人尿道(阴茎)鳞癌上皮细胞(HUS-98)cDNA文库的构建及鉴定

为了进一步分离人尿道(阴茎)鳞癌组织特异性表达基因和鳞癌特异性相关基因,采用SMART技术,构建了人尿道 (阴茎)鳞癌上皮细胞cDNA文库,从人尿道(阴茎)鳞癌上皮细胞中分离总RNA并纯化mRNA,利用经修饰的oligo(dT)引物 合成cDNA第一链,利用SMART核苷酸作为cDNA第一链在mRNA5′端延伸出去的模板,采用LD-PCR合成双链cDNA,双链 cDNA经酶切和过柱分级分离后,克隆入λTriplEx2载体后经体外包装而成cDNA文库。结果表明原始人尿道(阴茎)鳞癌上 皮cDNA文库获得1.57×107个重组子,重组率达到98%。文库扩增后,滴度达到4.0×109pfu/ml,插入cDNA平均长度为2.5kb。 构建的人尿道(阴茎)鳞癌上皮cDNA文库具有良好的质量,该cDNA文库为进一步筛选鳞癌抑癌基因及鳞癌特异性表达基因 奠定了基础。     

鼻咽癌组织cDNA文库的构建及抗原基因的筛选

构建人鼻咽癌组织cDNA文库,以SEREX方法从cDNA文库中筛选鼻咽癌抗原基因。采用确诊鼻咽癌患者新鲜活检癌组织构建cDNA文库,测定原始文库滴度,进行蓝白筛选以确定文库的重组率。以建库组织来源患者的自身血清,采用“一对一” 的血清学方法筛选所构建的cDNA文库,阳性克隆经PCR检测鉴定后进行序列分析。经测定原始文库滴度为7.28×10⁶pfu/mL,含3.64×10⁶个重组子,重组率为94%,扩增文库滴度为3.8×10⁹pfu/mL,cDNA插入片段大小在0.5～3.0kb之间。文库经三轮血清学筛选共获得23个阳性克隆,分别代表了16个独立的cDNA插入片段（抗原基因）。其中10个与已知基因高度同源,另外6个基因与GenBank中已知基因的部分同源,其中有3个是新基因。利用SMART技术构建了高质量的人鼻咽癌组织cDNA表达文库,有利于以cDNA文库为基础的进一步的实验研究。应用SEREX技术初步筛选鼻咽癌组织cDNA文库,共得到16个鼻咽癌相关抗原基因,其中有3个是新基因,可能为鼻咽癌的免疫学研究提供新的研究分子。     

柔嫩艾美耳球虫孢子化卵囊cDNA文库的构建

用建立表达性文库的方法 ,构建了Eimeriatenella孢子化卵囊噬菌体ZAP表达性cDNA文库。首先用TRIzol试剂盒从E .tenella孢子化卵囊中提取总RNA ,再用Oligo(dT)₁₂纤维素柱从总RNA中分离mRNA ,以mRNA为模板 ,Oligo(dT)₁₈Linker Primer为引物 ,反转录合成cDNA第一链 ,再在DNA聚合酶Ⅰ作用下置换合成第二链cDNA。cDNA第二链合成后用PfuDNA聚合酶补平XhoⅠ位点 ,再与EcoRⅠAdapters连接 ,经XhoⅠ酶切后 ,凝胶电泳回收 500bp～4.0kp之间的cDNA片段 ,纯化后的双链cDNA与载体ZAPExpressvector连接。体外包装后得到E .tenella孢子化卵囊的cDNA表达性文库 ,经测定该文库的容量为 6×10⁶ ,扩增后文库的滴度为 1×10¹¹ Pfu mL ,经PCR测定 ,该文库的重组率为 96%。     

鼻咽癌上皮细胞株HNE1差异表达基因的分离与鉴定

为了分离鼻咽癌差异表达基因 ,应用抑制性扣除杂交技术 ,在正向抑制性扣除杂交中 ,以鼻咽癌上皮细胞株HNE1cDNA作为检测子 ,以人胚鼻咽上皮细胞cDNA作为驱赶子 ;在反向抑制性扣除杂交中 ,以人胚鼻咽上皮细胞cDNA作为检测子 ,以鼻咽癌上皮细胞株HNE1cDNA作为驱赶子 ,分别通过抑制性扣除杂交 ,构建了鼻咽癌上皮细胞株HNE1表达下调和表达上调的两个扣除cDNA文库 .从鼻咽癌相关的扣除cDNA文库中随机挑取 1 2 0 0个克隆 ,采用菌落PCR扩增其插入cDNA片段 ,自动点膜制备成cDNA微阵列膜 ,分别用鼻咽癌上皮细胞株HNE1、人胚鼻咽上皮mRNA经逆转录标记cDNA探针 ,分别与cDNA微阵列膜杂交 ,通过杂交信号的自动扫描分析 ,对杂交信号存在 5倍差异的克隆进行测序 ,获得了 1 0个鼻咽癌差异表达基因的cDNA片段 ,其中 3个为新基因序列 ,其GenBank登录号为 :AF5 1 0 1 88、AF5 1 0 1 89和AF5 1 0 1 90 ,7个代表已知基因序列 .采用RT PCR证实S1 0 0A8,CK1 9和RBP1基因在人胚鼻咽上皮中高表达而在鼻咽癌细胞株HNE1中低表达 .这些结果显示上述基因可能是鼻咽癌发生的重要因素     

毛冠鹿大脑组织全长cDNA文库构建

运用SMART技术构建了毛冠鹿(Elaphodus cephalophus)大脑组织全长cDNA文库。提取大脑组织总RNA,Oligotex mRNA Kit纯化、获得poly(A) RNA,以CDSⅢ/3′PCR引物进行逆转录,LD-PCR扩增获得全长双链cDNA,经SfiⅠ酶切及柱层析分离后,500 bp以上的片段与载体λTripIEx2连接,体外包装得到cDNA文库。经鉴定原始文库滴度为5.1×105pfu/ml,扩增后文库滴度为1.5×109pfu/ml,重组率达到85%以上,插入片断平均长度约为1.0 kb,说明构建文库质量符合要求,可用于大脑特异表达基因的筛选。从该文库中克隆到了rig基因全长,包含5′和3′非编码区,从第43至477个核苷酸为一完整阅读框(ORF),此阅读框可编码一个145氨基酸的rig蛋白。     

大鼠脑cDNA文库的构建

采用简单高效的cDNA合成技术制备Wistar大鼠脑cDNA基因文库,以纯化的poly( A)⁺－RNA为模板,含Not I切点的oligo－（dT）15为引物,在反转录酶的作用下,合成第一股单链cDNA;用E.coli RNase H除去模板RNA,并以E.coli DNA聚合酶Ｉ,E.coli DNA连接酶和T4 DNA聚合酶催化合成cDNA第二条链,即成为双链cDNA;此双股cDNA除0．5μg用于插入pSPORT I载体,转入E.coli DH5a,建成cDNA文库外,其余保存在－20℃,以此cDNA为模板,应用PCR方法,先后克隆了谷氨酸脱羧酶（GAD,1800bp）、神经元特异性烯醇化酶（NSE,1340bp）,甲状腺激素受体（T3－receptor,1230bp）、胆囊收缩素（CCK,345bp）的全编码基因．     

牛生长激素cDNA的分子克隆

我们克隆了与牛生长激素Poly(A)⁺RNA互补的DNA(cDNA)。首先从小牛垂体中提纯总的Pply(A)⁺RNA,用AMV逆转录酶合成单链cDNA,以单链cDNA为模板合成双链cDNA,用多聚G及多聚c谱尾法将双链cDNA克隆到pBR322质粒的Pst I位点上,构建成牛垂体PoIy(A)⁺RNA的cDNA文库。以牛生长激素基因为探针,筛选出7个阳性菌落,经电泳鉴定有两个菌落(1号和2号)含有大于500bp的插入片段。1号克隆经酶切图谱、southeTn blot 杂交及序列分析证实含有牛生长激素的编码序列。     

人食管癌cDNA酵母杂交文库的构建与鉴定及其应用

以往在研究由促癌物12-o-十四烷酰佛波醇-13-乙酯（12-o-tetradecanoylphorbol-13 -acetate,TPA）诱导的人永生化食管上皮细胞恶性变中基因的差异表达情况时,曾获得中性粒细胞明胶酶相关lipocalin（neutrophil gelatinase-associated lipocalin,NGAL）等新的食管癌癌变相关基因.为深入研究这些癌变相关基因在食管癌中以蛋白质-蛋白质或蛋白质-DNA相互作用为基础的功能网络调控关系,建立了一个食管癌cDNA酵母杂交文库.采用Trizol试剂从一种新的人食管癌细胞（SHEEC,由人永生化食管上皮细胞转化而来）中提取细胞总RNA,采用Oligotex mRNA Kit从细胞总RNA中制备PolyA⁺ mRNA,采用SuperScript^TM Choice System For cDNA Synthesis Kit合成cDNA,以PolyA⁺ mRNA为探针,化学发光法监测cDNA合成的质量,以pGADT₇为载体构建了SHEEC细胞的cDNA酵母杂交文库.文库的滴度为1.19×10⁹ cfu/ml,重组片段大小主要集中在0.5～6.0 kb,重组率为50％.在此基础上,应用酵母单杂交技术手段对该文库中的NF-κB元件结合因子进行了筛选,在SD/-his/-leu/［＋15 mmol/L 3-AT］缺陷培养基平板上共获得了约360个单克隆.按照平板上酵母单克隆直径的大小,选择直径大于2 mm者91个,提取质粒进行酶切鉴定和一对一酵母单杂交验证实验,结果获得了30个阳性重组子,并随机取其中的9个阳性重组子进行测序和GenBank/BLAST同源分析,发现某些基因编码的蛋白质产物在关键氨基酸残基位点上与p65和p50的NF-κB元件结合域公共序列具有高度一致性.这些实验结果表明,所构建的人食管癌cDNA酵母杂交文库是成功的.     

野生大豆种子cDNA文库的构建与分析

为了分离与鉴定野生大豆优良基因,以双高型优质野生大豆的近成熟种子为材料,采用裂解法提取了总RNA;以Oligo（dT）为引物,经SA—PMPS法分离出mRNA,反转录酶催化合成cDNA,并以cDNA第一链为模板在DNA聚合酶Ⅰ的作用下合成cDNA第二链,双链cDNA经加接头等步骤,成功构建了野生大豆cDNA文库。文库的重组率约为93．7％,PCR检测重组克隆的插入片段平均大于1000bp,测序片断大于500bp,表明构建的近成熟种子cDNA文库质量较高,为进一步进行EST测序和全长克隆打下了基础。     

鼻咽癌组织的显微切割及其 RNA 线性扩增

从微小体积鼻咽癌活检标本中获取纯净癌细胞一直是鼻咽癌分子生物学研究中的难题 . 为了寻找一种能从鼻咽癌活检组织中获得高纯度、高质量 RNA 来完成 cDNA 微阵列 (cDNA Microarray) 实验的简便实用方法,采用 RNAlater 技术保存鼻咽癌活检组织,显微切割技术来获得高纯度鼻咽癌细胞,利用 RNA 线性扩增技术得到 cDNA 微阵列实验所需 RNA. 结果表明：利用 RNAlater 技术可以很好地保持组织 RNA 的稳定,通过优化显微切割和 RNA 线性扩增的条件获得了 cDNA 微阵列实验所需的高纯度、高质量 RNA.     

人胚鼻咽组织基因表达谱

以水囊引产５、６、７、８个月人胚胎鼻咽组织总ＲＮＡ逆转录标记ｃＤＮＡ探针,与代表５８８个基因的Ａｔｌａｓ＾ＴＭｃＤＮＡ阵列进行杂交,观察了这些基因在不同发育时期内的表达差异。结果发现与细胞分裂增殖及细胞生长相关的基因明显高表达,不同胎龄存在多个表达水平不同的基因及同一基因在不同时期表达水平也不一样,如早期生长反应蛋白１（ｅａｒｌｙ ｇｒｏｗｔｈ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｐｒｏｔｅｉｎ１）基因ＥＧＲＰ１在     

鼻咽癌转移相关基因的比较基因组杂交和cDNA微阵列研究

为筛选在鼻咽癌转移中起重要作用的基因 ,应用比较基因组杂交 (CGH)和cDNA微阵列方法研究成瘤和转移能力不同的鼻咽癌细胞株 6 10B和 5 8F .CGH结果显示 ,2种细胞株在 5p、7q、8p、9q、11p、12q和 17p的一定区域存在差异性扩增 ,在 2q存在差异性缺失 ;cDNA微阵列显示 ,相对于非转移性 6 10B细胞株 ,高转移性 5 8F细胞表现一些基因表达的上调及下调 ,CGH和cDNA微阵列的结合是筛选转移相关基因较好方法     

NGX6基因转染对鼻咽癌细胞基因表达谱的影响

鼻咽癌是我国南方的常见肿瘤 .NGX6是新近克隆的定位于 9p2 1 2 2 ,在鼻咽癌组织中表达下调的基因 .初步的研究结果显示 ,NGX6基因转染鼻咽癌细胞HNE1能够延缓其生长速度 ,使肿瘤细胞更多地停留在G0 G1期 .为探索NGX6基因在鼻咽癌发病机制中的作用 ,建立了高表达NGX6的鼻咽癌细胞系 .利用包含 14 0 0 0个基因的cDNA微阵列分析了NGX6基因转染对HNE1细胞基因表达谱的影响 ,发现NGX6基因的转染能够上调p2 9、APC7、NEU1、RNasek6、αE catenin和TFⅡEα等基因的表达 ;同时也下调properdinP因子、G0S2、BAZ2B、ZHX1,OS4和PBX3等基因的表达 .研究结果提示 ,NGX6基因对鼻咽癌细胞的生物学行为的影响可能与它对一些细胞周期调控因子和转录调控因子的影响相关 .作为一种高通量的分析技术 ,cDNA微阵列为新基因的功能研究提供了重要的线索     

一个鼻咽癌相关EST的鉴定及其全长cDNA序列分析

鼻咽癌是我国南方及东南亚地区常见的恶性肿瘤之一.通过对鼻咽癌染色体高频率杂合性丢失区域3p21的表达序列标签(expressedsequencetag,EST)进行同源性比较分析,运用逆转录聚合酶链式反应的方法,筛选到一个在41.18%(14/34)的鼻咽癌活检组织及20.0%(1/5)的鼻咽癌细胞系中表达下调的ESTBG772301;并用Northern杂交方法,检测了该EST在多种正常成人组织中的表达状况及其所代表基因的转录本大小.在此基础上,对该EST来源的cDNA克隆(IMAGE:4839190)进行直接测序,获得了一个全长为2377bp的新cDNA序列;经生物信息学分析,发现它与已知基因序列无明显同源性,属于一个新基因,定位于染色体3p21.3,被命名为鼻咽癌表达下调基因(NPCEDRG,GenBank登录号:AF538150).其编码的蛋白质含169个氨基酸,与一个已报道的在进化上相对保守、功能未知的人类蛋白Nicolin1(简称NICN1)N端170个氨基酸残基的序列同源性为97%,但缺少NICN1蛋白C端43个氨基酸残基,可能是nicolin1基因不同剪接本的编码产物.     

NGX6 基因对高转移鼻咽癌细胞株 5-8F 细胞的影响

NGX6 是一个新克隆的鼻咽癌候选抑瘤基因 . 为进一步研究其功能,在构建 NGX6 的真核表达载体 NGX6/pcDNA3.1(+) 基础上,通过脂质体转染方法将 NGX6 基因导入鼻咽癌细胞株 SUNE-1 的亚株 5-8F 细胞 ( 具高成瘤高转移潜能 ) 中,并用 RT-PCR 和 RNA 印迹鉴定,建立了稳定表达 NGX6 基因的 5-8F 细胞系 . 借助细胞生长曲线、软琼脂集落形成实验对转染细胞的生物学行为进行了检测,同时采用包含 1 176 个与肿瘤学相关的基因 cDNA 微阵列,分析了 NGX6 基因转染对 5-8F 细胞基因表达谱的影响 . 结果显示：转染了 NGX6 基因的 5-8F 细胞的生长速度明显减慢,在软琼脂中集落形成率较对照组显著下降 (P < 0.05) ,发现 NGX6 基因的转染能够上调 5-8F 细胞中 p19 、 catenin α 2 、 desmoglein 1 等基因的表达,同时下调 EphB4 、 TIE2 、 vitronectin 等基因的表达 . 综上所述, NGX6 基因可以抑制 5-8F 细胞的恶性生物学行为,并影响一些与细胞周期、细胞黏附和血管生成有关的基因的表达 . 上述结果为鼻咽癌转移分子机制的阐明提供了重要的线索 .     

应用cDNA微阵列技术研究EB病毒LMP1介导的鼻咽癌中转移相关基因的表达

探讨EB病毒基因组编码的癌蛋白LMP1对鼻咽癌细胞中转移相关基因表达的影响.采用蛋白质印迹法检测在强力霉素(Dox)诱导下,鼻咽癌细胞系pTet-on-LMP1 HNE2(L7细胞)中LMP1表达的时效和量效关系.应用cDNA微阵列技术建立诱导性LMP1介导鼻咽癌细胞中转移相关基因差异表达谱;运用RT-PCR验证cDNA微阵列筛选差异基因表达的可靠性.与LMP1不表达的L7细胞比较,LMP1高表达的L7细胞中7个基因的表达显著上调,12个基因的表达显著下调.随机选择其中4个基因进行RT-PCR,结果显示,这些基因表达阳性,且与微阵列中的变化趋势一致.LMP1可能通过激活和/或抑制一些转移相关基因的表达而参与鼻咽癌转移过程.