野生毛木耳ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为获得条带清晰,重复性好,多态性高的野生毛木耳ISSR扩增结果,通过单因子试验对ISSR-PCR反应条件进行了优化。确定了ISSR分析的最佳PCR条件:25μL反应体系中模板DNA25ng、dNTPs0.24mmol/L、Taq DNA聚合酶1U、Mg2+0.9mmol/L、引物2μmol/L、10×PCR buffer2.5μL、ddH2O12.6μL。最佳退火温度因不同的引物而定,最佳循环次数为35次。在此基础上初步筛选出25条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物。这一优化体系的建立为进一步利用ISSR标记技术进行野生毛木耳种质鉴定及遗传多样性分析提供了一个适合的程序。     

多倍体罗汉果PCR-RFLP参数的优化与应用

以多倍体罗汉果DNA为材料,采用L16(4~5)正交组合试验和单因素梯度试验,研究Mg~(2+)、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA浓度和退火温度、循环次数等对PCR扩增结果以及内切酶量、酶切时间对酶切反应的影响。结果表明,多倍体罗汉果RFLP最优PCR反应体系和扩增参数为:在25μL扩增反应体系中,10×Buffer 2.5μL,MgCl_2 1.5 mmol/L,dNTP 0.2 mmol/L,引物0.1μmol/L,Taq DNA聚合酶2.0 U,模板DNA 60 ng;退火温度为56℃,循环次数为35次。酶切反应体系:内切酶10×Buffer 2.0μL,内切酶5.0U,PCR产物15μL,超纯水补至20μL;酶切时间2 h。     

正交设计优化绿竹ISSR-PCR体系和引物筛选

旨在建立绿竹ISSR-PCR最佳反应体系和扩增程序,并筛选适于绿竹ISSR-PCR分析的高多态性引物。以绿竹基因组DNA为ISSR-PCR扩增模板,采用正交试验方法,对d NTPs浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度、模板DNA用量设计5因素4水平试验,采用极差分析法和方差分析法对试验结果进行分析。并对退火温度和循环次数进行筛选,建立绿竹ISSR-PCR最佳反应体系和扩增程序。并利用优化后的体系对100条ISSR引物进行筛选。最终确定的最佳反应体系为:20μL的扩增体系中,d NTPs浓度为0.2 mmol/L,Mg~(2+)浓度为2.0 mmol/L,Taq DNA聚合酶浓度为1.5 U,引物浓度为0.4μmol/L,DNA浓度为60 ng,10×PCR Buffer体积为2μL、剩下用灭菌ddH_2O补全。各因素影响大小依次是:Mg~(2+)d NTPs模板DNATaq DNA聚合酶引物。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性45 s,(根据引物的退火温度)复性30 s,72℃延伸90 s,循环38次,72℃延伸10 min,4℃保存。以此体系为基础进行引物筛选,在100条ISSR引物中筛选出14条扩增条带清晰、多态性较高、重复性好的引物。     

菠萝SRAP反应体系的建立及优化

目的:建立一种适合菠萝基因扩增的 SRAP 反应体系.方法:用改良 CTAB 法提取菠萝 DNA,对扩增结果影响重要的反应组分 Taq 酶、Mg2 、随机引物及 dNTPs 进行单因素体系优化,以确定最佳菠萝 SRA P反应体系.结果:用这种方法建立的菠萝SRAP 反应体系为:20μL 反应体系中含1×PCR buffer,2.5mmol/L Mg2 、1.2U TaqDNA 聚合酶、0.2mmol/L dNTPs、0.3umol/L随机引物、20ng DNA 模板.结论:用引物Me4-Em4 组合对供试菠萝 19 个品种进行扩增,结果扩增条带清晰、丰富、重复性好,此 SRAP反应体系适合菠萝基因型扩增.     

基于果蝇DNA甲基化的AFLP体系的建立及优化

以黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)Canton-S品系为材料,采用改良SDS法提取高质量DNA,对连接、预扩增及选择性扩增进行分析,建立适用于果蝇基因组DNA甲基化多态性研究的AFLP优化体系:1)10μL连接体系加T4连接酶1 U,AluⅠ接头50 pmol,EcoR Ⅰ接头5 pmol,4℃反应12 h;2)25μL预扩增体系含Mg2+0.2 mmol/L,dNTPs 0.15 mmol/L,模板1.0μL,Taq DNA聚合酶2 U,E-00 50 ng,A-00 50 ng;3)25μL选择性扩增体系含Mg2+0.1 mmol/L,dNTPs 0.15 mmol/L,模板2.0μL,Taq DNA酶1.5 U、E+340 ng,A+3 40 ng.该体系稳定性高、重复性好,适用于果蝇基因组DNA甲基化多态性研究.     

均匀设计优化建兰ISSR-PCR体系

采用均匀设计,对影响建兰ISSR-PCR体系的引物、Mg^2＋、dNTP和Taq DNA聚合酶浓度等进行4因素5水平和4因素3水平两轮优化,建立了适合于建兰ISSR-PCR的反应体系：在20μL反应体系中,舍引物0．25μmol／L、Mg^2＋ 2．5mmol／L,dNTP0．2mmol／L、Taq DNA聚合酶1.5U和模板DNA40ng．在此基础上对扩增程序中的循环次数和退火温度,以及ISSR引物进行筛选．筛选获得的扩增程序为：94℃预变性5min;接着进行32个循环：94℃变性35S,52～56℃退火45S,72℃延伸90s;循环结束后,72℃延伸10min．同时筛选得到14个扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物．     

菊花SRAP-PCR反应体系的优化与确立

采用L16(45)正交实验设计,对SRAP-PCR反应体系中Mg2+ 、 dNTPs和引物浓度以及Taq DNA聚合酶和模板DNA用量等5个因素进行了优化,并确立了适合菊花[Dendranthema×grandiflorum (Ramat.) Kitamura]SRAP-PCR的反应体系.菊花的SRAP-PCR最佳反应体系为:反应体系总体积20 μL,含3.125 mmol·L-1 Mg2+ 、187.5 μmol·L-1 dNTPs、10.0 μmol·L-1引物、50 ng模板DNA、0.5 U Taq DNA 聚合酶及1×PCR buffer.各因素对菊花基因组DNA SRAP-PCR扩增结果的影响程度不同,其中dNTPs浓度影响最大,Taq DNA聚合酶用量的影响最小.运用菊花品种'奥运含笑'和'雨花落英'及二者的F1杂交后代单株的基因组DNA对优化的SRAP-PCR反应体系进行验证,均获得了多态性丰富、条带清晰的扩增图谱,表明所确立的菊花SRAP-PCR反应体系稳定可靠.     

广西野生桃金娘SRAP体系优化及建立北大核心CSCD

利用均匀设计方法优化了桃金娘SRAP反应体系。得出最佳反应体系,其总反应体积为25μL,包括2.5μL10×PCR buffer,1.0U Taq DNA聚合酶,20 ng模板DNA,0.2 mmol.L-1 dNTPs,0.3μmol.L-1引物,2.5 mmol.L-1Mg2+。采用优化的扩增体系,以Me1-Em11引物组合对8个参试种质进行SRAP扩增,扩增出的条带清晰、多态性好。所确立的体系稳定可靠,适于进行桃金娘的SRAP遗传分析。     

黄鳝ISSR-PCR反应体系的建立及条件优化

以黄鳝基因组DNA为模板,采用正交试验设计方法,对各反应因子、引物退火温度和循环参数进行优化.建立了黄鳝的最适ISSR-PCR反应体系,25 μl反应体系中含2.5 mmol/ L Mg2+,250 μmol/ L dNTPs,0.25 μmol/ L 引物,1.0 U Taq DNA聚合酶,30 ng DNA模板.最佳反应程序:94℃预变性5 min;94℃变性40 s,48～57℃复性40 s(随引物而确定),72℃延伸1.5 min,循环次数40;72℃延伸10 min.利用所建立的ISSR反应体系,获得了清晰、重复性好、多态性高的DNA谱带.     

银杏ISSR-PCR扩增反应体系的建立与优化

目的:为了对银杏进行分子鉴定和遗传关系的分析,建立银杏ISSR-PCR的最佳扩增反应体系。方法:采用正交设计和单因素梯度实验,对影响ISSR-PCR反应体系的5个主要因素(Mg2+、dNTP、引物、模板DNA及Taq DNA聚合酶)进行筛选及优化。结果:银杏25μL ISSR最佳扩增反应体系包含10×Taq反应缓冲液、2.5 mmol/L MgCl2、0.45 mmol/L dNTP、1.2μmol/L引物(UBC861)、10 ng模板DNA及0.9 U Taq DNA聚合酶,使用此ISSR扩增反应体系,获得了10株不同性别银杏DNA的清晰条带,验证了该体系的稳定性。结论:优化的反应体系为采用ISSR分子标记技术对银杏进行遗传多样性分析、遗传育种和转基因等研究奠定了一定的理论基础。     

曼地亚红豆杉RAPD反应体系与程序的优化

以曼地亚红豆杉为研究对象,采用L16(45)正交组合实验和单因素梯度实验对MgCl2、dNTP、随机引物、Taq酶、模板DNA浓度和退火温度、循环次数等影响RAPD扩增的重要因素进行优化,以期建立最优的RAPD反应体系与程序。实验结果表明,各因素最适条件为:25μLPCR反应体系中10×Buffer2.5μL,MgCl21.5mmol/L,dNTP0.2mmol/L,随机引物0.6μmol/L,Taq酶1.0U,模板DNA80ng;退火温度为37℃,循环次数为45次。     

怀地黄SRAP扩增体系的建立与引物的筛选

为建立适合怀地黄SRAP-PCR分子标记技术体系,通过单因子实验分别研究了DNA模板浓度、TaqDNA聚合酶浓度、Mg2+浓度、引物浓度以及dNTP浓度对怀地黄SRAP扩增反应的影响,确立了适合怀地黄SRAP最佳反应体系为:在25μL的反应体系中,模板DNA量20ng/25μL、2.5mmol/LMg2+、0.32μmol/L的上下游引物、0.30μmol/L的dNTP以及2.5UTaq酶,并利用确定的体系从88个引物组合中筛选出12对适合怀地黄SRAP-PCR反应的引物。     

番茄叶霉病菌ISSR-PCR体系的建立

以番茄叶霉病菌(Passalora fulva)基因组DNA为模板,采用单因素试验和正交设计试验对该菌ISSR-PCR体系中的一些重要参数(Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA、TaqDNA聚合酶、缓冲液、循环次数)和引物进行筛选和优化,并对退火温度进行了梯度优化,建立了番茄叶霉病菌ISSR-PCR的最佳反应体系(20μL):Mg2+1.5 mmol/L,dNTPs 0.4 mmol/L,引物1.5μmol/L,模板DNA45 ng,TaqDNA聚合酶1.0 U,1倍的PCR缓冲液,循环40次,退火温度50℃。     

Optimization of PCR conditions to amplify Cyt b, COI and 12S rRNA gene fragments of Malayan gaur (Bos gaurus hubbacki) mtDNA

PCR has been extensively used for amplification of DNA sequences. We conducted a study to obtain the best amplification conditions for cytochrome b (Cyt b), cytochrome c oxidase I (COI) and 12S rRNA (12S) gene fragments of Malayan gaur mtDNA. DNA from seven Malayan gaur samples were extracted for PCR amplification. Various trials and combinations were tested to determine the best conditions of PCR mixture and profile to obtain the best PCR products for sequencing purposes. Four selected target factors for enhancing PCR, annealing temperature, concentration of primer pairs, amount of Taq polymerase, and PCR cycle duration, were optimized by keeping the amount of DNA template (50 ng/μL) and concentration of PCR buffer (1X), MgCl(2) (2.5 mM) and dNTP mixture (200 μM each) constant. All genes were successfully amplified, giving the correct fragment lengths, as assigned for both forward and reverse primers. The optimal conditions were determined to be: 0.1 μM primers for Cyt b and COI, 0.3 μM primers for 12S, 1 U Taq polymerase for all genes, 30 s of both denaturation and annealing cycles for Cyt b, 1 min of both stages for 12S and COI and annealing temperature of 58.4 ° C for Cyt b, 56.1 ° C for 12S and 51.3 ° C for COI. PCR products obtained under these conditions produced excellent DNA sequences.     

朝鲜碱茅ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为进一步开展朝鲜碱茅种质资源遗传多样性的研究,以野生朝鲜碱茅(Puccinellia chinampoensis)为材料,通过单因子试验对ISSR-PCR反应进行优化。确立最佳的PCR反应体系:在20μL反应体系中,含有模板DNA 40 ng,dNTPs 0.2 mmol/L,引物0.8μmol/L,TaqDNA聚合酶1 U,MgCl22.5 mmol/L和10×PCR Buffer(Mg2+free)2μL。此外,还筛选到10条扩增稳定、条带丰富的候选引物,并确定了各自的最佳退火温度。     

山东鹅观草SSR-PCR反应体系的优化和验证

山东鹅观草是一重要的小麦野生近缘种质资源,具有对黄矮病的高抗性和易于小麦杂交的高亲和性等优良性状.以CTAB法提取山东鹅观草叶片DNA为模板,进行反应PCR体系优化.选用20 μL的PCR 反应,对Mg2+浓度、dNTP浓度、引物、DNA模板和Taq酶5个因素设计5个水平进行体系优化和验证试验.先以1个SSR标记(Xgwm43-7B )对5个因素进行筛选.为了验证所选最优体系的稳定性,再选用9个SSR标记(Xgwm18-1B、Xgwm32-3A、Xgwm6-4B、Xgwm60-7A、Xgwm67-5B、Xgwm77-3B、Xgwm88-6B、Xgwm95-2A和Xgwm99-1A)进行验证性试验.单因素试验结果表明PCR反应最佳体系为:20 μL 反应体系,2μL的 10×PCR Buffer,2.875mmol/L 的Mg2+,200μmol/L 的dNTP,3 pmol的引物,45 ng的模板DNA,1.5 U的 Taq 聚合酶,双蒸水以补足20 μL反应体系.验证性试验结果表明该反应体系有一定通用性,但扩增效果及PCR产量有差异.     

观赏桃ISSR-PCR反应体系的优化

采用改良CTAB法从观赏桃满天红叶片中提取基因组DNA,通过单因素实验探讨了模板DNA、Mg~(2+)、dNTPs和Taq DNA酶等条件对观赏桃ISSR-PCR扩增结果的影响,建立了ISSR-PCR扩增的最佳体系:2.5μl反应体系中包含10×Buffer 2.5μl,模板DNA 40ng,Mg~(2+)浓度2.5mmol/L,引物浓度04 μmol/L,dNTPs浓度0.4mmol/L,Taq DNA酶0.5U.利用所建立的体系对红叶桃、菊花桃和春艳等13份材料进行检验,其结果表明优化后的体系适合观赏桃的ISSR-PCR反应.     

海南龙血树RAPD-PCR反应体系的优化

采用单因子试验和正交试验设计,对影响海南龙血树RAPD-PCR反应的模板DNA量、Mg2+、dNTP和引物浓度,Taq聚合酶用量等因子进行研究,分析各因子对RAPD-PCR扩增结果的影响,确立了海南龙血树RAPD-PCR反应的最佳条件,即在25 μL反应体系中,包含10×buffer 2.5 μL,2.0 mmol/L...     

罗汉果SRAP反应体系的建立与优化

建立适合罗汉果的SRAP-PCR扩增体系,为罗汉果的遗传图谱构建及基因定位奠定基础。实验对罗汉果SRAP-PCR反应体系的影响因素(引物,dNTP,Taq酶,Mg~(2+),模板DNA)在多个水平上进行优化试验,筛选出各反应因素的最佳水平,建立了罗汉果SRAP-PCR反应的最佳体系(10μL):引物0.6μmol/L、dNTP0.25 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5U、Mg~(2+)2.0 mmol/L和模板DNA 30 ng。该体系的建立能很好的满足罗汉果基因组DNA的扩增要求,SRAP标记应用于罗汉果遗传研究是可行的。