16S rRNA序列分析法在大气微生物检测中的应用

随首微生物核糖体数据库的日益完善,１６Ｓ ｒＲＮＡ序列分析技术已应用于海洋、湖泊和土壤等环境微生物多样性的分析,但尚未见其在大气微生物菌群分析中的应用报道。本研究选择５株大气中采集分离的菌株,通过细胞１６Ｓ ｒＲＮＡ通过引物ＰＣＲ扩增其对应序列,直接对ＰＣＲ产物进行测序,分析鉴定其对应细胞的种属,并将该结果同细胞表型鉴定、全自动微生物分析仪以及相色谱分析结果加以比较。结果表明１６Ｓ ｒＲＮＡ序列分     

ITS序列同源性在苏云金芽孢杆菌分型中的应用研究

ＰＣＲ扩增了苏云金芽孢杆菌９个亚种的１６Ｓ－２３Ｓ ｒＲＮＡ基因转录间隔（ＩＴＳ）片段,它们的长度均为１４４碱基;序列同源性分析结果批出这９个亚种及其它亚种的ＩＴＳ序列高度相似,说明１６Ｓ－２３Ｓ ｒＲＮＡ基因的ＩＴＳ序列不适于苏云金孢杆菌亚种的分型。     

ITS序列同源性在苏云金芽孢杆菌分型中的应用研究*

ＰＣＲ扩增了苏云金芽孢杆菌９个亚种的１６Ｓ－２３５ｒＲＮＡ基因转录间隔（ＩＴＳ）片段,它们的长度均为１４４碱基;序列同源性分析结果指出这９个亚种及其它亚种的ＩＴＳ序列高度相似,说明１６Ｓ－２３５ ｒＲＮＡ基因的ＩＴＳ序列不适于苏云金芽抱杆菌亚种的分型。     

16S rRNA序列分析法在医学微生物鉴定中的应用

１６Ｓ ｒＲＮＡ序列分析作为微生物系统分类的主要依据已得到了广泛认同,随着微生物核糖体数据库的日益完善,该技术成为细菌分类和鉴定的一个有力工具。本文概述了 １６５ ｒＲＮＡ序列分析法的技术步骤以及该技术在医学微生物研究中的应用,总结了目前文献报导的各种致病微生物种属特异性 １６５ ｒＲＮＡ引物和探针序列,同时分析了该技术在应用中存在的一些问题。     

几种腹蛇12S rRNA和Cyt b基因片段序列的初步研究

首次对我国几种腹属蛇类的１２Ｓ ｒＲＮＡ和Ｃｙｔ ｂ基因的部分序列进行了测定。１２Ｓ ｒＲＮＡ基因片段序列结果揭示：中介蝮有较大的种下分化。本文为蝮属蛇类的分子系统学研究提供了一些资料。     

超慢生大豆根瘤菌2062菌株的部分16SrRNA序列测定

采用ＰＣＲ（聚合酶链式反应）的方法扩增并克隆了超慢生大豆根瘤菌（ＥＳＧ,ｅｘｔｒａ－ｓｌｏｗｌｙ－ｇｒｏｗｉｎｇ ｓｏｙｂｅｎ ｒｈｉｚｏｂｉａ）２０６２菌株的１６Ｓ ｒＲＮＡ的部分区段,然后进行核苷酸序列测定和分析。比较了测定的２６４个碱基序列与已经发表的其他相关根瘤菌序列的差异,并通过计算机遗传距离进行聚类分析。结果表明,ＥＳＧ与Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｊａｐｏｎｉｃｕｍ、Ｂ．ｅｌｋａｎ     

由部分核糖体RNA序列研究的绿僵菌属种系统发育关系

本研究应用特异寡聚核酸引物和双脱氧核苷酸终止法测定绿僵菌Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ不同种的部分ｒＲＮＡ序列。这些序列分别选自小亚基（１８Ｓ）和大亚基（２５Ｓ）ｒＲＮＡ上的不同区域。校排的不同序列用于计算核苷酸的差异。绿僵菌的系统发育关系采用最大可能性方法分析。所有的分类单元聚类成二个分支。在产生圆柱状瓶形小梗的种中,Ｍ．ａｎｉｓｏｐｌｉａｅ ｖａｒ．ａｎｉｓｏｐｌｉａｅ．Ｍ．ａｎｉｓｏｐｌｉａｅ ｖａ     

从ITS序列探讨青藏高原特有植物华福花属的亲缘关系

对青藏高原特有的濒危植物华福花（Ｓｉｎａｄｏｘａ ｃｏｒｙｄａｌｉｆｏｌｉａ Ｃ．Ｙ．Ｗｕ，Ｚ．Ｌ．Ｗｕ ｅｔ Ｒ．Ｆ．Ｈｕａｎｇ）的核糖体ＤＮＡ中的内转录间隔区（ＩＴＳ０序列及５．８ＳｒＲＮＡ基因的序列进行了测定。同川续断目和五加目有关类比较及分支分析表明华福花属与五福花属（Ａｄｏｘａ Ｌ．）近缘，不支持它可能与五加目或败酱科有亲缘关系的假设。尽管形态上它与五福花属分化十分明显，便ＩＴＳ碱基分     

16SrDNA同源性所揭示的双歧杆菌与有关细菌的亲缘关系

本研究测定了低ＧＣ含量的双歧杆菌（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｏｐｉｎａｔｕｍ）和新种Ｂ。ｔｈｅｒｍｏｃｉ．ｄｏｐｈｉｌｕｍ的１６ＳｒＤＮＡ全序列,在同另外１９个双歧杆菌及８个相关细菌的１６ＳｒＮＡ同源笥分析的基础上构建了系统发育树。结果表明：除低ＧＣ含蜈的Ｂ．ｉｎｏｐｉｎａｔｕｍ外,所有双杆菌的种在１６ＳｒＤＮＡ序列相似性≥８２％的水平上聚类为一个簇群。尽管Ｂ．ｉｎｏｐｉｎａｉｕｍ与其它     

假单胞菌属的分类现状

随着ＤＮＡ－ｒＲＮＡ杂交与１６ＳｒＲＮＡ测序等技术的使用,原来假单胞菌属的种除少数外,陆续分别转入重新建立的近１２个新菌属中,因此在分类命名上出现较大变动。本文了近１０年来有关种的这些变化。     

真核生物和古细菌的tRNA内含子剪接及其进化

真核生物和古细菌的ｔＲＮＡ内含子剪接及其进化潘建伟潘伟槐韩志勇朱睦元（杭州大学生命科学学院,杭州３１００１２）关键词ｔＲＮＡ内含子进化Ｗｏｅｓｅ根据２１种生物的１６ＳｒＲＮＡ序列分析,于１９７７年提出了三界系统进化树理论。他认为,原核生物应该分为古细...     

豌豆5SrRNA的cDNA克隆、全序列及结构特征分析

以赤霉素（ＧＡ）处理后的Ｇ２豌豆为材料,构建了一个２．０×１０６的ｃＤＮＡ文库,用随机筛选法从该ｃＤＮＡ文库中得到一个完整的ｃＤＮＡ．其中１１１５ｂｐ全序列分析表明,它编码了豌豆５Ｓ核糖体ＲＮＡ（５ＳｒｉｂｏｓｏｍａｌＲＮＡ,５ＳｒＲＮＡ）,基因内部存在着与核糖体蛋白Ｌ５及５ＳｒＲＮＡ结合蛋白（５ＳｒＲＮＡＢｉｎｄｉｎｇＰｒｏｔｅｉｎ）同源的区段,这些同源区段是蛋白与ＲＮＡ结合的位点．基因内部还存在着大量的重复序列．     

中国苋属nrDNA的ITS序列分析及其系统学意义

运用ＰＣＲ直接测序法,对苋属（Ａｍａｒａｎｒｈｕｓ Ｌ．）１５个种及外类群鸡冠花（Ｃｅｌｏｓｉａ ｃｒｉｓｔａｔａ Ｌ．）ｎｒＤＮＡ的ＩＴＳ区（包括ＩＴＳ－１,５．８５ｒＤＮＡ和ＩＴＳ－２）进行序列测定。结果表明苋属植物的ＩＴＳ序列总长度为６２９－６３２ｂｐ,长度变异仅发生在ＩＴＳ－１区（２５０－２５３ｂｐ）。采用ＰＡＵＰ软件进行系统发育分析表明：分布于中国的苋属植物可分为３组,即刺苋组（ｓｅｃｇ     

中国对虾16 S rRNA基因序列多态性的研究

利用ＰＣＲ技术扩增获得中国对虾（Ｐｅｎａｅｕｓ ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ）线粒体ＤＮＡ的１６Ｓ ｒＲＮＡ基因片段,通过测定该基因片段的序列,分析了取自我国烟台、长岛近海和宁波养殖的１７只中国对虾遗传多态性。结果发现,不同地理种群存在丰富的ＤＮＡ序列多态性,１７只个体具有１７种基因型,在扩增的长为５２３ｂｐ的基因片段中,共检测到３７个多态性核苷酸位点（７．０７％）。ＵＰＧＭＡ法构建的分子系统树表明不同地理     

核糖体DNA ITS区序列在植物分子系统学研究中的价值

本文就近年来国内外有关被子植物核糖体ＤＮＡ中的内转录间隔区（ＩＴＳ）序列在植物属内,近缘属间乃至科内系统发育研究中的应用,结合作者在中国姜科山姜属（Ａｌｐｉｎｉａ Ｒｏｘｂ．）上的研究,对ＩＴＳ区序列在植物分子系统学研究中的价值作一简要综述,对其应用前景也进行了讨论。     

蓖麻蚕rDNA基因核骨架结合区在酵母中的自主复制功能

蓖麻蚕核糖体ＲＮＡ基因（ｒＤＮＡ）５′－非转录间隔区有长约１ｋｂ的核骨架结合区ＳＡＲ（ｓｃａｆｏｌｄ－ａｓｓｏｃｉａｔ－ｅｄｒｅｇｉｏｎ）［１］。本文对该ＳＡＲ元件的酵母自主复制功能进一步研究,证明该ＳＡＲ５′端６８８ｂｐ含有１２个ＡＣＳ（ＡＲＳ的核心序列）同源序列,但无ＡＲＳ活性,而其３′端仅３个ＡＣＳ同源序列,但对酵母的转化率比全片段还高４０～５０倍。体外结合实验证明,蓖麻蚕ｒＲＮＡ基因的ＳＡＲ能专一地同酵母核骨架结合,提示ＡＲＳ的功能体现与核骨架结合紧密相关。ｒＲＮＡ基因ＳＡＲ与ＡＲＳ的功能在进化上可能是很保守的。在此基础上可进一步分析ＳＡＲ中与ＤＮＡ复制相关的正调及负调元件。     

L.sp.HXQ001菌株16SrRNA基因序列及聚类分析

目的 在表型鉴定的基础上使用遗传学方法鉴定一株明串珠菌属的细菌。方法 扩增Ｌ．ｓｐ．ＨＸＱ００１菌株１６ＳｒＲＮＡ基因并测序,将结果与同属,非同属的乳酸作同源性比较。结果 ｌｏｓｐＨＸＱＯＯ１菌株与同属的乳酸菌柠蒙色明串珠菌的同源性为９８％～９９％,与肠膜明串珠菌的同源性为９５％以上,与非同属的乳酸菌酒类酒球菌和类肠膜魏斯菌的同源性均小于７０％。结论 Ｌ．ｓｐ．ＨＸＱ００１菌为柠蒙色明串珠菌。     

新菌——吉林链梭菌的分类学研究

从７例阴道炎患者阴道分泌物分离出７株细菌,均具有相同的生物学特性,Ｇ－梭状菌,单、成对或链状。无荚膜,无芽抱,无鞭毛。兼性厌氧菌,在大气中培养不生长,在５％～１０％ＣＯ２中或烛缸培养１８～２４ｈ才能形成菌落,ＭａｃＣｏｎｋｅｙ培养基不生长,最适生长温度３５℃－３７℃。氧化酶阴性,接触酶阴性,不还原硝酸盐,发酵糖类（指示剂用溴甲酚紫）,克氏双糖铁高层和斜面均发生产酸反应,七叶苷水解试验阳性,马尿酸盐水解试验阴性。经ＢｉｏｌｏｇＭｉｃｒｏｓｔａｔｉｏｎＳｙｓｔｅｍ自动化细菌鉴定系统检测无确定结果,ＤＮＡＧ＋Ｃ含量为４２．３ｍｏｌ％、１６ｓｒＲＮＡ序列测定结果经计算机检索国际基因菌库ＥＭＢＬ和ＧｅｎＢａｎｋ所有序列进行比较,表明该白与已知科、属亲缘关系较远,结合其表型特征,建议建立新属,命名为吉林链梭菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｆｕｓｉａｇｅｎ．ｎｏｖ．Ｊｉｌｉｎａｓｐ．ｎｏｖ．）该菌已收藏在中国微生物菌种保藏中心ＣＧＭＣＣＮＯ．０２１５Ｔ（Ｔ＝ｔｙｐｅｓｔｒａｉｎ）．该菌１６ＳｒＲＮＡ片断已被国际基因库收录,接收号为Ｕ３４３６５。     

CAR－bacillus菌亚单位核糖核酸RNA限制性内切酶图谱的研究

利用生物体中编码亚单位核糖核酸ＲＮＡ（ｓｍａｌｌｓｕｂｕｎｉｔｒｉｂｏｓｏｍａｌ　ＲＮＡ,ＳＳＵｒＲＮＡ）的ＤＮＡ序列为引物,经ＰＣＲ法扩增到ＣＡＲ－ｂａｃｉｌｌｕｓ的大约１．５ｋｂ的ＳＳＵｒＲＮＡ序列,采用ＨｉｎｄⅡ、ＨｉｎｆⅠ、ＥｃｏＴ１４,ＨａｅⅢ和ｘｈｏⅠ等５种限制性内切酶进行酶切电泳分析,同时比较了来源于小鼠的ＣＢＭ株及来源于大鼠的ＣＢＲ株,未发现两者有差异。     

烟曲霉rRNA基因ITS区的克隆测序分析

对烟曲霉ｒＲＮＡ基因内转录间区（ＩＴＳ区）进行了克隆测序,并将之与其他几种常见曲霉的相应序列进行了比较。发现３株烟曲霉的ＩＴＳⅠ区完全相同,而其中１株烟曲霉的ＩＴＳⅡ区与一条已知相应序列仅有２个碱基的变异。提示烟曲霉ｒＲＮＡ基因的两个ＩＴＳ区序列均十分保守,而且与黄曲霉、黑曲霉、土曲霉及构巢曲霉的相应序列相比较,均有一定程度的变异。