猪圆环病毒2型TaqMan实时PCR检测方法的建立

设计合成了一套引物和TaqMan探针,特异性扩增猪圆环病毒2型（PCV2）ORF2基因,在国内首次建立了快速定量检测PCV2的实时PCR方法,且该方法具有较好的特异性和重复性,对PCV2DNA检测下限为1copy／μL,敏感性比常规PCR高10^6倍;分别用该法和普通PCR方法对PMWS人工发病猪的10份组织及30份血清样品检测,结果表明该方法具有更快速、灵敏、准确、低污染等优点,并可以对PMWS的早期检测、预防起到指示作用。     

EvaGreen实时荧光定量PCR检测猪圆环病毒2型方法的建立

根据GenBank中的猪圆环病毒2型(PCV2)ORF4基因序列设计一对特异性引物,通过常规PCR扩增PCV2的ORF4基因,并将其纯化的PCR产物克隆入pMD18-T载体中,构建重组质粒。应用该重组质粒进行EvaGreen实时荧光定量PCR,建立了PCV2 DNA的标准曲线,并进行熔解曲线分析。结果显示:建立的EvaGreen实时荧光定量PCR特异性强,与其他非靶标病毒基因不发生交叉反应;灵敏度高,最高可检测到10拷贝/μL的病毒量;重复性好,3个浓度的批间和批内的变异系数均小于2.5%;对118份临床样品进行检测,阳性样品25份,阳性率为21.2%,检测结果与普通PCR相符率为99.2%,其中一份样品经荧光PCR检测为PCV2阳性,普通PCR检测为阴性。结果表明,建立的EvaGreen实时荧光定量PCR方法具有特异性强、敏感度高、重复性好、简便快捷等特点,可用于临床PCV2感染的早期诊断以及分子流行病学调查。     

猪圆环病毒2型的PCR检测方法应用

本研究登录Genbank对猪圆环病毒2型基因的序列进行分析,用Primer 5.0设计了ORF2基因的扩增引物,试图选择一种比较合理的PCR方法检查PCV2感染的病原,以期这种PCR方法可以有效分析猪综合征障碍病毒(PRRSV)、猪细小病毒(PPV)、猪瘟病毒的扩增(HCV)、猪伪狂犬病毒(PRV)等比较常见的病原。研究结果表明,在PCV2进行扩增阳性样品检测中,发现一条异常447 bp的DNA条带,对产物测序结果进行扩增分析,证明其是PCV ORF2基因序列。敏感性检验分析表明检测样本DNA浓度时达到了9.8×10^-4ng/μL。PCR实验具有良好的稳定性和重复性。根据对66例临床病猪的分析表明,在PCV2的检测中阳性感染率是27.26%,这可能受到HCV、PRRSV、PRV、PPV等多种病毒的感染,其中混合感染的比例达到了72.23%。     

疫苗原辅料中猪圆环病毒1型、2型和猪细小病毒PCR检测方法的建立及验证

目的 建立疫苗原辅料中猪圆环病毒1型(porcine circovirus type 1, PCV1)、2型(porcine circovirus type 2, PCV2)和猪细小病毒(porcine parvovirus, PPV)的聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)检测方法并进行验证。方法 根据NCBI公布的PCV1、PCV2和PPV基因序列设计了3对特异性引物,通过优化反应条件,建立起检测疫苗原辅料中PCV1、PCV2和PPV的PCR检测方法,并对方法的重复性、中间精密度、专属性、耐用性和检测限进行了验证。结果 PCR反应的退火温度为55℃,特异性引物浓度为10μmol/L。该方法重复性、中间精密度、专属性和耐用性均良好,对PCV1、PCV2、PPV的最低检测限分别为1 pg/μL、100 fg/μL和10 fg/μL。结论 PCR检测方法可以有效检测出疫苗原辅料中外源病毒污染情况,能为生产合格的疫苗提供质量保证。     

安徽省部分地区2016–2018年猪圆环病毒2型遗传进化分析

【背景】猪圆环病毒(Porcinecircovirus,PCV)可以引起断奶仔猪多系统衰竭综合症(Postweaningmultisystemicwastingsyndrome,PMWS)。【目的】了解安徽省部分地区猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况。【方法】采用PCR技术,对2016-2018年间安徽省部分地区猪场疑似PMWS感染的组织样品共计31份进行PCV2检测和全基因扩增,并通过DNAStar等生物信息学软件对所得到的PCV2毒株基因序列进行遗传进化分析。【结果】所得的8株PCV2安徽株与GenBank上已发表的国内外参考毒株相比较,核苷酸相似性为92.8%-99.0%,ORF2及其推导的氨基酸序列相似性分别为85.8%-99.6%和82.5%-100%。遗传进化树分析结果显示8株安徽株中有1株PCV2a,2株PCV2b,5株PCV2d,未发现PCV2c、PCV2e和PCV2f基因型。此外,通过对ORF2基因编码的氨基酸序列分析,发现各基因型Cap蛋白氨基酸序列上的位点具有其独特性。【结论】近年来PCV2在安徽地区的猪群中感染较为普遍,其中PCV2d基因型的感染病例增多,逐渐成为安徽地区的优势流行株。本研究为安徽地区的PCV2防控提供了一定的参考依据。     

猪圆环病毒2型及猪繁殖与呼吸综合症病毒的快速检测

According to the published genome sequences of Porcine circovirus type 2(PCV2)and Porcine reproductive and respiratory syndrome virus(PRRSV),primers were designed and PCR,RT-PCR were set up for the detection of PCV2 and PRRSV,respectively,With the established methods,38 clinical samples from the respiratory disease pigs were detected for the presence of PCV2 and PRRSV. The results demonstrated that 22 samples were positive for PCV2,27 samples were positive for PRRSV and among the above positive samples,18 samples were positive for both viruses,The data obtained in the present study indicated that PCV2 and PRRSV maybe play an important role in the course of the development of respiratiory diseases.     

猪1型圆环病毒全基因组克隆及其感染性初步鉴定

猪圆环病毒(porcine circovirus,PCV)是由Tis-cher等[1]于1974年在PK-15细胞中发现,当时认为是一种细胞污染物,后被证实为一种新的病毒。病毒粒子为20面体对称,无囊膜,以滚环方式进行复制,可在PK-15细胞上生长但不引起细胞病变。其基因组是一种环状、单股副链DNA,与鸡贫血病毒(chicken anemia virus,CAV)、鹦鹉喙羽病毒(psittacine beak and feather disease circovirus,PBF-DAV)和人的TT病毒(transfusion transmittedvirus,TTV)同属圆环病毒科。猪圆环病毒有两种基因型即:PCV1和PCV2。前者广泛存在于猪源肾细胞中,在猪的组织…     

安徽省猪圆环病毒2型感染的流行病学调查

目的了解安徽地区猪群中猪圆环病毒2型(PCV2)的感染状况。方法应用酶联免疫吸附试验(ELISA)对采自安徽省14个地(市)的468份血清样品进行PCV2抗体检测,并运用PCR技术同步进行PCV2核酸检测。结果PCV2抗体检测的平均阳性率为74.36%,且阳性率随猪的日龄增长而升高,皖南地区的阳性检出率明显高于淮北和江淮两个地区,PCR与ELISA检测结果的符合率为99.37%。结论安徽省猪群中普遍存在PCV2的感染,病毒血症与抗体共存现象显著。     

狂犬病病毒TaqMan qRT-PCR检测方法的建立

建立狂犬病病毒TaqMan qRT-PCR检测方法,并进行评价和初步应用。针对狂犬病病毒L基因保守区域设计特异性引物、探针,建立PCR反应体系并评价检测体系的扩增效率、灵敏度、特异性和准确性等指标,灵敏度评价结果与现有巢式RT-PCR和基于N基因qRT-PCR检测方法相比较。结果显示本研究建立的基于L基因qRTPCR检测体系扩增效率高于90%;最小检测病毒滴度为2.7×10~(-3)FFU/mL,灵敏度高于基于N基因qRT-PCR和巢式RT-PCR 100倍;最小检测核酸拷贝数为100拷贝,建立了基于目的基因RNA标准品的标准曲线,可用于定量检测;对于我国的狂犬病病毒流行毒株检测范围较广,动物样本检测结果与金标准DFA检测结果相一致,准确性较高。本研究建立的狂犬病病毒qRT-PCR可用于狂犬病病毒实验室检测。     

猪圆环病毒2型Cap蛋白在烟草叶绿体中的表达

猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)可读框2(open reading frame 2,ORF2)基因编码具有多个抗原表位的病毒衣壳(Cap)蛋白,能在机体内有效引发免疫反应并产生中和抗体,是预防和治疗猪圆环病毒病(porcine circovirus-associated disease,PCVAD)的主要抗原。但Cap蛋白高昂的生产成本限制了它的广泛应用。为了探索Cap蛋白新的生产途径,本研究选择烟草叶绿体为表达平台,构建了ORF2抗原基因烟草叶绿体表达载体pNK-a03,并通过基因枪法(gene biolistics)将表达载体导入烟草叶绿体中。转化植株经PCR和RT-PCR检测,证实ORF2抗原基因已整合进烟草叶绿体基因组中且正常转录。蛋白质印迹检测和ELISA分析表明,Cap蛋白在烟草叶绿体内获得有效表达,具有免疫活性。此外,种子萌发研究结果显示,转基因烟草植株F1代具有aadA抗性,目的基因可正常进行遗传。这些研究结果为探索Cap蛋白的新型表达途径提供了理论基础。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒实时PCR检测方法的建立

设计合成了一套引物和TaqMan探针,以扩增猪繁殖与呼吸综合征病毒的核衣壳蛋白基因,通过反应条件的优化,在国内首次建立了快速定量检测猪繁殖与呼吸综合征病毒的实时PCR方法,并用该法检测患病猪的肺脏等样品。结果表明该方法具有较好的特异性和重复性,对PRRSV细胞培养物的检测下限为0.01TCID50,敏感性比常规RT-PCR高100倍;对10份PRRS疑似猪肺脏样品检测5份为阳性,与病毒分离的阳性符合率为100%。该方法具有快速、灵敏、准确、低污染等优点,在PRRSV的早期检测、预防控制、进出口检疫及基础研究中会起到重要作用。     

检测PCV2、PPV、PRV疫苗株与野毒株的多重PCR方法

本文建立了一种同时检测猪圆环病毒2型（PCV2）、细小病毒（PPV）、及伪狂犬病毒（PRV）疫苗株与野毒株的多重PCR方法.根据GenBank上发表的PCV2、PPV和PRV gB、gE基因序列,针对各自保守区各设计一对特异性引物,用这四对引物对同一样品中的PCV2、PPV和PRV gB、gE进行检测,结果可同时扩增出269bp（PCV2）、581bp（PPV）、372bP（PRV gB）及147bp（PRV gE）四条特异性片段.对JEV、PRRSRV、大肠杆菌和双蒸水的PCR扩增结果均为阴性;敏感性测定结果表明,该多重PCR能检出10pg PCV2、PPV和PRV gB、gE检测敏感度分别为10^-6.2、10^-3.8、10^-5.8TCID50的模板.该方法的建立对临床上进行这三种疾病的鉴别诊断和混合感染的检测具有重要意义.     

检测PCV2、PPV、PRV疫苗株与野毒株的多重PCR方法

本文建立了一种同时检测猪圆环病毒2型(PCV2)、细小病毒(PPV)、及伪狂犬病毒(PRV)疫苗株与野毒株的多重PCR方法.根据GenBank上发表的PCV2、PPV和PRV gB、gE基因序列,针对各自保守区各设计一对特异性引物,用这四对引物对同一样品中的PCV2、PPV和PRV gB、gE进行检测,结果可同时扩增出269bp(PCV2)、581bp(PPV)、372bP(PRV gB)及147bp(PRV gE)四条特异性片段.对JEV、PRRSRV、大肠杆菌和双蒸水的PCR扩增结果均为阴性;敏感性测定结果表明,该多重PCR能检出10pg PCV2、PPV和PRV gB、gE检测敏感度分别为10-6.2、10-3.8、10-5.8TCID50的模板.该方法的建立对临床上进行这三种疾病的鉴别诊断和混合感染的检测具有重要意义.     

猪圆环病毒PCR检测方法的优化

猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV)为无囊膜的单股负链DNA病毒,是目前发现的最小的动物病毒,大小约为17nm[1].PCV根据抗原性及基因组的不同可以分为PCV1和PCV2两种基因型,PCV 1分离自猪肾细胞系PK15,它不致病,能够在PK15中稳定存在而不形成细胞病变;PCV 2对猪有致病性,可引起猪断奶后多系统衰竭综合征(PMWS)、猪皮炎与肾病综合征(PDNS)、断奶猪和育肥猪的呼吸道疾病、猪的繁殖障碍等疾病.     

猪圆环病毒PCR检测方法的优化

猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV)为无囊膜的单股负链DNA病毒,是目前发现的最小的动物病毒,大小约为17nm[1]。PCV根据抗原性及基因组的不同可以分为PCV1和PCV2两种基因型,PCV1分离自猪肾细胞系PK15,它不致病,能够在PK15中稳定存在而不形成细胞病变;PCV2对猪有致病性,可引起猪断奶后多系统衰竭综合征(PMWS)、猪皮炎与肾病综合征(PDNS)、断奶猪和育肥猪的呼吸道疾病、猪的繁殖障碍等疾病。近年来已成为严重危害我国养猪业的主要疾病之一。但迄今为止市场上还没有商品化疫苗和特效药物防治该病,并且该病有时呈亚临床感染,所以…     

A Duplex Real-Time PCR Assay for the Simultaneous Detection of Porcine Circovirus 2 and Circovirus 3

Porcine circoviruses (PCV) include PCV1, PCV2, and the new-emerging PCV3. PCV2 is pathogenic to pigs, but the pathogenicity of PCV3 in pigs is debatable. Recently, there have been frequent reports of PCV2 and PCV3 co-infections in clinical samples. Thus, it would be practical to develop a duplex PCR method to detect PCV2 and PCV3 simultaneously. In this study, specific primers and probes were designed to target PCV2 cap and PCV3 rep genes. A duplex real-time PCR method was then developed to detect the two viruses. The assay was found to be highly specific, sensitive, and reproducible for PCV2/3 without cross-reactions with other swine pathogens. The sensitivity of this assay was 2.9 copies for the PCV2 plasmid and 22.5 copies for the PCV3 plasmid. The established assay was then used to detect PCV2/3 infection in 340 clinical samples collected in the first half of 2017. The results showed that the co-infection rate of PCV2/3 in the samples was 27.6%. Our study provides an important tool that can be used to perform urgently needed surveys for the two porcine circoviruses to evaluate their impact on the swine industry.     

Development of a Loop-Mediated Isothermal Amplification Assay for Porcine Circovirus Type 2

In this study, the loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method was used to develop a rapid and simple detection system for porcine circovirus type 2 (PCV2). According to the PCV2 sequences published in GenBank, multiple LAMP primers were designed targeting conserved sequences of PCV2. Using the DNA extracted from PCV2 isolates HUN-09 and SD-09 as the template, LAMP reactions in a PCV2 LAMP system was performed, the amplification products were detected by adding SYBR Green I and could be observed di...     

Preclinical Detection of Porcine Circovirus Type 2 Infection Using an Ultrasensitive Nanoparticle DNA Probe-Based PCR Assay

Porcine circovirus type 2 (PCV2) has emerged as one of the most important pathogens affecting swine production globally. Preclinical identification of PCV2 is very important for effective prophylaxis of PCV2-associated diseases. In this study, we developed an ultrasensitive nanoparticle DNA probe-based PCR assay (UNDP-PCR) for PCV2 detection. Magnetic microparticles coated with PCV2 specific DNA probes were used to enrich PCV2 DNA from samples, then gold nanoparticles coated with PCV2 specific oligonucleotides were added to form a sandwich nucleic acid-complex. After the complex was formed, the oligonucleotides were released and characterized by PCR. This assay exhibited about 500-fold more sensitive than conventional PCR, with a detection limit of 2 copies of purified PCV2 genomic DNA and 10 viral copies of PCV2 in serum. The assay has a wide detection range for all of PCV2 genotypes with reliable reproducibility. No cross-reactivity was observed from the samples of other related viruses including porcine circovirus type 1, porcine parvovirus, porcine pseudorabies virus, porcine reproductive and respiratory syndrome virus and classical swine fever virus. The positive detection rate of PCV2 specific UNDP-PCR in 40 preclinical field samples was 27.5%, which appeared greater than that by conventional and real-time PCR and appeared application potency in evaluation of the viral loads levels of preclinical infection samples. The UNDP-PCR assay reported here can reliably rule out false negative results from antibody-based assays, provide a nucleic acid extraction free, specific, ultrasensitive, economic and rapid diagnosis method for preclinical PCV2 infection in field, which may help prevent large-scale outbreaks.