用微卫星DNA标记检测中国主要杂交水稻亲本的遗传差异

选用分布于水稻(OryzasativaL.)12条染色体上的20对SSR(Simplesequencerepeats)引物,分析了具有多种质源和较大应用面积的24个水稻胞质雄性不育系、1个光(温)敏核不育系、3个保持系和5个生产中应用较广的恢复系。在以上33份杂交水稻亲本材料间共检测出102个等位基因(alleles),平均每对SSR引物可检测到5.1个等位基因。PIC(polymorphicindexcontent)值的变动范围为0.274～0.773,平均PIC值为0.554。从56对SSR引物中筛选出5对引物,能够有效地区分所有供试的水稻雄性不育系和恢复系。杂交水稻亲本的聚类分析表明:(1)我国水稻雄性不育系遗传变异丰富,但生产中主要应用的水稻雄性不育系遗传背景比较单一。(2)生产中应用面积较大的水稻雄性不育系遗传变异较恢复系差。(3)生产中主要应用的水稻雄性不育系与恢复系分别聚类于不同的类群,且遗传关系较远。     

用微卫星DNA标记对我国杂交水稻主要恢复系遗传差异的检测分析

选用分布于水稻（Oryza sativaL.)12条染色体上的25对SSR（Simple sequence repeats)引物,分析了生产中广泛应用的35个杂交 水稻恢复系,在35个杂交水稻恢复系材料间共检测出65个等位基因（alleles),平均每对SSR引物可检测到2.6个等位基因,PIC（Polymorphism index content）值的变动范围为0.206-0.682,平均值为0.414。聚类分析表明,我国杂交 水稻恢复系资源比较丰富,但其遗传差异较小,遗传背景单一,从而在很大程度上限制了我国水稻杂种优势的利用。     

微卫星DNA标记分析德国镜鲤的遗传潜力

结合体重、体长、体高等数量性状, 用30个微卫星分子标记, 评估了3个德国镜鲤群体的遗传潜力, 共检测到287个等位基因, 559种基因型, 片段长度109~400 bp, 有效等位基因数1.1014~6.4665, 观察杂合度0.0968~0.9892, 期望杂合度0.0926~0.8554, 位点多态信息含量0.08787~0.8559, 其中中度多态(0.25≤PIC≤0.5)13个, 高度多态(PIC≥0.5)13个。统计结果显示: 3个群体的遗传潜力处于中度水平, 双来养殖群体的遗传潜力比换新和松浦繁殖群体低。同时, 用30个基因座的不同等位基因和基因型与双来群体的体重、体长、体高进行了连锁分析, 得到2个与镜鲤体长相关的微卫星分子标记(HLJ319, HLJ693)和1个与体高相关的位点(HLJ677), 与体长相关的1个位点(HLJ693)还与体重连锁。将此遗传标记在鲤鱼重组自交系中验证, 结果显示: 主要经济性状相连锁的3个遗传标记中HLJ319与鲤鱼体长性状的QTL定位结果基本一致。     

探讨微卫星DNA作为皮埃蒙特和南阳杂交牛生长性状的遗传标记

利用最小二乘法拟合线性模型,分析了５种微卫星ＤＮＡ,ＩＤＳＶＧＡ－２、ＩＤＶＧＡ－２７、ＩＤＶＧＡ－４６、ＩＤＶＧＡ－５５和ＴＧＬＡ－４４的不同标记基因型与１００头南阳牛,皮埃蒙物牛及其杂交后代的生长性状的关系。结果表明：ＩＤＶＧＡ－２７的等位基因１３６与胸围,十字部高,胸深及腰宽有显著正相关,而等位基因１４２与上述各项均有显著的负相关;在ＩＤＶＧＡ－４６中,含有等位基因２０５的个体在腰厚的肌肉发     

微卫星DNA在分子遗传标记研究中的应用

随着种群遗传学的发展 ,分子遗传标记特别是微卫星标记已经成为研究种群遗传的有力工具。本文就微卫星遗传标记的研究背景、技术应用以及优势与不足等方面进行了综述。     

利用微卫星DNA标记研究绒山羊群体遗传多样性

利用7个微卫星标记对4个绒山羊品种共计18个个体的遗传多样性进行了分析和研究。计算了有效等位基因数、遗传杂合度、遗传距离等,分析了群体相关的遗传变异。结果表明,辽宁多绒山羊的有效等位基因数最大,杂合度最高;而辽宁绒山羊的有效等位基因数最小,杂合度最低。奈氏遗传距离表明,库布齐杂种绒山羊和辽宁多绒山羊的亲缘关系最近,而和阿尔巴斯绒山羊的亲缘关系最远。     

微卫星DNA标记分析野生鲤鱼群体的遗传多样性

利用30个微卫星分子标记对海南鲤(HN)、长江鲤(CY)、月亮湖鲤(YL)、黑龙江鲤(FY)、呼伦湖鲤(ZL)、贝尔湖鲤(BR)6个野生鲤鱼群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ae)等进行了遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,χ2检验估计Hardy-Weinberg平衡,用近交系数(FST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化及其来源。同时,使用PHYLIP3.63软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA进化树。6个群体共检测到8,136个扩增片段,长度在125bp～414bp,30个基因座扩增出等位基因数从3～13个不等,共计210个等位基因,平均每个基因座扩增得到7个等位基因。结果显示:(1)6个野鲤群体的多态性指标均适中,多态信息含量依次0.44、0.52、0.53、0.57、0.63和0.64,有效等位基因数1.04～4.72个不等,平均有效等位基因数依次为2.19、2.60、2.42、2.43、2.45和2.33,无偏期望杂合度平均值为0.50、0.59、0.56、0.56、0.57和0.54;(2)遗传相似系数BR与ZL最高(0.8511),BR与HN最低(0.6688),聚类结果与地理分布呈一定相关性。     

运用微卫星DNA标记分析我国野生鹌鹑遗传多样性

运用微卫星DNA标记对我国境内分布的两种野生鹌鹁（野生日本鸣鹁、野生普通鹌鹑）和家鹑群体的遗传多样性进行分析。通过计算反映群体变异的多态信息含量（PIC）、固定指数、平均杂合度、基因分化系数等相关指标,结果表明：野生普通鹌鹑群体遗传多样性更为丰富,每个座位平均检测出4．67个等位基因,群体多态信息含量和平均杂合度亦为最高,分别为0．5732和0．6621;家鹁最低,分别为0．5467和0．5933;野生日本鸣鹑介于两者之间;在3个鹌鹑群体中,野生日本鸣鹑与家鹑群体遗传多样性差异程度较小。以标准遗传距离为基础的模糊聚类分析发现：家鹑与野生日本鸣鹑群体模糊等价矩阵系数为0．937,而与野生普通鹌鹑的系数为0．738,这也表明家鹑与野生日本鸣鹁有更近的亲缘关系,进一步从分子水平上证实家鹑起源于野生日本鸣鹁。     

用于海南坡鹿遗传多样性研究的多态性微卫星DNA标记

海南坡鹿(Cervus eldi hainanus)是坡鹿的一个亚种,仅分布于中国海南岛,该种群在二十世纪七十年代经历了严重的瓶颈效应。为了解该物种的遗传多样性及亲缘关系,本文从牛科及其它鹿科的已报道的104对微卫星位点中筛选了10对保守性好、多态性较高的微卫星位点。这10对微卫星位点的期望杂合度范围为0．042到0．640,等位基因数为2至6,因此是多态性较好的微卫星位点,不仅可用于检测海南坡鹿的遗传多样性,同时还可以适用于其它偶蹄目动物的相关研究[动物学报51(3)：530—534,2005]。     

微卫星DNA标记在常用实验动物遗传多态性的研究进展

国标中规定实验动物遗传质量监测方法主要是生化标记,它是通过蛋白质的变化来推测相应基因的变化。而微卫星DNA标记是对DNA的直接监测,要比生化标记更准确、更可靠。旨在把微卫星DNA标记应用到大小鼠、仓鼠、沙鼠、家兔、犬、猴和猪等常用实验动物的遗传监测当中,以期建立常用实验动物微卫星DNA标记的遗传监测方法。     

鲮微卫星DNA分子标记的筛选与遗传多样性分析

采用磁珠富集法对已建立的生长较快的西江段野生浅色鲮群体的极大、极小群体各31尾基因组DNA进行了微卫星序列的筛选,128个阳性克隆成功测序93个,其中80个为的微卫星序列,微卫星序列完美型占85%,非完美型占6.25%,混合型占8.75%。利用微卫星序列合成了23对微卫星引物,扩增结果表明,等位基因数为1～10个,扩增片段大小为92～283bp,其中14对引物扩增条带清晰,为中度或高度多态位点,极大、极小群体的平均有效等位基因数和平均多态信息含量分别为3.0784、3.2079和0.5675、0.5974,反映出2个群体遗传多样性均较丰富;高度多态性引物4的位点b,片段大小为119bp,在极大群体中出现频率为61.3%,在极小群体占22.6%,出现频率极大群体高于极小群体近3倍,初步可作为候选差异性分子标记。     

微卫星DNA标记及其在鱼类遗传多样性研究中的应用

微卫星DNA作为第二代分子遗传标记是高等真核生物基因组中种类多、分布广、具有高度的多态性和杂合度的分子标记,由于其具有多态性检出率高、信息含量大、共显性标记、实验操作简单、结果稳定可靠等优点,已经成为种群遗传学研究中被广泛应用的分子遗传标记。微卫星DNA标记技术在鱼类的群体遗传结构的分析、物种遗传多样性的鉴定以及遗传基因连锁图谱的构建等方面已初步得到应用。该文就微卫星技术的原理方法,在鱼类遗传多样性研究中的应用概况以及应用范围和注意事项等方面进行综述。为微卫星技术在鱼类遗传多样性研究中应用提供了理论参考。     

食蟹猴微卫星DNA标记遗传监测及多态性分析

目的研究国内食蟹猴种群的遗传背景特性,建立食蟹猴种群遗传质量监测方法。方法采用微卫星DNA遗传标记技术对50只食蟹猴种群个体进行遗传质量监测及DNA多态性分析。结果从100个微卫星DNA位点中筛选出20个多态性高的位点,其食蟹猴种群个体的等位基因数目为5-10条,个体间均呈现高度的多态性;其观察等位基因数（Na）为5.0～10.0,有效等位基因数（Ne）为4.6118～8.3404,基因多样性（H）为0.7832～0.8801和香隆信息指数（I）为1.5651～2.1592。结论本实验有效地分析了食蟹猴种群的遗传多态性,为今后筛选特异性微卫星位点来建立食蟹猴种群遗传质量监测方法提供了理论依据。     

分子标记遗传效应预测杂交水稻产量性状

选用13个水稻不育系和19个恢复系按NCⅡ设计配制两套不完全双列杂交组合151个,2005年分别在重庆和泸州种植,结合AFLP和SSR标记位点的遗传效应,预测7个产量性状值。用两套组合F1产量性状对标记多态性位点进行筛选,获得阳性位点和增效位点及其加性和(或)显性效应值,通过逐步回归构建分子标记遗传效应预测产量性状模型,并对不同亲本组合(套间预测)及固定亲本组合产量性状进行了预测。结果表明:(1)阳性和增效位点进行套间预测的效果,绝大多数不理想(预测值与实际值的相关系数为-0.55~0.45),且预测效果不稳定;(2)阳性和增效位点对第二套固定亲本组合的预测效果相近,均优于套间预测,其中对固定恢复系组合的预测好于对固定不育系;(3)对固定亲本组合大部分产量性状的预测达到较理想水平,其中增效位点对固定不育系组合结实率、固定恢复系组合有效穗数、阳性位点对固定恢复系组合穗着粒数、单穗重的预测在0.6以上。用分子标记遗传效应预测产量性状,只需少数标记,应用方便,特别是对水稻育种亲本选配具有重要指导意义。     

微卫星DNA和AFLP标记在水稻分子标记连锁图上的分布

以一个栽培稻（ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａＬ．ｓｐ．ｉｎｄｉｃａ）和野生稻（Ｏ．ｒｕｆｉｐｏｇｏｎＧｒｉｆ）杂交的Ｆ２作图群体以及由该群体构建的ＲＦＬＰ标记连锁图,分析了微卫星ＤＮＡ和ＡＦＬＰ标记的多态性、遗传行为及其在染色体上的分布。共定位了２８个微卫星ＤＮＡ标记和１７２个ＡＦＬＰ标记。２８个微卫星ＤＮＡ标记中有６个为华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室根据数据库中序列而设计,其余２２个来自美国Ｃｏｒｎｅｌ大学已发表的结果。１７２个ＡＦＬＰ标记出自２５对引物扩增得到的２２８个多态性带的片段。这些标记分布于水稻的１２条染色体。将此２００个ＰＣＲ标记与华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室构建的ＲＦＬＰ连锁图整合,得到一张含６１２个分子标记位点的遗传连锁图。     

中国沙皮犬微卫星DNA分析的遗传多样性

运用20对微卫星引物对来自中国广东省的92份沙皮犬血液样品(骨嘴型沙皮犬21只,骨肉嘴型沙皮犬29只,肉嘴型沙皮犬42只)进行了遗传背景的检测。结果表明,20个多态性微卫星座位共检测到272个等位基因,平均每个座位为13.6个。中国沙皮犬群体的平均杂合度为0.8259,所有微卫星标记座位的多态信息含量(PIC)在0.5352到0.9226之间,说明中国沙皮犬群体存在较为丰富的遗传多样性。遗传距离和聚类分析结果显示,3种类型沙皮犬之间已产生了一定的遗传分化。上述结果为中国沙皮犬细分为不同的品系以及澄清中国沙皮犬种质资源的混乱状况提供了理论依据。     

雪豹的微卫星DNA遗传多样性

利用微卫星DNA标记,对来自青海囊谦县、治多县以及甘肃阿克塞县3个地区的36份雪豹(Panthera uncia)粪便DNA样品进行了遗传多样性研究。结果显示,在8个微卫星位点上共检测到57个等位基因,有效等位基因数为2.190~5.488,平均每个位点的等位基因数为7.130,基因频率分布不均匀;期望杂合度为0.543~0.847,平均0.759;多态信息含量为0.458~0.829,平均0.722;表明这8个微卫星位点均为高度多态性位点,有较丰富的遗传多样性。3个样地雪豹居群之间的遗传距离与地理距离相关,地理距离最近的青海省囊谦县和治多县的雪豹居群遗传距离最小。根据雪豹平均遗传分化度Fst(0.053)、平均基因流(4.488)以及STRUCTURE聚类分析结果(当K=1时,ln P(D)值最大),推测3个居群间虽然有一定的遗传距离,但均来自同一个种群,暂无分化现象。     

微卫星标记分析白斑狗鱼遗传多样性

为了解我国境内白斑狗鱼(Esox lucius)野生群体的遗传多样性现状,利用8对微卫星引物对额尔齐斯河流域185河段、635河段、乌伦古湖及吉力湖4个地理群体的遗传多样性进行了研究。结果显示,8个微卫星位点的平均等位基因数为6.625 0,多态信息含量为0.603 6～0.656 5,可有效用于白斑狗鱼遗传多样性和遗传结构分析。4个群体的平均期望杂合度为0.712 6～0.660 0,表明我国境内野生白斑狗鱼群体有较高的遗传多样性水平。整个群体的总近交系数为0.266 6,少数个体存在近交现象,白斑狗鱼群体有近交倾向。平均分化系数为0.062 2,群体间的遗传变异占总群体变异的6.22%,白斑狗鱼各群体间的分化程度不大。群体间的基因流值变化范围为10.077 5～3.360 6,说明白斑狗鱼不同群体间存在较为广泛的基因交流。