多个遗传标记情形下的RFLP的可诊断率估计

限制性酶切片段长度多态性(RFLP)作为共显性的遗传标记,已广泛应用于遗传病的产前诊断。为评价各遗传标记的适用性,本文给出了在多个遗传标记情形下的RFLP的可诊断率的估计方法,即在使用若干个遗传标记时,群体中可被诊断后代罹病与否的婚配类型的比例的估计方法,包括致病基因为常染色体显性、常染色体隐性、X连锁显性和X连锁隐性的情况,并认为增加遗传标记的个数和选择具较多等位基因的遗传标记,是提高产前诊断可诊断率的有效途径。同时,根据各遗传标记在群体中的多态性分布,可估计各遗传标记及其各种不同组合的可诊断率,以此选择在该群体中最为适合的遗传标记或其组合,以指导RFLP在产前诊断中的应用。     

人β-基因3’旁侧的多态性BamHⅠ位点及其在β-地贫产前诊断中的意义

用印迹杂交技术和β-珠蛋白基因探针测定了中国人β-株蛋白基因3’旁侧BamHⅠ多态性位点。22kb带在β~A染色体上出现的频率为32％,但在β~T染色体上出现的频率为0。BamHⅠ多态性位点分布频率的这一特点在β-地贫产前诊断中具有重要意义。     

遗传标记及其在家禽遗传育种中应用的研究进展

概述了现代分子生物学所发展的各类遗传标记的发展和现状及其在家禽遗传育种中的应用,同时也探讨了数量与质量性状基因定位在动物遗传育种中的应用。     

一种基于主成分分析的混杂人群祖代信息遗传标记选择算法

鉴定群体的结构可以帮助追溯群体的发展史,定位疾病的易感基因．结构相关是一种常用的群体结构鉴定和关联作图方法．结构相关应用中的一个主要问题是它的统计效力高度依赖于所使用的祖代信息遗传标记．目前主要的祖代信息遗传标记选择方法大多要求已知研究样本的祖代信息,但是实际研究中个体的祖代信息大多未知或者难以确定．为了解决这个问题,本研究开发了一种新的基于主成分分析的祖代信息遗传标记选择算法．该方法不需要事先已知研究样本的祖代信息．模拟研究和真实的遗传数据分析提示,与传统的随机挑选祖代信息遗传标记的方法相比,新方法可以显著提高群体结构推断的准确性．本方法可以容易地应用于全基因组数据,挑选出富含群体结构信息的遗传标记．这些遗传标记可被广泛用于鉴定群体的结构和校正关联作图中群体混杂引起的统计偏差．     

利用SRAP标记分析中国野生石蒜的遗传多样性

采用SRAP（Sequence-related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性）标记对中国13个省24份野生石蒜（Lycoris radiata）资源94个样品进行了检测。10个引物组合共扩增出218条带,其中173条为多态性条带,多态性百分比达79.36%。石蒜的观测等位基因数（na）、有效等位基因数（ne）、基因多样性指数（h）、Shannon信息指数（I）分别为1.7936、1.4131、0.2415和0.3664。石蒜不同种源间的遗传分化系数（Gst）达0.9547、基因流（Nm）仅0.0136,表明种源间遗传分化显著,遗传变异主要存在于种源间。根据Nei′s遗传距离对24份种源进行UPGMA聚类,所有石蒜种源聚成两大类,第I大类由7份种源组成,除江苏连云港的石蒜（JS3）外,均来自我国西南或西北地区;其余的17份种源构成第II大类,它们遍及华南、华中和华东地区;各大类中的分支结果与野生石蒜外部形态及生长发育习性有一定联系。将石蒜种源的遗传多样性与其所处的经度、纬度、海拔、年均降雨量、年均温等进行相关性分析,结果显示它们之间的相关性均不显著,即石蒜对环境依赖性小,能分布在各种生境中。根据以上结果,我们认为野生石蒜具有较丰富的遗传多样性,而种源间遗传分化显著的原因主要是基因流的隔离。研究结果对我国的野生石蒜资源的开发利用与保护有重要意义。     

居群遗传结构研究中显性标记数据方法初探

为对比显性标记应用于居群遗传结构研究时不同统计参数的适用性,利用RAPD技术对中国5个居群的100个疣粒野生稻个体进行了遗传结构分析。在衡量居群遗传多样性水平时,多态位点比率（PPB）会低估遗传变异的量,其价值不如Shannon多样性指数和Nei基因多样性指数,而采用Nei指数时不必进行Lynch-Milligan矫正。对个体间遗传关系进行分析时,17种遗传相似性指数矩阵两两之间的Mantel检测都表现出极显著的相关性（r＞0.95,t＞t     

植物遗传转化中选择标记基因的研究进展

标记基因在为植物遗传转化提供方便的同时也存在一些问题,综述了植物遗传转化中常用的选择标记基因、标记基因存在的问题以及解决选择标记基因安全性的策略.     

中国部分地方鸡种Ｂ—ＬⅡβ（β１外显子）基因分子遗传多态性研究

应用ＰＣＲ－ＲＦＬＰs方法对１０个鸡种的Ｂ－ＬⅡβ（β１外显子）基因进行了遗传多态性研究,综合４种限制性内切酶的酶切情况,共检测到３７种基因组合型,并且在个体间以及品种间的基因型频率、基因组合型频率都存在较大的差异。同时各酶切位点的Ｈardy-Weinberg平衡状态在品种上也表现不一致。克隆测序结果表明β１外显子分子遗传多态性更多地体现在氨基酸水平,作为抗原结合区,其丰富的多态性与抗原多样性相一致。     

应用SSR标记分析中国糯大麦种质的遗传多样性

利用SSR标记对来自中国不同省市的76份糯大麦种质的遗传多样性进行分析,并以遗传相似系数为基础进行聚类分析。SSR标记分析表明,50对大麦SSR引物在76份糯大麦中共扩增出203个等位基因,属于高度多态性位点范畴。当遗传相似系数为0.70时可将76个糯大麦品种划分为5个类群,在一定程度上反映了与材料的地理来源和皮裸性。糯大麦资源平均Shan-non多样性指数显示,来自云南和西藏的糯大麦品种遗传多样性略高。SSR标记分析表明,中国糯大麦具有丰富的遗传多样性,对揭示糯大麦的起源与传播以及对资源的有效利用具有现实意义。     

选择作用下家鸡淀粉酶的遗传多态性研究--基因频率分化、相关效应估计和标记辅助选择试验

对“三黄”鸡4个品系的血液淀粉酶（Amy-l）基因频率进行了估计,结果表明：Amy-l基因频率具有明显的品系特异性,父系Amy－lA高;母系Amy-lB频率高．人工选择可能是导致两个具有相同遗传来源的品系（Ⅱ系和Ⅲ系）Amy-l基因频率发生分化的原因．利用线性模型估计了Amy－l基因的加性效应,结果表明：Amy-lB有利于产蛋性能,而Amy－l4有利于体重和蛋重的提高。标记辅助选择试验结果表明,选择Amy-l传型来改变家禽品系类型是可能的,但效果有限,因此,对Amy-l的选择应结合于综合的选择方案之中．     

中国明对虾AFLP分子标记遗传连锁图谱的构建

以中国明对虾抗WSSV(白斑综合症病毒,WhiteSpotSyndromeVirus)选育群体第四代为母本,野生中国明对虾为父本,采用单对杂交方式产生F1代,F1代个体姊妹交产生F2代共42个个体为做图群体。62对AFLP选择性引物组合共产生529个分离位点,符合1∶1孟德尔分离类型位点共253个,3∶1孟德尔分离类型位点共276个。利用拟测交理论分别构建中国明对虾雌虾、雄虾的遗传连锁图谱,利用F2自交模型构建共同的AFLP分子标记连锁图谱。三张连锁图上分别有31、25和44个连锁群,图谱分辨率为分别为2.4cM、2.4cM和2.1cM。标记间隔距离分别为12.20cM、11.45cM和11.12cM图谱覆盖率分别达到50.21%、51.93%和48.08%。能够基本满足进行QTL(数量性状位点,QuantitativeTraitLocus)定位的需要。将该图谱和其他对虾类遗传连锁图谱进行了比较分析,探讨了利用相关分子标记将已有图谱进行整合的可能。     

六个中国固有绵羊品种遗传关系的微卫星标记分析

用5对微卫星引物对哈萨克羊、蒙古羊、兰州大尾羊、同羊、大尾寒羊、小尾寒羊共6个中国固有绵羊品种基因组进行了扩增, 对扩增结果用7种聚类方法(欧氏距离、欧氏平方距离、夹角余弦、皮尔逊相关、车贝雪夫距离、街区距离、明考夫斯基距离)进行了分析.结果表明, 分布在我国西北部的绵羊品种哈萨克羊、蒙古羊、兰州大尾羊在大多数情况下总是先聚在一起, 相对分布于中原地带的同羊、小尾寒羊和西北部的3个品种间距离较远,同羊和小尾寒羊之间距离也很远,大尾寒羊和小尾寒羊之间没有明显的遗传关系, 此结果与《中国绵羊品种志》中记载的情况基本一致.同时, 本研究结果也说明7种聚类方法均适用于微卫星标记资料的遗传分析.     

与葡萄抗霜霉病基因紧密连锁的分子遗传标记

以种间杂交组合88-110［83-4-96（毛葡萄,抗霜霉病）×粉红玫瑰（欧洲葡萄,感霜霉病）］的F     

利用InDel标记分析中国香菇菌株的遗传多样性与群体结构

通过对5个香菇菌株重测序,以香菇L808-1菌株的全基因组序列为参考基因组,分析了这些菌株中插入/缺失（InDel）标记位点在香菇基因组10条染色体上的分布,并筛选了插入/缺失碱基数≥15的位点,合成了449对InDel标记引物。经过PCR和电泳检测,其中237对引物条带清晰。最终筛选出107个PIC≥0.3的标记作为核心InDel标记对来自国内的44份香菇菌株进行遗传多样性分析。聚类分析显示栽培菌株和野生菌株各自聚为一支,所选香菇菌株间存在明显的群体分层。群体结构分析显示香菇种质资源可分为4个亚群,主成分分析显示香菇菌株之间的位置及距离与聚类分析和群体结构分析结果相符。香菇InDel分子标记的开发与应用,为香菇核心种质的构建和种质资源育种引用提供了基础。     

利用微卫星标记分析中国地方鸡种的遗传多样性

中国幅员辽阔, 拥有丰富的鸡种遗传资源. 由于中国地方鸡种生产性能相对较低, 很难与国内外家禽公司育成的商业品种竞争, 现存数目较少, 有些已经濒临灭绝. 为了进一步了解中国地方鸡品种的遗传多样性状况, 本研究采集了分布于中国各地的78个地方鸡品种血样, 并利用分布于13条染色体上27个微卫星标记进行分析. 通过对2740个样本的检测分析发现, 在所有27个微卫星座位中, 等位基因数从6~51个不等, 平均值为18.74. 所检测的78个品种的杂合度(H)均在0.5以上, 所有品种的平均杂合度值为0.622, 多态信息含量(PIC)平均值为0.573. 与国外的同类研究相比, 这一结果表明中国的地方鸡品种具有更加广泛的遗传多样性. 在27个微卫星座位中, 总群内亚群的固定系数(F_ST)从0.065(LEI0166)到0.209(MCW0078)不等, 平均值为0.106. 在检测的位点中, 只有LEI0194位点在所有的群体中均偏离了Hardy-Weinberg平衡(HWE), 而其他位点基本上都处于Hardy-Weinberg平衡状态. 由于小群体中的基因漂移及非随机交配, 一些保种场保存的地方品种(如狼山鸡)的杂合度相对较低, 而保种区的品种由于保种群群体较大, 杂合度也就相对较高. 中国地方鸡品种的高杂合度与其表型多样性是一致的. 通过Nei氏遗传距离和邻接法将中国地方鸡种进行聚类, 结果表明, 中国地方鸡品种可以分为六大类, 分类结果与品种的地理分布基本一致. 通过分子生物学手段进行中国地方鸡品种的遗传多样性分析, 将对中国地方鸡品种的利用和保护提供重要的理论依据.     

微卫星标记分析中国梨木虱种群的遗传多样性

中国梨木虱Cacopsylla chinensis (Yang et Li)是梨树主要害虫之一。为了从分子水平评估中国梨木虱种群内的遗传变异和种群间的遗传分化, 本文应用7对微卫星DNA引物对中国16个地区中国梨木虱种群进行遗传多样性分析。结果表明： 各位点有效等位基因为2.2927～10.0610, 多态信息含量(PIC)值在0.5073～0.8735之间。16个种群的平均期望杂合度为0.7876, 遗传距离在0.0951～1.0139之间, Nei氏期望杂合度为0.4771～0.7892, Shannon信息指数在0.8396～1.9989之间, 群体分化率F_ST为11.61%, 基因流平均值为2.2236。结果表明, 7个微卫星位点均具有较高的多态性, 各种群间的遗传分化水平较低, 基因交流程度较高, 遗传变异主要存在于种群内的个体间。研究结果为制定针对中国梨木虱的有效防治策略提供部分分子生物学的基础资料。     

利用SSR标记分析水稻亲本间遗传距离与杂种优势的关系

利用5个光温敏核不育系与40个恢复系（品种）配制了200个组合,应用SSR标记估算了这5个不育系与40个恢复系之间的遗传距离,分析了遗传距离与杂种优势的关系。结果表明：（1）不同材料、不同遗传距离范围之间,遗传距离与单株产量以及有效穗数、穗长、每穗粒敷、着粒密度、结实率、千粒重、单株产量7个性状超亲优势的相关性有很大差别,表现出很复杂的关系。（2）田丰S与父本遗传距离在0．6286～2．5257之间时,F1单株产量及其超亲优势与遗传距离极显著相关;培矮64S与父本遗传距离在0．8247～1．5315之间时,F1单株产量与遗传距离显著相关。（3）所有两系组合亲本间遗传距离在0．5333～1．5之间时,F1单株产量超亲优势与遗传距离显著相关;遗传距离在0．5333～1．0之间时,F1单株产量与遗传距离显著相关,遗传距离分别在1．0～1．5、0．5333～1．5和0．5333～2．5257之间时极显著相关。（4）另外,F1单株产量与遗传距离的相关程度普遍高于其超亲优势与遗传距离的相关程度。     

中国龙虾微卫星标记的筛选及遗传多样性分析

文章以M13通用引物和重复序列(CT)₁₅、(AT)₁₅引物, 利用PCR法对中国龙虾(Panulirus stimpsoni Hoehuis)部分基因组DNA文库进行筛选。共获得78个微卫星序列, 分别分布于55个阳性重组克隆中, 其中完美型(perfect)共50个, 占64%; 非完美型(imperfect)3个, 占3.8%; 混合完美型(compound perfect)6个, 占7.7%; 混合非完美型(compound imperfect)19个, 占24.5%。根据微卫星序列, 设计并筛选出15对微卫星多态性引物, 对中国龙虾的群体进行了遗传多样性分析。获得3~12个等位基因, 等位基因大小在78~425 bp之间, 基本符合引物设计的理论长度。期望杂合度范围为0.48~0.87, 平均值为0.71, 表明中国龙虾基因组微卫星具有较高的杂合度与遗传多样性。15个微卫星位点的PIC值从0.44到0.84, 平均值为0.60, 说明这些微卫星位点在中国龙虾基因组中包含丰富的遗传信息, 合适用于中国龙虾的各种分子标记及遗传学分析和应用。     

基于改良RAPD标记的花梅与果梅品种的遗传关系分析

为了探讨梅(Prunus mume Sieb.et Zucc.)的2种类型--花梅与果梅的遗传多样性,利用23条长度为11bp的随机引物以及严格筛选退火温度的改良RAPD-PCR优化体系对25个花梅和21个果梅品种的基因组总DNA进行了分析,并在此基础上采用UPGMA聚类方法对46个花梅与果梅品种间的遗传关系进行了分析.结果显示:使用重复性好、条带清晰且多态性强的23条随机引物,共从46个花梅和果梅品种基因组总DNA中扩增出131条带,其中多态性条带107条,多态性条带百分率达81.7%,说明花梅和果梅各品种间具有丰富的遗传多样性.聚类分析结果显示:46个花梅和果梅品种的遗传相似系数为0.63～0.83;在遗传相似系数0.66处,供试的46个品种被分为5组.A组包含6个果梅品种和11个花梅品种;B组仅包含4个花梅品种;C组包含16个品种,其中15个品种为果梅;D组仅包含4个花梅品种;E组也仅包含5个花梅品种.研究结果表明:花梅和果梅具有相近的亲缘关系,遗传背景相似.