西藏藏猪遗传多样性研究

采用mt DNA D-loop作为分子标记,对西藏的4个藏猪群体(林芝、山南、昌都和日喀则)遗传多样性进行了研究。结果表明,西藏藏猪mt DNA D-loop高变区A+T含量(62.90%)明显高于G+C含量(37.1%),富含A和T,存在碱基偏倚性。在长度为435 bp的序列中,共检测到20个变异位点,界定了26个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.705±0.021,平均核苷酸差异数(k)为1.231,核苷酸多样度(Pi)为0.002 83。其中,Hd、k和Pi在昌都藏猪群体中最高,日喀则藏猪最低。此外,Hap1和Hap3单倍型是4个群体的共享单倍型,表明4个藏猪群体存在两个共同的母系祖先单倍型。     

合作猪SLA-DQA基因外显子2多态性分析

旨在研究合作猪DQA基因外显子2多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点、氨基酸多态位点及各个等位基因之间的遗传关系,分析其进化意义。选用PCR-SSCP对439只合作猪SLA-DQA基因外显子2的多态性进行检测;测序群体内因变异而产生的各等位基因序列,并分析序列数据。结果显示,在合作猪SLA-DQA外显子2中发现了7个新等位基因,共18个核苷酸多态位点,10个氨基酸多态位点。合作猪SLA-DQA外显子2具有较丰富的多态性,群体内可能蕴藏着更加丰富的遗传资源;合作猪SLA-DQA外显子2基因最初可能由一个等位基因突变分化成一大类基因;合作猪SLA-DQA外显子2序列与各个猪种的SLA-DQA外显子2序列具有较高的同源性,预示着这些猪种的SLA-DQA外显子2基因最早可能来源于其分歧之前的共同祖先原始序列;新发现的7个SLA-DQA外显子2等位基因,可能由遗传关系较近的两个等位基因突变产生。     

棕背伯劳羽色多态与MC1R基因的相关性

黑素皮质素受体1 (melanocortin-1 receptor, MC1R)基因是控制动物黑色素合成的重要基因, 鸟类羽色的变异与MC1R基因的变异有密切关系。棕背伯劳(Lanius schach)在我国东部沿海多地存在羽色多态现象, 有棕色型、黑色型和黑色白边型的分化。为了探究MC1R基因与棕背伯劳色型分化的关系, 本研究对分布于广东省的3种色型共计11只棕背伯劳的MC1R基因编码区进行单核苷酸多态性(SNPs)分析和氨基酸多态性分析。结果表明: (1) 11个实验个体的MC1R基因序列共有4种单倍型, 其中黑色型和黑色白边型共享单倍型H3。(2) 3种色型棕背伯劳MC1R基因编码区的第34-931位的899个碱基中共有47个碱基变异位点, 相对应的氨基酸序列共有18个变异位点, 这些变异位点与黑色表型无对应关系。(3)黑色型与黑色白边型个体基因型在第268-303位编码区出现了36个碱基的缺失, 对应着12个氨基酸的缺失, 该缺失与黑色表型相对应。因此推测棕背伯劳的黑化与MC1R基因碱基片段的缺失密切相关。     

藏猪3个繁殖性状主效基因多态性研究

藏猪是我国高海拔特有猪种,为了解藏猪繁殖性能的遗传潜力和基因多样性,利用PCR－RFLP技术测定了202头藏猪ESR、FSHβ和PRLR 3个繁殖性状主效基因位点的基因型多态性,并与文献报道的国内外猪种进行比较。结果显示藏猪群体ESR、FSHβ和PRLR优势基因型分别为BB型、AB型和AA型,3个位点基因型分布均符合哈迪－温伯格平衡。藏猪群体3个繁殖性状主效基因位点都有报道的有利基因型,且有利等位基因频率较高,说明藏猪在这3个基因位点可能具有优良繁殖性能的遗传潜力。     

叉尾斗鱼种群遗传变异与亲缘地理

通过分析采自珠江、鉴江、漠阳江、赣江、韩江、黄冈河、九龙江和闽江8个流域23个采样点121尾叉尾斗鱼mtDNA控制区3'端和临近序列共400bp,研究其种群遗传变异和亲缘地理格局。所分析序列只有13个变异位点,共有11个单倍型,碱基序列总的单倍型多样性为0.576,核苷酸多样性为0.00818,均较低。珠江流域存在群体内独有单倍型,有两个广布单倍型H1和H2,分别占所有样品的19%和62%。最小进化网络图显示单倍型没有明显的亲缘地理格局,呈星状发散,H1和H2处于中心。AMOVA分析显示变异主要来自地理区内群体间,歧点分布和中性检测显示叉尾斗鱼并未经历种群扩张。结果表明叉尾斗鱼种群遗传多样性很低且存在地理差异;各流域个体呈混杂分布格局,现有群体可能在珠江流域有东西两个起源;推测种群最近经历严重瓶颈效应。     

猪线粒体控制区微卫星(mtMs)变异及其分布特征

猪线粒体DNA长度因D-loop中mtMs序列重复数变异而不同。为阐明猪mtMs变异及其在不同群体中的分布特征,本研究对4个藏猪群体、八眉猪、烟台黑猪及3个引入猪群体共164个个体mtDNA D-loop全序进行测定,并与GenBank中发表的相关序列进行比对,分析了其中的重复单元核苷酸变异、重复次数及其在各群体间的分布规律。结果表明,因重复单元“5’-TGCGTACACG-3’”第2~4和10位上碱基变异,猪mtMs形成了以其为核心序列的多种重复单元(R^A^R^G)组成的复合结构,重复数介于3~47之间。单一重复(R^A)组成的mtMs结构在各群体中表现出分布优势,而大多数复合结构(R^AR^B)分布在国外选育群体中。藏猪的mtMs复合结构多达8个,R^AR^CR^E为其特有,另有5个与八眉猪共享。中国野猪和韩国地方猪种也有其特有mtMs结构。丰富的mtMs变异和特有结构与长期适应进化有关,本研究为地方猪种遗传资源及适应性研究提供了标记工具和理论基础。     

板角山羊mtDNA Cyt b基因变异特点及系统进化研究

测定了板角山羊品种13个个体的细胞色素b基因全序列(1140 bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况,结果显示:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中6个变异位点上观察到11次T-C间和2次A-G间的碱基转换,除了有2次T-C间碱基转换发生在密码子第2位点为非同义突变以外,其余的11次碱基转换发生在密码子第3位点,均为同义突变;有1次T-G间碱基颠换发生在密码子第2位点,为非同义突变;观察到5种单倍型,单倍型多样度为0.8077.并以绵羊为外群,与山羊属其他种的同源区序列构建系统发生树.结果显示, 在系统地位上板角山羊与胃石山羊有较近的亲缘关系.     

河西绒山羊DRB3基因外显子2多态性分析

研究采用PCR-SSCP方法检测1 046只河西绒山羊DRB3基因第2外显子的多态性,并克隆、测序群体内变异产生的各等位基因,分析各等位基因间的遗传关系和进化意义。结果表明,河西绒山羊DRB3基因第2外显子表现了18个等位基因(LG001-LG018)控制的31个基因型,LG005为优势等位基因,LG005*005为优势基因型,18个单倍型序列分析发现44个核苷酸多态位点、29个氨基酸多态位点;与GenBank下载序列比对分析结果表明,16个DRB3的等位基因是本研究首次发现;DRB3基因遗传多态指数中,观察杂合度为0.269 6,多态信息含量为0.869 9,有效等位基因数为1.369 1;经χ2适合性检验,该群体偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05);18个DRB3基因外显子2的单倍型序列NJ系统发育树呈2支分化趋势。研究认为河西绒山羊DRB3基因第2外显子具有丰富的遗传多态性;河西绒山羊DRB3基因最初由2个等位基因突变分化成两大类等位基因。     

TYR基因外显子1的序列变异

为了分析家猪与野猪的遗传多样性及起源,测定了来自１２个中国地方家猪品种、３个欧洲引进猪品种以及8个中国野猪和2个越南野猪共36个个体的酪氨酸酶基因（TYR）外显子1的序列,共检出６个单核苷酸多态性位点（SNPs）,且这6个位点的变异均为同义突变,根据这些变异可将酪氨酸酶基因DNA序列归结为４种单倍型。结合已发表的数据,构建了简约中介网络图。 在网络图中,单倍型TYR*2主要为欧洲家猪与欧洲野猪和三条亚洲家猪染色体。大部分亚洲家猪和野猪共享单倍型TYR*1,表明这是一个亚洲类型的单倍型;同时也有部分欧洲家猪与野猪携带这一单倍型。 而单倍型TYR*3和TYR*4为本研究检测到的稀有单倍型,这两种单倍型主要由中国家猪与亚洲野猪组成。这种网络图结构支持家猪的欧洲和亚洲独立起源学说,同时也表明相当部分的欧洲家猪品种受到亚洲猪的基因渗透,而少量中国家猪和日本野猪也受到了欧洲猪的基因渗透。     

利用线粒体COI基因揭示中国乌骨鸡遗传多样性和群体遗传结构

全面了解中国乌骨鸡的遗传背景有利于保护和开发利用其种质资源。本研究测定了中国12个乌骨鸡品种线粒体细胞色素c氧化酶亚基I (cytochrome c oxidase subunit I, COI)基因, 比较分析其遗传多样性和群体遗传结构。255份乌骨鸡样品共检测到22个变异位点, 占分析位点的3.17%; 核苷酸多样性为0.00142-0.00339, 单倍型多样性为0.380-0.757, 其中略阳乌鸡核苷酸多样性最高, 德化黑鸡最低。检测到7个氨基酸变异位点, 来自6个品种共11个个体。定义了24种单倍型, 其中单倍型H1和H3为12个乌骨鸡品种共享, 出现频率分别为115次和64次; 盐津乌骨鸡单倍型数最多, 广西乌鸡最少。中性检验与错配分析显示实验种群未经历显著的群体扩张事件。分子变异分析显示81.06%的变异来自群体内; 品种间遗传距离为0.002-0.004, 品种间遗传分化系数F_st值为-0.035至0.594, 雪峰乌骨鸡与其他种群间的遗传分化程度最高。邻接树显示, 乌骨鸡未能独立形成分支, 不能从家鸡和红原鸡中有效区分开来。中国乌骨鸡中介网络图将24个单倍型分为3条进化主支, 呈现出一定的品种特异性, 由无量山乌骨鸡、云南盐津乌骨鸡和雪峰乌骨鸡组成单倍型H8、H9、H11、H12游离于这3条进化主支之外。增加其他家鸡和红原鸡COI基因的中介网络图主体结构与中国乌骨鸡的相同。结果表明中国乌骨鸡品种遗传多样性较低, 但品种间遗传分化显著, 可能是从当地家鸡中选育而来, 需要加强种质资源的保护。     

猪MHC-Ⅱ类区DQA新等位基因及新突变位点的发现

根据猪SLA-DQA基因cDNA序列和人HLA-DQA基因组序列设计引物,在猪中成功扩增了一个731bD的片段,该片段包括猪SLA-DQA基因的大部分第2外显子、完整第2内含子和少部分第3外显子,通过克隆和PCR直接测序获得该片段的核苷酸序列。在家系中对第2外显子的核苷酸序列和其编码的α1结构域的氨基酸序列进行了分析,并与GenBank中所有的SLA-DQA第2外显子序列进行比较分析,发现有4个新突变位点和两个新等位基因存在。新等位基因分别是DQA—SLT26和DQA—TC 21—1。DQA—SLT26与单倍型c、d相比有8个核苷酸的差异和4个氨基酸的改变：单倍型c、d在60、65、81、93位的氨基酸分别是Val、Lys、Asp、Lys;而DQA—SLT 26相应的氨基酸是Ala、Glu、Gly、Ile。DQA—TC 21—1与单倍型c、d相比存在1个氨基酸的改变,由单倍型c和d中94位氨基酸His变为Tyr。     

南海野生斑节对虾的线粒体16S rRNA基因序列单倍型分析

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对我国南海海域5个地点(三亚、深圳、阳江、湛江、北海)的野生斑节对虾100个个体的mtDNA 16S rRNA序列进行扩增,扩增产物经纯化后进行测序.用Clustal_X排序软件对所得的100个mtDNA 16S rRNA序列进行比对.通过ARLEQUIN软件对所得100个mtDNA 16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型.19单倍型序列的碱基组成显示出较高的A T比例(69.0%).19种单倍型序列的遗传距离在0.002～0.033.根据构建的单倍型进化关系网,5个地点群体中的单倍型呈现一种混杂的分布格局.此外,根据单倍型在5个地点群体出现的频率和单倍型进化关系网,单倍型7是最为原始的单倍型,其他18种单倍型均起源于单倍型7.     

基于线粒体控制区序列的黄河上游厚唇裸重唇鱼种群遗传结构

采集黄河上游厚唇裸重唇鱼(Gymnodiptychus pachycheilus)甘肃玛曲群体,测定其线粒体DNA控制区序列,并从GenBank中下载青海玛多和贵德等3地2个群体的同源序列,分析该物种的遗传多样性、遗传结构及其演化历史.从81条729 bp序列中,检测到26个变异位点(占3.57％),碱基序列总的单倍型多样性为0.844,核苷酸多样性为0.0054,界定了34个单倍型,有1个广布单倍型H2,占所有样品的38.27％.单倍型网络图图显示单倍型没有明显的亲缘地理格局,H2处于中心,呈星状发散,系统发育分析没有显示出单倍型与地理位置的对应关系.AMOVA分析显示变异主要来自地理区内群体间,歧点分布和中性检测显示厚唇裸重唇鱼近期经历了种群扩张.分析表明黄河上游3地种厚唇裸重唇鱼种群未出现分化,建议应作为一个整体进行保护.     

广西3个猪种线粒体DNA D-loop序列遗传多样性及系统进化研究

本研究旨在了解广西石头猪、德保猪和隆林猪的起源、群体遗传结构和亲缘关系。通过PCR扩增和测序技术获得3个群体61个个体的线粒体D-loop序列,采用DNASP 5.0进行多态性分析,MEGA 6.0计算各品种间的遗传距离及构建系统发育树。结果显示,3个猪种mtDNA D-loop区全长1 124~1 325 bp,石头猪和德保猪的中间重复序列变异仅存在A型,隆林猪存在A型和B型;石头猪mtDNA D-loop区8个多态性位点归纳出10种单倍型,德保猪8个多态性位点归纳出5种单倍型,隆林猪11个多态性位点归纳出9种单倍型;3种猪单倍型多样度分别为0.857、0.81和0.917,核算多样度分别为0.002 29、0.002 9和0.002 83。石头猪和德保猪可能有相同的母源血统,隆林猪可能有2种母系起源;3个品种猪单倍型多样性较为丰富,但核苷酸多样性匮乏,亟需进行科学保护。     

三角帆蚌五个野生群体线粒体DNA 16S rRNA遗传特性

对中国主要淡水湖泊(鄱阳湖、洞庭湖、太湖、洪泽湖及巢湖)三角帆蚌5个野生群体的线粒体DNA 16S rRNA基因片段进行了扩增和测序,得到473bp的碱基序列,没有发现插入/缺失突变的核苷酸位点。检测到了32个多态性核苷酸位点,共7种单倍型。鄱阳湖群体的222(C→G)和325(A→G)位点,太湖群体的233(A→G)位点,巢湖群体的40(A→G)、138(A→T)和294(C→T)位点,洪泽湖群体的241(A→C)位点的变异可以作为区分群体分子遗传标记位点。洞庭湖群体未发现特异位点。在5个群体间鄱阳湖群体多态性位点、核苷酸多态性、单倍型多态性和单倍型数量4个指标都最高,表明鄱阳湖群体具有最为丰富的遗传结构,遗传变异最大,可作为三角帆蚌选育的基础群体。     

藏绵羊JNK1基因遗传特征及其适应性进化分析

JNKs(c-Jun N-terminal kinases)是丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)家族中的成员,主要参与动物应急反应和组织发育等生命活动的调控过程。为分析藏绵羊在高寒低氧环境中的适应性进化机制,利用PCR-SSCP技术对藏绵羊、甘肃高山细毛羊和滩羊的JNK1基因第1、第8外显子的分子遗传特征进行分析,从而明确3个绵羊群体JNK1基因遗传序列特征、单核苷酸突变位点、单倍型组成和群体遗传特性。结果表明,在3个绵羊群体JNK1基因第1外显子区均检测到AA、BB和AB 3个基因型和1个突变位点,其中AA基因型和A等位基因为藏绵羊的优势基因型和优势等位基因,显著高于甘肃高山细毛羊和滩羊。在第8外显子区检测到EE、FF和EF 3个基因型,发现3个碱基插入和1个SNPs,其中等位基因F为藏绵羊和甘肃高山细毛羊的优势等位基因。研究结果与3个绵羊群体所处海拔高度及所受外界环境应激反应(高寒低氧)的强弱是相一致的,表明JNK1基因可以作为藏绵羊的高原适应性进化研究以及抗逆/病性分子选育的候选基因。研究结果将为藏绵羊的遗传改良和种质创新提供基础数据。     

荷包猪SLA-DRB基因cDNA的克隆及分子进化特征分析北大核心CSCD

旨在研究荷包猪SLA-DRB基因的分子特征,设计引物用RT-PCR扩增3头荷包猪DRB基因c DNA,并克隆至p MD18-T Vector,阳性克隆测序并做序列分析,分别进行同源性、分子进化及主要氨基酸变异位点分析。结果表明,成功从3头荷包猪中扩增得到SLA-DRB基因,分别命名为SLA-DRB-HB01-03,经序列测定后,证实c DNA全长为836 bp,其中1-801为ORF区,共编码266个氨基酸。同源性分析显示,SLA-DRB-HB与其他SLA-DRB等位基因的同源性介于90.3%-99.8%之间。分子进化分析表明,荷包猪SLA-DRB-HB独立分支,与其他等位基因相比较,进化更加原始。氨基酸变异位点和多态性分析结果显示,SLA-DRBHB本身存在一定的多态性。     

二倍体蔷薇FT基因序列多样性研究

以3个类群73个二倍体蔷薇属(Rosa)植物为材料,克隆获得其FLOWERING LOCUS T(FT)同源基因,并对该基因的编码区序列进行多态性分析以及多维尺度(MDS)聚类分析。结果显示,73个二倍体蔷薇植物的FT基因共检测到215个核苷酸多态性位点,其中包括214个SNP和1个缺失突变,平均185个碱基发生1次突变;氨基酸多态性分析结果显示共有35个氨基酸发生变异,平均379.6个氨基酸残基发生1次突变;突变位点统计分析结果发现39、258、426 bp位点是高频突变位点,其碱基由A或C突变为T。MDS聚类分析结果表明,3个类群FT基因编码区序列的碱基组内差异依次排序为:野生种月季组中国古老月季,氨基酸组内差异依次排序为:中国古老月季月季组野生种,推测中国古老月季在长期栽培驯化过程中,其FT基因可能经历了较强的人工选择压力,月季组的种和变种可能是古老月季的重要亲本来源。     

荷包猪SLA-DRB基因cDNA的克隆及分子进化特征分析

旨在研究荷包猪SLA-DRB基因的分子特征,设计引物用RT-PCR扩增3头荷包猪DRB基因c DNA,并克隆至p MD18-T Vector,阳性克隆测序并做序列分析,分别进行同源性、分子进化及主要氨基酸变异位点分析。结果表明,成功从3头荷包猪中扩增得到SLA-DRB基因,分别命名为SLA-DRB-HB01-03,经序列测定后,证实c DNA全长为836 bp,其中1-801为ORF区,共编码266个氨基酸。同源性分析显示,SLA-DRB-HB与其他SLA-DRB等位基因的同源性介于90.3%-99.8%之间。分子进化分析表明,荷包猪SLA-DRB-HB独立分支,与其他等位基因相比较,进化更加原始。氨基酸变异位点和多态性分析结果显示,SLA-DRBHB本身存在一定的多态性。     

假眼小绿叶蝉地理种群的线粒体DNA 16S rRNA基因序列分析及遗传分化研究

测定了12个不同地理种群的茶树害虫假眼小绿叶蝉Empoasca vitis(Gothe)和1个外群共103个个体的线粒体DNA 16S rRNA基因部分序列,比较其同源性,计算核苷酸组成,并构建单倍型进化关系图。结果表明:在获得的假眼小绿叶蝉536 bp的序列中A+T含量占76.8%,其中56个核苷酸位点存在变异;100个个体共检测出56种单倍型,单倍型多样性指数(H)为0.971,核苷酸多样性指数(Pi)0.006;12个种群间的平均基因流(Nm)为1.64。总群体的固定系数Fst为0.026;AMOVA分子方差分析结果表明假眼小绿叶蝉的遗传分化主要来自于种群内部(97.4%)。各地理种群的遗传距离与地理分布不具有直接对应的关系。根据构建的单倍型进化关系网,各地理种群的单倍型呈现一种混杂的分布格局,未显示出与地理分布的一致性。