16S rDNA序列分析在鉴定布鲁氏菌中的应用

[目的]建立布鲁氏菌的16S rDNA序列分析方法,评价该方法鉴定布鲁氏菌的特异性和实用性.[方法]用PCR扩增布鲁氏菌的16S rDNA片段,将扩增的产物纯化后测序,从GenBank下载与布鲁氏菌易发生血清学交叉反应的细菌的16S rDNA序列.使用DNAMAN软件进16S rDNA序列相似性分析.[结果]在布鲁氏菌中16S rDNA核苷酸序列相似性达到了99.74％,而与其他有血清型交叉反应的菌株相比较,16S rDNA序列间有显著差异.[结论]16S rDNA序列分析是一种快速、简便、特异的鉴定布鲁氏菌的方法之一.     

内蒙古11种主要草原蝗虫16S rDNA序列分析

测定了内蒙古11种主要草原蝗虫的线粒体基因组16S rDNA序列,并构建了其分子系统树。在获得的505 pb序列中,G+C占302%,A+T占698%,表现出A/T偏向性。在505 bp个碱基中检测到156个多态性位点,占碱基总数的309%。156个多态性位点中包括50个单变异多态性位点（占总位点数的321%）和106个简约信息位点（占总位点数的679%）。分别采用NJ、ME、MP和UPGMA聚类方法构建系统发生树。结果表明,4科的17种蝗虫共聚为6支,其中槌角蝗科、斑腿蝗科与网翅蝗科3个科的蝗虫先聚在一起,再与斑翅蝗科相聚。4种聚类方法中UPGMA聚类法更为符合传统的以形态学为基础的分类体系。     

根瘤菌新类群代表菌株的16S rDNA全序列测定及其系统发育地位

用双脱氧法测定了一个根瘤菌新类群代表菌株SH2672的16S rDNA全序列,将此全序列与根瘤菌各已知种及相关种的16S rDNA全序列进行了比较及聚类分析,得到系统发育树状图。在系统发育树状图中,菌株SH2672与百脉根中慢生根瘤菌(Mesorhizobium loti),华癸中慢生根瘤菌(M. huakuii)、天山中慢生根瘤菌(M. tianshanense)、地中海中慢生根瘤菌(M. mediterraneum)、鹰嘴豆中慢生根瘤菌(M. ciceri)共同构成一个分支,与各已知种的模式菌株16S rDNA相似性分别为:96.3％,96.4％,97.2％,95.1％,95.6％,均在95％以上,它们应归属于同一属。且分支内各种间DNA同源性低于70％,表明它们分别为不同的种,菌株SH2672代表着一个新的根瘤菌种。     

蛭弧菌类菌株JU-PX1的生物学特性和16S rDNA序列分析

[目的]研究蛭弧菌类菌株JU-PX1的噬菌特性、形态特征,并分析16S rDNA序列从而对其进行种属鉴定.[方法]采用双层平板法和三角瓶培养法研究蛭弧菌类菌株JU-PX1的噬菌特性,通过光镜和电镜观察其形态,利用16S rDNA序列的蛭弧菌类特异性引物以及细菌通用引物进行PCR扩增.[结果]JU-PX1对10株宿主菌中的6株具有噬菌作用,特别对大肠杆菌和副溶血弧菌侵噬能力较强.菌体呈弧状或杆状,单极鞭毛,大小为(0.2-0.5) μm×(0.8-1.2) μm,在其增殖阶段也有长约3.2 μm的较长个体.扩增后分别获得了一段长为831 bp和1 515 bp的DNA序列,进一步通过NCBI BLAST和MEGA 5.10等软件分析并构建了系统发育树.[结论]蛭弧菌类菌株JU-PX1属于噬菌弧菌属(Bacteriovorax),与海岸噬菌弧菌(Bv.litoralis)亲缘关系最近,两者的16S rDNA序列相似性为93％.     

拮抗放线菌B-20的种类鉴定及其16S rDNA序列分析

对分离自东北蔬菜保护地土壤的1株拮抗放线菌菌株B-20进行了形态特征、培养特征、生理生化、细胞壁组分分析及16S rDNA序列分析。基内菌丝无横隔、不断裂,气生菌丝多分枝;孢子丝波曲至螺旋形,孢子椭圆形,表面光滑。细胞壁化学组分Ⅰ型。以16s rDNA序列为基础构建了包括13株相关种属细菌在内的系统发育树。根据多相分类鉴定结果表明,放线菌B-20的上述特征与淡紫灰链霉菌(Streptomyces lavendulae)的高度一致。二者的16S rDNA序列的相似性达到了99%。因此,可将链霉菌B-20定名为淡紫灰链霉菌B-20 (S.lavendulae B-20)。     

海南温泉嗜热菌的16S rDNA分析

目的:确定24株海南温泉嗜热菌菌株的分类地位。方法:Blastn分析菌株16S rDNA序列同源性;邻接法构建菌株16SrDNA序列系统发育进化树并分析菌株的进化位置;Clustax比对分析菌株的相似度和进化距离。结果:菌株LY5和LY4的16SrDNA序列与Geobacillus pallidus strain B1,partial sequence(GenBank:HM030740.1)的16S rDNA序列同源性分别为98%和97%,其他菌株的16S rDNA序列与Geobacillus subterraneus,strain R-35641(GenBank:FN428689.1)的16S rDNA序列的同源性均大于96%。Clustax比对分析表明26株菌16S rDNA序列前段(1～70bp)、中段(70bp～1 420bp)、后段(1 420～1 484bp)的相似度分别为40%、100%和60%,进化距离分析表明菌株GT7、LY4和LY5与其他菌株进化距离较远,其余菌株之间进化距离差异不明显。综上所述,初步将24株温泉嗜热菌鉴定为土芽孢杆菌属(Geobacillus sp.)。结论:16S rDNA序列分析可用于温泉嗜热菌的鉴定。     

16S～23S rDNA间隔区序列在分枝杆菌分类鉴定中的应用研究

采用聚合酶链反应（ＰＣＲ）技术对分枝杆菌１６Ｓ￣２３Ｓ ｒＤＮＡ间隔区序列进行扩增,其产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳（ＰＡＧＥ）,并通过计算机聚类分析,在基因水平上评价其对分枝杆菌分类与鉴定的意义。退火温度４５℃时,ＰＣＲ扩增的敏感性为５００ｆｇ／μＬ,而５０℃时的敏感性为５ｐｇ／μＬ。已通过对２２种分枝杆菌和９种非分枝杆菌的特异性实验,结果表明：扩增条带多集中在３００￣６００ｂｐ之间,多数受试快速生长     

两个黄芪根瘤菌新类群代表菌株的16S rDNA序列分析

对黄芪根瘤菌两个新类群中心菌株CA8561和JL84进行了16S rDNA全序列测定,并进行了系统发育学分析。结果表明,CA8561位于Rhizobium分支中,JL84位于Sinorhizobium分支中。     

基于mt COI和16S rDNA序列标记对陈旧组织标本的鉴定

通过酚-氯仿抽提法提取陈旧蟹类组织的基因组DNA,用特异性引物扩增、测得其线粒体COI和16S rDNA序列,结合NCBI GenBank数据库中同源序列BLAST比对、遗传变异特点、遗传距离分析、系统发生树构建等方法,可以断定YTU073属于方蟹属,并且认为是白纹方蟹可能性较大.     

Fusarium oxysporim M1菌株的rDNA ITS鉴定及其纤维素酶活性及纯化研究

以1株分离于北大仓白酒大曲的产纤维素酶真菌M1为材料,对其进行了形态及分子生物学鉴定;纯化并研究了其纤维素酶的酶学性质。以真菌ITS1/ITS4通用引物,扩增真菌M1的rDNA ITS序列,再与GenBank中其他菌株rDNA ITS序列进行比对,使用Mega5.0软件,采用最大似然法进行聚类分析。结果显示,该真菌同已经报道的Fusarium oxysporim strain Bt3聚为一类,一致率达99%,与形态学方法鉴定一致,命名为Fusarium oxysporum M1。该菌具有很高纤维素酶活力,FPA和CMCA分别高达16.84 IU/mL和35.31 IU/mL。经过发酵条件优化酶活性进一步提高。经硫酸铵分级分离、疏水和离子交换层析,纯化了该菌纤维素酶,纯化倍数高达17.97倍,得率为3.676%,SDS-PAGE分析表明,该纤维素酶分子量达60 k Da。本研究为进一步研究该酶高效催化机理及实际应用提供参考。     

降解烟碱的YC-68菌株16SrDNA序列分析及鉴定

从烟叶调制过程中温度达68℃阶段的叶片上分离得到一株能降解烟碱的菌株,编号为YC-68,该菌经常规的形态、生理生化分析,确定为芽孢杆菌。根据该菌16 S rDNA恒定区的保守性设计了一对通用引物,扩增其16 S rDNA序列,将扩增的产物进行回收后进行测序,把测序后的结果提交到GenBank利用BLAST进行序列同源性分析。经过分析鉴定YC-68菌株为芽孢杆菌属的蜡状芽孢杆菌。     

苯酚降解菌phen8的分离筛选及其16SrDNA序列分析

为筛选高效苯酚降解菌株 ,从炼油厂排污废水中分离筛选到 1株苯酚降解菌 phen8。利用PCR方法和琼脂糖凝胶电泳技术检测到 phen8菌中苯酚羟化酶基因片段的特异性条带 ,从基因水平上证实了 phen8菌的苯酚降解功能的遗传基础。应用PCR技术克隆到 16SrDNA片段 ,其核苷酸序列分析结果表明 ,该菌株的 16SrDNA全序列与斯氏假单胞菌DSM 5 0 2 2 7和DSM 5 0 2 38的同源性为 98% (在GenBank中的登记号为AF 2 8476 4)。初步确立了该菌在微生物系统发育学上的地位 ,暂定为假单胞菌 (Pseudomonassp .) phen8。     

基于16S rDNA的系统发育分析在微生物进化关系中的应用

系统发育树的构建是现代生命科学研究中的重要技术,是分析未知菌种与其他菌种的亲缘关系,为进一步了解生物的进化关系的重要依据。对系统发育树的构建进行了详细的介绍。并对其在微生物进化研究中的具体应用进行了阐述。     

厚荚相思树根瘤菌HJ06菌株的16S rDNA全序列和nifA基因片段分析

对厚荚相思(Acaciacrassicarpa)根瘤菌HJ06菌株的16SrDNA全序列和nifA基因片段进行了测定。结果表明,HJ06菌株在以16SrDNA序列构建的系统发育树状图中位于根瘤菌属(Rhizobium)分支中,与根瘤菌属各个种的相似性达95%以上;从HJ06菌株克隆出的585bpnifA基因片段与Klebsiellapneumoniae的同源性达到99.3%,与Klebsiellaoxytoca的NifF,NifL,NifA,NifB蛋白基因的同源性为97.8%。     

甲烷氧化菌Methylomonas sp.GYJ3中甲烷单加氧酶基因与16S rRNA序列分析

甲烷氧化细菌中的关键酶系甲烷单加氧酶是一个含双核铁的多组份氧化酶,常温、常压下能够催化甲烷转化为甲醇。对甲烷氧化细菌Methylomonas sp.GYJ3中溶解性甲烷单加氧酶基因和16SrDNA进行了测序与分析。利用已知相关基因数据库信息,设计了PCR引物和测序引物,获得了满意的测序结果。全长的溶解性甲烷单加氧酶基因为5690bp,部分16S rDNA的序列长度为1280bp。与已发表的甲烷氧化细菌中甲烷单加氧酶进行了比较,结果表明MMOX组份中氨基酸序列的同一性为78%到99%,基因序列的同一性为71%到97%,6个组份中orfY片段的同一性相对较低。MMOX氨基酸序列的多序列联配表明,MMOX序列具有高度保守性,特别是在双核铁中心区域。16S rDNA进化分析显示Methylomonas sp.GYJ3与γ蛋白细菌是相关联的,基于MMOX氨基酸序列的进化分析证明,与Methylomonas sp.GYJ3最近似的菌株是Ⅰ型甲烷氧化细菌Methylomonas sp.KSWⅢ。综合分析表明,菌株GYJ3属于Ⅰ型甲烷氧化细菌Methylomonas sp.属。这个结果为Ⅰ型甲烷氧化细菌也能表达溶解性甲烷单加氧酶提供了新的证据。羟基化酶的理论等电点是6.28,理论分子量为248874.41Da。     

瘤胃甲硫氨酸降解菌的分离及其16 S rDNA全序列分析

为分析研究山羊瘤胃液中甲硫氨酸降解菌群的物种资源,对经分离纯化获得的一株甲硫氨酸降解菌MB6-1,采用PCR方法扩增其16 S rDNA基因,并测定其基因的核苷酸全序列。基于16 S rDNA序列的同源性比较和系统发育学分析(ribosomal database projectⅡ;简称RDPⅡ数据库),发现MB6-1可能是普罗威登斯菌属(Providencia)中的一个新种。菌株MB6-1的16 S rDNA序列已经被GenBank数据库收录,其序列号为DQ436917。     

福矛高温大曲中芽孢杆菌16S rDNA-RFLP及系统发育分析

目的:从福建建瓯黄华山酿酒有限公司高温大曲中分离出89株芽孢杆菌,通过初步筛选鉴定并进行微生物多样性研究.方法:对其16S rDNA进行PCR - RFLP分析和系统发育研究.结果:初步筛选得到的18株芽孢杆菌被HhaⅠ和MspⅠ酶切聚类分为四大组.通过系统发育分析样品中有6株Bacillus subtilis,4株Bacillus cereus,2株Bacillus sonorensis,2株Bacillus licheniformis,以及Bacillus pumilus、Bacillus oleronius、Bacillus coagulans和Bacillus thuringiensis各1株.结论:研究显示该高温大曲中可培养芽孢杆菌具有微生物多样性.     

Molecular characterization of Serratia marcescens strains by RFLP and sequencing of PCR-amplified 16S rDNA and 16S-23S rDNA intergenic spacer

AIMS: To establish the specific DNA patterns in 16S rDNA and 16S-23S rDNA intergenic spacer (IGS) regions from different kinds of Serratia marcescens strains using polymerase chain reaction (PCR), restriction fragment length polymorphism (RFLP) and sequences analysis. METHODS AND RESULTS: Two pairs of primers based on the 16S rDNA and 16S-23S rDNA IGS were applied to amplify the rrn operons of two kinds of S. marcescens strains. About 1500 bp for 16S rDNA and four fragments of different sizes for 16S-23S rDNA IGS were obtained. PCR-amplified fragments were analysed by RFLP and sequence analysis. Two distinct restriction patterns revealing three to five bands between two kinds of strains were detected with each specific enzyme. According to the sequence analysis, two kinds of strains showed approximately 97% sequence homology of 16S rDNA. However, there was much difference in the sequences of IGS between the two kinds of strains. Intercistronic tRNA of strains H3010 and A3 demonstrated an order of tRNA of 5'-16S-tRNA(Ala)-tRNA(Ile)-23S-3', but strain B17 harboured the tRNA of 5'-16S-tRNA(Glu)-tRNA(Ile)-23S-3'. CONCLUSIONS: The method was specific, sensitive and accurate, providing a new technique for differentiating different strains from the same species. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: This paper provided the first molecular characterization of 16S rDNA and 16S-23S rDNA IGS from S. marcescens strains.