基于网络药理学和分子对接探讨金钱草治疗痛风的作用机制

本研究采用网络药理学和分子对接方法探讨金钱草治疗痛风的作用机制.通过检索TCMSP、TCMID、ETCM、Sym-Map、BATMAN-TCM数据库,并在PubMed、中国知网、万方数据库进行文献挖掘,获取金钱草活性成分;通过GeneCards、TTD、OMIM和DisGeNET数据库收集痛风靶点,并将活性成分靶点与疾...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪治疗病毒性心肌炎的作用机制CSCD

本文基于网络药理学方法探讨黄芪治疗病毒性心肌炎的潜在作用机制。通过TCMSP数据库和疾病数据库,分别检索并筛选得到黄芪治疗病毒性心肌炎的潜在作用靶点,利用Cytoscape 3.7.1构建“黄芪活性成分-病毒性心肌炎-靶点”网络、蛋白互作网络,然后利用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析,并通过Sybyl-X 2.0对重要黄芪活性成分和靶点进行分子对接。结果表明,黄芪活性成分22个,关键靶点97个,共涉及1327个生物学过程,29个细胞组分,66个分子功能及90条信号通路。分子对接结果显示异微凸剑叶莎醇与TP53结合最好。本研究初步探讨了黄芪治疗病毒性心肌炎的潜在作用靶点及重要信号通路,为后续提供了新的思路。     

基于网络药理学、分子对接和实验验证探讨朱茯苓用于失眠的作用机制

为探讨朱茯苓治疗失眠的可能作用机制,通过TCMSP、BAT-MAN、TCMID和STITCH数据库以及文献挖掘筛选朱茯苓的活性成分及潜在靶点,利用TTD、OMIM、GeneCards和CTD数据库获取失眠类疾病的相关靶点,采用Cyto-scape软件和String数据库构建活性成分-靶点网络和靶点蛋白相互作用网络,通过...     

基于网络药理学和分子对接探讨苓桂术甘汤治疗冠心病的作用机制

苓桂术甘汤是出自伤寒论的经典名方，临床上对治疗冠心病(coronary heart disease,CHD)具有显著疗效。由于苓桂术甘汤复杂的分子组成和多样的药学活性，且关于其治疗CHD的基础理论研究较少，目前苓桂术甘汤治疗CHD的作用机制和靶点尚未完全阐明。本文采用网络药理学的研究方法探索苓桂术甘汤治疗CHD的作用机制，并利用分子对接验证药物效应分子与靶点间的相互作用。本文通过TCMSP数据库获取苓桂术甘汤中103个有相关靶点信息的活性成分及对应靶点，通过GeneCards数据库和DisGeNET数据库获取4 618个CHD相关靶点蛋白。将苓桂术甘汤与CHD的交集靶点导入到Cytoscape3.9.1软件中构建“苓桂术甘汤-活性成分-CHD作用靶点”网络，并利用STRING数据库获取交集靶点相互作用关系，筛选出AKT1、TP53、STAT3等核心靶点并绘制PPI网络。利用交集靶点在David数据库中进行GO和KEGG富集分析发现，苓桂术甘汤通过调控细胞凋亡、细胞增殖、血管生成、胆固醇代谢、炎症反应以及对脂多糖、缺氧、肿瘤坏死因子的响应等生物学过程和AGE-RAGE、脂质与动脉粥样硬化...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪治疗特发性肺纤维化的分子机制

本研究旨在以黄芪活性成分为切入点,基于网络药理学及分子对接研究黄芪治疗特发性肺纤维化的分子机制.首先,通过TCMSP筛选黄芪的活性成分;利用Swiss Target Prediction预测黄芪化学成分潜在靶点;使用Gene-Cards和CTD筛选出特发性肺纤维化的相关基因,交集获得黄芪治疗特发性肺纤维化的潜在靶点,对...     

基于网络药理学、分子对接及大鼠实验的黄芪-冬虫夏草药对治疗IgA肾病作用机制研究CSCD

通过网络药理学筛选黄芪-冬虫夏草治疗IgA肾病(IgA nephropathy,IgAN)的作用靶点和相关信号通路,明确其作用机制,并进行实验验证。应用TCMSP、BATMAN-TCM数据库结合文献挖掘获取黄芪-冬虫夏草的活性成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库获取慢性IgAN的疾病靶点;筛选出与黄芪-冬虫夏草共同的靶点,进而利用Venny 2.1绘制共同靶点韦恩图;利用STRING构建共同靶点互作网络(PPI);应用Cytoscape 3.7.1软件构建成黄芪-冬虫夏草丸活性成分-靶点交集的网络;通过R语言软件对共同靶点进行GO分析和慢性IgA肾病作用靶点的KEGG分析,筛选出潜在通路并分析其作用机制。运用分子对接技术验证黄芪-冬虫夏草活性成分与关键靶点的结合效能。取IgA肾病造模大鼠(分空白组、模型组和黄芪-冬虫夏草中剂量组)分别治疗21天。取肾脏组织,采用酶联免疫法检测各组大鼠肾组织中VEGFA含量。筛选出黄芪-冬虫夏草中生物活性成分5个,作用于37个IgAN的共同靶点,核心靶点为VEGFA、HIF1A、NOS3、CASP3,主要涉及类固醇结合、细胞凋亡过程的半胱氨酸型内肽酶活性、雌激素受体结合、胆固醇结合等生物过程,主要富集在Lipid and atherosclerosis信号通路、AGE-RAGE信号通路、Fluid shear stress and atherosclerosis通路、PI3K-Akt信号通路等信号通路。分子显示主要成分和关键靶点之间具有较好的结合效能。相对于模型组,黄芪-冬虫夏草中剂量组VEGFA含量显著降低(P<0.05)。黄芪-冬虫夏草药对可能作用于VEGFA、HIF1A、NOS3、CASP3等关键靶点,通过抑制纤维化等与IgA肾病疾病相关的信号通路实现对IgA肾病的治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨雷公藤干预结缔组织相关间质性肺病的分子机制

为探究雷公藤干预结缔组织相关间质性肺疾病(CTD-ILD)的分子机制.运用网络药理学的方法,通过TCM-SP数据库挖掘雷公藤的主要化学成分及作用靶点,利用Genecards、OMIM、DrugBank数据库获取CTD-ILD相关靶点,利用String平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能...     

基于网络药理学与分子对接探究黄芩有效成分对酒精性肝病的作用机制及效果验证

通过网络药理学和分子对接技术探究中药黄芩治疗酒精性肝病的作用机制，并通过体外细胞实验验证黄芩有效成分对酒精性肝病的治疗效果。在TCMSP、Swiss ADME和Swiss Target Prediction数据库中检索获得黄芩有效成分及其作用靶点；在GeneCards、OMIM、DisGeNET、TTD和PharmGKB数据库中检索获得酒精性肝病相关的疾病靶点；利用String数据库构建靶点相互作用网络；通过Metascape数据库对关键靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析、基因本体(GO)富集分析。采用Cytoscape 3.8.0软件构建黄芩治疗酒精性肝病的“有效成分-靶点-通路”互作网络，并筛选出黄芩有效成分和关键靶点进行分子对接。基于网络药理学和分子对接结果，采用体外细胞实验初步验证预测结果。将黄芩有效成分进行ADME筛选后共获得27个，且这27个有效成分可以通过257个基因靶点对酒精性肝病起到治疗作用，其中关键核心靶点有SRC、AKT1、PIK3R1、STAT3、PIK3CA等。KEGG信号通路富集分析结果显示，黄芩治疗酒精性肝病的主要信号通路包括癌症的途...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨冬虫夏草治疗肾纤维化的潜在作用机制

为了探究冬虫夏草治疗肾纤维化的分子机制,本研究运用网络药理学方法筛选出冬虫夏草抗肾纤维化的活性成分、潜在作用靶点及相关信号通路,并对关键的化合物和靶点进行分子对接。结果表明,冬虫夏草共有22个化合物和364个潜在靶点参与治疗肾纤维化,蛋白互作（PPI）分析出IL-6、TNF-α、MAPK3、EGFR、SRC、CASP3和MAPK1等关键潜在靶点,KEGG通路富集筛选得到163条信号通路。分子对接结果显示,冬虫夏草治疗肾纤维化过程中,其核心化合物金色酰胺醇酯、啤酒甾醇、酒渣碱、花生四烯酸、11,14-二十碳二烯酸分别与PIK3CA、PIK3CB、PIK3CD、MAPK1、MAPK3、RELA等具有良好的结合性能。分析结果显示,冬虫夏草具有通过多成分、多靶点、多通路减缓肾纤维化的潜力,为其抗肾纤维化临床使用提供了一定的依据。     

基于网络药理学和分子对接技术分析六味地黄丸治疗骨质疏松症的作用机制

基于网络药理学和分子对接技术分析六味地黄丸治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的作用机制.通过TC-MSP数据库进行六味地黄丸潜在化学成分获取和靶点预测,运用TTD、Disgenet、GeneCards数据库预测筛选与骨质疏松症相关的基因,利用Cytoscape 3.7.0软件建立中药-化合物-靶点-疾病可...     

基于网络药理学和分子对接技术的天麻-川芎药对治疗高血压作用机制研究CSCD

借助网络药理学和分子对接探究天麻-川芎药对治疗高血压活性成分的靶点和作用机制。通过中药系统药理学数据库(TCMSP),限制口服生物利用度和类药性范围获取天麻、川芎两味药的活性成分及靶点。通过Drugbank和CTD筛选出疾病高血压靶点,借助韦恩图筛选出药对治疗疾病的共同潜在靶点;通过Cytoscape 3.2.1软件构建药对-疾病-成分-靶点的网络图,进一步用STRING数据库构建蛋白互作图,最后进行基因本体(GO)分析以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析;应用Discovery Studio 4.5软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。天麻-川芎药对共筛选出107个有效成分,对应1010个靶点;高血压对应得到2268个靶点;最终筛选出活性成分70个,共同靶点为83个;药对-疾病-成分-靶点调控网络包含155个节点,1217条边;GO分析,主要途径有血液循环,循环系统过程,核受体活性,转录因子活性等。KEGG分析,主要涉及神经活性配体-受体相互作用、Ca^(2+)信号通路、癌症的途径、cAMP信号通路等。分子对接显示,核心靶点与间羟基苯甲酸、油酸、亚油酸乙酯、反式β-金合欢烯和十四烷有较强的亲和力。天麻-川芎药对治疗高血压可能是通过TNF、PTGS2、EDN1等关键靶点发挥作用,同时通过调控神经活性配体-受体相互作用通路、Ca^(2+)信号通路、癌症的途径等多种通路发挥作用。初步揭示了天麻-川芎药对是通过多成分、多途径和多靶点协同治疗高血压的作用机制,为筛选治疗高血压的药物提供理论依据。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨红花治疗视网膜静脉阻塞的作用机制研究

本文旨在通过网络药理学和分子对接技术探讨红花治疗视网膜静脉阻塞(RVO)的分子作用机制。首先,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取红花的活性成分和潜在作用靶点。然后,利用GeneCards数据库和OMIM数据库收集RVO相关疾病靶点,借助R 3.6.3软件运行R语言获取红花-RVO交集靶点数据集,通过FunRich 3.1.3软件绘制Venn图和Cytoscape 3.7.0软件构建疾病-成分-靶点网络。利用String数据库和Cytoscape 3.7.0软件绘制蛋白互作(PPI)网络。利用Metascape数据库进行GO和KEGG富集分析。最后,利用AutoDock Vina 1.1.2软件对红花主要活性成分与对应关键靶点进行分子对接验证。本研究共筛选得到红花22个活性成分、186个潜在作用靶点及1 842个RVO相关疾病靶点,最终得到128个红花-RVO交集靶点。PPI网络分析表明,AKT1、JUN、IL6、MAPK1、MAPK8、EGF、CXCL8、MMP9等可能是治疗RVO的核心靶点。GO富集分析,共得到生物过程(BP)条目2 000个,分子功能(MF)条目1...     

基于分子对接和系统药理学小青龙汤治疗哮喘的作用机制

为从分子层面阐述小青龙汤治疗哮喘的作用机制,探索小青龙汤的潜在靶标,本研究检索中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)并根据口服生物利用度(oralbioavailability,OB)、药物相似性(drug-likeness,DL)筛选出小青龙汤的活性成分,利用Pharmmapper数据库筛选小青龙汤潜在作用靶点,挖掘CTD、Genecards数据库以筛选与哮喘相关的作用靶点,利用Cytoscape 3.6.1软件构建小青龙汤的蛋白互作网络图、化合物靶点图,并通过计算拓扑学参数找到小青龙汤中关键的作用靶点和化合物。对小青龙汤对哮喘的作用靶点进行GO分析和KEGG分析。利用iGEMDOCK软件进行分子对接,预测作用靶点和主要化合物的结合度。通过筛选得到小青龙汤活性成分、潜在作用靶点;GO分析得到43个生物学过程、11个细胞组成和9个分子功能;KEGG分析包括PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路、Wnt信号通路等。初步验证和预测了小青龙汤对治疗哮喘的作用机制,并为进一步深入揭示其作用机制提供参考。     

基于网络药理学和分子对接探究薰衣草治疗睡眠障碍的作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接预测薰衣草治疗睡眠障碍（SD）的主要活性成分、作用靶点及潜在作用机制。方法：检索中国知网（CNKI）、Web of Science(WOS)数据库中关于薰衣草的相关文献,结合TCMSP数据库筛选主要活性成分,利用SwissTargetPrediction和PharmMapper 2个数据库获取活性成分的靶点,再利用GeneCards、OMIM、TTD和DrugBank 4个数据库检索疾病基因,并经Venn工具得到两者交集的潜在作用靶点。利用Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-成分-靶点”相互作用网络,利用STRING 11.5数据库筛选置信度≥0.9的靶点,构建PPI网络。利用Enrichr数据库对交集基因进行GO富集分析及KEGG通路分析。利用AutoDockTools 1.5.7软件对活性成分与核心靶点进行分子对接,利用PyMOL 3.8软件进行可视化分析。结果：共获得13个活性成分和192个潜在作用靶点,活性成分为亚油酸乙酯、木犀草素、乙酸芳樟酯、熊果酸及芳樟醇,hub基因为STAT3、MMP9、PTPN11、MAPK1及IL2;作用机制主...     

基于网络药理学和分子对接研究黄芪治疗糖尿病心肌病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接方法研究黄芪治疗糖尿病心肌病(DCM)的作用机制.方法:利用中药系统药理学技术平台数据库(TCMSP)收集黄芪的成分及其相关靶点;通过GeneCards、NCBI、OMIM数据库获取DCM相关疾病靶点.取黄芪成分靶点与DCM疾病靶点的交集基因,作为黄芪对DCM作用的潜在关键靶点基因,将交集...     

基于网络药理学及实验验证探讨益气温阳活血利水中药组分配伍防治慢性心力衰竭作用机制CSCD

利用网络药理学及分子对接预测益气温阳活血利水中药组分配伍防治慢性心力衰竭(chronic heart failure)潜在靶向作用机制。通过文献检索及课题组前期经验,确定黄芪、桂枝、丹参、葶苈子四味益气温阳活血利水代表药物。采用TCMSP、BATMAN-TCM平台筛选四种药物的活性成分并预测相关作用靶点;利用GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选CHF相关靶点;通过String数据库构建蛋白互作PPI网络;利用DAVID数据库进行GO分析和KEGG通路分析;通过Cytoscape 3.8.0软件构建网络关系图;通过Autodock vina进行分子对接。共收集得到化合物21个,CHF靶点共10759个,其中黄芪总皂苷、丹参总酚酸、葶苈子水提物及桂皮醛与疾病的交集靶点分别为75、56、163、27个,根据degree值筛选核心靶点40个;GO分析和KEGG通路分析分别将排名靠前的条目可视化;分子对接结果显示四种中药活性成分与核心靶点结合能稳定。动物实验结果显示,组分配伍能改善心功能,降低血浆中B型钠尿肽前体(NT-proBNP)、心肌肌钙蛋白I(cTnI)、升高血清中超氧化物歧化酶(SOD)、降低丙二醛(MDA),改善心肌细胞凋亡。本研究初步揭示了黄芪总皂苷、丹参总酚酸、桂皮醛与葶苈子水提物组分配伍多成分、多靶点、多途径治疗CHF的机制,作用机制可能与细胞凋亡、氧化应激、炎症反应及能量代谢有关。     

基于网络药理学和分子对接探讨藏麻黄挥发性成分对支气管炎的作用机制

麻黄(Ephedrae Herba)具有发汗散寒、宣肺平喘、利水消肿的功效。现代研究表明麻黄对治疗支气管、哮喘有疗效。藏麻黄(Ephedra saxatilis)为西藏特有的麻黄属植物,其根、茎具有特殊香气,且目前其挥发性成分未有报道。为评价挥发性成分对支气管炎作用,用气质联用仪测定分析藏麻黄根、茎挥发性成分,并结合网络药理学和分子对接方法分析挥发性成分治疗支气管炎的关键靶点。分析检测到67个挥发性化合物,茎中含有挥发性主要成分为2,3,5,6-四甲基吡嗪(10.92%)、Z-9-十五烯醇(9.15%)、二羟基苯乙酮(7.92%);根含有的挥发性主要成分为亚油酸(7.81%)、红没药醇(7.1%)、Z-9-十五烯醇(5.98%)。有34个挥发性成分能够作用32个支气管炎疾病靶点。蛋白互作网络分析预测IL6、TNF、PTGS2、CXCL8为藏麻黄挥发性成分治疗支气管可能的潜在靶点。这些靶点与挥发性成分丁子香酚、月桂酸、反式法尼醇、α-萜品醇、榄香醇和棕榈酸6种化合物靶点相互结合程度高,且分子对接效果好。本研究推测藏麻黄挥发性成分对支气管炎的治疗作用机制可能是通过抑菌作用参与炎症反应,并通过抑制TNF、IL-17、Toll样受体等炎症与免疫信号通路中IL6、TNF、PTGS2、CXCL8的表达,从而起到治疗支气管炎的作用。研究结果为挖掘藏麻黄挥发性成分中治疗支气管炎靶标分子及其产品开发提供重要参考依据。     

基于网络药理学和分子对接探析槲皮素对抑郁的作用机制

应用网络药理学及分子对接技术探究槲皮素治疗抑郁的潜在机制。从SwissTargetPrediction、Superpred数据库中筛选出“槲皮素”相关靶点;从OMIM、Genecards数据库中筛选出“抑郁”的相关靶点。通过Jvenn获得二者的共同蛋白质靶点信息后,使用Cytoscape软件构建蛋白质互作网络,并对hub基因进行筛选。使用David平台对相同靶点进行GO、KEGG等富集分析。最后采用分子对接技术进行准确性检验。PPI网络中共有103个节点,536条边,其中SRC、MTOR、EGFR、AKT1、PTK2等靶点度值排名较高。GO、KEGG富集分析结果表明,槲皮素对抑郁的作用主要涉及凋亡过程的负向调节、信号转导、蛋白磷酸化反应等生物学过程。信号通路主要包括HIF-1、ErbB、磷脂酶D信号传导、神经营养素信号传导等。分子对接结果显示SRC、MTOR、AKT1等靶点与槲皮素结合程度较好,且在KEGG通路中富集。揭示了槲皮素作用于抑郁的潜在靶点及机制,以期望研制出治疗抑郁症新药物。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨柴胡疏肝散治疗肝血管瘤的作用机制

肝血管瘤是常见的良性肿瘤之一，临床上常采用柴胡疏肝散进行治疗，但其具体的作用机制仍是未知的。本研究利用网络药理学和分子对接方法，通过成分-靶点网络图分析得出关键靶点和成分信息，对关键靶点和成分进行分子对接，获得相应分子对接图谱，并探讨其作用机制。结果显示，共获得柴胡疏肝散活性成分142个，相对应靶点269个，肝血管瘤疾病靶点351个，两者共同交集靶点61个。基因本体（GO）功能富集有184条生物学过程，主要涉及转录因子活性、DNA结合及转录的正向调控。京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析筛选得到138条信号通路，主要涉及PI3K-Akt、乙型肝炎、MAPK、AGE-RAGE等信号通路。分子对接结果显示，AKT1蛋白与活性成分β-谷甾醇结合稳定，VEGFA蛋白与活性成分槲皮素和异鼠李素均结合稳定，ESR1和MAPK3分别与β-谷甾醇和柚皮素结合稳定。柴胡疏肝散可能是通过槲皮素、异鼠李素、β-谷甾醇、山柰酚和柚皮素等活性成分作用于STAT3、AKT1、VEGFA、ESR1、MAPK3等靶点的，通过诱导血管新生、保护血管和肝细胞的活化等发挥治疗肝血管瘤的作用，这为临床上应用柴胡疏...     

基于网络药理学和实验验证探讨光甘草定治疗去势抵抗性前列腺癌的作用机制

本研究结合网络药理学、分子对接和体外细胞实验探讨光甘草定治疗去势抵抗性前列腺癌的作用机制。利用中药数据库HERB、TCMIO、TCMSP、PharmMapper和BATMAN-TCM、Swiss Target Prediction数据库共筛选出248个药物靶点,利用DisGeNET数据库收集到683个疾病靶点,通过韦恩图工具获取药物-疾病靶点55个。通过PPI分析以及拓扑学分析得到AKT1、TP53、ESR1、EGFR等10个核心靶点蛋白。使用R studio软件的“clusterProfiler”包进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,GO富集分析分析得到847个条目(P<0.01),涉及对类固醇激素的反应、蛋白激酶B信号、对营养水平的反应等,KEGG富集分析得到PI3K/AKT信号通路、蛋白聚糖在癌症中的作用、前列腺癌等105个相关信号通路(P<0.01)。运用AutoDock软件进行分子对接,结果表明光甘草定与核心靶点具有较好的结合性。CCK8法检测细胞增殖发现光甘草定可抑制PC-3细胞增殖(P<0.05),流式细胞术和DAPI染色镜下观察发现光甘草定可促...