EB病毒潜伏膜蛋白1调控细胞凋亡的cDNA阵列分析

为探讨EB病毒潜伏膜蛋白（LMP1）介导细胞凋亡和抑制细胞凋亡双重效应的机制,采用已建立的受四环素调控的LMP1表达的鼻咽癌系统（pTet-on-LMP1 HNE2),定量诱导pTet-on-LMP1 HNE2细胞LMP1动态表达,分别与含有细胞凋亡相关基因为主的Atlas apoptosis cDNA expression array膜杂交,分析LMP1介导 的表达差异基因。结果表明：①LMP1介导细胞凋亡和抑制细胞凋亡的基因的表达,同时上调或下调某些细胞凋亡相关基因的表达;②LMP1不仅介导细胞凋亡和抑制凋亡基因的表达,同时介导细胞分裂分化和增殖基因的表达,LMP1同时介导功能不同甚至功能相反的基因表达;③LMP1介导的基因表达与其表达持续时间和表达水平相关,不同表达水平和不同表达时间介导的基因表达谱不同。因此,LMP1具有介导细胞凋亡和抑制凋亡基因表达的双重生物学效应,同时介导细胞增殖、细胞周期、细胞凋亡等多种生物学效应基因的表达,从而参与细胞的癌变。     

鼻咽癌转移相关基因的比较基因组杂交和cDNA微阵列研究

为筛选在鼻咽癌转移中起重要作用的基因 ,应用比较基因组杂交 (CGH)和cDNA微阵列方法研究成瘤和转移能力不同的鼻咽癌细胞株 6 10B和 5 8F .CGH结果显示 ,2种细胞株在 5p、7q、8p、9q、11p、12q和 17p的一定区域存在差异性扩增 ,在 2q存在差异性缺失 ;cDNA微阵列显示 ,相对于非转移性 6 10B细胞株 ,高转移性 5 8F细胞表现一些基因表达的上调及下调 ,CGH和cDNA微阵列的结合是筛选转移相关基因较好方法     

NGX6 基因对高转移鼻咽癌细胞株 5-8F 细胞的影响

NGX6 是一个新克隆的鼻咽癌候选抑瘤基因 . 为进一步研究其功能,在构建 NGX6 的真核表达载体 NGX6/pcDNA3.1(+) 基础上,通过脂质体转染方法将 NGX6 基因导入鼻咽癌细胞株 SUNE-1 的亚株 5-8F 细胞 ( 具高成瘤高转移潜能 ) 中,并用 RT-PCR 和 RNA 印迹鉴定,建立了稳定表达 NGX6 基因的 5-8F 细胞系 . 借助细胞生长曲线、软琼脂集落形成实验对转染细胞的生物学行为进行了检测,同时采用包含 1 176 个与肿瘤学相关的基因 cDNA 微阵列,分析了 NGX6 基因转染对 5-8F 细胞基因表达谱的影响 . 结果显示：转染了 NGX6 基因的 5-8F 细胞的生长速度明显减慢,在软琼脂中集落形成率较对照组显著下降 (P < 0.05) ,发现 NGX6 基因的转染能够上调 5-8F 细胞中 p19 、 catenin α 2 、 desmoglein 1 等基因的表达,同时下调 EphB4 、 TIE2 、 vitronectin 等基因的表达 . 综上所述, NGX6 基因可以抑制 5-8F 细胞的恶性生物学行为,并影响一些与细胞周期、细胞黏附和血管生成有关的基因的表达 . 上述结果为鼻咽癌转移分子机制的阐明提供了重要的线索 .     

人鼻咽与鼻咽癌及肺癌基因表达谱差异的研究

研究鼻咽癌、肺癌与正常鼻咽组织基因表达谱差异及筛选鼻咽癌相关基因,采用α- ³²P逆转录标记组织总RNA,将cDNA探针与有5 184个基因或表达序列标签EST(expression sequence tag)的高密度cDNA微阵列GF200杂交,软件分析表达谱差异.结果发现三者均呈低表达为主的表达谱,密度值在200以上的基因及EST在鼻咽癌有110个,肺癌134个而鼻咽组织有158个;5个EST在鼻咽高表达但鼻咽癌低表达,3个EST在鼻咽癌高表达但正常鼻咽低表达.结果表明鼻咽癌与正常鼻咽及肺癌组织存在差异表达基因,可能还有新基因在鼻咽癌发生中起作用;采用高密度cDNA微阵列是一种筛选差异表达基因的快速有效方法.     

cDNA微阵列技术分析NAG7基因对鼻咽癌细胞基因表达谱的影响

运用cDNA微阵列技术分析NAG7基因重表达对HNE1细胞基因表达谱的影响.抽提HNE1细胞和pcDNA3.1(+)/NAG7/HNE1细胞总RNA,分离polyA mRNA,将mRNA逆转录为cDNA,并在逆转录过程中用³³P-dATP进行标记,与含有16 150个基因和表达序列标签(EST)的cDNA表达阵列膜杂交,获得基因表达图谱.Array Gauge软件分析NAG7基因的重表达所导致的鼻咽癌细胞HNE1基因表达谱改变,并用RNA印迹对微阵列杂交结果进行验证.结果分析表明,2倍以上的差异表达基因或EST 179个,其中表达上调的91个,表达下调的88个;已明确基因表达产物的上调基因29个,下调基因37个.在差异表达基因中,涉及基因转录调控、信号转导、细胞生长、细胞代谢和细胞凋亡等基因.RNA印迹证实生长阻滞特异蛋白1（gas 1）基因表达上调.特别值得关注的是, 先前的蛋白质组研究结果亦发现NAG7基因可导致生长阻滞特异蛋白1表达上调,说明gas 1基因在NAG7重表达的HNE1细胞中具有重要作用,这为深入研究NAG7基因的作用环节和机理提供了重要的线索.     

细胞凋亡和代谢基因在转移倾向结肠癌中的研究

目的:应用基因微阵列技术初步筛选与不同转移倾向结肠癌相关的细胞凋亡和代谢相关基因,研究转移相关基因功能.方法:取结肠癌肝转移和无转移结肠癌组织,采用人全基因组表达谱芯片获得两组织的基因表达谱,分析比较两者之间细胞凋亡和代谢基因的差异表达情况;利用基因数据库检索结肠癌相关基因,分析基因功能.结果:应用含有16450个克隆(其中3869个未知)的cDNA微阵列分析发现,细胞凋亡或肿瘤相关基因中,2倍以上(Ratio值小于0.5或大于2.0)差异基因共216个,上调基因85个,下调基因129个.表达差异5倍以上(Ratio值小于0.2或大于5.0)共32个,上调基因10个,下调基因22个.在细胞代谢相关基因中,2倍以上(Ratio值小于0.5或大于2.O)差异基因共205个,上调基因86个,下调基因119个.表达差异5倍以上(Ratio值小于0.2或大于5.0)共15个,上调基因10个,下调基因5个.利用基因数据库检索分析发现5个基因与结肠癌转移关系密切.结论:结肠癌的发生和转移是多基因参与的,本实验应用基因微阵列技术发现细胞凋亡和代谢相关基因中发现5个基因与结肠癌转移关系密切.     

NGX6基因转染对鼻咽癌细胞基因表达谱的影响

鼻咽癌是我国南方的常见肿瘤 .NGX6是新近克隆的定位于 9p2 1 2 2 ,在鼻咽癌组织中表达下调的基因 .初步的研究结果显示 ,NGX6基因转染鼻咽癌细胞HNE1能够延缓其生长速度 ,使肿瘤细胞更多地停留在G0 G1期 .为探索NGX6基因在鼻咽癌发病机制中的作用 ,建立了高表达NGX6的鼻咽癌细胞系 .利用包含 14 0 0 0个基因的cDNA微阵列分析了NGX6基因转染对HNE1细胞基因表达谱的影响 ,发现NGX6基因的转染能够上调p2 9、APC7、NEU1、RNasek6、αE catenin和TFⅡEα等基因的表达 ;同时也下调properdinP因子、G0S2、BAZ2B、ZHX1,OS4和PBX3等基因的表达 .研究结果提示 ,NGX6基因对鼻咽癌细胞的生物学行为的影响可能与它对一些细胞周期调控因子和转录调控因子的影响相关 .作为一种高通量的分析技术 ,cDNA微阵列为新基因的功能研究提供了重要的线索     

利用GenMAPP筛查鼻咽癌差异表达基因

利用GenMAPP软件对鼻咽癌和正常鼻咽上皮基因微阵列表达谱结果进行分析,筛查鼻咽癌差异表达基因. 结果显示：在17 000个基因中,与正常鼻咽上皮相比,在鼻咽癌中发生2倍以上差异表达的基因共有339个,其中有160个基因在鼻咽癌中表达上调,179个表达下调. 这些基因分别与细胞增殖、基因转录、凋亡、信号转导、DNA损伤修复、肿瘤分化和浸润转移及细胞周期调节等相关. 鼻咽癌的发生发展存在多基因表达调控的改变,对其差异表达基因的研究有助于阐明鼻咽癌发生发展机制.     

nm23-H1基因转染L9981肺癌细胞前后基因表达谱的变化

应用基因芯片检测L9981细胞转染nm23-H1基因前后细胞基因表达谱的改变.提取L9981细胞转染nm23-H1基因前后细胞的总RNA,纯化为mRNA后再转录为cDNA.cDNA经限制性内切酶Sau3AI消化后,cDNA片段分别用cy3和cy5标记,与定制的包含14000个基因芯片杂交.杂交结果经扫描和软件分析,nm23-H1基因转染L9981细胞后发现1156(8.26%,1156/14000)个基因表达上调,而642(4.59%,642/14000)个基因表达下调.涉及基因包括信号传导、癌基因与抑癌基因、转移相关基因、细胞周期与凋亡、细胞外基质与细胞骨架相关基因,以及细胞因子和转录因子等.nm23-H1基因是通过对转移相关基因的调节来发挥其抑制肺癌细胞株L9981侵袭和转移作用的.     

NOR1基因转染对肝癌细胞HepG2基因表达谱的影响

NOR1基因是一在正常组织中广泛表达且在肿瘤组织中表达下调的新基因.为进一步研究NOR1基因的功能和寻找其下游基因,利用脂质体技术将NOR1基因转染进HepG2细胞,采用cDNA微阵列技术分析其基因表达谱的改变.试验表明NOR1基因的转染能使Grb2,HBP17,TNFRSF11B等59个基因上调,同时也下调Bik,MAp2K6,ZFP95等103个基因.随后用实时荧光定量PCR对cDNA 微阵列结果中上述3个上调表达基因进行验证,结果表明,基因表达差异具有统计学意义(P<0.05),荧光定量PCR结果与微阵列结果相符.这些结果提示,NOR1基因对肝癌HepG2细胞的生物学行为的影响可能与它对细胞信号转导,细胞周期调控,转录、翻译调控相关基因的表达影响有关.     

一个与化学因素致鼻咽癌相关的硝基还原酶基因的克隆与鉴定(英文)

在运用cDNAmicroarray分析鼻咽癌细胞系CNE1与正常鼻咽上皮细胞差异表达基因的基础上 ,发现ESTW 95 442在细胞系CNE1中存在明显表达下调 .随后采用生物信息学的方法克隆出了该EST所代表的硝基还原酶基因NOR1(GenBank登录号为AF4 6 2 348) .Northern印迹分析表明 ,该基因在脑、心脏、肺等正常组织中均有 2个转录产物 (1.6kb ,1.2kb) .RT PCR分析显示 ,NOR1基因在鼻咽癌活检组织中也存在表达下调 .但酶活性测定实验表明 ,它在鼻咽癌细胞系CNE1中的活性比正常鼻咽上皮细胞高 .通过基因转染实验发现NOR1基因具有与细菌硝基还原酶NTR相似的功能 ,能够将单功能烷基化试剂 2 硝基苯氮丙啶类化合物CB195 4的第 4位硝基还原成亚硝基从而生成细胞毒性物质 .研究结果表明 ,NOR1基因可能通过它的亚硝化作用及高活性而参与化学性因素致鼻咽癌的过程     

Linkage between STAT regulation and Epstein-Barr virus gene expression in tumors

Epstein-Barr virus (EBV) latency gene expression in lymphoblastoid cell lines is regulated by EBNA2. However, the factors regulating viral expression in EBV-associated tumors that do not express EBNA2 are poorly understood. In EBV-associated tumors, EBNA1 and frequently LMP1 are synthesized. We found that an alternative latent membrane protein 1 (LMP1) promoter, L1-TR, located within the terminal repeats is active in both nasopharyngeal carcinoma and Hodgkin's disease tissues. Examination of the L1-TR and the standard ED-L1 LMP1 promoters in electrophoretic mobility shift assays revealed that both promoters contain functional STAT binding sites. Further, both LMP1 promoters responded in reporter assays to activation of JAK-STAT signaling. Cotransfection of JAK1 or v-Src or treatment of cells with the cytokine interleukin-6 upregulated expression from ED-L1 and L1-TR reporter plasmids. Cotransfection of a dominant negative STAT3 beta revealed that STAT3 is likely to be the biologically relevant STAT for EBNA1 Qp and LMP1 L1-TR promoter regulation. In contrast, LMP1 expression from ED-L1 was not abrogated by STAT3 beta, indicating that the two LMP1 promoters are regulated by different STAT family members. Taken together with the previous demonstration of JAK-STAT activation of Qp driven EBNA1 expression, this places two of the EBV genes most commonly expressed in tumors under the control of the same signal transduction pathway. Immunohistochemical analyses of nasopharyngeal carcinoma tumors revealed that STAT3, STAT5, and STAT1 are constitutively activated in these tumors while STAT3 is constitutively activated in the malignant cells of Hodgkin's disease. We hypothesize that chronic or aberrant STAT activation may be both a necessary and predisposing event for EBV-driven tumorigenesis in immunocompetent individuals.     

定位于染色体9p21-22的一个新基因UBAP1的克隆测序及在鼻咽癌中的表达分析

 在染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失 (lossofheterozygosity,LOH)高频区 ,应用EST介导的定位 侯选克隆策略 ,用RT PCR及Northern杂交检测了 2 2个表达序列标记 (expressedsequencetag ,EST)在鼻咽癌细胞株HNE1和原代培养的正常鼻咽上皮细胞中的表达差异 ,并对其中一个在鼻咽癌细胞株HNE1中表达下调的EST检测了在鼻咽癌活检组织中的表达 .用生物信息学方法获得其全长cDNA序列 ,GenBank登录号AF2 2 2 0 4 3.该基因cDNA全长 2 70 1bp ,其开放阅读框 (openreadingframe ,ORF)编码一个含 50 2个氨基酸、分子量为 55kD的碱性蛋白质 ,在蛋白羧基端含有 2个连续的重要UBA功能域 (ubiquitinassociateddomain) ,属于遍在蛋白相关蛋白家族的一个新成员 ,经国际人类基因命名委员会同意 ,将其命名为UBAP1 (ubiquitinassociatedprotein 1 ) .Northern表达分析显示UBAP1在所检测的人组织中广泛表达 ,但在人的心脏、骨骼肌及肝脏中的表达较强 .UBAP1基因在63 2 % ( 1 2 1 9)的鼻咽癌活检组织中表达下调 .UBAP1基因作为一个遍在蛋白相关蛋白家族的新成员 ,结合其在 9p的重要定位信息 ,有必要进一步研究其表达下调参与鼻咽癌发生发展的可能机制 .     

Egr-1, a new downstream molecule of Epstein-Barr virus latent membrane protein 1

To investigate the effect of Epstein-Barr virus (EBV) latent membrane protein 1 (LMP1) on human cancer cells, we sought to identify and analyze potential target genes that were differentially expressed in the presence and absence of LMP1. Our cDNA microarray analysis revealed that expression of early growth response gene-1 (Egr-1) was increased by LMP1 expression in MCF7 and Jurkat cells. An NFkappaB inhibitor (SN50) antagonized LMP1-induced enhancement of Egr-1 expression, indicating that LMP1 induced Egr-1 via NFkappaB. Furthermore, three lines of evidence indicated that Egr-1 was required for LMP1-induced cancer cell survival. First, Egr-1 expression enhanced the survival of doxorubicin-treated MCF7 cells. Second, inhibition of Egr-1 expression by siRNA (siEgr-1) effectively suppressed LMP-1-induced survival of MCF7 cells. Third, Egr-1 knockdown decreased LMP1-induced expression of Bfl-1. Similar relationships among EBV infection, Egr-1 and drug resistance were also observed in tissues of peripheral T-cell lymphoma-unspecified (PTCL-u) patients.     

Repression of DERL3 via DNA methylation by Epstein-Barr virus latent membrane protein 1 in nasopharyngeal carcinoma

Nasopharyngeal carcinoma (NPC) is Epstein-Barr virus (EBV)-associated invasive malignancy. Increasing evidence indicates that epigenetic abnormalities, including DNA methylation, play important roles in the development of NPC. In particular, the EBV principal oncogene, latent membrane protein 1 (LMP1), is considered a key factor in inducing aberrant DNA methylation of several tumour suppressor genes in NPC, although the mechanism remains unclear. Herein, we comprehensively analysed the methylome data of Infinium BeadArray from 51 NPC and 52 normal nasopharyngeal tissues to identify LMP1-inducible methylation genes. Using hierarchical clustering analysis, we classified NPC into the high-methylation, low-methylation, and normal-like subgroups. We defined high-methylation genes as those that were methylated in the high-methylation subgroup only and common methylation genes as those that were methylated in both high- and low-methylation subgroups. Subsequently, we identified 715 LMP1-inducible methylation genes by observing the methylome data of the nasopharyngeal epithelial cell line with or without LMP1 expression. Because high-methylation genes were enriched with LMP1-inducible methylation genes, we extracted 95 high-methylation genes that overlapped with the LMP1-inducible methylation genes. Among them, we identified DERL3 as the most significantly methylated gene affected by LMP1 expression. DERL3 knockdown in cell lines resulted in significantly increased cell proliferation, migration, and invasion. Lower DERL3 expression was more frequently detected in the advanced T-stage NPC than in early T-stage NPC. These results indicate that DERL3 repression by DNA methylation contributes to NPC tumour progression.