苏姜猪OLR1基因多态性及其与肉质性状的关联分析

探讨OLR1基因在苏姜猪群内的遗传多态性,以及该基因多态对苏姜猪猪肉质性状的影响。采用PCR-RFLP技术检测OLR1基因在苏姜猪试验群体中的PstⅠ酶切遗传多态性,运用单因素方差分析方法分析了该多态位点对苏姜猪肉质性状的影响。结果发现,苏姜猪试验群体OLR1基因内含子5区域内发现一个PstⅠ酶切多态性,检测到CC、CD和DD三种基因型,多态信息含量呈现中度多态性。CC型与DD型个体的肌肉失水率、大理石纹间的差异达到显著水平(P<0.05),CD型个体用色差仪测得的b值显著高于DD型(P<0.05)。因此,检测到的OLR1基因PCR-RFLP-PstⅠ多态性与大理石纹等肉质性状存在着显著的相关关系,可以作为肉质性状候选基因在苏姜猪的持续选育中加以应用。     

从江香猪RARG基因多态性与繁殖性状关联分析

本实验目的是研究RARG基因SNP位点与从江香猪繁殖性状的相关性,寻找影响从江香猪繁殖性状的QTL,为分子标记辅助选择提供依据。本研究以从江香猪母猪为研究对象,利用DNA直接测序技术,筛选RARG基因SNP位点,并进行基因多样性、关联性和数量性状遗传分析研究。受试群体中,在RARG基因中发现3个SNP位点,其中A~(55)G、C~(1464)T位于intron7,C~(128)T位于exon8;关联分析发现,A~(55)G位点与初、经产母猪总产仔数、产活仔数及乳头数差异性均不显著(p0.05);C~(1464)T位点与经产母猪总产仔数、产活仔数及乳头数均呈显著性差异(p0.05),且CC基因型比CT、TT基因型多;对于C128T位点,AA基因型初产母猪的总产仔数、产活仔数及母猪乳头数均比AB、BB基因型多,且差异性均显著(p0.05);数量性状遗传分析发现,等位基因C对经产母猪总产仔数、产活仔数、乳头数的平均效应分别为0.56、0.59、0.29,CC基因型估计育种值分别为1.12、1.18、0.58;等位基因A对初产母猪总产仔数、产活仔数、乳头数的平均效应分别为0.61、0.60、0.33,AA基因型估计育种值分别为1.22、1.20、0.65。推测等位基因C和等位基因A可能为从江香猪总产仔数、产活仔数、乳头数的有利等位基因,且CC基因型和AA基因型为有利基因型。     

贵州黑山羊STAT5A基因多态性及其与生长性状关联分析

目的:探讨STAT5A基因SNP与贵州黑山羊生长性状关联性,旨在为山羊选种选育提供更好的科学依据。方法:以贵州黑山羊为研究对象,采用DNA池法及PCR-SSCP技术检测STAT5A基因单核苷酸多态性。结果:贵州黑山羊STAT5A基因内含子6和外显子7分别检测到1个SNP位点T-90C和C+69T,位点T-90C为2种基因型,分别命名为CC和TC。基因型与生长性状关联分析显示,贵州黑山羊TC基因型个体的胸围显著高于CC基因型个体(P0.05),而其余4个指标均差异不显著(P0.05);实验山羊群体基因频率和基因型频率处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05)。结论:研究结果提示:STAT5A基因可能是影响山羊胸围的主效基因或与主效基因连锁,T-90C位点可望作为提高山羊个体生长性能的分子遗传标记。     

中华鳖MyoD1基因SNP鉴定及其与生长性状的关联分析

为了研究生肌决定因子1(MyoD1)基因多态性与中华鳖生长性状的相关性,采用直接测序法在MyoD1基因上共检测到6个SNP位点(T-49G、A-38G、C91T、A187T、C880T和T1522A),其中C880T位于外显子上,属于错义突变。对从同批繁殖、同块稻田养殖的2冬龄中华鳖群体中随机选取的178只个体中各位点的基因型进行检测。结果显示,所有位点在中华鳖群体中的平均有效等位基因数、平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为1.636 5、0.349 3和0.375 4,除A187T位点外,其余5个位点的基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg定律。采用一般线性模型分析各位点与中华鳖生长性状之间的相关性,研究发现,T-49G位点GG基因型个体的背甲宽显著大于TT基因型,A-38G位点AG基因型个体的背甲宽显著大于AA基因型,A187T位点TT基因型个体的体高显著大于AA基因型,T1522A位点AA基因型个体的体质量显著大于TT、TA基因型,其余位点不同基因型个体间的生长性状均不存在显著差异。T-49G、A-38G、A187T和T1522A位点与生长性状显著相关,可作为中华鳖分子标记辅助育种的候选标记。     

猪ATF4基因多态性与生产性状的关联及基因表达分析

为进一步了解和认识ATF4基因的功能,揭示ATF4对猪脂肪代谢的影响,寻找与肉质性状相关联的分子标记,文章采用PCR方法扩增了ATF4基因部分序列,通过序列比对发现在翻译起始密码子ATG下游159 bp处存在A159G转换,通过PCR-AluⅠ-RFLP对大白猪、长白猪、梅山猪和通城猪进行酶切分型,发现在大白猪和长白猪中均为AA基因型,在梅山猪和通城猪中均为GG基因型。进一步对大白猪×梅山F2群体资源家系进行了酶切分型,并分析该位点的多态性与生产性状的关系。结果表明,ATF4的多态性与臀部平均膘厚存在极显著相关(P<0.01),与胸腰椎间膘厚、平均膘厚、眼肌高、眼肌面积存在显著相关(P<0.05)。采用Real-time PCR分析了ATF4基因在大白猪与梅山猪背最长肌不同发育阶段的表达模式。结果表明,ATF4基因在大白猪和梅山猪胚胎期65 d和出生后3 d中的表达水平相对都比较低,且在两品种间无明显差异;而在出生后60 d和120 d,ATF4基因在大白猪中与梅山猪均出现了上调表达,并且在梅山猪中的相对表达水平要显著高于大白猪。研究结果为进一步深入研究猪ATF4基因在脂肪代谢中的分子机理奠定了基础。     

徐淮白山羊DGAT2基因内含子3多态性与生长性状关联分析

目的：探讨DGAT2基因内含子3的遗传多态性及其与山羊生长性状的关联。方法：采用PCR-SSCP、DNA序列分析及生物信息学技术研究徐淮白山羊DGAT2基因内含子3的多态性及其与山羊生长性状的关联情况。结果：徐淮白山羊DGAT2基因内含子3存在A、B2个等位基因,其基因频率依次为0.9550、0.0450,并且处于Hardy-Weinberg平衡状态;徐淮白山羊DGAT2基因不同基因型对徐淮白山羊体高有显著影响（P〈0.05）,而对其他体尺指标在统计学上无显著影响（P〉0.05）。结论：DGAT2基因内含子3的遗传多态性与徐淮白山羊生长性状存在相关。     

水牛ApoB基因多态性与泌乳性状关联分析

本研究旨在探究水牛(Bubalus bubalis)载脂蛋白B基因(ApoB)在地中海水牛群体中的遗传多态性,并与地中海水牛泌乳性状进行关联分析,筛选水牛产奶性状分子标记。本研究以350头地中海纯种奶水牛为研究对象,利用直接测序法和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)法筛选基因多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)与基因分型,并进一步分析单倍型与泌乳性状的相关性。结果显示,在地中海水牛群体ApoB基因中筛选到10个SNPs,分别位于启动子(g.-1718A>G、g.-1823G>C和g.-2063A>C)、第7内含子(g.8105G>A)、第26内含子(g.30643G>A)、第5外显子(g.5903G>A)、第26外显子(g.30879T>C、g.33638A>C和g.37375G>A)和第29外显子(g.40787A>G)区域。10个SNPs位点多态信息含量均大于0.25且小于0.5,属于中度多态。其中g.-1718A>G、g.-1823G>...     

A-FABP基因多态性与肉鸡生长和体组成性状的关联

为探讨A-FABP基因多态性对肉鸡生长和体组成性状的影响,文章选用肉鸡高、低脂双向选择品系第十世代肉仔鸡为实验材料,采用测序、PCR-RFLP、PCR-LP、DHPLC方法进行基因多态性检测和个体基因型分析,通过对8个SNPs进行连锁不平衡分析并选择5个标签SNPs构建单倍型,进而利用单位点和单倍型分别与鸡生长和体组成性状进行关联分析。结果表明,7个SNPs(除SNP 5以外)及单倍型同时对鸡肌胃重、肌胃率有显著影响(P<0.05),而对生长和其他体组成性状无显著影响(P>0.05)。鉴于不同物种A-FABP基因现有的功能研究均没有发现其对消化系统有重要作用,因此该基因是否为影响肉鸡肌胃重和肌胃率的主效基因还有待于进一步研究。     

三个绵羊品种LHX3基因多态性与生长性状的关联分析

寻找与绵羊生长性状有关的分子标记,以期为绵羊的分子育种提供理论依据。通过琼脂糖凝胶电泳和一代测序技术,在滩羊(TS)、小尾寒羊(STHS)和兰州大尾羊(LFTS)的LHX3基因中检测到了29 bp片段的插入型(AA)、插入/缺失型(AB)以及缺失型(BB)3种基因型,对3个不同品种绵羊的LHX3基因进行遗传多态性分析,并通过一般线性模型分析了3种基因型与3个品种绵羊不同生长性状的相关性。3个品种绵羊LHX3的多态信息含量(PIC)均为0.25 PIC≤0.5,呈中度多态,表明该位点的遗传变异相对较高。LHX3基因型影响3个品种绵羊的一个或多个生长性状,其中LHX3基因型与滩羊的体长(BL)、体重(BW)、胸深(ChD)和管围(CaC)显著相关(P 0.05),且缺失型基因型的生长性状优于插入型基因型和插入/缺失型基因型绵羊;小尾寒羊的缺失型基因型的胸围(ChC)、胸深(ChD)和管围(CaC)显著高于插入型基因型和插入/缺失型基因型绵羊(P 0.01);兰州大尾羊的缺失型基因型的胸围(ChC)、十字部高(HW)、体长(BL)、体重(BW)和管围(CaC)显著高于插入型基因型和插入/缺失型基因型绵羊(P 0.01)。由此可见在绵羊分子育种中,LHX3中29 bp的缺失型可作为绵羊选育的DNA标记位点。     

北极狐GHR基因单核苷酸多态性及其与生长性状的相关性分析

文章采用单链构象多态性(PCR-SSCP)和DNA测序的方法检测了北极狐生长激素受体(Growth hormne receptor, GHR)基因的单核苷酸多态性(SNPs), 并针对该群体的特点建立合适的统计分析模型, 对GHR基因多态性与生长性状的相关性进行了分析。结果表明, 在北极狐GHR基因的外显子1和外显子5上发现了4个多态位点, 分别为5′UTR上的G3A和外显子1上的C99T突变, 外显子5上的T59C和G65A突变; GHR基因G3A和C99T多态性与母狐的体重性状显著相关(P<0.05), T59C和G65A多态性与公狐的体重性状显著相关(P<0.05), 与母狐的皮张长度性状极显著相关(P<0.01)。因此, 可以利用以上点突变对北极狐的体重及皮张长度性状进行标记辅助选择研究, 以达到快速选育出快大、优质的北极狐的目的。     

牦牛FSHR 基因部分序列多态性及其与繁殖性状的关联分析

本研究旨在分析牦牛FSHR 基因5’端及第一外显子的多态性,并分析其与繁殖性状的关联性,为从遗传角度上解决牦牛产犊间隔过长的问题提供参考。以4 个种群的667 头牦牛为研究对象,应用PCR-SSCP 方法检测FSHR 基因的多态性,并用最小二乘法分析雌性个体该基因多态性与产犊间隔的关系。结果表明,三个扩增片段共获得牦牛FSHR 基因940 bp 的序列,由5’端和第一外显子组成,与其它哺乳动物的对应序列有较高的同源性。共发现9 处突变位点,其中一处位于开放阅读框内,但属于同义突变。不同种群间的产犊间隔差异显著(P <0. 05);FSHR 基因不同基因型对产犊间隔影响差异不显著(P > 0. 05),但AB、LL、LM、LN 及RT 基因型均有缩短牦牛产犊间隔的趋势。     

牛ACAD8基因结构及其多态性与生产性状的关联分析

乙酰辅酶A脱氢酶(ACAD)是由核基因编码存在于线粒体中黄色酶的一个家族,它催化脂肪酸的α和β-氧化,该家族第八成员负责催化缬氨酸分解代谢。本研究中获得了牛的ACAD8基因的mRNA和基因组DNA序列并通过基因组DNA与mRNA的比对确定了其基因结构。其mRNA序列包含一个1,251 bp的开放阅读框,一个37 bp 的5′非翻译区和一个 444 bp 的 3′非翻译区;其基因组DNA全长13,814 bp,包含11个外显子和10个内含子。我们从样本中随机选取6个个体进行扩增测序,结果表明牛的ACAD8基因13,408位(GenBank登录号:DQ435445)一个A-G单核苷酸多态。运用PCR-RFLP对不同的基因型进行了区分。对该SNP与来自5个品种共178头无亲缘关系的牛的生产性状进行了关联分析,结果表明:该A-G单核苷酸多态对日增重和嫩度有显著影响(P < 0.05)。具有G等位基因的牛比具有A等位基因的牛生长较快,其肉质也较嫩。因此,牛ACAD8基因在该位点的单核苷酸多态可以作为提高生长速度和牛肉嫩度的标记。     

中华绒螯蟹MSTN基因SNPs多态性及与生长性状的关联分析

为研究中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)肌肉生长抑制素基因(myostatin, MSTN)的多态性及其与生长性状的相关性, 对中华绒螯蟹3个群体(育种群体、大赛群体、野生群体)共321个个体MSTN基因的多态性进行筛选, 发现该基因的第1外显子存在3个多态性SNP位点(S1: C714T; S2:G729A; S3:G753T), 均为处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)的中、高度多态性位点。利用一般线性模型分析3个位点及其基因型组合与生长性状的相关性, 发现S1位点对中华绒螯蟹的体重和壳长等生长性状有显著影响(P≤0.05), 而其余2个位点与生长性状无显著关联性。结果表明S1位点的TT基因型对中华绒螯蟹的生长最为有利, 可作为分子标记辅助育种的候选标记。     

湖羊、东湖杂种羊POMC基因外显子3单核苷酸多态性及其与生长性状的关联分析

阿黑皮素原(Pro-opiomelanocortin, POMC)在动物采食和能量平衡调控中发挥重要作用, 文章对绵羊POMC基因外显子3进行扩增和测序, 筛选多态性位点, 并分析多态位点与湖羊和东弗里生×湖羊杂种羊生长性状的相关性。测序后发现湖羊POMC基因外显子3有2个单碱基突变(g.273 T/C和g.456 G/A), 根据273位点处发生的T/C突变, 建立PCR-RFLP分析方法, 并对162只湖羊和130只东湖杂种羊进行检测分析。结果发现, 在湖羊群体中检测到TT(0.469)、TC(0.438)和CC(0.093)3种基因型, 而在东湖杂种羊群体中仅检测到TT(0.754)和TC(0.246)两种基因型。POMC基因外显子3的273位点多态性与生长性状的相关性研究结果显示：湖羊群体中CC基因型个体的2月龄断奶重、4月龄尻高及TC基因型个体4月龄体长和管围均显著高于TT型个体(P<0.05); CC基因型个体的4月龄重、6月龄重极显著高于TT和TC基因型个体(P<0.01); CC基因型个体的4月龄体高和体长极显著高于TT型个体(P<0.01), 且显著高于TC基因型个体(P<0.05)。此外, CC型个体的管围极显著高于TT基因型个体(P<0.01)。东湖杂种羊群体中TC基因型个体的2月龄断奶重、4月龄重及4月龄体高、体长、胸深和管围都显著高于TT型个体(P<0.05), TC型个体的6月龄重极显著高于TT型个体(P<0.01)。研究结果表明, POMC基因外显子3与绵羊生长性状相关, C等位基因对体重及体尺性状的增加更有利。该结果为进一步探讨POMC基因作为绵羊生长性状的辅助选育标记奠定了基础。     

大白猪BF基因多态性与繁殖性状及胎盘效率关联研究

文章以BF基因为产仔数的候选基因, 运用PCR-RFLP方法对大白猪BF基因内含子1序列进行分析, 发现内含子1第79 bp处发生了C→T突变, 命名为BF-intron 1-C79T。所扩增PCR产物经SmaⅠ酶切后, 可分出3种基因型, 分别为CC、CT和TT。经χ²适合性检验, 大白猪群体在该位点达到了Hardy-Weinberg平衡状态。将不同基因型与总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)、初生重(BW)和胎盘效率(PE)进行关联分析, 结果发现, 初产母猪在该位点上, CC基因型比CT基因型个体的TNB和NBA均多3.10头, 但差异不显著(P>0.05); 在BW和PE上, CC基因型均高于CT基因型, 差异不显著(P>0.05)。经产母猪在该位点上, CC基因型比TT基因型个体的TNB和NBA分别多3.45头和3.92头, PE高23.80%, 均达到显著水平; 但CT基因型个体与CC和TT个体之间的TNB 、NBA和PE差异不显著(P>0.05)。因此, BF-intron 1-C79T位点可作为繁殖性状及胎盘效率的潜在分子育种标记, 具有很大的研究价值。     

圈养梅花鹿BDNF基因多态性与日常行为性状的关联分析

采用目标动物取样法(Focal Animal Sampling)和全事件记录方法(All-occurrence Recording),观察统计了江苏省扬州市平山堂养殖场及扬州市动物园共48只梅花鹿昼间日常行为节律。以脑源性神经生长因子(Brain-derived Neurotrophic Factor, BDNF)为目的基因,采用PCR-SSCP方法,研究梅花鹿行为性状与基因多态性之间的关联。结果表明,在P-4引物,AA与BB基因型在卧息行为上存在显著差异(P<0.05),在运动行为上存在极显著差异(P=0.001)。在P-5引物,CC/DD/CD基因型在观望行为上两两差异显著,并且CC和DD基因型在卧息与修饰行为均存在显著差异(P<0.05)。研究表明,BDNF基因多态性和动物日常行为性状存在一定相关。     

黄颡鱼MSTN基因多态性及其与生长性状的相关性分析

肌肉生长抑制素基因(Myostatin,MSTN)属于转化生长因子β家族,其主要功能是负向调控肌肉的生长发育。采用PCR-SSCP技术对黄颡鱼MSTN基因进行单核苷酸多态性检测和分型,并与其生长性状进行关联分析。结果表明,在第一内含子部分检测到1个缺失位点和2个突变位点(T1003del、G1022A和T1063G),基因型分别为:AA、AB、CC、CD和DD;在第三外显子部分检测到1个突变位点(T132C),基因型分别为:EE和EF。关联性分析表明,AA基因型个体的全长、体长、体高、体厚、头长和体重显著大于CD和DD基因型(P<0.05),AA基因型雌性个体的全长、体长、体高、体厚、头长、尾柄高、尾柄厚和体重也显著大于DD基因型(P<0.05)。由此推断,AA基因型是影响雌性黄颡鱼生长性状的有利基因型,DD基因型是影响雌性黄颡鱼生长性状的不利基因型,可以尝试利用这两个位点对雌性黄颡鱼进行标记辅助选育。     

牛POMC基因多态性及其与南阳牛生长性状的相关分析

为研究阿片黑皮质素前体(POMC)在动物采食和能量平衡调控中发挥重要作用, 文章采用PCR-SSCP结合DNA测序方法, 对秦川牛、南阳牛、郏县红牛、晋南牛、鲁西牛、安格斯牛和荷斯坦奶牛共计480头个体POMC基因的多态性进行研究, 并分析了多态位点与南阳牛生长性状的相关性。结果表明, 牛POMC基因3个位点中, 在3′侧翼区P3位点新发现3个连锁存在的SNP(811845 C>T、811821 T>C和811797 A>G, 与NW_928357对照)。POMC基因3′侧翼区多态位点与南阳牛6月龄体重和0~6月龄平均日增重显著相关, BB型个体显著大于AA型(P<0.05)。