小熊猫种群遗传结构和地理分化

本文采用分子系统地理学的研究方法 ,对我国小熊猫 (Ailurusfulgens)地理分布格局的形成原因进行了探讨。我们从四个地理单元的 32号样品中成功地扩增出了 371bp的线粒体DNA控制区片段 ,在所有可比较的 35 7bp的序列中 ,发现 2 9个变异位点 ,其中转换和颠换分别为 2 1和 8,没有插入 /缺失。在四个地理单元中 ,共有 16种线粒体DNA单倍型 ,且在各地理单元中都具有较高的单倍型的多态性。进一步分析表明 ,各单倍型之间的遗传距离平均为 1 6 0 % ,76 5 9%的遗传差异发生在地理单元间 ,仅 2 3 4 1%发生在单元内。分子变异分析和系统重建结果也表明 ,各地理单元之间不存在共享的单倍型 ,YN (云南地理单元 )与XL (相岭地理单元 )和QL (邛崃地理单元 )之间存在着显著的遗传分化 ,FST分别为 0 336和 0 35 1(P <0 0 0 1) ,其余地理种群之间分化不明显 (P >0 0 5 ) ,单倍型缺乏比较明显的地理分布格局 ,各地理单元中的单倍型相互散布在不同的分布群中。经Fs检验 (Fs=- 10 12 1) ,并结合化石资料 ,我们认为由于受第四纪气候和环境变化的影响 ,小熊猫种群在进化过程中曾经历种群暴发而不断扩散 ,从而形成今天的分布格局。     

黄山短尾猴mtDNA控制区序列变异及种群的遗传多样性

短尾猴属灵长目(Primates)猴科(Cercopithecidae)猕猴属(Macaca),是我国特有的国家二级保护动物。为了更有效地保护其野生种群,本文研究了黄山短尾猴种群内的遗传多样性,并对黄山短尾猴与四川短尾猴种群间的遗传差异进行了分析。共测定了黄山短尾猴7个群体中的30个样本的mtDNA控制区5′端493bp的序列,只发现了7个变异位点,定义了3种单倍型,单倍型序列之间缺乏变异,种群中的核苷酸多样性很低(0.006);3种单倍型相应地将黄山种群分为了3个亚群,不同亚群之间呈现出一定的片断化分布,从分子水平上初步揭示了短尾猴黄山种群的遗传多样性。与四川短尾猴的相应序列比较,黄山短尾猴控制区序列存在很大差异,共有59个变异位点,而且存在大片段的碱基插入/缺失,有78%的遗传变异发生在两个种群之间,两个种群间的核苷酸歧异度已达8.21%。进一步分析表明,黄山短尾猴与四川短尾猴之间存在着极显著的遗传分化(FST=0.399,P<0.001),基于最大似然法和邻接法构建的系统发生树均将两者聚为不同的类群,支持将它们归入各自的管理单元。     

云杉矮槲寄生遗传多样性及其群体遗传结构分析

该研究采用CTAB法提取云杉矮槲寄生(Arceuthobium sichuanense)的基因组DNA,利用ITS1片段的序列信息对中国9个不同地理群体的62份云杉矮槲寄生样本的遗传多样性及群体遗传结构进行分析。结果表明:(1)62条ITS1序列共定义16个单倍型(H1~H16),表现出较低的遗传多样性水平(h=0.678 5,π=0.005 9),而群体间的遗传多样性水平则表现出较大差异(h=0~1.000 0,π=0~0.009 4);AMOVA分析显示云杉矮槲寄生群体内的遗传变异占到51.37%,群体间为48.63%。(2)Network单倍型网络分析表明,单倍型H1和H12较为古老,且所有群体对2种单倍型无共享现象;单倍型H1是广布单倍型,存在于青海和甘肃的6个群体中,单倍型H12仅在四川的2个群体中有分布。(3)基于最大似然法(ML)构建的群体聚类和中介邻接法构建的单倍型网络图均显示,四川的3个群体为独立类群,区别于青海、甘肃群体,且甘肃和青海的群体之间没有明显分化。该研究首次报道了云杉矮槲寄生遗传多样性和遗传结构,为进一步研究其进化及后续的病害防控提供了一定的参考。     

秦岭细鳞鲑群体遗传结构

秦岭细鳞鲑(Brachymystax lenok tsinlingensis)是秦岭地区特有鱼类,近年来由于环境恶化及人类活动的加剧,已对其造成严重影响,种群处于濒危状态,因此研究秦岭细鳞鲑的群体遗传结构、演化历史、分布动态等对其进行有效保护具有重要意义。本研究用线粒体D-loop区序列对秦岭地区6个群体(n=112)进行了遗传结构和群体演化分析。D-loop区扩增出的891bp序列在112个个体中,检测到42个变异位点,共26个单倍型;碱基序列总的单倍型多样度较高为0.883,核苷酸多样度为0.00799。AMOVA分析显示,60.05%的分子差异位于群体内,39.95%的分子差异位于群体间,Fst值统计检验表明,除那布大河群体与漳河群体和千河群体之间差异不显著之外,其余两两群体之间Fst值统计检验均为显著。系统树和单倍型网络图分析表明,6个地理群体的单倍型按照渭河上游和渭河中游两个河段形成两个大的类群,且5个群体共享一个单倍型H2,表明这些群体具有相同的演化历史,为同一个祖先群体演化而来。中性检验和歧点分布显示,秦岭细鳞鲑种群大小保持相对稳定,未经历明显的种群扩张。同时建议将渭河上游秦岭细鳞鲑群体作为一个整体进行重点保护。     

若尔盖湿地青海沙蜥红原亚种线粒体ND4-tRNAleu基因的序列变异和遗传多样性

研究了青海沙蜥红原亚种(Phrynocephalus vlangalii hongyuanensis)分布于四川若尔盖辖曼(XM)、红原(HY)和甘肃玛曲(MQ)这3个地理单元7个居群的ND4-tRNAleu基因的序列变异和遗传多样性。72个序列比对得到785bp的片断,含变异位点7个,定义了9种单倍型。结果显示7个居群总的核苷酸多样性较低(0.00231±0.00016),单倍型多样性较高(0.806±0.024);就单个居群而言,MQa、MQb、XMb的遗传多样性低,XMc相对较高。各居群间的Kimura双参数遗传距离小(0.001—0.005),最大遗传距离出现在MQa和XMa之间,XM单元各居群之间遗传距离最小。但分子变异分析(AMOVA)显示3个单元间出现了显著差异(P<0.01),遗传变异主要存在于地理单元间,占62.61%。除MQ单元形成一支,单倍型网络图没有显示出单倍型和地理位置的对应关系,XM各居群以及HY混杂在一起。XM单元单倍型的不配对分布(Mismatch distribution)为明显左移的单峰,同时Fu’sFstest得到负值(Fs=-2.21937),这都暗示XM单元可能经历了近期种群扩张,这是其单倍型多样性较高和核苷酸多样性较低的原因。MQ单元遗传多样性低而与其他单元显著分化,推测与黄河在若尔盖玛曲之间贯通有关。近期沼泽的形成对XMb的隔离时间短,使得其遗传多样性低但还不足以形成大的遗传差异。     

四川地区猕猴线粒体DNA 控制区遗传多样性及其种群遗传结构

猕猴是最理想的医学实验灵长类动物,并且是国家二级保护动物。四川地区的猕猴数量多、分布广,全面了解其遗传背景对于该地区猕猴资源的保护与合理利用具有重要的意义。本研究对来自四川8 个地理种群的231个不同猕猴个体的线粒体DNA 控制区部分序列进行了测定和群体分析,发现了110 个变异位点(22. 49% ),定义了56 种单倍型,其单倍型多样性(h)平均值为0. 686、核苷酸多样性(π)平均值为0. 01483,种群总体遗传多样性较高;进一步分析表明,8 个地理种群间存在着明显的遗传分化(F_st = 0. 70412,P < 0. 05),种群间基因交流较低(N_m < 1);系统发育树显示,四川猕猴8 个地理种群的单倍型基本上成簇分布在系统树上,与地理位置呈现一定的对应关系,说明四川猕猴具有明显的系统地理分布格局。地理隔离和人类活动可能是促使四川猕猴种群分化的主要因素。     

中国大鲵四种群的遗传结构和地理分化

为了确定栖息地的破碎化和片断化引起中国大鲵的地理分化和遗传结构变异,本文测定了来自广西、河南、陕西和湖南4个地理种群的28条大鲵的mtDNAD loop基因全序列。根据这4个地理种群的地理分布,分成珠江单元(广西种群)、黄河单元(河南种群)和长江单元(湖南和陕西种群)。通过ClustalX、MEGA2.0、DnaSP4.0、Arlequin1.1分析发现,全序列长度为771bp,其中64个多态性核苷酸变异位点,占全部碱基数的8.26%。转换和颠换分别为6和2个,插入/缺失11个。27个单倍型间的序列差异平均为1.32%。3个单元的单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数值都偏低,而且珠江单元的这两个指数值都低于长江和黄河两个单元。珠江单元和黄河、长江单元之间分化程度显著(P<0.001),而长江和黄河单元之间差异不显著(P>0.05)。地理单元内分化程度占99.31%,而单元间只有0.69%,表明遗传差异主要发生在单元内,而且各地理单元之间的基因流较频繁。构建的NJ树和MP树显示,27个单倍型呈现一种混杂的分布格局,并未分成代表3个地理单元的聚合群。     

滇杨种群遗传多样性与遗传结构

滇杨(Populus yunnanensis)是我国西南地区的特有树种, 具有速生、易无性繁殖、适应性强等优良特性, 是典型的南方型杨属树种。研究滇杨遗传多样性及种群结构对其种质资源的收集、保存和利用具有重要的意义。本研究从我国滇杨主要分布区云南和四川共采集了6个种群, 包括云南的昭通(ZT)、会泽(HZ)、嵩明(SM)、洱源(EY)、拉市海(LS)以及四川的美姑(MG), 共64个个体, 利用34对SSR分子标记和3对cpDNA叶绿体标记开展遗传多样性与遗传结构研究。SSR引物共检测到154个等位基因, 平均等位基因数为4.529, 观测杂合度(Ho)与期望杂合度(He)分别为0.552和0.472, 遗传分化系数(Fst)平均值为0.238, 多态性信息含量指数(PIC)平均值为0.421, 基因流(Nm)为0.806。滇杨的遗传结构分析(DAPC)与遗传距离的主坐标分析(PCoA)、UPGMA聚类分析均将6个种群划分为3个亚类: 第І亚类包括昭通种群、会泽种群和嵩明种群的4个个体, 第ІІ亚类包括嵩明种群的6个个体以及洱源种群和拉市海种群, 第III亚类为美姑种群; 嵩明种群包含第І和第ІІ两个亚类的混合遗传成分。3个cpDNA联合序列中共检测到35个变异位点, 分为13个单倍型, 其中单倍型H5在种群中分布最为广泛, 其余的单倍型均为种群特有的单倍型。分子方差分析(AMOVA)表明种群内的遗传变异大于种群间变异。研究表明滇杨不同种群的遗传分化具有地域性, 可选择就地保护; 昭通种群遗传多样性最高, 且包含7种叶绿体单倍型, 单倍型类型最多, 应优先保护。     

用mtDNA序列探讨羚牛亚种分类(偶蹄目:牛科)

羚牛4个亚种在我国均有分布,且四川亚种和秦岭亚种是我国的特产动物,但对于分布于甘肃南部羚牛种群的亚种归属则有着不同的观点。本文就羚牛3个亚种的分类地位从线粒体DNA细胞色素b和D－Loop序列水平上进行探讨,分析结果基本支持形态学上的亚种划分,但甘肃南部羚牛种群在两个DNA片段上均与羚牛四川亚种存在着一定的差异,而与秦岭亚种则完全一致。结合羚牛地理分布特点,认为将分布于甘肃南部的羚牛种群划分为羚牛秦岭亚种可能更合适。     

四川裂腹鱼乌江种群mtDNA控制区序列的遗传多样性分析

采用PCR扩增和直接测序法分析了四川裂腹鱼乌江种群32个个体mtDNA控制区的序列差异和遗传多样性.在该种群mtDNA控制区长度为464 bp的同源序列中,共计有9个变异位点,占总位点数的1.94%.32个个体共定义了9种单倍型,单倍型间平均遗传距离(P)为0.0060,单倍型多样度(Hd)为0.768.核苷酸多样性(π)为0.00324,平均核苷酸差异数(K)为1.500.用单倍型间遗传距离构建的NJ分子系统树聚为两个分支.结果提示四川裂腹鱼乌江种群遗传多样性匮乏,保护四川裂腹鱼乌江种群刻不容缓.     

Mitochondrial phylogeography and subspecific variation in the red panda (Ailurus fulgens): implications for conservation

The red panda (Ailurus fulgens) is an endangered species and its present distribution is restricted to isolated mountain ranges in western China (Sichuan, Yunnan, and Tibet provinces) and the Himalayan Mountains chain of Nepal, India, Bhutan, and Burma. To examine the evolutionary history across its current range, and to assess the genetic divergence among current subspecies and population structure among different geographic locations, we sequenced mitochondrial DNA from the control region (CR) and cytochrome (cyt) b gene for 41 individuals in Sichuan, Yunnan, Tibet of China, and Burma. 25 CR haplotypes (10 for cyt b) were identified from 11 geographic locations. Only three haplotypes were shared among sample localities, including one among current subspecies. Nine haplotypes were shared with the study of Su et al. [Mol. Biol. Evol. 18 (2001) 1070]. CR haplotype diversity was high (0.95+/-0.02) and nucleotide diversity among all haplotypes was relatively low (0.018+/-0.009). Phylogenetic confirmed trees show a shallow pattern with very little structure or statistical robustness. The application of two coalescent-based tests for population growth allowed us to interpret this phylogeny as the result of a recent population expansion. Analysis of molecular variance and nested clade analysis failed to detect significant geographic structure in both data sets. The lack of significant differentiation between subspecies does not indicate the presence of evolutionary significant units. We suggest that the present population structure has resulted from habitat fragmentation and expansion from glacial refugia. Due to its habitat requirements it is likely that the red panda has undergone bottlenecks and population expansions several times in the recent past. The present population may exhibit a pattern reminiscent of a relatively recent population expansion.     

基于cpDNA trnL-F序列的胡黄连保护遗传学研究

胡黄连为特产中国-喜马拉雅特有高山植物,作为常用中、藏药材,受到灭绝性采挖,作为濒危和二级保护植物亟待科学的保护。该研究以云南和西藏7个野生居群91个个体为材料,基于 cpDNA trnL-F 非编码序列测序分析胡黄连的遗传多样性和遗传结构,分析显著进化单元,确立优先保护居群并提出科学的保护策略。结果表明：胡黄连 trnL-F 序列长度为871~876 bp,根据序列的核苷酸变异共鉴定出5个单倍型,西藏占有2个单倍型,云南占有3个单倍型,西藏和云南2个地区的所有单倍型均不共享。胡黄连具有较低的单倍型多样性(Hd ＝0.43419)和核苷酸多样性(Dij ＝0.00466)。种群间分化度(Fst ＝0.864520)和基因流(Nm ＝0.04)、居群间的遗传分化水平(GST ＝0.916)、AMOVA 分析(0.78％的遗传变异发生在居群内,60.97％的遗传变异发生在地区内居群间,38.25％的遗传变异发生在地区间)均表明,胡黄连居群间存在明显遗传分化。多数一致性树将胡黄连划分为3个进化分支(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ),这3个分支均与地理相关,分支Ⅰ分布于横断山区的4个居群,分支Ⅱ是分布于东喜马拉雅的一个居群,分支Ⅲ是分布于喜马拉雅中段的2个居群。3个分支分属于3个“进化显著单元(ESU)”。这3个 ESU 中白马雪山、茨中、定日、波密、聂拉木五个居群都需要保护,建议现阶段应优先保护的居群是云南白马雪山和西藏波密居群,以就地保护为主。     

Genetic diversity of golden takin (Budorcas taxicolor bedfordi) population from Qinling Mountains in China revealed by sequence analysis of mitochondrial DNA control region

The golden takin is an endangered species, listed as a First Grade Protected animal and found only in the Qinling Mountains in China. A great deal of research on the golden takin's living habitat, population size, and home range has been conducted. Here, we employed sequence analysis of the mitochondrial DNA control region to study the genetic diversity of the golden takin from three separate nature reserve parks in the Qinling Mountains. We also compared the results of our study with previously published data on the genetic diversity of mixed takin species located in the Qinling Mountains and the Minshan area. Based on 62 sampled golden takin individuals, we found an overall mean genetic haplotype diversity of 0.687. There is no significant geographic genetic diversity across different golden takin populations within the Qinling Mountains. However, we did show significant diversity between golden takin from the Qinling Mountains and from Minshan. These original data provide a foundation for the genetic diversity of golden takin, and will yield comprehensive information for better supporting the management in the national reserve parks.     

陕西省异色瓢虫种群遗传结构及其多样性

异色瓢虫是一种重要的天敌昆虫,广泛应用于农业生物防治中.本研究以线粒体COII基因作为分子标记,对陕西省分布的异色瓢虫不同地理种群的遗传结构及遗传多样性进行分析,并探讨不同种群间的遗传分化程度及基因交流水平.结果表明: 在21个种群529头异色瓢虫供试样本的COII序列中,共检测到15种单倍型(Hap1～Hap15),其中Hap1和Hap2所占比例最高,分别占总群体的34.4%和37.6%.总群体单倍型多样性指数为0.732,各种群内单倍型多样性范围在0.652～0.786.种群间总基因流为10.13,总群体遗传分化指数为0.024,说明种群间整体遗传分化程度较低.陕西异色瓢虫种群在进化上呈现中性模型,群体大小保持相对稳定,种群间的遗传分化主要来自种群内部.基于Nei遗传距离构建的种群系统发育树,陕南区域种群与陕北和关中区域种群分化明显.种群间遗传分化与地理距离之间存在一定的相关性,并且区域种群的遗传结构与遗传多样性也表现出一定的地理分布模式,推测秦岭的阻隔及南北气候的差异,使陕北、关中与陕南种群间的基因交流存在阻力,导致南北种群间遗传结构和遗传多样性存在差异.     

Mitochondrial phylogeography and genetic diversity of Tibetan gazelle (Procapra picticaudata): implications for conservation

The Tibetan gazelle (Procapra picticaudata) is a threatened species and distributed on the Qinghai-Tibet Plateau of China (Qinghai Province, Tibet Autonomous Region and the adjacent Gansu Province, Sichuan Province, and Xinjiang Uigur Autonomous Region). Small peripheral populations of Tibetan gazelle were once found in northern Sikkim and Ladakh, but now these are close to extinction. To describe the evolutionary history and to assess the genetic diversity within this monotypic species and population structure among different geographic locations in China, we sequenced mitochondrial DNA from the control region (CR) and cytochrome (cyt) b gene for 46 individuals from 12 geographic localities in Qinghai, Tibet, Xinjiang, Gansu, and Sichuan. A total of 25 CR haplotypes and 16 cyt b haplotypes were identified from these gazelle samples. CR haplotype diversity (0.98+/-0.01) and nucleotide diversity (0.08+/-0.009) were both high. Phylogenetic trees indicate that the Tibetan gazelle in China can be divided into three main clades: Tibet, Sichuan (SCH) and Qinghai-Arjin Shan-Kekexili (QH-ARJ-KKXL). Analysis of molecular variance (AMOVA) and network analysis consistently support this geographic structure in both datasets. Significant differentiation between populations argues for the presence of management units (MUs). Such differentiation may reflect a geographic separation resulting from the uplift of the Qinghai-Tibet Plateau during the Late Pliocene and Pleistocene. Mismatch distribution analysis implies that Tibetan gazelle has undergone complex population changes. We suggest that the present population structure has resulted from habitat fragmentation during the recent glacial period on the Qinghai-Tibet Plateau and population expansion from glacial refugia after the glacial period. It is likely that the present populations of Tibetan gazelle exhibit a pattern reminiscent of several bottlenecks and expansions in the recent past.     

Genetic diversity and population history of the red panda (Ailurus fulgens) as inferred from mitochondrial DNA sequence variations

The red panda (Ailurus fulgens) is one of the flagship species in worldwide conservation and is of special interest in evolutionary studies due to its taxonomic uniqueness. We sequenced a 236-bp fragment of the mitochondrial D-loop region in a sample of 53 red pandas from two populations in southwestern China. Seventeen polymorphic sites were found, together with a total of 25 haplotypes, indicating a high level of genetic diversity in the red panda. However, no obvious genetic divergence was detected between the Sichuan and Yunnan populations. The consensus phylogenetic tree of the 25 haplotypes was starlike. The pairwise mismatch distribution fitted into a pattern of populations undergoing expansion. Furthermore, Fu's F(S) test of neutrality was significant for the total population (F(S) = -7.573), which also suggests a recent population expansion. Interestingly, the effective population size in the Sichuan population was both larger and more stable than that in the Yunnan population, implying a southward expansion from Sichuan to Yunnan.     

黑龙江省张广才岭北部小飞鼠的遗传多样性与种群历史动态

小飞鼠 (Pteromys volans) 为树栖夜行滑行类啮齿动物,在森林种子传播和维持生态系统平衡等方面发挥着重要的生态学作用。本研究利用mtDNA Cytb、控制区和nDNA微卫星3种分子标记,对黑龙江省张广才岭北部的小飞鼠种群进行遗传多样性与历史动态分析。检测出Cytb全序列 (1 140 bp) 的平均单倍型多样性为0.909,平均核苷酸多样性为0.616%;控制区全序列 (1 066 bp) 的平均单倍型多样性为0.945,平均核苷酸多样性为1.698%;微卫星检测出种群平均等位基因数13.167个,观测杂合度0.727,期望杂合度0.864,近交系数0.159。结果表明,小飞鼠种群遗传多样性丰富,但存在一定程度的杂合度不足和近亲繁殖;未检测到种群近期遗传瓶颈效应,种群内无遗传分化。高比例的稀有单倍型 (≥ 60%) 、低频率等位基因与近亲繁殖,提示未来种群面临遗传多样性下降的风险,建议加大对该物种的关注和保护力度。基于Cyt b基因的系统进化关系结果表明,小飞鼠存在3个明显的遗传谱系：远东、欧亚大陆北部和日本北海道,本研究中张广才岭和大兴安岭的样本单倍型归属为远东谱系。     

中国大陆部分地区Drosophila immigrans果蝇种群中mtDNA的遗传多态性研究

选用14种限制性内切酶对分布在中国大陆部分地区的Drosophilaimmigrans果蝇种群的线粒体DNA（mtDNA）限制性片段长度多态性（RFLP）进行了分析。在6个地理种群的46个单雌系中仅检测到11种限制性类型。表征种群内均一程度的I值平均为0．833。衡量种群间等同程度的J值平均为0．797。在整个种群中只有16．8％（Gst）的变异是由种群间变异所引起的。说明分布在中国大陆部分地区的D．immigrans果蝇的遗传组成均一程度高,遗传多态程度低,遗传变异贫乏。由UPG法分析6个种群的净遗传距离,显示了分布在秦岭华阳种群（HY）的特殊性。推测D．immigrans果蝇扩散到云南的高海拔地区可能是较晚发生的事件。并推测中国大陆的D．immigrans种群比分布在中国台湾,日本的种群原始。     

基于线粒体控制区的云南澜沧江和海南岛主要水系宽额鳢遗传变异分析

为了解中国宽额鳢的遗传背景以更好地保护和开发利用资源,测定了云南澜沧江和海南岛南渡江、万泉河与昌化江等4个水系9个群体74尾宽额鳢线粒体控制区411 bp序列,发现52个变异位点和20个单倍型;在系统树上可分为云南、海南毛阳群体和海南其他群体等3个分支。谱系间Fst为0.786-0.672(P0.01),基因流Nm为0.153-0.244; 74.352%的变异来自谱系间,谱系间分化时间为2.070-0.350 Ma。推测海南与云南宽额鳢分化可能受云贵高原隆起和海南岛与陆地分离等地质事件影响;海南2个谱系的形成则可能是受到了五指山山脉隆起的影响。云南组群与海南组群间Fst为0.765(P0.01),基因流Nm为0.149, 70.360%的变异来自不同地理组群间,表明云南组群和海南组群间高度分化。相比同区域分布的鱼类,宽额鳢总体的单倍型多样性和核苷酸多样性均较高(Hd=0.9030.016, =0.0360.003),其中海南琼中和石壁群体的核苷酸多样性()最高均为0.008;云南勐腊群体最低为0.000;但各个地理群体均比总体的遗传多样性低,可能是后者由多个谱系叠加所致。在简约性网络图中单倍型呈非典型星状分布,中性检验为非显著负值和核苷酸不配对分析呈现多峰分布,表明宽额鳢群体历史上较为稳定,没有出现显著种群扩张。       

中国东北地区远东鼩鼱遗传多样性与遗传结构

对中国东北地区3个种群(大兴安岭、小兴安岭和长白山山脉)的远东鼩鼱(77个样本)Cyt b基因全序列进行分析,共获得64个单倍型。整体单倍型多态性为0.9920,核苷酸多态性为0.0105,表明该地区远东鼩鼱具有较高遗传多样性,且长白山山脉远东鼩鼱种群遗传多样性明显高于大兴安岭和小兴安岭种群。F-统计量、遗传相似系数和遗传距离分析结果均显示,种群间和采样地间的遗传距离与地理距离基本相符。方差分析显示,种群间的变异占总变异的33.4%,种群内的采样地间变异占总变异的10.2%,采样点内部变异占总变异的56.4%。种群历史分析显示,东北地区远东鼩鼱未经历过数量扩张。从GenBank下载了欧亚其他地区远东鼩鼱序列进行遗传结构研究。远东鼩鼱系统发生树分化为2大分支:一大支主要由大兴安岭和小兴安岭种群构成,两种群具有一定分化;另一大支又分为两个分支。中介网络图显示,远东鼩鼱具有3个谱系:一个谱系主要由大兴安岭和小兴安岭的单倍型样本构成,还包括长白山山脉的4个单倍型样本;另一谱系包括来自于中国东北地区3个种群的个别单倍型,还包括俄罗斯贝加尔湖单倍型和芬兰单倍型;最后一个谱系完全是由长白山山脉单倍型构成。遗传多样性、系统发生树和中介网络图结果均表明,长白山山脉为远东鼩鼱末次冰期避难所。