RAPD标记鉴别四个水牛品种的初步研究

为进一步保护和开发中国本地水牛和国外引进水牛的遗传资源,建立快速区分鉴别本地和引进水牛品种的方法。设计57条随机扩增多态性(randomly amplified polymorphic DNA, RAPD)引物,对本地沼泽型水牛和国外引进的河流型(摩拉,尼里拉菲和地中海)水牛之间的遗传差异进行了调查。以128头水牛DNA样本为模板,通过PCR扩增从57条RAPD引物中筛选并优化反应条件。实验结果显示,筛选得到了5条可用于区分本地沼泽型水牛与引进河流型水牛的引物(OPG6, OPG7, S11, S40和S1013),建立了RAPD鉴别区分沼泽与河流水牛的方法。本实验的结果为中国水牛的杂交改良、良种培育和本地水牛种质资源的保护等工作提供了理论和实验依据。     

水牛、大额牛和牦牛抑制素α亚基编码基因外显子1多态性分析

为了揭示牛科物种INHA基因的遗传特征,该文采用PCR产物直接测序法对水牛、大额牛和牦牛INHA基因外显子1及其侧翼序列进行多态性检测,并结合已发表的包括牛科物种在内的一些哺乳动物数据进行了比较分析。结果表明,在水牛INHA基因外显子1中存在c.73C>A替换,为同义替换,河流型和沼泽型水牛编码产物一致;在大额牛的INHA基因外显子1中发现c.62C>T、c.187G>A替换,分别引起INHA中氨基酸发生p.P21L、p.V63M改变,两者均为相同性质氨基酸的替换;在牦牛中发现c.62C>T、c.129A>G替换,前者也引起编码氨基酸发生p.P21L替换,后者为同义替换。在INHA基因5’侧翼区所测出的序列中,水牛、大额牛和牦牛等物种内均未发现SNP位点,但在种间发现存在c.-6T>G的替换,大额牛、牦牛和普通牛均为c.-6G,而水牛为c.-6T。在INHA基因内含子中,水牛的第31～36位核苷酸处发现有6个碱基的缺失,即c.262+31₂62+36delTCTGAC;该位点在河流型水牛中野生型（+/+）占主体,而在沼泽型水牛中则缺失型（-/-）占主体。在大额牛、牦牛和普通牛等其它牛科物种的内含子中均未发现该缺失,但与水牛相比,大额牛、牦牛和普通牛内含子中发现缺失c.262+78₂62+79delTG。序列比对显示,INHA基因外显子1序列中c.43A和c.67G为水牛中所特有,而c.173A和c.255G为大额牛、牦牛和普通牛所共有,c.24C、c.47G、c.174T和c.206T为山羊所特有。大额牛、牦牛和普通牛间INHA基因外显子1序列差异较小,而山羊和水牛与它们间的差异相对较大。     

牛黑素皮质素受体1(MCIR)基因与毛色表型的研究

牛MC1R基因不仅与毛色有关,而且与牛乳中乳蛋白的含量有关。利用PCR-RFLP和DNA测序技术分析了中国荷斯坦黑白花牛,中国荷斯坦红白花牛,鲁西黄牛和渤海黑牛共4个品种的MC1R基因。共检测出3种等位基因(ED,E ,e)。中国荷斯坦黑白花牛主要是ED和E 等位基因(ED=0.12、E =0.80);渤海黑牛也主要是ED和E 等位基因(ED=0.52、E =0.47);中国荷斯坦红白花牛和鲁西黄牛大多为e等位基因(e=0.95)。中国荷斯坦红白花牛和鲁西黄牛还存在E /e基因型。由此推测ED和E 等位基因导致黑色素合成。另外发现牛MC1R基因编码区725处存在一重要的SNP(单核苷酸多态性)。     

MC1R基因多态性与豚鼠隐性黄毛色的相关性分析

豚鼠Cavia porcellus的隐性黄毛色表型是由编码黑素皮质激素受体1(MC1R)的extension基因座位的等位基因e控制。本研究对野生型和黄毛色豚鼠MC1R基因位点所在区域进行PCR扩增与测序发现,在黄毛色豚鼠中存在1个2 760 bp的基因组缺失,该缺失涵盖了MC1R基因的整个编码区。采用三引物扩增体系对豚鼠MC1R基因缺失突变进行群体基因分型,在随机选择的58只野生型个体中,36只为EE纯合子,22只为Ee杂合子,而31只黄毛色个体均为ee纯合子;在15只测交后代中,8只黄毛色个体均为ee纯合子,而7只野生型个体均为Ee杂合子。基因分型结果表明,MC1R基因2 760 bp的缺失与隐性黄毛色完全相关。本研究为进一步探究MC1R基因在哺乳动物毛色遗传机制中的作用以及豚鼠的分子标记辅助育种提供了理论依据。     

8个亚洲水牛群体的遗传结构分析

应用13个微卫星标记结合荧光–多重PCR技术, 对德昌水牛、兴隆水牛、富钟水牛、温州水牛、东流水牛、福安水牛和两个引进品种摩拉水牛、尼里－拉菲水牛进行遗传结构分析。结果表明: 8个水牛群体在13个微卫星座位中共检测到157个等位基因, 其中7个群体具有各自的特有等位基因, 其和为23; 8个群体的有效等位基因数在2.2908～4.2308之间, 杂合度在0.4951～0.7194之间, 多态信息含量在0.4495～0.6776之间; 有11个座位为高度多态座位, 是适合分析水牛遗传多样性的多态标记; 聚类分析表明富钟水牛和东流水牛先聚在一起, 再与兴隆水牛聚在一起, 然后与温州水牛和福安水牛聚在一起, 德昌水牛独自聚为一类; 两个引进品种聚为一类。     

牛黑素皮质素受体1(MC1R)基因与毛色表形的研究

牛MC1R基因不仅与毛色有关, 而且与牛乳中乳蛋白的含量有关。利用PCR-RFLP和DNA测序技术分析了中国荷斯坦黑白花牛, 中国荷斯坦红白花牛, 鲁西黄牛和渤海黑牛共4个品种的MC1R基因。共检测出3种等位基因(E^D, E⁺, e)。中国荷斯坦黑白花牛主要是E^D和E⁺等位基因(E^D=0.12、E⁴=0.80); 渤海黑牛也主要是E^D和E⁺等位基因(E^D=0.52、E⁺=0.47); 中国荷斯坦红白花牛和鲁西黄牛大多为e等位基因(e=0.95)。中国荷斯坦红白花牛和鲁西黄牛还存在E⁺/e基因型。由此推测E^D和E⁺等位基因导致黑色素合成。另外发现牛MC1R基因编码区725处存在一重要的SNP(单核苷酸多态性)。     

藏獒MC1R基因多态性与毛色表型的关联研究

目的:通过检测藏獒黑素皮质激素受体1(MC1R)基因的单链构象多态性(SSCP)在不同毛色群体中的分布,探讨MC1R基因多态性与毛色表型的相关性。方法:采用DNA测序技术,选择不同毛色藏獒的DNA为样本,根据GenBank发布的荷斯坦牛MC1R基因序列设计一对引物,采用PCR-SSCP技术分析MC1R基因在藏獒中的SSCP。结果:MC1R基因在藏獒中具有PCR-SSCP多态性,分别检测到3种基因型(AA、AB和BB);对MC1R基因多态性片段DNA克隆测序后发现,MC1R基因在编码区第313位存在单碱基突变(G→A),该突变导致第105位氨基酸发生由丙氨酸向苏氨酸的改变(T105A)。结论:MC1R基因的多态性与毛色性状不存在显著的相关性。     

犬MC1R基因R306ter与毛色性状相关性研究

目的　分析犬MC1R基因中R30 6ter位点多态性与犬毛色表型的相关性 ,为遗传育种 ,培育出更加优良的实验用犬奠定基础。方法　采用PCR SSCP技术 ,对MC1R基因R30 6ter位点进行基因多态性检测 ,分析位点多态性与毛色性状之间的相关性 ,并对该位点进行克隆测序。结果　PCR SSCP分析结果表明 ,R30 6ter位点序列具有多态性 ,表现为C、D二个等位基因和CC、CD及DD三种基因型。对R30 6ter多态性片段克隆测序发现 ,MC1R基因在编码第 30 6位氨基酸的密码子处存在一个由CGA到TGA的终止突变。结论　经统计分析结果表明在杂种犬中MC1R基因多态性与毛色性状不存在显著的相关性 ,这可能是由于外科手术学教学用犬是杂种犬 ,其遗传背景不同所致。由于MC1R基因的R30 6ter位点内存在碱基变异 ,因此在杂种犬中表现出明显的PCR SSCP多态性     

牦牛MC1R基因的克隆测序及其分析研究

以麦洼牦牛、斯布牦牛、天祝牦牛和九龙牦牛为研究对象,对黑色素皮质素受体1(Melanocortin receptor I,MCIR)基因编码区进行了克隆测序及分析.结果表明,牦牛的MC1R基因编码区全长954 bp,编码317个氨基酸:4个牦牛品种间及与普通牛间在MC1R基因的编码区内共有13个碱基差异,无碱基的插入和缺失现象,编码蛋白共有9个氨基酸差异.MC1R蛋白为亲水性蛋白,无信号肽,有糖基化位点和7个跨膜区.系统进化分析显示,麦洼牦牛与斯布牦牛的MC1R基因相似性最近.本研究结果时今后开展MC1R基因与牦牛毛色性状的相关性分析以及牦牛的毛色遗传机理、基因定位、基因表达调控等研究具有重要的意义.     

云南水牛的同期发情、超数排卵和胚胎移植试验

为探讨水牛胚胎移植的效果 ,于 2 0 0 2年对云南水牛进行了胚胎移植试验 :①用国产氯前列烯醇(PG) 0 6mg/头·次处理供、受体水牛的同期发情率和可用率分别为 4 3 33% (13/ 30 )和 16 6 7% (5 / 30 ) ;同期发情率经产水牛高于青年水牛 (P =0 0 86 ) ,杂交水牛高于德宏水牛 (P =0 15 3) ,体重 4 0 1～ 5 30kg水牛显著高于体重 30 0～ 4 0 0kg水牛 (P <0 0 5 ) ;发情明显水牛的可用率极显著高于发情不明显的水牛 (P <0 0 1)。②选用河流型摩拉水牛与沼泽型德宏水牛的杂交一代 5头为供体 ,分进口激素组 (n =2 )和国产激素组 (n =3)进行超数排卵 ,共有 2头获 9枚胚胎 ;进口激素组供体的平均获胚数和可移植胚数分别为 2 0枚和 1 5枚 ,比国产激素组分别多 0 33枚 (P =0 4 5 4 )和 1 17枚 (P =0 2 88)。③所获 4枚可用鲜胚分别移植 3头受体 ,结果 90d的妊娠率为 33 33% ,但最终无一头产犊。试验结果表明使用进口FSH 2 4mg +PG (Lutalyse○R) 35mg和国产FSH 11mg +PG 0 8mg对水牛超数排卵有效 ,同时提示需要足够数量的受体 ,从中选用发情表现明显、黄体发育良好的进行胚胎移植 ,才能取得良好效果。     

小鼠Agouti基因和毛色表型相关问题及其遗传变异探究

目的对小鼠Agouti基因和毛色表型相关问题及其遗传变异情况进行分析探讨。方法抽取存在毛色差异的8个染色体工程小鼠作为研究对象,经电脑测色配色仪对品系、C3H/He小鼠毛色进行检测,并对检测结果进行统计分析。结果所抽取的8个品系K/S值分别处在C3H/He小鼠的K/S值两侧,按照C3H/He小鼠的K/S值划分界限,将抽取的8个品系小鼠划分成浅灰色、深灰色两个类型,DNA芯片分析发现,有一个鼠灰色相关基因Agouti,将Agouti基因作为候选基因,经Sanger法对候选基因c DNA序列进行检测。结果发现,Agouti基因开放读码框长396bp,编码131个氨基酸的Agouti信号蛋白。结论在候选基因Agouti编码区检测到突变(R96G)为重要错义突变,对α-MSH结合受体MC1R等能力进行了抑制,导致Agouti小鼠毛色偏向于黑色。     

犬MC1R基因T105A基因座多态性及 与毛色性状相关性的研究The

为了检测犬MC1R基因T105A基因座的多态性,并分析该多态性与犬毛色表型的相关性,抽取111只外科手术学实验用杂种犬血液并提取DNA,记录毛色表型。采用PCR-RFLP技术,对MC1R基因T105A基因座进行基因多态性分析,并对该基因座DNA进行克隆测序;用二元变量相关分析的统计学方法分析基因座多态性与毛色性状之间的相关性。经PCR-RFLP分析结果表明,T105A基因座序列具有多态性,表现为A、B二个等位基因和AA、AB及BB 3种基因型。A、B等位基因频率分别为72.97%和27.03%,基因杂合度（H）为0.39。基因型AA频率为55.86%,BB为9.91%,AB为34.23%。对T105A多态性片段DNA克隆测序后发现,MC1R基因在编码第105位氨基酸的密码子第一个碱基存在由G到A的单碱基突变,该突变导致第105位氨基酸发生由丙氨酸向苏氨酸的改变。统计分析结果表明MC1R基因T105A基因座的多态性与毛色性状不存在显著的相关性,这可能是由于外科手术学实验用犬是杂种犬,其遗传背景不同所致,尚须在纯种犬群体中进一步研究MC1R基因对毛色的影响。 Abstract: In order to detect the polymorphism of T105A in MC1R gene in dogs and to analyze the relationship between the genetic polymorphisms and phenotypes of dog coat color, the blood samples of 111 cross-breed dogs were taken and their genomic DNAs were extracted. The phenotypes of dog coat color were recorded. The T105A locus of MC1R gene in the canine was detected through the technology of PCR-RFLP. Furthermore, the polymorphic fragments at T105A were sequenced. The relationships between the polymorphism of T105A and coat color trait were analyzed by the statistical methods of bivarate correlation analysis. By the method of PCR-RFLP, the T105A polymorphism was found with two alleles A and B and three genotypes AA, AB and BB. The frequencies of two alleles were 72.97% and 27.03%, respectively. The heterozygosity of T105A locus was 0.39. The frequencies of three genotypes were 55.86%, 34.23% and 9.91%, respectively. According to the results of sequencing, one base change from G to A at the position 105 was found at T105A locus and it altered amino acid at the position 105 from alanine to threonine. According to the statistical analysis, no significant association between the polymorphism of MC1R gene and the coat color was found and the result may be due to the differences of genetic background. Further research on MC1R gene should be done in pure breed dogs.     

牦牛MC1R基因的多态性研究

旨在为探究牦牛MC1R基因多态性与毛色形成的相关性,利用PCR-SSCP和DNA测序技术,对64头牦牛(33头黑色九龙牦牛,31头白色天祝白牦牛)的MC1R基因多态性进行检测。结果表明:天祝白牦牛和九龙牦牛均有3种基因型(AA、BB、AB),但天祝白牦牛的多态性较低,而九龙牦牛表现为中度多态。经χ2适合性检验,2个牦牛品种在该基因多态位点上均偏离Hardy-Weinberg平衡。测序结果表明BB型与AA型在该片段的第179位碱基处存在C→A单碱基突变;第214位碱基处发生T→C突变。     

黑素皮质素受体-2与Ⅰ型家族性糖皮质激素缺乏症

 黑素皮质素受体-2（MC2R）具有7个跨膜区（Ⅰ～Ⅶ）、3个胞外环和3个胞内环,人MC2R基因定位于18p11.2;编码区长894 bp,无内含子,在种间和种内具有较高保守性;人MC2R有297个氨基酸残基,推测分子量为33 kD.MC2R主要分布于肾上腺皮质区网状带和束状带,在功能上与腺苷酸环化酶偶联,通过激活依赖环腺苷酸的信号途径来催化类固醇合成;MC2R合成受到各种因子调节,包括其自身配体ACTH、顺式作用元件和反式作用因子等.MC2R基因突变可导致Ⅰ型家族性糖皮质激素缺乏症;迄今为止,在FGD患者中共发现37个MC2R基因编码区突变,突变单独或复合存在降低MC2R活性     

大白猪GABRR2基因SNP筛选及结构、功能的预测和分析

为了筛选大白猪GABRR2基因的SNP和对GABRR2基因进行结构、功能的预测和分析,本研究利用30头大白猪混池为模板,通过PCR扩增GABRR2基因外显子,测序后进行SNP筛选,并对测序结果进行拼接,利用多种生物信息学软件对大白猪GABRR2基因启动子区、编码区、3'UTR区进行了一系列的分析.结果显示,大白猪GABRR2基因在c615、c660、c798和c1134共有4个同义突变;RNGTT、SRSF12和ANKRD63个基因在GABRR2基因连锁区间内,且编码的蛋白具有相互作用;起始密码子上游2 000bp区域在385～435号碱基和759～806号碱基区域有2个核心启动子区域,在核心启动子386～395、769～778有Sp1转录因子结合位点,757～766有CREB-2转录因子结合位点,775～784有NF-1转录因子结合位点,在1 593～1 752号碱基区间内有一个 CpG 岛;3'UTR 区域有 14个 miRNA 结合位点,其中 miR-365-3p、miR-497-5p、miR-5195-3p 和miR-145-5p评分高于80.研究结果表明,大白猪GABRR2基因CDS区全长1 380 bp,存在4个同义突变,保守性高;编码一个具有4个跨膜结构、1个信号肽的亲水性蛋白,与RNGTT基因功能可能有密切联系;2个核心启动子区域内含有Sp1、CREB-2和NF-1三种共4个转录因子结合位点,且启动子区有一个特征的CpG岛;3'UTR 区域存在 miR-365-3p、miR-497-5p、miR-5195-3p 和 miR-145-5p 共4个 miRNA 结合区域.     

家族性渗出性玻璃体视网膜病变患者LRP5基因突变研究

家族性渗出性玻璃体视网膜病变(familial exudative vitreoretinopathy, FEVR)是一种遗传性眼科疾病,主要特征为视网膜周边血管发育异常和病变。由于病变程度不同,临床表型可从无明显症状到眼睛完全失明。本文通过研究3个中国FEVR家系和1个散发型患者,探索其致病突变与疾病表型之间的关系。收集家系中患者及亲属的外周血制备基因组DNA,设计引物以扩增FEVR致病基因FZD4、LRP5、NDP和TSPAN12的外显子区域并通过Sanger法进行测序。结果发现,在LRP5基因上存在3个未在dbSNP数据库及千人基因组计划数据库中报道过的杂合突变p.M181R、p.R399S和p.G503R,以及2个已发现但未在FEVR中报道过的杂合突变p.R494Q和p.G876S。生物信息学分析表明这5个突变位点均高度保守,为有害突变。荧光素酶报告基因实验证明了这5个突变均不能激活Norrin/β-catenin信号通路,进一步证明了这5个突变的致病性。该研究扩充了我国FEVR疾病的遗传数据库,可为该疾病的分子诊断提供依据。     

四个牦牛品种MC1R基因部分序列的多态性研究

为探索4个牦牛品种MC1R基因多态性的相关信息,选取甘南牦牛、天祝白牦牛、青海高原牦牛、大通牦牛4个品种共408头个体为研究对象,采用PCR-SSCP方法分析牦牛MC1R基因部分序列的基因多态性。结果表明,与GenBank中牛MCIR基因序列(登录号:AF445641.1)比对发现,该扩增片段在3 891 bp处发生C→G的突变,在3 912 bp处发生T→C的突变,共发现CC、DD、EE、CD、CE和DE 6种基因型。4个牦牛品种中CD、CE和DE 3种基因型在青海高原牦牛和大通牦牛中占主要优势,这3种基因型频率总和在青海高原牦牛和大通牦牛群体中分别是0.778和0.781。DD和CD两基因型是甘南牦牛群里中的优势基因型,其基因型频率分别是0.351和0.328。天祝白牦牛中优势基因型是DD,其基因型频率是0.500。D等位基因是4个地方品种牦牛中的优势等位基因。4个地方品种在该基因座上都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。青海高原牦牛和大通牦牛两个群体处于高度多态(PIC>0.5),甘南牦牛和天祝白牦牛处于中度多态(0.25相似文献   

中国人群中STK15基因内两种非同义SNP的连锁不平衡和单体型分析

STK15基因编码一种丝氨酸苏氨酸蛋白激酶,哺乳动物细胞中其过量表达将导致中心体扩增、染色体不稳定和细胞癌变。STK15基因外显子3中有3种非同义单核苷酸多态(SNP),即：91A→T(131F)、169G→A(V571)和311C→T(S104L)。新近研究发现,91A→T与人类肿瘤遗传易感性相关。应用PCR-RFLP技术确定了91A→T(131F)和169G→A(V571)两种SNP在中国人群中的基因型和单体型。采用巢式PCR方法扩增了193例正常个体的DNA样品,通过错配正向巢式内引物引入EcoRⅠ酶切位点。巢式PCR扩增产物用限制性内切酶EcoRⅠ和ACCⅡ双酶切消化,其中EcoRⅠ能酶切91A,AccⅡ能切开169G,用聚丙烯酰胺凝胶电泳银染法鉴定双酶切结果,发现了4种可能的单体型中的3种,其单体型频率分别为：p(91A-169G)=68．65％,p(91T-169A)=10．88％,p(91T-169G)=20．47％,p(91A-169A)=0％;它们组成的6种基因型及频率分别为：91A-169G／91A-169G(46．11％),91A-169G／91T-169A(14．51％),91A-169G／91T-169G(30．57％)．91T-169G／91T-169G(3．11％),91T-169G／91T-169A(4．15％),91T-169A／91T-169A(1．55％)。等位基因及单体型数据分析结果表明,91A→T(131F)和169G→A(V571)之间存在连锁不平衡。     

人类Ⅱ相药物毒物代谢酶非同义单核苷酸多态性的表型预测：分子进化观

药物毒物代谢酶编码区的非同义单核苷酸多态性（nsSNPs）导致氨基酸改变,从而可能改变相应蛋白质的功能,使人体对有关药物毒物产生异常反应,亦与疾病易感性关联.在人类Ⅱ相代谢酶基因中已发现大量nsSNPs,但对这些酶nsSNPs基因型和表型间的关系了解甚少.本研究从Ensembl基因组数据库和NCBISNP数据库识别出104个人类Ⅱ相酶基因的923个经确认的nsSNPs.用PolyPhen,Panther和SNAP算法预测,发现44%～59%的nsSNPs影响到蛋白质功能.本研究的预测结果与已有实验研究证据基本吻合.68%的已知有害nsSNPs被正确预测为有害.本研究识别出多个尚未经实验研究的功能氨基酸.Panther和PolyPhen的预测结果吻合,SNAP非中性预测结果与PolyPhen预测分值亦吻合.进化上非中性的（去稳定化的）氨基酸替换可能是Ⅱ相酶活性改变,产生疾病易感性和药物/外源物毒性的致病基础.本研究还在有害nsSNPs预测的框架内阐明了Ⅱ相酶的分子进化模式.