大豆不同生育期根际土壤细菌群落结构的变化

为了解大豆根际细菌群落结构多样性及根际细菌群落结构的变化,该研究以大豆苗期和成熟期的根际土壤为材料,采用Illumina高通量测序技术测定细菌16S rRNA V3+V4区序列,探究大豆不同生育期根际土壤细菌群落结构的变化。对原始数据进行拼接、过滤、去除嵌合体序列和聚类分析等数据处理,并对OTU进行分类学注释。在此基础上运用ANOVA分析物种组成变化,Alpha多样性指数研究细菌多样性变化。结果表明:细菌丰富度和多样性在不同生育期有显著变化,其中成熟期土壤中的细菌丰富度和多样性指数均明显高于苗期; 变形菌、放线菌、酸杆菌是大豆根际的优势菌门,其含量在不同生育期也有显著变化; 假诺卡氏菌属、糖丝菌属、鞘氨醇单胞菌属是大豆根际的优势菌属,这些菌属中的部分菌群属于根际促生菌,具有潜在的促生效应。这些结果证实大豆的生育期对根际土壤细菌群落结构有重要影响。     

不同植茶年限茶树根际土壤细菌多样性及群落结构研究

运用传统培养法和高通量测序技术研究不同植茶年限(5年、10年、20年)茶树根际土壤细菌的多样性、结构和组成,并分析茶树土壤理化性质与细菌群落的相关性,为改善茶树的土壤和提高茶树产量提供参考。结果表明:两种方法均指出不同植茶年限下的根际细菌群落结构存在显著性差异,5年和10年茶树细菌多样性显著高于20年茶树细菌;培养法得出厚壁菌门(Firmicutes)和芽孢杆菌属(Bacillus)为优势门属,高通量测序技术得出酸杆菌门(Acidobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和Candidatus_Udaeobacter属为优势门属;总氮(TN)、总钾(TK)、总磷(TP)、pH是影响茶树细菌群落的关键理化因子;随着植茶年限增加,要采取措施防止土壤酸化,适当增施氮肥和磷肥。     

不同栽培模式对山丹丹根际土壤细菌群落多样性的影响研究

采集陕西子长市高柏山示范基地山丹丹根际土壤,利用高通量测序技术,分析其细菌群落的多样性及其影响因素。结果表明:共获得细菌有效序列575510条,包含30门90纲147目242科391属。优势菌门为放线菌门(Actinobacteria, 38.56%—46.12%)、变形菌门(Proteobacteria, 16.67%—26.55%)、绿弯菌门(Chloroflexi, 9.45%—18.57%)、酸杆菌门(Acidobacteria, 2.96%—5.26%)和拟杆菌门(Bacteroidetes, 2.04%—5.76%)。优势菌纲为放线菌纲(Actinobacteria, 32.44%—38.52%)、 α-变形菌纲(Alphaproteobacteria, 15.47%—25.89%)、酸杆菌纲(Acidimicrobiia,2.39%—7.59%)、热微菌纲(Thermomicrobia, 3.43%—5.55%)和氯酸杆菌纲(Chloracidobacteria, 2.14%—4.29%)。冗余分析显示在属水平上,环境因子可以解释61.86%的细菌群落差异。有机质、速效钾...     

不同生境马铃薯根际土壤细菌多样性分析

近年来,随着国家对马铃薯产业重视程度的增加,生产的专业化和规模化程度越来越高,化肥农药用量不断加大,加之连作等种植模式,致使以疮痂病为代表的土传病害普遍发生且逐年加重,个别地块发病率达90%以上,给种植业者带来巨大的经济损失。[目的] 为了探索马铃薯疮痂病发生与土壤环境的关系,分析区域性种植方式和施肥量对土壤细菌种群变化的影响,为实现土传病害有效防治提供借鉴。[方法] 本文分别从1年连作土传病害轻的宁夏西吉（西北）、3年连作土传病害严重的河北沽源（华北）、5年轮作未发现土传病害的内蒙古海拉尔（东北）大田马铃薯根际采集土壤,利用高通量测序技术,比较了样品间细菌群落结构差异。[结果] 3组样品共获得有效条带617558条,可分类操作单元（OTUs）3077个。各样品中变形菌门（Proteobacteria）数量最多,含量均在33%以上。与未发病土壤样品相比,土传病害发生严重的样品中细菌数量、物种数、细菌多样性、种类丰富度均有所降低,有害菌数量增加,益生菌数量减少。其中,放线菌（Actinobacteria）数量明显增多,变形菌（Proteobacteria）、绿弯菌（Chloroflexi）和酸杆菌（Acidobacteria）数量明显减少,组分及数量差异明显的细菌（尤其是放线菌门）大多与土壤全磷含量呈显著相关。[结论] 过量施用化肥和常年连作改变了土壤细菌群落结构,生态环境恶化,导致土传性病害发生。其中,磷可能是影响土壤微生物群落结构变化最主要的肥料元素。     

寒区高粱各组织及根际土壤真菌群落结构

为了解高粱有益真菌资源情况,本研究采用ITS高通量测序对寒区成熟期高粱不同组织及根际土的真菌群落结构进行了分析.结果 显示,15个样品共得到238个OTU,其中88个共有OTU.高粱各组织及根际土的真菌优势群落均为子囊菌门和担子菌门.PCoA结果显示,高粱不同组织的真菌群落结构有差异,根与根际土的真菌群落结构相似性更高...     

不同种植年限香榧根际土壤微生物多样性

为探明不同种植年限对香榧根际土壤微生物群落特征的影响,采用高通量测序技术,分析种植5 a、10 a和15 a香榧根际土壤细菌、真菌的群落结构和多样性特征.结果表明: 在种植15 a的香榧土壤中细菌Chao1指数、ACE指数和Shannon指数显著降低,Simpson指数无显著变化.NMDS分析显示,种植年限对细菌群落结构变化有显著影响,而种植5 a和10 a香榧林地土壤具有相似的细菌群落.细菌相对丰度、多样性以及群落结构(基本上由变形菌、放线菌、酸杆菌和绿弯菌组成)的变化与有机质、C/N、全氮呈极显著相关.香榧根际土壤真菌Chao1指数和ACE指数随种植年限的增加显著降低,Shannon指数和Simpson指数在种植10 a香榧林地中较高.真菌NMDS分析显示,相同种植年限土壤真菌群落聚在一起,不同种植年限之间能明显分开.真菌优势菌群主要包括子囊菌门、担子菌门、接合菌门.有机质是影响真菌丰富度、多样性和群落结构变化的主要因子.综上,香榧根际土壤微生物群落随种植年限不同而发生明显变化,种植年限、C/N、土壤全氮和有机质含量是影响香榧根际土壤微生物群落结构的主要因子.     

高通量测序分析环保肥料增效剂对马铃薯根际土壤真菌多样性变化影响

【目的】高通量测序技术对研究环境样品中微生物群落组成具有很大的应用价值。土壤微生物群落结构和多样性及其变化在一定程度上反映了土壤的质量。旨在从微生物群落结构的角度阐述环保肥料增效剂对马铃薯根际土壤主要真菌类群结构的影响。【方法】通过高通量测序结果对比分析应用增效剂前后马铃薯根际真菌宏基因组ITS1区,并依据RDP中设置的分类阈值对序列进行物种分类。【结果】测序结果经过质量控制,共获得有效条带437 375条,依据97%的序列相似性做聚类分析,获得全部样品的可分类操作单元(OTUs)共633个。子囊菌的总体数量在所有样品中最多(相对丰度在56.95%-97.23%之间),且处理后呈增加趋势(HY除外),而担子菌门数量在处理后呈下降的趋势。基于真菌ITS1高通量测序结果获得的α指数显示,样品内部处理和对照之间真菌物种多样性有差别。基于真菌ITS1高通量测序获得的β指数显示,处理组与对照组的真菌多样性之间没有差别,这表明真菌多样性之间的差异更多地取决于样品采集地点。【结论】土壤特性是影响真菌种群的重要因素之一,环保肥料增效剂显著改善了土壤真菌的种群结构。     

雅鲁藏布江下游沿岸湿地建群种植物根际土壤细菌群落结构和多样性特征

了解雅鲁藏布江大峡谷沿岸不同植被根际土壤细菌群落结构和多样性特征对于揭示该区植被与土壤的相互作用具有重要科学意义。采用Illumina Miseq高通量测序技术,研究了雅鲁藏布江沿岸自然分布和生长的艾草Artemisia argyi H. Lév.&Vaniot、白刺花Sophora davidii(Franch)、八宝Hylotelephium erythrostictum(Miq.)H. Ohba、黄刺玫Rosa xanthina Lindl4种典型植被根际土壤细菌群落结构和多样性,并结合植物根际土壤养分含量进行相关性分析。雅鲁藏布江沿岸4种植物根际土壤中共有28门、84纲、156目、262科、599属土壤细菌,其中变形菌门、酸杆菌门、放线菌门是雅鲁藏布江岸边植物根际土壤的优势菌群,相对丰度较高,其次为拟杆菌门、芽单胞菌门、疣微菌门。在门水平上,4种植物根际土壤细菌的群落结构组成表现为黄刺玫和艾草相似,而八宝和另外三种植物相差较大。土壤细菌OTUs(操作分类单元)数和Chaol均以艾草为最高,其值分别是6695和8000.02,以白刺花为最低,其值分别是4563和5113....     

枸杞根际土壤真菌群落多样性的高通量测序

【目的】为了解不同枸杞产区枸杞根际真菌多样性的差异,从枸杞根际土壤真菌群落的角度试图解释宁夏枸杞优良品质与其土壤微生物菌群的联系。【方法】采用Mi Seq高通量测序方法,分别将我国4个不同地区枸杞根际土壤样品进行ITS区的高通量测序,并分析了物种组成和丰度、Alpha多样性、Beta多样性和菌群结构,测定不同产区枸杞主要有效成分,同时对枸杞品质和其土壤理化因子及枸杞根际真菌种群多样性的相关性做了分析。【结果】多糖含量和甜菜碱含量均是中宁枸杞高于兴仁和精河,格尔木含量最低;宁夏兴仁、宁夏中宁、新疆精河3个地区菌群结构类似,子囊菌门和结合菌门占总菌群的80%左右,而青海格尔木除了子囊菌门占58%外,壶菌门和新丽鞭毛菌门远远高于其他3个地区,比例占总菌群的近25%;4个地区枸杞根际土壤真菌菌群结构相似性依次为宁夏兴仁、新疆精河、宁夏中宁、青海格尔木。【结论】枸杞根际土壤样品真菌物种组成丰富,不同地区枸杞根际土壤真菌种群结构有一定差异;枸杞主要有效成分含量与枸杞根际土壤真菌种群结构具有一定相关性。     

吉林省辽源地区羊肚菌根际土壤真菌多样性及群落组成

为探究羊肚菌Morchella与不同土壤生长环境及土壤理化因子的关系,以吉林省辽源市的野生和栽培两种生境为样地,采集羊肚菌根际土壤样品为材料,通过Illumina MiSeq高通量测序技术,对羊肚菌土壤真菌群落结构和多样性进行研究,同时分析土壤理化因子对其真菌群落多样性及优势菌属的影响.通过Alpha多样性分析发现:与...     

不同生境黑老虎根际和内生真菌多样性分析

为探究不同生长条件下黑老虎根际和根部内生真菌群落组成和多样性及其与土壤环境因子的相关性,该文应用Illumina高通量测序方法对贵州3个不同生境下黑老虎根际和根部内生真菌进行了研究。结果表明:(1)3种生境下,根际土壤真菌OTU数量(3 867)远多于根部内生真菌(801),其中根际土壤真菌共有的OTU为72个,共注释到5个门、49个属,大多为子囊菌门; 属水平上被孢霉属、外瓶柄霉属、 柱孢属占比较高; 根部内生真菌共有的OTU为14个,共注释到2个门、11个属,子囊菌门(13个,占比92.9%)占绝对优势,属水平上被孢霉属、外瓶柄霉属、 柱孢属和丛赤壳属占比最高; 所有样本中,共有的OTU仅为6个,注释到2个门、5个属,子囊菌门(5个,占比83.3%)为优势门; 在属水平上,占比最高的为外瓶柄霉属(2个,33.3%),其余分别为被孢霉属、柱孢属和丛赤壳属 。Alpha多样性分析表明,根际土壤的真菌群落多样性和丰富度均显著高于根部内生真菌,而野生生境的真菌多样性高于栽培生境。(2)在门水平上,3个生境下主要内生真菌类群均为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota),占总菌群的88.28%; 在属水平上,不同生境条件下,根际和根部内生真菌群落结构差异明显; 栽培生境下,根部内生真菌菌群具有一定的偏好性,而野生生境下,根部内生真菌菌群均匀度更高; FUNGuild真菌群落功能预测显示,栽培生境下的病理-腐生营养型(pathotroph-saprotroph)在根部内生真菌中占比较高,而野生生境下的腐生营养型(saprotroph)及共生营养型(symbiotroph)占比较高。(3)土壤环境因子对根部内生真菌和根际真菌的影响方式不同,其中土壤总钾(TK)和土壤总磷(TP)与黑老虎根部内生真菌香农指数和辛普森指数显著正相关,而土壤有机质(SOM)、总氮(TN)和速效氮(AN)与黑老虎根际土壤真菌Ace指数和Chao1指数显著正相关。综上表明,土壤有机质、总氮、速效氮是影响黑老虎根际土壤真菌群落的主要土壤环境因子。     

贵州草海流域三种不同植被类型根际土壤真菌结构组成和多样性

为了解草海流域3种不同植被类型（湿地、草坡和灌木林地）根际土壤真菌结构组成和多样性的差异,采集3种植被根际土壤,利用第二代高通量测序技术,对土壤真菌结构组成及其多样性进行分析,测定土壤理化性质和酶活性,并与土壤真菌多样性进行相关性分析。结果表明：3种植被类型根际土壤真菌物种隶属于4个门、34纲、109目、250科、537属,其中灌木林地和湿地的真菌结构组成相似性较高,优势种群均为座囊菌纲Dothideomycetes,分别占21.18%和11.13%,而草坡优势类群为属级未确定的真菌,占29.26%;土壤真菌的多样性表现为灌木林地>草坡>湿地;植被根际土壤酶活性随土层加深逐渐降低,其中灌木林地根际土壤酶活性最高,湿地根际土壤酶活性最低,植被根际土壤真菌多样性和土壤全N、全K和速效K显著相关。3种不同植被类型根际土壤理化性质和酶活性与土壤真菌组成、丰度和多样性显著相关（P<0.05）,不同植被类型凋落物归还土壤并改变根际土壤理化性质和酶活性,进而影响根际土壤真菌组成结构和多样性。     

Biodiversity of phosphate solubilizing bacteria in rhizosphere of chickpea,mustard and wheat grown in different regions of Haryana

The native population of phosphate solubilizing bacteria (PSB) was studied in the rhizosphere of chickpea, mustard and wheat grown in different regions of Haryana. A total of 193 PSB were isolated from 245 rhizospheric samples collected from south-west and north-east zones. The PSB count showed large variations (3−67 × 10⁵cfu/g) and biodiversity within the crop and place of sampling. Using biochemical analysis, the isolates were tentatively identified as belonging to four genera, Pseudomonas, Aeromonas, Klebsiella and Enterobacter. Phosphate solubilization of these isolates varied from 5.9 to 123.8% and 2.2 to 227.2 μg/ml in solid and liquid Pikovskaya’s medium, respectively. Based on their morphological traits, all the isolates were placed into 20 groups, majority of them falling in the group having white, round and gummy colonies, irrespective of the crop or the region. The intrinsic antibiotic resistance pattern showed large variations among the isolates and most of the isolates were resistant to streptomycin, ampicillin and penicillin. The highest PSB number and greatest variability were found in the rhizosphere of chickpea, followed by wheat and then mustard.     

丛枝菌根真菌和生物质炭对连作西瓜土壤肥力的影响

【背景】作为土壤改良剂生物质炭能够改善土壤条件,促进丛枝菌根(arbuscular mycorrhizal,AM)真菌侵染和植物生长发育。【目的】探究接种AM真菌配合施加生物质炭对连作土壤肥力和西瓜生长的效应。【方法】盆栽‘圆佳’西瓜(Citrullus lanatus)嫁接苗[砧木为‘全能铁甲’南瓜(Cucurbita maxima×C. moschata)],栽培基质为西瓜连作土壤,试验设接种或不接种AM真菌变形球囊霉(Glomus versiforme)并施加0%、1%、2%和4%的生物质炭,共8个处理,测定土壤理化特性、土壤酶活性、土壤微生物数量和植株生长量。【结果】接种AM真菌并施加生物质炭,可显著促进土壤大颗粒团聚体的形成和有机质的矿化,稳定土壤pH,增加土壤细菌和放线菌数量,降低真菌数量,提高土壤蔗糖酶、过氧化氢酶和脲酶的活性,活化土壤矿质养分,最终促进西瓜植株的生长发育。其中,以接种变形球囊霉并施加2%?4%生物质炭组合的效应最大。两者互作在一定程度上提高了连作土壤的pH、饱和含水量及孔隙度,降低了土壤容重,有利于土壤大颗粒团聚体的形成,提高了土壤酶活性,改善了根围土壤微生物组成。【结论】 AM真菌接种配合施加2%?4%的生物质炭可以显著改善连作土壤的肥力状况。     

毛乌素沙地不同飞播造林年限土壤真菌群落结构特征

为探究毛乌素沙地不同飞播造林年限对土壤真菌群落结构的影响,以O、6、16、26和36年共5个飞播造林年限的土壤为对象,采用高通量测序技术检测土壤真菌,分析了其群落结构及多样性,并探讨了土壤因子的影响.结果 表明:随着飞播年限的增加土壤真菌群落结构发生变化,除Simpson指数无明显变化外,真菌Alpha多样性指数、菌门...     

Response of strawberry to inoculation with arbuscular mycorrhizal fungi under very high soil phosphorus conditions

A field study was done to assess the potential benefit of arbuscular mycorrhizal (AM) inoculation of elite strawberry plants on plant multiplication, under typical strawberry nursery conditions and, in particular, high soil P fertility (Mehlich-3 extractible P=498 mg kg⁻¹). Commercially in vitro propagated elite plants of five cultivars (‘Chambly,’ ‘Glooscap,’ ‘Joliette,’ ‘Kent,’ and ‘Sweet Charlie’) were transplanted in noninoculated growth substrate or in substrate inoculated with Glomus intraradices or with a mixture of species (G. intraradices, Glomus mosseae, and Glomus etunicatum) at the acclimation stage and were grown for 6 weeks before transplantation in the field. We found that AM fungi can impact on plant productivity in a soil classified as excessively rich in P. Inoculated mother plants produced about 25% fewer daughter plants than the control in Chambly (P=0.03), and Glooscap produced about 50% more (P=0.008) daughter plants when inoculated with G. intraradices, while the productivity of other cultivars was not significantly decreased. Daughter plant shoot mass was not affected by treatments, but their roots had lower, higher, or similar mass, depending on the cultivar–inoculum combination. Root mass was unrelated to plant number. The average level of AM colonization of daughter plants produced by noninoculated mother plants did not exceed 2%, whereas plants produced from inoculated mothers had over 10% of their root length colonized 7 weeks after transplantation of mother plants and ∼6% after 14 weeks (harvest), suggesting that the AM fungi brought into the field by inoculated mother plants had established and spread up to the daughter plants. The host or nonhost nature of the crop species preceding strawberry plant production (barley or buckwheat) had no effect on soil mycorrhizal potential, on mother plant productivity, or on daughter plant mycorrhizal development. Thus, in soil excessively rich in P, inoculation may be the only option for management of the symbiosis.     

The ratio of fungi and bacteria in the biomass of different types of soil determined by selective inhibition

Tundra, chernozem (virgin and arable), soddy-podzolic (coniferous forest, meadow, and arable), and grey forest (larch forest) soils were used to separate the contributions of fungi and bacteria to substrate-induced respiration (SIR) with the help of antibiotics. For soils with a high content of organic matter (tundra and chernozem: 12 and 8%, respectively), the procedure of selective inhibition of SIR has been optimized. This procedure consists in application of high concentrations of streptomycin (50–120 mg/g of soil) and cycloheximide (50–80 mg/g of soil) and decreasing the weight of the analyzed soil sample. Soils under study have shown the predominant contribution of fungi (63–82%) to the total SIR. The fungal-bacterial ratio in the soils of natural ecosystems (0–5 cm, without litter) was 4.3, 2.2, 1.5, and 1.5 for tundra soil, virgin chernozem, coniferous (soddy-podzolic soil), and larch (grey forest soil) forests, respectively. The lower layers of soddy-podzolic (5–10 cm) and grey forest (48–58 cm) soils showed a decrease in the fungal and increase in the bacterial component in the total SIR.     

添加高粱根茬根际土对连作黄瓜生长和根际微生物的影响

为了分析添加高粱根茬根际土对连作黄瓜生长和根际微生物群落特征的影响,本研究通过盆栽试验,采用荧光定量PCR和高通量测序技术分析土壤细菌和真菌群落组成的差异.试验共设4个处理:CK(不施肥),T1(单施化肥),T2(优化施肥),T3(优化施肥+高粱根茬根际土).结果 表明:与其他处理相比,T3处理促进了黄瓜生长发育,提高...     

不同种植模式下丹参根际土壤微生物群落结构变化

采用MiSeq高通量测序技术对连作、轮作、套作3种种植模式下丹参根际土壤中细菌的16S rDNA基因V3—V4区片段和真菌18S rDNA基因V4区片段进行了测序,研究了细菌和真菌群落结构的变化,并分析了其与土壤因子的关系,从根际微生态系统的变化阐释了丹参连作障碍的发生机理。总体上,细菌和真菌群落的大部分Alpha多样性指数在3种种植模式之间没有显著差异,但呈现轮作套作连作的趋势。与连作相比,轮作显著提高了细菌群落的香农-威纳指数和丛枝菌根真菌的侵染率。从细菌群落的组成上看,轮作模式下芽单胞菌门的相对丰度显著低于连作和套作。相反,轮作和套作时浮霉菌门和拟杆菌门的相对丰度则高于连作。轮作和套作模式下,真菌群落中的接合菌门、壶菌门和子囊菌门的相对丰度显著高于连作。另外,不同种植模式下微生物之间的相互作用关系也有明显差异,轮作甚至会造成真菌之间的相互关系发生逆转。连作模式下检出了丹参枯萎病的病原菌镰刀菌,而有益菌枯草杆菌属的数量却呈下降趋势,这可能是引起丹参病害加剧的原因之一。主坐标成分分析表明,微生物群落在3种种植模式之间没有发生显著的分化,前两个主坐标成分的总解释能力均小于30%,表明没有显著的主导因子。轮作和套作可以提高土壤pH和部分矿质营养,降低ORP。但是,土壤性质的变化仅影响细菌群落,对真菌群落的影响不明显。套作模式下,总钾和有效钾会提高细菌和真菌群落的多样性;轮作和连作模式下的真菌群落则刚好相反,它们更适应低钾和高ORP的环境。研究结果表明,轮作和套作可以在一定程度上改善土壤质量,提高根际细菌群落多样性,改变微生物群落组成,以及微生物-微生物、微生物-丹参之间的相互关系,这些可能是缓解丹参连作障碍的重要原因。