中华鳖GHRL基因SNPs的筛选及生长性状的关联分析

为探究GHRL基因多态性对中华鳖(Pelodiscus sinensis)生长性状的影响, 采用直接测序法在GHRL基因上检测到14个单核苷酸多态性位点C289T、G501T、T738C、G776T、A841G、T885C、T2960C、A2987T、G3390A、A3857C、G4718A、T4820C、A4850C、T4979C。随机选取同批繁殖的120只中华鳖用飞行时间质谱法进行SNPs位点的分型, 并分析与生长性状的相关性。检测结果显示, 所有SNP位点均符合Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。方差分析结果显示, C289T位点CT、CC基因型的5项生长数据均显著高于TT基因型(P<0.05)。S2位点AB基因型的体重、背甲长、背甲宽和裙边宽4项数据均显著高于AA基因型(P<0.05)。G3390A位点AG基因型的背甲长、背甲宽2项数据显著高于AA基因型(P<0.05)。G4718A位点AG基因型的背甲长、背甲宽、裙边宽3项数据显著高于AA基因型(P<0.05)。在GHRL基因上获得的SNP位点可能影响着中华鳖的生长性状或与之紧密连锁, 可为中华鳖分子辅助育种提供助力与参考。     

中华绒螯蟹MSTN基因SNPs多态性及与生长性状的关联分析

为研究中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)肌肉生长抑制素基因(myostatin, MSTN)的多态性及其与生长性状的相关性, 对中华绒螯蟹3个群体(育种群体、大赛群体、野生群体)共321个个体MSTN基因的多态性进行筛选, 发现该基因的第1外显子存在3个多态性SNP位点(S1: C714T; S2:G729A; S3:G753T), 均为处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)的中、高度多态性位点。利用一般线性模型分析3个位点及其基因型组合与生长性状的相关性, 发现S1位点对中华绒螯蟹的体重和壳长等生长性状有显著影响(P≤0.05), 而其余2个位点与生长性状无显著关联性。结果表明S1位点的TT基因型对中华绒螯蟹的生长最为有利, 可作为分子标记辅助育种的候选标记。     

大口黑鲈IGFBP1基因SNPs的筛选及与生长性状的关联分析

本研究使用PCR技术扩增得到2 743 bp长度的大口黑鲈IGFBP1基因序列,序列含4个外显子和3个内含子,编码263个氨基酸。采用直接测序法在IGFBP1基因上筛选到4个SNPs位点,分别位于该基因核苷酸序列中的第147个、第791个、第2 436个和第2 676个碱基,其中2个位点位于外显子上,A-141C位点发生了同义突变,C-791T发生了错义突变,随机检测同批430尾实验个体中4个位点的基因型,均符合Hardy-Weinberg定律。其中A-2436G和C-2676T位点完全连锁,组成单倍型标记H1。分析H1标记中的AB和AA基因型实验群体,显示两者在尾柄长、全长指标上存在显著差异(p0.05)。综合分析表明,H1标记可用于大口黑鲈分子辅助育种研究。     

红鳍东方鲀ctgf基因的SNPs筛选及其与早期生长性状的关联分析

结缔组织生长因子(connective tissue growth factor, CTGF)是一种分泌蛋白,可调节细胞的增殖、分化和生长。为探究ctgf基因是否存在单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)及其与红鳍东方鲀早期生长性状的相关性,本研究对2月龄的893个红鳍东方鲀个体的体重、体长和体全长早期的生长性状进行了测定,筛选了ctgf基因上的SNPs位点,利用最小二乘法分析了SNPs与早期生长性状间的相关性。结果表明,在ctgf基因上存在14个SNP位点,其中C23T、G39T和C270G位点为错义突变,这些位点编码的氨基酸种类由苏氨酸、亮氨酸和丙氨酸分别变为甲硫氨酸、苯丙氨酸和甘氨酸。C23T、G39T和C270G位点均与红鳍东方鲀早期生长性状相关,其中C23T位点的CC基因型个体的体长极显著长于CT基因型个体的体长(P<0.01);G39T位点TT基因型在体全长上显著大于GG基因型和GT基因型个体的体全长(P<0.05),TT基因型个体在体重和体长这两个生长性状上极显著大于GG基因型和GT基因型个体的体重和体全长(P...     

斑点叉尾GHRH基因3个SNPs位点及其单倍型组合与生长性状的关联分析

研究旨在探讨生长激素释放激素基因（Growth hormone-releasing hormone,GHRH）对斑点叉尾鲖（Ictalurus punctatus）生长性状的影响。采用DNA混池测序法筛选GHRH基因的单核苷酸多态性（Singlenucleotide polymorphisms,SNPs）位点,使用SNaPshot法将筛选到的SNPs多态性位点进行分型,并对这些位点进行连锁不平衡和单倍型分析。结果表明,在GHRH基因内含子区域共检测到4个SNPs位点,并成功地对3个位点进行了分型,3个位点间均不存在强连锁不平衡;3个SNPs位点在176尾斑点叉尾鲖中形成了6种有效单倍型。关联分析表明SNP位点g.6301 GA的AA基因型的体质量显著性地高于AG和GG型（P0.05）,比群体的平均体质量高14%。单倍型组合H1/H4和H1/H5个体的体质量和体长极显著性地高于其他单倍型组合（P0.01）,体质量比群体平均体质量分别高30%和15%,体长比群体平均体长分别高7%和6%。研究为斑点叉尾鲖生长性状分子标记辅助选育和QTL定位提供了参考依据。     

小麦主胚根生长及主要性状全基因组关联分析

为解析小麦初生根系建成的遗传机制,本研究以黄淮麦区的198份小麦自然群体为材料,对在室内人工气候箱内水培21 d的小麦主胚根的一级分枝根数、分枝密度、长度、表面积、体积和平均直径6个性状进行调查分析,结合660K基因芯片用Q+K混合线性模型对主胚根性状进行全基因组关联分析,并对显著且稳定的关联位点进行功能注释和候选基因挖掘。结果表明,主胚根不同性状呈正态或近似正态分布,变异系数为5.56%～22.10%。通过全基因组关联分析,共检测到136个显著关联位点,这些位点分布在除7B以外的染色体上,可解释5.10%～13.60%的表型变异,同时检测到13个显著的多效位点,挖掘到TraesCS4A01G023100、TraesCS1B01G294400、TraesCS4A01G006200等16个可能与主胚根生长相关的候选基因,这些基因可能通过调控DNA拓扑结构异构酶、泛素结合酶E2、磷酸肌醇磷酸酶家族蛋白等参与小麦主胚根系的建成。本研究结果为小麦根系调控网络构建,以及优化根系构型和发挥根系功能提供了参考。     

中华鳖肠道益生菌的筛选、鉴定与生长特性研究

通过点种法初筛和牛津杯法复筛, 从中华鳖肠道筛选到1株对嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、温和气单胞菌(A. sobria)以及豚鼠气单胞菌(A. caviae)具有拮抗作用的益生菌株Dec-43。对该菌株进行形态、生理生化特征分析, 结果与《常见细菌系统鉴定手册》中屎肠球菌(Enterococcus faecium)的生理生化特征一致。提取细菌基因组DNA, 通过16S rRNA基因通用引物进行PCR扩增, 从该菌株的16S rRNA基因中克隆到了一个长度1448 bp的片段, 经测序和序列比对, 该片段与Genbank中屎肠球菌的序列相似性达99%, 因此, 该菌株确定为屎肠球菌。通过单因素试验确定了该菌株的最佳生长温度、盐度、初始pH、接种量等参数分别为: 36℃、盐度0.6%、培养基初始pH 7、接种量10%; 通过正交试验, 确定了该菌株培养基中碳源(葡萄糖)、氮源(蛋白胨)最适含量分别为15和10 g/L。研究发现了一株中华鳖肠道潜在益生菌, 并研究了其生长特性, 为中华鳖养殖行业益生菌的应用提供了基础。       

中华鳖幼鳖的生长模式及身体各部分生化组成

在实验条件下,模拟了中华鳖幼鳖背甲宽随年龄变化的生长曲线,观测了幼鳖身体总干重及内脏,脂肪块,骨骼和其它（肌肉和皮脍）各部分干重与背甲宽的相关关系,并测定了上述身体各部分的生化组成,结果发现幼鳖生长曲线呈Ｓ型,用逻辑斯缔生长方程可进行很好的拟合,该方程为：Ｃｗ＝９．７５６３／（１＋５．８００８ｅｘｐ（－０．２３０１ｔ）（ｒ＝０．８９,ｎ＝４２０,Ｐ〈０．００１）,幼鳖身体总干重及内脏,脂肪块,骨骼     

大鲵MHCⅡB基因SNP位点筛选及与抗虹彩病毒性状关联分析

主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex, MHC)是位于脊椎动物染色体特定区域,编码主要组织相容性抗原的重要连锁基因群,具有调控细胞识别、激活免疫应答及调节特定病理反应等生理作用。其中,MHCⅡ类基因的多态性最高,是研究遗传、进化以及抗病育种标记的热点基因。然而,在大鲵虹彩病毒感染过程中MHC基因的表达和抗病机制尚不完全明确。本研究以1龄幼鲵作为研究对象,克隆得到MHCⅡB基因cDNA片段共1 010 bp,通过对比易感组和抗病组组织表达谱差异及候选基因序列结构特征,从而筛选抗病相关的SNP位点。结果显示,易感组中MHCⅡB基因在各组织中的m RNA表达量均显著高于抗病组,其中在皮肤组织中表达最高,为(55.715 2±0.01)。对比易感组和抗病组MHCⅡB基因序列信息,共筛选出6个候选SNP位点,占基因总碱基数的0.6%,包括4个转换位点和2个颠换位点。其中5’UTR区有1个,基因编码区有2个,3’UTR区有3个。位于基因编码区214 bp处的G/A颠换(G214A)为同义突变,而611 bp处的A/T转换(A611T)为错义突变,使抗病组该位点的苏氨酸突变为丝氨酸。蛋白质二级结构分析显示,突变后的二级结构中α螺旋增比最大,增幅近20%。本研究结果表明大鲵MHCⅡB基因参与机体虹彩病毒免疫应答过程,其多态性与抗病性状存在一定的关联性。     

大口黑鲈转录组SNPs筛选及其与生长的关联分析

为开发人工饲料代替冰鲜杂鱼养殖大口黑鲈的分子标记,以食用冰鲜鱼和配合饲料的同批大口黑鲈为研究材料,利用RNA-Seq（RNA sequencing）技术挖掘SNPs（Single nucleotide polymorphisms）标记,并以关联分析筛选可用于育种的候选标记。转录组进行测序共获得174 M数据,8681个SNPs位点。挑选其中具有表达差异的50个SNPs位点进行SNaPshot分型,结果39个分型成功,其中有4个为假阳性,通过转录组技术开发出SNPs标记35个,成功率为70.0%。为进一步检验这些标记是否可用于评估驯食饲料的大口黑鲈选育研究,研究以327尾摄食人工配合饲料的大口黑鲈为试验材料,SPSS软件进行一般线性模型分析SNPs的不同基因型与生长性状的相关性,结果显示有2个SNPs位点与体质量、全长和体高等生长性状存在显著相关性（P<0.05）,可作为候选标记用于大口黑鲈的分子辅助育种。由于转录组数据直接反应基因的表达情况,从中挖掘与性状相关的优势基因型与分子标记的成功率高,效果较好。同时也为解决大口黑鲈选育研究中标记缺乏提供了有效途径,为选育提供遗传依据、加速育种进程。     

中华鳖boule基因在生殖细胞中的表达分析

boule基因为DAZ基因家族成员之一,是动物生殖细胞特异表达基因。在哺乳动物中,boule基因的缺失会引起精子生成障碍而导致雄性不育。在无脊椎动物秀丽线虫(Caenorhabditis elegans)中,boule基因同源物的缺失会引起其卵子发生障碍而导致雌性不育。龟鳖动物是最古老的爬行类,是从无羊膜卵到羊膜卵动物飞跃的过渡物种。相比于哺乳类及一些无脊椎动物,目前关于龟鳖动物生殖细胞发育模式的研究还非常有限。因此,本文以中华鳖(Pelodiscus sinensis)为研究对象,以期揭示boule基因对龟鳖动物生殖细胞发育分化的调控作用。首先,利用特异引物克隆获得中华鳖boule基因的cDNA序列,共1 005 bp,其中,3′端非编码区57 bp,开放阅读框948 bp,共编码315个氨基酸。氨基酸序列多重比对分析显示,中华鳖与绿海龟(Chelonia mydas)同源性最高,达92%,与小鼠(Mus musculus)的同源性达83%,与果蝇(Drosophila melanogaster)的同源性达53%,与青鳉(Oryzias latipes)的同源性达42%。反转录实时定量PCR(RT-qPCR)分析结果显示,中华鳖boulem RNA主要在性腺组织精巢和卵巢中表达,而在其他体细胞组织中几乎检测不到表达。原位杂交结果显示,中华鳖boule m RNA在两性生殖细胞中特异表达,且在不同分化时期的生殖细胞中呈动态表达。在精巢中,boule m RNA在初级精母细胞中表达最强,在精原细胞和次级精母细胞中表达较弱,在精子细胞和精子中难以检测到表达信号;在卵巢中,boule mRNA在初级卵母细胞中表达信号最强且信号在初级卵母细胞胞质中均匀分布,生殖细胞发育进入卵母细胞生长期后,信号开始聚集在核周胞质,随着卵母细胞的成熟,信号逐渐变弱。本研究结果表明,boule基因可能在中华鳖两性生殖细胞的减数分裂过程中均具有重要的调控作用。     

中华鳖白细胞介素21基因cDNA克隆及生物信息学分析

目的:从中华鳖脾脏、肝脏、肠道构建的SMARTer cDNA文库中克隆中华鳖白细胞介素21(IL-21)基因的cDNA。方法:采用cDNA末端快速扩增(RACE)法克隆中华鳖IL-21基因cDNA序列,并利用生物学软件进行生物信息学分析。结果:中华鳖IL-21 cDNA长874 bp,其编码产物包含135个氨基酸残基,二级结构主要包括α螺旋、延伸链、无规则卷曲和β转角,三级结构包括信号肽和IL-15结构域。系统进化分析表明其与鸟类首先聚类,其次为哺乳类。以人IL-21为模型,构建了中华鳖IL-21的3D结构模型。结论:从生物信息学分析可知我们所获序列为中华鳖IL-21 cDNA,为深入研究中华鳖IL-21及相关通路奠定了基础。     

中华鳖线粒体基因组序列分析

参照近源物种线粒体基因组序列,设计17对特异引物,采用PCR产物直接测序法测得中华鳖线粒体基因组全序列.初步分析其基因组特点和各基因的定位,用pDRAW32软件预测12种限制性酶对其的酶切图谱.结果表明,中华鳖线粒体基因组全长17364bp,核苷酸组成为35.23%A、27.26%T、25.73%C、11.78%G,包括13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码控制区.基于线粒体基因组编码的13个蛋白质的氨基酸序列,用NJ法和MP法构建系统进化树,分析6种龟鳖类动物之间的亲缘关系,与传统的系统分类基本一致,初步确定淡水龟科与海龟科的亲缘关系比与龟科的亲缘关系要近.     

Isolation and characterization of microsatellites in Chinese soft‐shelled turtle,Pelodiscus sinensis

Fifteen polymorphic microsatellite loci were developed for the Chinese soft‐shelled turtle (Pelodiscus sinensis) from the (GT)_n microsatellite‐enriched genomic library, using the fast isolation by amplified fragment length polymorphism of sequences containing repeats protocol. The polymorphism of all 15 loci ranged from two to seven alleles with observed heterozygosities ranging from 0.03 to 0.98 (mean 0.43) in one population of 40 individuals. These novel loci will be helpful for understanding the population structure at genetic level and marker‐assisted breeding of this vulnerable species.     

膨化饲料动植物蛋白比对中华鳖稚鳖生长特性的影响

本实验设计了营养相近、不同动植物蛋白比的四种膨化饲料（饲料1,1.5∶1;饲料2,3∶1;饲料3,5∶1;饲料4,7∶1）,研究了动植物蛋白比对中华鳖稚鳖摄食、生长、饲料利用能力和营养组成的影响。饲料1组稚鳖的摄食率显著高于饲料2—4组。饲料1—4组稚鳖的特定生长率没有显著影响。饲料1组稚鳖的干物质和脂类消化率、饲料转化效率、蛋白贮积率和能量贮积率显著低于饲料2—4组。饲料1组稚鳖体脂肪含量显著低于饲料4组。稚鳖的上述指标在饲料2—4组间均无显著差异。结果表明,鳖膨化饲料动植物蛋白比对中华鳖稚鳖生长特性有明显的影响,适宜的动植物蛋白比为3∶1。     

乌鳖黑色素理化性质及其抗氧化活性研究

本试验以乌鳖肌肉为原料,采用"脱脂-酶解-酸解"三步法制备乌鳖黑色素,研究其结构特性、理化性质和抗氧化活性.采用紫外分光光度计、傅里叶红外光谱仪和元素分析仪对乌鳖肌肉黑色素结构特性进行分析,并进行了颜色检测、溶解性试验、稳定性试验、总抗氧化能力试验、羟基自由基清除能力试验、DPPH自由基清除能力试验、超氧阴离子自由基清...     

维生素E对中华鳖幼鳖生长、肝脏维生素E以及血清皮质醇含量的影响

为探讨维生素E(VE)对中华鳖(Pelodiscus sinensis)幼鳖的生长、肝脏VE和血清皮质醇的影响，通过特定生长率、高压液相色谱法和放免法，我们测定了中华鳖幼鳖的生长、肝脏VE和血清皮质醇含量。发现VE添加量为1000和5000mg／kg的两组，能明显降低中华鳖幼鳖的生长。维生素E添加量为500、1000和5000mg／kg的三组，肝脏维生素E含量明显高于对照组，VE添加量在0—1000mg／kg的范围时，肝脏VE的含量随着饲料中VE含量的增加呈指数式增加，并且在VE添加量为5000kg／kg的一组基本达到饱和。维生素E添加量为0和50mg／kg的2组，其血清皮质醇的平均值明显高于维生素E添加量为250、500、1000和5000mg／kg的4组的平均值。上述结果表明：高剂量的VE降低了中华鳖幼鳖的生长和血清皮质醇的含量；在一定剂量范围内，肝脏VE随着饲料中VE含量的增加而升高。     

Novel SNPs of the Caprine Growth Hormone Secretagogue Receptor (GHSR) Gene and Their Association with Growth Traits in Goats

Growth hormone secretagogue receptor (GHSR), a G protein-coupled receptor that binds ghrelin, plays an important role in the central regulation of pituitary growth hormone secretion, food intake, and energy homeostasis. This study analyzed polymorphism of the caprine GHSR gene as a genetic marker candidate for growth traits in goats. Two single nucleotide polymorphisms (GU014697:g.165G→A and GU014697:g.548T→C) were identified in exon 2 of the caprine GHSR gene by PCR-single-strand conformation polymorphism and DNA sequencing methods. Their associations with growth traits were analyzed in 313 Xuhuai goats. The results indicated that GU014697:g.548T→C had significant effects on growth traits. Body length and body length index were significantly higher in individuals with genotype TT than CC and CT in (P < 0.05). TT individuals also tended to have better performance in other traits, such as body height and chest circumference, although there were no statistical differences (P > 0.05). This suggests that GHSR is a strong candidate gene that affects growth traits in goats.     

慢性氨暴露对中华鳖幼鳖生长及非特异性免疫反应的影响

在高密度养殖模式下,中华鳖经常暴露于高氨环境中。本研究评价了慢性氨暴露对中华鳖(Pelodiscussinensis)幼鳖生长及非特异性免疫功能的影响。将鳖(体重90.5±20.5g)饲养于非离子氨浓度分别为1.49mg/L(C1)、2.61mg/L(C2)和4.14mg/L(C3)的环境中84d,以不外加氨氮的自来水饲养组为对照(C0),实验期间各处理组均保持恒定的温度(29.5±0.5℃)和pH(7.8±0.1)值。氨暴露21、42和84d后测体重,氨暴露84d后取各实验组鳖的血样。在本实验设定浓度范围内,氨对中华鳖的生长及非特异性免疫指标如血清溶血活性、血清杀菌活性、血清溶菌活性和脾脏系数没有显著影响。但氨暴露组中华鳖血液和脾脏淋巴细胞α-乙酸萘酯酶(ANAE)阳性率与对照组相比均显著下降。研究结果表明中华鳖对高氨耐受能力比鱼类更强。