常见SPF级小鼠和大鼠肠道菌群多样性研究

目的研究常见SPF级小鼠和大鼠的肠道菌群多样性。方法分别采集广东地区三家实验动物生产单位的C57BL/6、ICR、BALB/c小鼠和Wistar、SD大鼠的盲肠内容物样品,用细菌16S rDNA通用引物扩增V4-V5区域,采用Illumina Miseq 2×300 bp测序平台进行测序,使用生物信息学方法进行微生物群落分析、Alpha多样性分析与Beta多样性分析。结果对序列去杂优化后OTU聚类分析,稀释性曲线说明本次测序的数据量合理;实验小鼠和大鼠肠道菌群共分成八个门,其中拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)占据主要地位,属水平上主要是拟杆菌属(Bacteroides)、Hungatella、副杆状菌属(Parabacteroides)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)等;样品间差异性分析显示相同设施来源动物的菌群组成相似性较高;Alpha分析结果显示来源于同种设施的动物物种丰富度相近;Beta分析显示相同设施动物的肠道菌群差异较小,但品系对肠道菌群差异性有所影响。结论不同来源设施的饲养环境是动物肠道菌群多样性的主要影响因素,不同品系对肠道菌群多样性有一定影响。     

乌梅对抗生素所致小鼠肠道菌群失调的改善作用

本研究旨在探讨药食同源中药乌梅对抗生素所致小鼠肠道菌群失调的改善作用,为乌梅的进一步开发利用提供科学依据.构建广谱抗生素诱导的小鼠肠道菌群紊乱模型,40只ICR小鼠随机分为空白对照、模型组、乌梅低、中、高剂量组,连续灌胃15天后,采集小鼠新鲜粪便样本.采用高通量测序技术对乌梅干预前后小鼠的肠道菌群进行16S rRNA基...     

强化玉米饮食对小鼠肠道菌群结构和功能的影响

【目的】采用高通量测序方法研究强化玉米饮食对小鼠肠道菌群结构的影响以及可提高宿主糖代谢相关菌群功能基因的分析。【方法】分别给予两组小鼠(各10只)常规饮食和强化玉米饮食(1/4的玉米粉加3/4的常规饮食成分),喂养10周,之后采集小鼠粪便样本,提取DNA,使用高通量测序仪进行宏基因组测序分析,比较两组小鼠肠道菌群和功能基因的差异。【结果】两组小鼠的终末体重没有明显差异。各样本DNA的测序有效率足够,肠道菌群的多样性存在一定差异。属放线菌门(Actinobacteria)的双歧杆菌(Bifidobacteriales)-B.pseudolongum分支和Coriobacteriia-Collinsella/Enterorhabdus分支的丰度在强化玉米饮食组的小鼠中显著升高,相应的宏基因组中涉及糖酵解和胆汁酸合成的一些酶和功能单元的含量也在强化玉米饮食组显著升高。【结论】强化玉米饮食可以提高肠道菌群中双歧杆菌等益生菌的丰度,增加宏基因组糖脂代谢相关基因和通路的含量,从而可能促进宿主的糖代谢功能。     

小鼠、大鼠、豚鼠和沙鼠对禽流感病毒致病敏感性的比较初报

目的比较不同物种和品系的哺乳类实验动物对H5N1禽流感病毒(AIV)致病的敏感性。方法对不同动物经鼻腔接毒,然后通过体温、体重、临床症状、病理变化、病毒分离和抗体测定进行比较分析。结果在实验的4个不同物种共7个品系的哺乳动物中,小鼠对AIV较豚鼠、沙鼠和大鼠敏感。结论ICR和NIH小鼠适宜用来制作AIV感染的动物模型。     

食积大鼠肠道菌群结构与胃肠动力的关系

目的探讨高热量饮食对食积大鼠胃肠动力和肠道菌群的影响。方法 SPF级KM小鼠和SD大鼠各20只(雌雄各半),KM小鼠和SD大鼠均随机分为正常组和食积组(每组10只)。每天固定时间称量小鼠体质量,处死后进行胃排空、肠推进和D-木糖试验;大鼠胃窦和十二指肠进行病理学检查;大鼠盲肠菌群进行高通量测序。结果与正常小鼠相比,食积大鼠体质量增长缓慢,胃肠动力显著下降;高热量饮食并未造成大鼠病理性改变;但食积大鼠Observed-species、Chao1、Simpson和Shannon指数显著下降(均P0.05),PCoA和LEfSe分析结果显示食积大鼠肠道菌群结构发生显著变化;食积组布劳特菌属、脱硫弧菌属、真杆菌属、红蝽菌属和梭菌属相对丰度显著降低(均P0.05),Akkermansia和醋弧菌属相对丰度显著上升(均P0.05)。结论高热量饮食诱导食积大鼠胃肠动力下降和肠道菌群失衡,为胃肠动力和肠道菌群关系研究提供参考。     

大鼠冠状病毒和仙台病毒的双重PCR检测方法的建立与应用

目的建立快速检测实验大鼠冠状病毒和仙台病毒的双重PCR方法。方法根据大鼠冠状病毒N基因、仙台病毒L基因设计特异性引物;经过双重PCR优化,特异性和敏感性的检测,建立双重PCR体系。应用该PCR体系检测人工感染仙台病毒组织DNA样本和实验动物组织样本,并与ELISA方法比对。结果双重PCR扩增出大鼠冠状病毒(168 bp)和仙台病毒(262 bp)目的条带,PCR扩增产物测序结果利用核酸BLAST功能进行同源序列对比,仙台病毒和大鼠冠状病毒同源性分别为100%和99%。仙台病毒和大鼠冠状病毒的检测下限为1.56×10~2 copies/μL。特异性检测对小鼠肝炎病毒扩增,产生片段大小近似大鼠冠状病毒产物。应用建立的双重PCR体系检测人工感染仙台病毒组织DNA样本,30份DNA标本均被检出;检测94份实验动物肺组织样本,结果均阴性。结论建立的双重PCR方法操作简单、快速、特异性强、灵敏度高,能够实现对实验动物仙台病毒和大鼠冠状病毒病原体的快速检测。     

基于高通量测序技术研究色胺酮对溃疡性结肠炎小鼠肠道菌群的影响

目的研究色胺酮对葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导溃疡性结肠炎(UC)模型小鼠肠道菌群的影响。方法用3%DSS自由饮用7 d诱导昆明种小鼠UC模型,灌胃125 mg/kg柳氮磺胺吡啶作为阳性对照,色胺酮组以78 mg/kg水溶液灌胃给药,观察小鼠给药前后的体征,进行疾病活动指数(DAI)评分,观察结肠组织形态变化;ELISA法检测小鼠血清中IL-6、IL-8、IL-10、IL-1β和TNF-α水平变化;每组收集5个粪便样本,利用Illumina MiSeq测序平台采用细菌的16S rRNA进行V4-V5区高通量测序,对测序结果进行生物信息学分析。结果色胺酮和阳性药干预后,DAI评分表明小鼠体征有所改善,HE染色显示UC小鼠结肠组织损伤有一定程度修复,炎性细胞减少;ELISA检测显示小鼠血清中促炎性细胞因子IL-6、IL-8、IL-1β和TNF-α水平下调,抑炎性细胞因子IL-10水平上升;测序后菌群物种注释及生物多样性分析显示色胺酮干预后UC小鼠失调的厚壁菌门/拟杆菌门比例得到一定程度恢复,菌群多样性有一定程度回调,菌群结构向正常状态恢复;肠道菌群LEfSe组间差异显著性分析结果表明4个菌属Erysipelotrichaceae_UCG_003、Sellimonas、Rikenellaceae_RC9_gut_group和Tyzzerella丰度可能与色胺酮对UC治疗作用相关。结论色胺酮治疗UC小鼠后,小鼠体征、结肠组织病理结构、细胞因子水平及肠道菌群变化等结果均表明色胺酮对UC小鼠肠道微生态具有调节作用,为色胺酮抗UC作用机制研究提供了新思路。     

不同预处理对小鼠粪样菌群高通量测序分析结果的影响

应用高通量测序技术比较不同预处理对小鼠粪样菌群结构的影响,以期为后续相关研究提供参考依据。采集昆明小鼠新鲜粪样,分为原始粪样组、生理盐水处理组和PBS处理组,提取粪样DNA,采用Illumina MiSeq平台进行测序对3组样本的16S rRNA V3~V4区基因文库进行生物信息学分析。结果显示,3组样本拥有共同的OTUs 188个,不同预处理对粪样微生物多样性和丰度产生影响,生理盐水处理组、PBS处理组和原始粪样组分别检出14、11、12个门,3组样本共有门11个;分别检出24、21、21个纲,3组样本共有纲20个;分别检出62、55、59个科,3组样本共有科26个;分别检出147、126、137个属,3组样本共有属117个。总体来看,生理盐水处理组微生物多样性和丰度相对最高,原始粪样组次之,PBS处理组最低。粪样经生理盐水处理后,能在一定程度上提高肠道菌群检测的准确性。     

应用PCR-DGGE技术分析BKS-2型糖尿病模型小鼠盲肠内容物微生物菌群结构

通过对BKS-DB 2型糖尿病小鼠盲肠内容物微生物群落结构的分析,探讨基因突变模型鼠肠道微生物群落与糖尿病发生的相关性。提取BKS-DB 2型糖尿病小鼠与同窝对照小鼠盲肠内容物细菌总DNA,PCR扩增16S rRNA基因V3区,DGGE方法检测扩增产物,并挑选特异条带测序,对图谱作UPGAMA聚类分析,运用SPSS软件分析多样性。结果显示,UPGAMA聚类分析表明,对照组样本之间相似度0.66-0.91,糖尿病组样本之间相似度0.61-0.88,两组之间最高相似度为0.51。特异性条带测序后经比对与Parabacteroides菌属亲缘关系最近。SPSS统计分析糖尿病组和健康对照组小鼠的DGGE条带数、多样性指数(H’)、丰富度(R)和优势度(D)的差异性显著,具有统计学意义(P<0.05)。糖尿病组小鼠与对照组小鼠的盲肠内容物微生物群落多样性存在差异,糖尿病对肠道微生物的多样性有影响。     

通过染色体外同源重组建立乳腺中表达外源基因的转基因小鼠

为研究染色体外重组方法在创建转基因动物中的应用,选取牛asl酪蛋白基因的5′及3′侧翼区和氯霉素乙酰化酶编码区,构建了两个具有3 kb相互重叠的融合基因.将这两个DNA片段末端脱磷酸后,以摩尔比1:1的比例混合,通过显微注射导入小鼠受精原核,最后获得了11个品系的转基因小鼠.对其中10个品系的小鼠的整合分析表明,所注射的两个DNA片段均发生了染色体外同源重组,而且除了 1个品系的小鼠丢失了大约1kb的序列外,其余品系小鼠的重组产物与预想的结构符合.在当代和后代的转基因小鼠乳汁中均可测到氯霉素乙酰化酶的活性.这表明融合基因在转基因小鼠乳腺中得到表达和分泌,也说明显微共注射两个相互重叠的基因片段是建立转基因动物的一个可行途径.     

口服幽门螺杆菌疫苗候选株对小鼠肠道菌群的影响

目的:考察口服幽门螺杆菌疫苗候选株SH02对小鼠肠道菌群的影响。方法:采用PCR扩增的方法检测疫苗用载体菌侵袭性相关基因缺失状况,用豚鼠角结膜侵袭试验进一步确证其是否具有上皮细胞侵袭能力;用小鼠口服灌胃的方式检测SH02在小鼠体内的组织分布,在肠道的存留时间与活菌数;取小鼠灌胃前(0 d)和灌胃后(2、8 d)的粪便样本,提取基因组DNA,用细菌16S r RNA基因高通量测序的方式,分析评价口服幽门螺杆菌疫苗候选株SH02对小鼠肠道正常菌群的影响。结果:载体菌FWL01侵袭性相关基因缺失,不具有对上皮细胞的侵袭能力;SH02经口服灌胃小鼠后不能侵入机体组织内部,仅在小鼠肠道可以检测到疫苗株活菌,灌胃后24、48 h肠道粪便中活菌数分别为1.19×10~5和2.42×10~3CFU/g,72和96 h在小鼠肠道粪便中没有检测到SH02活菌存在;细菌16S r RNA基因高通量测序与分析结果表明,口服幽门螺杆菌疫苗候选株SH02对小鼠肠道菌群不会产生明显的影响。结论:口服幽门螺杆菌疫苗候选株SH02对小鼠肠道正常菌群没有明显影响。     

嗜肺巴氏杆菌在实验大鼠和小鼠中的传染性研究

目的观察不同来源的嗜肺巴氏杆菌在实验大鼠和小鼠中的传染性.方法取源于野鼠、实验大鼠和小鼠的嗜肺巴氏杆菌3株,对30只受试大鼠和小鼠进行交叉人工感染,并于感染后不同时期取咽拭子分离培养,对感染前后菌株,应用RAPD-PCR、SDS-PAGE和Western blot进行基因型、蛋白和抗原成份比较,以及生物学特性的比较.结果受试实验动物对3株嗜肺巴氏杆菌均易感,被接种的动物能稳定携带嗜肺巴氏杆菌直到试验结束,重新分离的嗜肺巴氏杆菌在生物学特性、蛋白成份、抗原性和基因型方面无明显改变.结论同一株嗜肺巴氏杆菌能在实验大鼠和小鼠中相互传染.     

2型糖尿病小鼠食道菌群的结构分析

人体内庞大的微生物群体对人体有着巨大的影响.越来越多的数据表明,肠道菌群与肥胖症、糖尿病等代谢性疾病的发生密切相关.食道菌群结构对研究胃肠道及整个消化 系统菌群结构至关重要.针对10只2型糖尿病模型小鼠及10只正常对照小鼠食道样本,进行变性梯度凝胶电泳（DGGE）和克隆测序分析食道菌群结构.结果发现,实验组小鼠与对照组小鼠食道菌群多样性指数与丰富度指数存在显著差异,均匀度指数无显著差 异.说明正常小鼠较2型糖尿病小鼠食道菌群种类及数量较大,优势菌种类及相对含量相似.测序结果显示,正常小鼠食道内含乳杆菌属细菌,而患病小鼠食道内不含乳杆菌属细菌或含量极低.提示乳杆菌属细菌与2型糖尿病密切相关,实验结果对研究糖尿病发病机理及并发症治疗有重要意义.     

动物肠道菌群的研究进展

肠道微生物是由存在于肠道部位的细菌、古菌、真菌、原生动物以及病毒所组成的群体。人们通过对细菌16SrRNA序列进行测序与分析,对动物及其在特定条件下的肠道菌群进行了相关方面的研究并取得了很大的进展。此外,由微生态原理发展而成的益生菌、益生元和合生元等微生态制剂,可维持机体肠道微生物的平衡、提高肠道屏障功能、增强机体免疫力。因此越来越多的微生态制剂应用于畜牧业、水产业中。论文综述了小鼠、犬、猪这三种动物的肠道菌群及其应用的研究进展,旨在为进一步深入了解动物肠道菌群的结构、功能以及促进微生态制剂的应用提供参考。     

链脲佐菌素诱导糖尿病大鼠模型肠道菌群变化

目的观察链脲佐菌素(streptozotocin,STZ)诱导糖尿病大鼠模型肠道菌群结构和丰度的变化。方法雄性SD大鼠25只,随机分为对照组(C)10只、模型组(M)15只。模型组腹腔注射3%的STZ,剂量30 mg/(kg·bw),连续5 d。成模后每月测量体重、血糖等指标。模型成立4周和12周时,分别在同一时间取各组大鼠的新鲜直肠粪便。在Illumina高通量测序平台上对粪便样本中细菌16S r DNA-V3区进行测序,对肠道菌群结构、丰度进行定量分析。结果模型组和对照组获得的优化序列数差异无显著性(P0.05)。模型组动物肠道菌群的相对丰度指数(Chao1)、多样性指数Shannon与对照组比较降低(P0.05),Simpson指数与对照组比较升高(P0.05)。在门水平,变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻菌门(Cyanobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)、TM7、放线菌门(Actinobacter)相对丰度降低(P0.05)。在属水平,造模4周,模型组乳杆菌属(Lactobacillus)相对丰度降低(P0.05);拟杆菌属(Bacteroides)相对丰度升高(P0.05)。造模12周,模型组乳杆菌属(Lactobacillus)、拟杆菌属(Bacteroides)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)相对丰度升高(P0.05);双歧杆菌属(Bifidobacterium)相对丰度降低(P0.05)。结论 STZ诱导的SD大鼠糖尿病动物肠道菌群的丰度和多样性降低,为糖尿病与肠道菌群关系研究提供参考。     

基于非靶向代谢组学和肠道菌群探究经典名方泻白散对过敏性哮喘大鼠的保护作用

目的 本研究拟从宿主-肠道菌群-代谢的角度探讨泻白散保护过敏性哮喘大鼠可能的微观机制。方法 将SPF级SD大鼠分为正常对照组(NC组)、过敏性哮喘模型组(M组)和泻白散组(Xiebaisan组)。通过卵清白蛋白(OVA)诱导建立大鼠过敏性哮喘模型;HE染色观察大鼠肺组织病理学变化;取结肠内容物进行16S rDNA高通量测序,观察肠道菌群结构与功能的变化;采用超高效液相色谱-四级杆飞行时间串联质谱法(UHPLC-Q-TOF/MS)分别进行血清样本和肺组织样本非靶向代谢组学检测。结果 HE染色显示：与NC组相比,Xiebaisan组可以在一定程度上改善哮喘大鼠肺部组织形态结构;16S rDNA高通量测序结果显示：M组肠道菌群多样性降低,与M组相比,Xiebaisan组肠道菌群多样性增加,肠道微生态得以改善;血清非靶向代谢组学检测结果显示：Xiebaisan组能够调节氨基酸代谢、mTOR等通路,且部分回调M组引起的差异代谢物表达;肺组织样本非靶向代谢组学检测结果显示,Xiebaisan组能够调节碳代谢、血管平滑肌收缩信号通路和cAMP等信号通路,且部分回调M组引起的差异代谢物表达。结论 泻白...     

双色荧光杂交芯片在近交系小鼠遗传监测中的应用

应用一种新的高通量SNP检测方法-双色荧光杂交芯片技术进行近交系小鼠遗传监测。应用双色荧光杂交芯片技术对4个品系近交系小鼠的多个基因组DNA 样本进行SNP分型,整合6个SNP位点的芯片杂交信息,对样本所属品系进行判断。研究结果表明SNP检测方法-双色荧光杂交芯片技术能够对选定的6个SNP位点进行高准确率分型;双色荧光杂交芯片技术是一种高通量SNP检测的良好工具,适合于对少量近交系品系来源的大样本量小鼠进行遗传污染监测和品系鉴定,并具有扩大应用的潜力。     

双色荧光杂交芯片在近交系小鼠遗传监测中的应用

应用一种新的高通量SNP检测方法-双色荧光杂交芯片技术进行近交系小鼠遗传监测。应用双色荧光杂交芯片技术对4个品系近交系小鼠的多个基因组DNA样本进行SNP分型,整合6个SNP位点的芯片杂交信息,对样本所属品系进行判断。研究结果表明SNP检测方法-双色荧光杂交芯片技术能够对选定的6个SNP位点进行高准确率分型;双色荧光杂交芯片技术是一种高通量SNP检测的良好工具,适合于对少量近交系品系来源的大样本量小鼠进行遗传污染监测和品系鉴定,并具有扩大应用的潜力。     

实验动物信息资源网站（2）

（一）国内实验动物信息资源网站 （3）国家遗传工程小鼠资源库 名称：国家遗传工程小鼠资源库 网址：http：／／www．nicemice．org 维护机构：南京大学模式动物研究所 简介：现有小鼠品系264种,在养小鼠达到3万余只。这些小鼠品系中包括糖尿病、肥胖症、白内障、肢体残疾、发育缺陷和心血管系统障碍等多种人类疾病的动物模型。项目组科学家还在研究中发现了一些致病基因。     

单管双向等位基因专一性扩增方法在近交系小鼠遗传检测中的应用

目的将新近建立的单管双向等位基因专一性扩增(single-tube bi-directional allele specific amplification,SB-ASA)方法用于分析近交系小鼠基因组中的单核苷酸多态性(SNP)。方法以5个近交系小鼠为研究对象,采用SB-ASA方法对其16个SNP位点进行检测,并通过双盲实验和测序验证该方法的可靠性;且考察了该方法中PCR反应各成分及扩增条件对结果的影响。结果16个SNP位点,SB-ASA都成功地对5个品系小鼠进行了分型,与测序结果完全一致;双盲实验结果显示通过3个SNP位点即可鉴别5个品系。结论SB-ASA方法可用于近交系小鼠SNP的遗传检测,可望作为一种新的分子生物学遗传检测方法推广应用。