传研究提供理论基础,进一步促进吉富罗非鱼这一优良养殖品种的开发和利用。     

微卫星标记对12个中外牛品种群体遗传结构的研究

选用联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的12对微卫星引物, 采用荧光标记–多重PCR技术, 检测了9个中国地方黄牛品种和3个外来牛品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA及DS遗传距离。基于DA遗传距离, 用UPGMA法进行聚类分析, 结果12个中外牛品种被聚为4类: Ⅰ类属于南方黄牛品种, 包括恩施牛、黎平牛、昭通牛和川南山地牛; Ⅱ类属于中原黄牛品种, 包括郏县红牛、早胜牛和平陆山地牛; Ⅲ类属于北方黄牛, 包括延边牛和长白地方牛; Ⅳ类属于外来牛品种, 包括西门塔尔牛、夏洛来牛和德国黄牛。研究结果为中国地方牛品种的保护和利用提供了理论依据。     

乌骨鸡蛋用系群体遗传结构的微卫星标记分析

用20对微卫星引物对丝羽乌骨鸡BM、BF两个蛋用新品系的基因组DNA进行扩增,应用多重PCR结合全自动电泳技术分析群体遗传结构。试验结果表明：18个微卫星标记表现出丰富的多态性,每个标记平均检测到7.444个等位基因（3～15个）,平均观测杂合度为0.3962,平均预期杂合度为0.7301,平均多态信息含量为0.669。本研究的标记检测结果比以前的研究报道值要高,说明全自动电泳分析技术比聚丙烯酰胺凝胶电泳结合银染法检测电泳结果的传统方法要精确,能更好地用于群体遗传结构的分析。