12周高强度间歇性训练对人体肠道菌群的影响

摘 要:[背景]肠道菌群和运动均与人体健康息息相关,但高强度间歇性训练对人体肠道菌群干预效果的认识还十分有限。[目的]探讨高强度间歇性训练对人体肠道菌群的影响,为全民体质健康及肠道菌群相关疾病的防治提供参考。[方法]招募68名志愿者进行每周3次、为期12周的高强度间歇性训练,运动前后分别获取新鲜粪便,利用16S rRNA基因高通量测序技术分析肠道菌群结构。[结果] 12周高强度间歇性训练后,肠道菌群Shannon指数显著提高(P≤0.001);主坐标分析显示,运动前后肠道菌群结构存在显著差异;运动后属水平上Faecalibacterium、Unclassified-f-Enterobacteriaceae、Lactobacillus、Unclassified-f-Pasteurellaceae、Acinetobacter和目水平上Enterobacteriales、Pseudomonadales及科水平上 Enterobacteriaceae、Lactobacillaceae、Moraxellaceae 丰度显著降低;运动后属水平上Ruminococcaceae-UCG-014、 Eubacterium-ruminantium-group、Lachnospiraceae-UCG-010、Tyzzerella-3、Unclassified-o-Bacteroidales和科水平上 Unclassified-o-Bacteroidales丰度显著提高。[结论]12周高强度间歇性训练可以有效地调节肠道菌群结构,但对男女生的调节效果有所差异。训练后肠道菌群丰度显著增加,有益菌群显著增多。     

赫哲族和汉族健康人群肠道细菌群落分析

目的 对汉族和赫哲族健康人群肠道菌群进行研究,探讨遗传背景和饮食习惯对肠道菌群多样性以及组成的影响.方法 以佳木斯市区20例健康汉族人群、佳木斯街津口赫哲族聚居地的20例健康赫哲族志愿者及20例健康汉族人群粪便样本为研究对象,应用基于16S rDNA V3-V4可变区的高通量测序技术测定肠道菌群多样性以及核心菌群的组成...     

粪便留取量对粪便中细菌结构和功能的影响CSCD

目的探究不同粪便留取量对肠道菌群构成研究结果的影响,为肠道菌群构成研究中粪便样本的采集方式提供参考。方法本研究分别对全便和部分粪便进行预处理,并使用PacBio SMRT测序技术对10名志愿者的20份粪便样本进行了16S rRNA全长测序,通过多元统计学等手段对粪便中细菌的构成、多样性和功能进行比较分析。结果Eubacterium rectale、Eubacterium ventriosum和Allisonella histaminiformans等低丰度物种的相对丰度在不同粪便留取量中有一定差异,其在全便中的相对丰度均显著高于部分粪便(P<0.05)。但Wilcoxon配对检验发现粪便留取量对肠道菌群结构、多样性和功能的影响均无显著性差异(P>0.05)。不同个体间肠道菌群结构存在明显差异,且粪便留取量的影响远小于个体差异。结论全便和部分粪便两种粪便留取量对检测微生物的组成、多样性和功能无显著影响,因此取部分粪便即可满足对肠道菌群研究的要求。     

CVTree在454高通量测序分析菌群结构中的应用

目的探究将基于短串频度的CVTree方法用于反映菌群结构的16S rRNA基因的454高通量测序数据分析的可行性,为快速分析高通量菌群结构数据提供新的方法。方法对一个四世同堂的中国家庭7名成员肠道菌群和不同基因型及饮食类型的小鼠肠道菌群用454高通量方法获得16S rRNA基因的V3区的测序数据,用CVTree的方法进行菌群结构的比较分析。结果通过选取合适的短串长度,CVTree的方法能准确检测到各样本间的聚类关系,其结果与之前文献报道的基于Unifrac算法的结果相一致。结论CVTree能快速、有效地处理16S rRNA基因的454高通量测序数据,实现对不同菌群结构相似性的比较分析。     

不同健康状况百岁老人肠道菌群的差异性

目的 探索广西不同健康状况百岁老人肠道菌群的特征。方法 采用1∶1病例对照研究方法,在广西长寿地区按年龄收集不同健康状况的21对百岁老人粪便和血样标本,同时收集个体一般信息和食物摄入信息;使用标准量表测量身体机能和认知功能（MMSE）,测定血生化指标,采用16S rRNA的V4–V5区序列进行高通量测序分析肠道菌群的差异。结果 非健康组百岁老人较健康组百岁老人肠道菌群丰度和多样性显著降低（t=3.987、 4.000、 3.703,均P<0.001）;健康组百岁老人肠道菌群中蓝藻菌门（Cyanobacteria）、黏胶球形菌门（Lentisphaerae）丰度显著高于非健康组,拟杆菌门（Bacteroidetes）丰度显著低于非健康组;健康组百岁老人肠道菌群中别样杆菌属（Alistipes）、瘤胃球菌属（Ruminococcus）、气味细菌属（Odoribacter）、厌氧菌属（Anaerotruncus）、丁酸单胞菌属（Butyricimonas）丰度显著高于非健康组;非健康组百岁老人肠道菌群中拟杆菌纲（Bacteroidia）、拟杆菌目（Bacteroidales）、拟杆菌种...     

高原训练中运动员腹泻发生状况及肠道菌群的变化

目的:通过实地调研考察高原训练中运动员腹泻发生率,并采集运动员粪便样品,研究高原训练过程中运动员肠道菌群变化。方法:赴多巴国家高原训练基地调研在训运动员胃肠道反应,统计腹泻发生率及发生的时间特点。分别在运动员进驻高原前和高原训练过程中采集粪便样品,进行粪便常规检测、提取全基因组DNA,质检合格样品采用高通量测序的手段进行微生物多样性分析。结果:1)高原训练期间运动员腹泻发生率为46.7%,所有腹泻案例持续时间均10天,其中74.1%持续时间5天。2)腹泻案例发生主要集中在两个时间段,分别是进入高原后的第1-3天(占总腹泻案例数的35.7%)及进入高原后的第7-10天(占总腹泻案例数的46.4%),至进入高原后的第12天不再有新增腹泻案例出现。3)运动员进驻高原前后微生物多样性无显著差异。4)相较与平原时,运动员肠道菌群拟杆菌门先上升后恢复,厚壁菌门先下降后恢复。结论:1)高原训练中运动员多发腹泻,腹泻案例呈现出两个爆发高峰。2)运动员进驻高原后肠道菌群结构发生改变,表现为拟杆菌门占比上升、厚壁菌门占比下降。随着微生物多样性分析技术的普及,针对性补充有益菌保障运动员平稳度过高原习服期,有助于降低高原训练期间腹泻发生率。     

基于性别二分类的青海天峻藏民肠道菌群差异分析

目的对青海省天峻县的藏族牧民健康志愿者肠道菌群进行研究,探讨青海藏民肠道菌群结构及性别对肠道菌群组成的影响。方法以28例藏族牧民志愿者的粪便样品作为研究对象,应用基于16SrDNA V3+V4可变区的高通量测序技术测定肠道菌群组成及核心菌群;通过db-RDA和菌群多样性分析,探索性别因素对肠道菌群结构的影响。结果在门水平上,厚壁菌门和拟杆菌门是青海藏族志愿者的优势菌群。在属水平上,优势菌属是普氏菌属、Lachnospiracea_incertae_sedis、Faecalibacterium和拟杆菌属;特有优势菌属是Lachnospiracea_incertae_sedis。db-RDA结果显示性别因素对肠道微生物群结构有一定分离趋势,多样性结果进一步证实性别差异显著影响菌群结构。男性和女性存在12种差异菌群,包括普氏菌属、Acidaminobacter属等。结论性别差异对青海藏民肠道菌群影响显著。     

莆田黑猪肠道菌群的动态变化及其对平均日增重的影响

目的 本研究旨在揭示莆田黑猪肠道菌群在不同生长阶段的动态变化情况并探究其对平均日增重的影响。方法 本研究采集了60头莆田黑猪60日龄和240日龄时的粪便样品,利用16S rRNA基因测序分析了肠道菌群组成随时间的变化。随后,通过关联分析鉴别了与平均日增重显著相关的微生物类群和功能途径。结果 16S rRNA基因测序结果表明,莆田黑猪肠道菌群α-多样性随着日龄增大而显著升高。相反,β-多样性则显著降低。随日龄增加,肠道菌群中厚壁菌门的相对丰度显著降低,圣诞岛盐菌门的相对丰度显著升高(P<0.01)。此外,普雷沃菌NK3B31、螺旋菌属、罗氏菌属、乳酸杆菌属和普雷沃菌UCG-003在60日龄组肠道菌群中显著富集,密螺旋体属2则在240日龄组肠道菌群中具有更高的丰度。关联分析结果显示,8个OTUs和19条功能途径与平均日增重显著相关,与平均日增重相关的细菌可能通过参与复杂性多糖降解、短链脂肪酸代谢、免疫功能调控和炎症反应等过程影响莆田黑猪的生长。结论 本研究发现莆田黑猪肠道菌群在不同生长阶段会发生明显改变,肠道菌群的变化对平均日增重具有重要影响。     

家养及大型养殖场鸡肠道微生物菌群及四环素耐药菌多样性的比较研究

本研究分析比较了农家家养鸡与大型养殖场鸡肠道菌群组成及抗四环素抗性基因在肠道菌群中的分布情况。通过454焦磷酸法对细菌16S rRNA V3区进行测序来分析肠道菌群的组成;用平板琼脂法筛选四环素耐药菌株,对其16S rRNA基因全长测序,并与RDP (Ribosomal Database Project)数据库比对进行菌种鉴定;聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)检测常见四环素耐药基因。家养鸡粪便中菌群香农多样性指数为5.321±0.590,养殖场鸡为4.398±0.440,前者显著大于后者(Mann-Whitney U test,P＝0.008)。从家养鸡和养殖场鸡粪便中随机分离到69株和65株四环素耐药菌株,后者四环素耐药菌的种类多于前者。家养鸡较养殖场鸡的肠道菌群更具多样性,而抗生素抗性基因在养殖场鸡的肠道菌群中分布更广泛。结果表明,不同饲养方式对鸡的肠道菌群有影响,对抗生素抗性基因的分布也有一定影响。     

高通量测序分析DNA提取引起的对虾肠道菌群结构偏差

【目的】通过高通量测序技术,评价不同DNA试剂盒提取引起的对虾肠道菌群结构偏差,了解健康凡纳滨对虾肠道菌群结构特征。【方法】分别以细菌、粪便和组织DNA试剂盒3次重复提取凡纳滨对虾肠道总DNA(分别编号为SIB,SIS和SIT),检测DNA含量、纯度及其16S r DNA V4区可扩增性,进一步采用Illumina Mi Seq高通量测序比较SIB和SIS样品菌群组成和多样性。【结果】细菌试剂盒提取的虾肠总DNA效果最好,粪便试剂盒次之,而组织试剂盒所提DNA含量低且难以被扩增。从SIB和SIS样品分别获得52151±5085和55296±5147条有效序列,同一(46800条)测序深度下,SIS样品OTU(operational taxonomic unit)数量和Shannon多样性指数均显著高于SIB的,而SIB样品间OTU重复性则优于SIS样品间的。从SIB和SIS样品鉴定的优势门一致,均包括变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、浮霉菌门(Planctomycetes)、放线菌门(Actinobacteria)和蓝细菌门(Cyanobacteria),但不同分类水平上绝大多数优势菌群丰度在两种样品间差异明显。【结论】高通量测序分析表明对虾肠道菌群结构因DNA提取方法不同而呈现显著偏差;本研究健康凡纳滨对虾肠道核心菌群主要由发光杆菌属(Photobacterium),乳球菌属(Lactococcus),弧菌属(Vibrio),Aliivibrio和3个分类未定属构成。     

甘肃省武威市胃癌患者肠道菌群分布

目的 通过比较甘肃省武威市胃癌患者和健康对照人群肠道菌群的分布,探讨胃癌患者肠道菌群的变化与胃癌发生发展的关系,并寻找可能作为该地区胃癌患者的潜在生物标志物.方法 收集24例胃癌患者和24例健康对照人群的粪便样本,提取DNA,采用16S rRNA基因高通量测序进行肠道菌群分析.结果 分析2组研究对象肠道菌群的Alpha...     

高通量 16S rRNA 标签测序法比较人与不同动物肠道微生物组多样性

收集人、大猪、小猪、大鼠、小鼠以及鸡五个不同个体的粪便样品 , 每个个体取两个平行样 , 提取总 DNA;PCR 扩增 , 获得 16S rRNA V6 标签片段 ; Illumina 测序 ; 经 BIPES 以及 QIIME 分析并比较菌群结构及多样性。研究结果发现 , 不同物种之间肠道菌群差异较大。五类物种肠道菌群均以厚壁菌门、拟杆菌门、以及变形菌门为主 , 但鸡的厚壁菌门显著减少 , 而变形菌门显著增加。从α多样性角度来看 , 猪肠道菌群种属丰富度及 Shannon 指数均显著高于人及鸡肠道菌群。从β多样性角度 , 尽管不同人之间的肠道菌群相似度较低 , 但不同物种之间相比较 , 小猪与大鼠肠道菌群与人相似性高于小鼠和鸡肠道菌群。与人类相比 , 小猪的肠道微生物组最相近 , 而鸡的肠道菌群相似度最低。     

家养及大型养殖场鸡肠道微生物菌群及四环素耐药菌多样性的比较研究（英文）

本研究分析比较了农家家养鸡与大型养殖场鸡肠道菌群组成及抗四环素抗性基因在肠道菌群中的分布情况。通过454焦磷酸法对细菌16SrRNA V3区进行测序来分析肠道菌群的组成;用平板琼脂法筛选四环素耐药菌株,对其16SrRNA基因全长测序,并与RDP(Ribosomal Database Project)数据库比对进行菌种鉴定;聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)检测常见四环素耐药基因。家养鸡粪便中菌群香农多样性指数为5.321±0.590,养殖场鸡为4.398±0.440,前者显著大于后者(Mann-Whitney U test,P=0.008)。从家养鸡和养殖场鸡粪便中随机分离到69株和65株四环素耐药菌株,后者四环素耐药菌的种类多于前者。家养鸡较养殖场鸡的肠道菌群更具多样性,而抗生素抗性基因在养殖场鸡的肠道菌群中分布更广泛。结果表明,不同饲养方式对鸡的肠道菌群有影响,对抗生素抗性基因的分布也有一定影响。     

六名襄阳地区青年志愿者肠道菌群多样性的研究

目的对襄阳地区青年人肠道菌群多样性进行研究。方法选取湖北襄阳地区6名健康青年人的粪便样品作为研究对象,采用MiSeq高通量测序技术以16SrRNA为靶点,对其肠道菌群构成进行研究。结果 6名青年人肠道中发现了13个优势核心属,其相对含量累计为70.72%,发现10个相对含量大于1.0%的分类操作单元,累计相对含量为28.43%。结论 6名襄阳青年志愿者肠道微生物共有大量的核心菌群。     

基于高通量测序技术分析糖尿病与肠道菌群相关性的研究进展

肠道菌群与糖尿病的发生发展密切相关,随着高通量测序技术的发展,越来越多的研究表明,糖尿病状态下,宿主肠道菌群的群落结构发生了变化。综述了国际上利用高通量技术研究的糖尿病状态下肠道菌群的差异的最新进展,同时从食物、药物、益生元和粪便菌群移植等方面阐述肠道菌群对糖尿病的调节机制,旨在为预防和治疗糖尿病提供新的思路。     

高通量测序分析一只临床死亡阿拉伯狒狒的胃肠道菌群

目的 运用高通量测序分析一只临床死亡的阿拉伯狒狒胃肠道菌群的组成及多样性,结合其临床症状和检测结果进一步分析该动物的死亡原因,为野生动物的饲养管理和物种健康提供基础资料。方法 以2017年12月20日成都动物园一只死亡的幼龄雌性阿拉伯狒狒为研究对象,收集其胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠和结肠的内容物及粪便,利用高通量测序技术对细菌16S rRNA基因的V4区进行测序,分析细菌菌群的组成和多样性差异。结果 十二指肠的菌群有效序列数较高,而盲肠和粪便菌群的alpha多样性较高;胃肠道菌群丰度不同,但都主要来自变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门,而大肠具有较多的梭杆菌门;海尔曼螺杆菌和大肠埃希菌分别在胃和小肠富集,嗜肺巴氏杆菌和具核梭杆菌在结肠富集,并且结肠具有较多来自变形菌门的特有细菌;菌群的功能预测提示胃和小肠具有腹泻和胃肠炎风险,结肠具有菌群失调风险。结论 阿拉伯狒狒的胃肠道细菌菌群的高通量测序分析和临床诊断及器官组织病理检测结果表明该动物患有的间质性肺炎与小肠富集的大肠埃希菌关系密切,其直接死亡可能与嗜肺巴氏杆菌有关,这些症状进一步导致其结肠菌群失调而加剧了死亡,提示饲养管理中应加强对动物...     

IgA肾病与膜性肾病患者肠道微生物菌群结构分析

【背景】越来越多的证据表明肠道失衡与免疫介导的疾病相关,但肠道菌群和免疫介导的肾脏疾病之间的关系仍不清楚。【目的】通过Illumina高通量测序方法对IgA肾病(immunoglobulin A nephropathy, IgAN)、膜性肾病(membranous nephropathy, MN)患者和健康人群的肠道菌群进行比较。【方法】回顾性选择2020年9月–2021年12月期间,在甘肃省人民医院肾内科行肾穿刺活检并诊断为IgAN及MN患者的新鲜粪便标本,分别编号为IgAN组和MN组,收集体检中心健康人群粪便标本作为健康对照组,每组样本为10例。采用高通量测序技术对粪便样本中所有细菌的16S rRNA基因V3-V4区进行DNA测序,然后进行分类操作单元(operational taxonomic units, OTU)、物种分类、α多样性、β多样性等分析,比较3组之间的肠道菌群差异。【结果】与健康对照组相比,门水平上IgAN组的变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)比例明显增高,分别为18%vs. 4%和18.3%vs. 5%;属水平上I...     

小鼠肠道菌群的多样性不因大肠埃希菌O157:H7感染而降低

目的探讨大肠埃希菌O157∶H7感染对小鼠肠道菌群的影响。方法采用大肠埃希菌O157∶H7菌悬液,灌胃制备感染小鼠。随后测定小鼠的生长情况和死亡率;收集肠道菌群,DGGE检测小鼠个体间肠道菌群的变化,高通量测序检测组间感染小鼠肠道菌群的变化。结果大肠埃希菌O157∶H7感染小鼠与正常对照组小鼠相比,小鼠体重、死亡率差异无统计学意义。DGGE结果显示,在不同小鼠个体之间,它们的肠道细菌的种类和数量存在明显差异。高通量测序结果显示,大肠埃希菌O157∶H7感染小鼠肠道菌群的多样性高于对照组,但优势菌的丰度有显著变化。结论大肠埃希菌O157∶H7感染,尽管极大改变了小鼠肠道优势菌群的比例,但没有降低其多样性。另外,小鼠个体间肠道菌群多样性的差异在微生态研究中不容忽视。     

基于不同通用引物比较分析肠道微生物群落变化

肠道微生物对于人体健康的重要作用已经得到广泛证实,目前,对肠道微生物的研究大多采用基于扩增细菌16S rRNA基因V3-V4区的高通量测序分析,对古菌的关注较少。本研究选择了一对可以同时扩增细菌和古菌16S rRNA基因的引物,通过比较人为干扰肠道微生物前后的群落变化,说明这对引物适宜分析人类肠道细菌和古菌群落变化并具有一定优越性。采集志愿者粪便样品,同时用仅能扩增细菌引物 (B引物) 和细菌古菌通用引物 (AB引物) 进行扩增和高通量测序;使用几个常用的rRNA数据库判断引物对细菌的覆盖度和对古菌的扩增能力。结果表明,AB引物在可以展示B引物扩增出的细菌群落的基础上,可以得到肠道中常见的产甲烷古菌的序列,同时也展示出人为干扰肠道微生物前后的群落结构变化。AB引物可以仅通过一次扩增和测序同时分析肠道中的细菌和古菌群落,更加全面展示肠道微生物群落结构,适用于肠道微生物相关研究。     

四川王朗国家级自然保护区岩羊肠道菌群组成分析

为了揭示四川王朗国家级自然保护区野生岩羊Pseudois nayaur肠道菌群的组成和影响因素,于2023年4—5月收集了保护区内5个分布点的野生种群和成都动物园圈养种群共53份新鲜粪便样品。通过16S V3～V4区通用引物的PCR产物高通量测序,得到7 202 473条序列。序列分析显示,厚壁菌门Firmicutes(65%)和拟杆菌门Bacteroidota(14%)是主要菌群;α多样性分析显示,外侧坡和大草坪的观察物种指数差异不显著（P>0.05）,但均显著低于金草坡和铁板房（P<0.01）;β多样性分析显示,圈养种群富集WCHB1＿41、Mailhella属和赖氨酸芽孢杆菌属Lysinibacillus;外侧坡和大草坪的肠道菌群最相似,马熊沟的变化最大;LEFSe分析结果显示,16个属可用于区分不同地点的野生岩羊。研究结果为保护区不同分布地点岩羊保护策略的制定提供了基础资料和理论指导。