茶树SBP-box转录因子的比较基因组学与遗传分析

SQUAMOSA启动子结合蛋白(SBP-box)是植物特异性转录因子,在植物生长发育中发挥重要作用.该研究利用生物信息学分析方法,对不同'铁观音'、'黄棪'、'舒茶早'和'龙井43'茶树基因组的SBP基因进行鉴定和比较,通过qRT-PCR技术分析CsTGY_SBP家族成员在不同茶树品种中的表达模式,为探究SBP基因在茶...     

水曲柳2个PLT转录因子基因的克隆及表达分析

为初步探究水曲柳根发育中PLT转录因子的基因功能及遗传调控机理,以水曲柳转录组数据为基础,参考拟南芥AtPLT2和AtPLT3基因序列,通过PCR技术从水曲柳中克隆了两个PLT转录因子基因,通过同源比对将它们命名为FmPLT2和FmPLT3,分别编码532和497个氨基酸残基。生物信息学分析表明,其相对分子质量分别为59和55kDa,等电点分别为5.98和5.79,均为亲水性不稳定蛋白,均含有2个AP2保守结构域。系统进化分析结果显示,其与同属木犀科的油橄榄OePLT2和OeOLT3转录因子的同源性最高,亲缘关系最近。亚细胞定位预测显示,FmPLT2和FmPLT3蛋白都主要集中于细胞核中。通过qRT-PCR技术分析FmPLT2和FmPLT3在不同组织部位及生根期间的表达情况,结果表明:FmPLT2和FmPLT3具有相似的组织特异性表达,在根中表达含量均最高,在叶中的表达含量均最低;FmPLT2在生根期间的表达量变化极为显著,21天时的表达量是0天时的32倍,但FmPLT3的表达量变化并不显著,表明FmPLT2不仅在根发育中起重要作用,还可能参与细胞增殖和生长等多个发育途径。     

转录因子PU.1和KLF7在小鼠组织中的基因表达分析

转录因子PU.1和KLF7在脂肪形成、造血分化、肿瘤发生和机体免疫等方面发挥重要作用,但是两者在功能上是否具有相关性尚不清楚.本研究旨在研究PU.l和KLF7在小鼠不同组织中的表达模式及相关性.利用RT-qPCR检测PU.1和KLF7在小鼠胃、肝脏、空肠、肺、腿肌、心脏、脂肪、胸肌、脾脏、肾脏和脑组织中的表达情况,并分析表达相关性.结果显示,KLF7在肺、胃和脂肪中的表达量较高,PU.1在肺、肝脏和脾脏中的表达量较高;两个基因的表达呈极显著正相关(r=0.857,P=0.001).生物信息学预测显示,在KLF7的5'侧翼区共存在5个PU.1的结合位点,PU.1可能正调控KLF7基因的表达.本研究为深入研究PU.1和KLF7的功能及相互作用机制提供重要的基础数据.     

大豆两个C2H2型转录因子基因序列特征及表达分析

干旱气候已严重影响需水作物大豆的产量,而植物中C2H2型转录因子在应答非生物逆境中起到重要作用,因此充分挖掘优异抗旱大豆种质的基因资源及功能研究,为利用基因工程手段获得抗旱大豆种质奠定理论基础。本研究从大豆叶片中克隆到2个基因,分别命名为GmZAT9-like和GmZAT5-like。序列特征分析表明二者都属于C2H2型转录因子,均包含典型双锌指结构域和EAR保守基序,且氨基酸同源性低于其他物种同源基因。分子进化树分析表明,2个基因分别与拟南芥AtZAT9和ATZAT5基因划分为一类。基于荧光实时定量PCR技术检测到2个基因分别在叶片和根部组织特异性表达。通过半定量RT-PCR和荧光定量PCR分析大豆幼苗在PEG、SA、ABA、NaCl和4℃胁迫处理条件下2个基因的表达模式。结果表明,在PEG和SA胁迫条件下,叶片中GmZAT9-like基因表达在处理后期有升高趋势,而根部GmZAT5-like基因在处理早期受到诱导表达;ABA胁迫条件下,2个基因均在处理初期呈现表达升高趋势而后下降;盐和冷胁迫条件下,叶片中GmZAT9-like基因表达受到抑制,而根部GmZAT5-like基因表达在冷胁迫处理初期呈现升高趋势。因此推测这两个基因与大豆非生物胁迫响应相关。     

菠萝VOZ转录因子序列特征及其对非生物胁迫的响应

为探究菠萝(Ananas comosus)维管植物锌指蛋白转录因子(VOZ)家族的序列特征及表达特征,该研究采用生物信息学的方法对菠萝VOZ转录因子家族进行序列分析,并通过qRT-PCR技术研究了NaCl、干旱和低温(4℃)等逆境处理对菠萝VOZ家族基因表达的影响。结果表明:(1)菠萝与拟南芥、水稻的VOZ转录因子家族均含有2个保守区域,且菠萝VOZ蛋白均为亲水酸性蛋白;蛋白质二级结构显示,菠萝VOZ蛋白主要结构元件为α-螺旋和无规则卷曲。(2)qRT-PCR分析显示,不同非生物胁迫下,AcoVOZ1和AcoVOZ2的表达量与对照差异显著,且NaCl、干旱、低温(4℃)、甘露醇、ABA、Eth胁迫下,AcoVOZ1和AcoVOZ2的表达量均呈显著下降趋势。研究推测,菠萝VOZ转录因子家族以负调控的方式参与菠萝抗高盐、干旱、低温(4℃)等非生物胁迫的应答反应,为进一步研究菠萝抗逆分子机制和菠萝抗逆性基因工程改良奠定了技术基础。     

棕色棉和绿色棉遗传多样性的比较研究

选用240条随机引物,从中筛选出6条对棕色棉新彩1、新彩2和绿色棉新彩3、新彩4及47个彩色棉品种间杂种作了RAPD多态性分析,并在棕色棉、绿色棉和棕绿彩棉3个水平进行聚类和相似性分析。结果表明,棕色棉之间、绿色棉之间及棕绿彩棉之间的遗传距离和相似性差异不显著,它反映了棕、绿彩棉之间的遗传基础比较狭窄,遗传多样性水平相当。可能是因为共同的基础种质资源、相同的育种目标及相近的育种方法造成此结果。 Abstract:Genetic diversity analysis of brown cotton Xincai 1 and Xincai 2 and green cotton Xincai 3 and Xincai 4 and other 47 color cottons was conducted by the random amplified polymorphism DNA (RAPD) techniques,using 6 random primers.Cluster and similarity analysis of these cottons showed that the differences in genetic relationship and similarity among the brown cottons,green cottons and brown-green cottons are not remarkable.The results also reflect that the genetic bases of the brown and green cottons are narrow,and they are at the same genetic diversity level.These results are probably due to the same basic germplasms,the same breeding aims and the similar breeding approaches.     

百脉根BIO和豌豆突变位点ELE2的比较基因组定位(英文)

豆科两侧对称花的花瓣具有背腹(DV)的分化以及可变的器官内部(IN)非对称性,在大小与形状上显示出不同的发育特征;因而花瓣的发育为克隆决定植物器官的形状与大小的关键基因提供了很好的实验系统。本研究对百脉根中BIO基因进行研究。百脉根bio突变体具有多效性,既影响花器官内部的对称性也影响器官的大小和育性,豌豆ele突变体的表型与bio相似。定位结果表明BIO和ELE2位于豆科基因组的共线性区段,提示BIO和ELE2可能是同源基因突变所致。本研究利用比较基因组定位方法,将BIO和ELE2候选基因锚定在豆科模式植物百脉根和蒺藜苜蓿基因组含有11个同源基因的BAC重叠群上。BIO和ELE2基因的克隆将有助于揭示豆科花瓣形态和大小调控的分子机理,进而为豆科作物遗传改良提供分子理论基础。     

The Role of GAMYB Transcription Factors in GA-Regulated Gene Expression

A gibberellin- and abscisic acid-regulated MYB, GAMYB, was first identified as an activator of GA-regulated genes in cereal aleurone. Here we review recent advances made in delineating the signaling events related to GAMYB expression and function in aleurone. In addition, there is a growing body of evidence that GAMYB plays an important role in other aspects of plant growth and development, including anther development, stem elongation, floral initiation and seed development.     

铁皮石斛GRAS转录因子家族基因SCL3克隆及表达分析

GRAS家族是一类植物特有的转录调控因子,参与调控植物生长发育及抵御逆境胁迫,并且在赤霉素(gibberellins, GAs)信号转导过程中具有重要作用。本研究采用RT-PCR结合RACE方法从铁皮石斛(Dendrobium officinale Kimura et Migo)原球茎中克隆到了一个转录因子GRAS家族基因SCL3 (scarecrow-like 3)并对其进行了表达分析。该基因cDNA序列全长2 278 bp,命名为DoSCL3 (GenBank注册号:MG252261),其编码425个氨基酸,分子量为47.88 kD,等电点(PI)为6.21。DoSCL3基因编码的蛋白不含跨膜域和信号肽,具有GRAS转录因子家族特有的保守结构域(22~422);多序列比对表明,DoSCL3与小兰屿蝴蝶兰的SCL3蛋白高度同源(相似性达到83%),同时进化树分析结果显示其与小兰屿蝴蝶兰亲缘关系非常相近。qRT-PCR实验结果显示,DoSCL3基因在铁皮石斛种子共生萌发中随着萌发进程的变化(1~3级,萌发至原球茎阶段)其表达量逐渐升高,并且在种子萌发至2级时,共生萌发组表达量显著高于无菌萌发组(为无菌组2.2倍),表明DoSCL3在兰科药用植物铁皮石斛种子共生萌发中菌根共生关系的建立过程起到重要的调控作用。