宁夏地区一株奶牛源耐甲氧西林金黄色葡萄球菌流行株的高通量测序分析

【背景】耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Methicillin-resistant Staphylococcus aureus, MRSA)是一种常见的条件性致病菌,由MRSA感染导致的奶牛乳腺炎给奶牛养殖户带来了重大的经济损失。【目的】了解宁夏地区奶牛源MRSA流行株基因组序列特征,为MRSA感染的防治提供理论依据。【方法】采用琼脂扩散法对分离株ld11进行抗菌药物敏感性试验,同时运用Illumina高通量测序平台对其基因组DNA进行高通量测序,使用网络数据库对获得的测序序列进行处理分析。【结果】药敏试验结果显示分离株ld11对头孢噻呋、磺胺异恶唑、氨苄西林、红霉素、庆大霉素、苯唑西林、克林霉素、四环素和多西环素耐药,数据分析显示分离株ld11携带耐药基因aadD、spc、str、blaZ、mecA、cat(pC194)、erm(A)、norA、tet(k)和tet(M),二者之间有很好的相关性;分离株ld11携带的耐药基因多于MRSA参考菌株,且分离株ld11和MRSA252的亲缘关系较近。COG功能分析和GO注释结果显示,与维持菌体基本功能和菌株生长增殖相关的基因占优势;KEGG通路分析结果显示,属于代谢通路的基因占比最多。从该菌株基因组序列上共检测到4个基因岛、9个疑似的CRISPR序列和1个完整的前噬菌体序列。【结论】揭示了宁夏地区奶牛源MRSA流行株的部分基因组序列信息,为MRSA菌株间基因组序列信息的比较分析及MRSA感染的防控提供参考依据。     

一株牛源都柏林沙门氏菌的全基因组测序及毒力与耐药性分析

【背景】沙门氏菌(Salmonella spp.)是重要的人畜共患病原菌,其毒力和耐药性的不断增强引起广泛关注。【目的】了解从通辽市一犊牛死亡病例中所分离牛源都柏林沙门氏菌的毒力及耐药性情况。【方法】以病死犊牛肺脏为材料,经细菌分离纯化及16S rRNA基因测序,鉴定病原为沙门氏菌。采用动物试验、药敏试验和PCR方法对分离菌进行毒力、耐药性,以及毒力基因和耐药基因检测,并对其进行全基因组测序分析。【结果】分离菌具有较强毒力,对小鼠半数致死量为2.8×10⁶ CFU/mL。分离菌为多重耐药菌,仅对多粘菌素B和噻孢霉素敏感,对强力霉素和恩诺沙星中度敏感。检测13种沙门氏菌常见毒力基因,检出率为92.3%。对分离菌进行全基因组测序分析,该菌株为都柏林沙门氏菌,基因组大小为4 965 370 bp,GC含量为52.12%,同时携带2个质粒,大小分别为79 524 bp (pTLS-1)和45 301 bp (pTLS-2)。分离菌中共携带996个毒力基因和24个毒力岛;共携带42个耐药基因,其中4个为可水平转移基因,基因组中存在9个可移动遗传元件,包括插入序列和转座子等。【结论】分离牛源都柏林沙门氏菌菌株具有较强毒力且为多重耐药株,携带大量毒力基因及耐药基因。     

金黄色葡萄球菌耐药性分析

目的 分析金黄色葡萄球菌的耐药性。方法 对临床各科室送检标本,用MicroScan全自动细菌鉴定仪鉴定细菌种类并检测该菌对抗生素的敏感性。结果 检出金黄色葡萄球菌378株,其中MRSA为197株,检出率为52.1%.MSSA对苯唑西林,阿莫西林-棒酸,第1、2、3代头孢菌素等β-内酰胺类以及喹诺酮类、氨基糖苷类均甚敏感。MRSA对万古霉素敏感,未检出对万古霉素耐药或敏感性降低的菌株。对利福平、呋喃妥因有较好的敏感性.而对β-内酰胺类青霉素、苯唑西林和氨苄西林是100%的耐药,对头孢类抗生索、氟喹诺酮、大环内酯类及氨基糖苷类药物耐药率高。结论 β-内酰胺类抗生素、喹诺酮类、氨基糖苷类抗生素对MSSA感染的治疗效果较好;MRSA感染首选万古霉素或替考拉宁;利福平不能单独用于MRSA感染的治疗;呋喃妥因可用于创面伤口MRSA感染的治疗。     

医院相关性ST5型耐甲氧西林金黄色葡萄球菌ZJ5499的全基因测序及序列分析

目的对1例医院获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)肺炎患者血中分离的1株MRSA(ZJ5499)进行基因组序列信息解析。方法采用Illumina平台高通量测序和Sanger测序相结合对ZJ5499菌株进行全基因组测序,并使用相关软件对序列进行拼接、基因预测、功能注释、直系同源簇注释(COG)及毒力因子和耐药基因分析;并与国内常见流行序列型(ST型)菌株进行进化关系分析、毒力因子和耐药基因比较。结果 ZJ5499菌株基因组大小为2 888 783bp,GC含量32.84%,序列已提交至GenBank数据库,登录号为CP011685。该菌株基因组中含有大量与致病性相关的毒力因子,并含有spc、aadD、mecA、norA和erm(A)五个耐药相关基因,与同一ST型菌株基本一致。进化关系分析显示该菌株与同一ST型菌株关系较近。毒力因子与ST5型菌株没有较大差异,而较其他ST型明显增多。结论本研究报道了临床MRSA菌株ZJ5499的全基因组序列。序列分析发现该菌株的毒力和耐药性与ST5型的菌株相近,而ST5型菌株较其他国内流行ST型菌株携带较多毒力基因。     

253株金黄色葡萄球菌耐药现状分析

目的 了解医院金黄色葡萄球菌临床分布情况及其对常用抗菌药物的耐药率,为临床合理使用抗菌药物提供依据.方法 回顾分析医院2010年5月至2011年4月检出的金黄色葡萄球菌,采用VITEK-AMS全自动微生物分析仪进行菌种鉴定和药敏分析.结果 共检出金黄色葡萄球菌253株,菌株的主要来源为痰130株(51.4％)、血液39株(15.4％)、创面24株(9.5％);菌株主要科室分布前3位是神内科35株(13.8％)、ICU30( 11.8％)、脑外科26株(10.3％);其中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌( MRSA)为165株(65.2％),MRSA对多种抗菌药物耐药率＞70.0％,MSSA为88株(34.8％),对除青霉素、红霉素外的大多数抗菌药物敏感,未发现耐万古霉素菌株.结论 MRSA检出率高,耐药现状严重,应加强对金黄色葡萄球菌耐药性的监测,并根据药敏试验结果合理使用抗菌药物.     

2008-2010年舟山某院金黄色葡萄球菌的分布及耐药性变迁

目的 分析舟山医院三年来金黄色葡萄球菌分布及耐药性变迁,并对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)与甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(MSSA)的耐药性差异做对比.方法 用ATB Expression半自动微生物分析仪进行菌株鉴定及药敏试验,用K-B法测红霉素、克林霉素、头孢西丁、苯唑西林直径,比较耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)与甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(MSSA)的耐药性差异.结果 金黄色葡萄球菌对苯唑西林、庆大霉素、红霉素、四环素和克林霉素的耐药率有上升的趋势;MRSA对苯唑西林、庆大霉素、复方新诺明、克林霉素、红霉素、青霉素、喹奴普汀-达福普汀、利福平和四环素的耐药率都明显高于MSSA的耐药率,二者间差异有统计学意义(P＜0.01),D-试验阳性71株,占72.45％.结论 金黄色葡萄球菌的耐药性逐渐升高,特别是对MRSA应引起临床的重视,检测克林霉素诱导型耐药具有重要的临床应用价值.     

金黄色葡萄球菌毒力基因的调控位点

金黄色葡萄球菌的许多致病因子受到细菌的多种遗传位点的调控,各调控位点之间存在复杂作用,各位点的突变可降低金黄色葡萄球菌的致病力。     

全基因组测序与生物信息学分析在细菌耐药性研究中的应用

随着耐药细菌的大量出现及广泛传播,细菌耐药性成为全球备受关注的问题。耐药细菌的特征如耐药基因、毒力因子、质粒分型等以及不同菌株间亲缘关系对于细菌耐药性流行病学及分子生物学的研究有着十分重要的意义。但是传统的技术手段如聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)和脉冲场凝胶电泳(Pulsed field gel electrophoresis,PFGE)等得到的结果不够全面且精确度低,对于现有的研究存在很大的局限性。全基因组测序技术(Whole genome sequencing,WGS)和生物信息学分析(Bioinformatics analysis)由于能够快速详尽地得到耐药细菌的特征,也能更加精细地判断不同菌株间的进化关系,逐渐成为更加有效的技术手段,为耐药性研究提供了有效的帮助。因此,文中系统地介绍全基因组测序分析流程中的各个步骤,主要包括文库构建、平台测序以及后期数据分析三大方面的不同方法和其相应的特点,期望相关研究人员对此能够有更全面的了解,并得到一定的帮助。     

一株金黄色葡萄球菌噬菌体的裂解谱特异性和分子分类研究

[目的]从医院污水中分离金黄色葡萄球菌噬菌体,观察其形态,确证裂解谱特征并研究生物学和基因学特性,为噬菌体的临床应用奠定实验基础.[方法]将金黄色葡萄球菌ATCC25923作为宿主菌,采用双层琼脂平板法从医院污水中分离纯化噬菌体,电镜下观察形态并测定其最佳感染复数、一步生长曲线及裂解谱;全基因组测序并进行基因结构分析和...     

创伤弧菌毒力相关因子的全基因组关联分析研究

【目的】创伤弧菌是致死率最高的弧菌物种,但目前尚无在全基因组层面挖掘毒力相关因子的研究。本研究以创伤弧菌分离来源(临床和环境)作为不同表型,通过与260株基因组序列进行关联分析,挖掘毒力相关因子,从而进一步了解创伤弧菌致病因素。【方法】对139株创伤弧菌分离株进行高通量测序,获取其全基因组序列;与公共数据库已公开发表的121株基因组整合,使用pyseer软件进行全基因组关联分析,对与不同分离来源显著相关的基因进行注释和解读。【结果】共发现11个基因与临床分离株显著相关,其中9个是本研究新发现的创伤弧菌潜在毒力相关因子。【结论】本研究使用群体基因组学和统计遗传学方法,在全基因组范围扫描挖掘了创伤弧菌毒力相关因子,为深入揭示该物种致病机制、设计新的疫苗和治疗靶点提供了重要依据。     

抗金黄色葡萄球菌感染的新药研究进展

金黄色葡萄球菌因抗菌药耐药性而引起广泛关注,其耐药株感染所引起的皮肤和软组织感染、肺炎、菌血症以及骨髓炎等增加了患者的发病率和死亡率。金黄色葡萄球菌通常通过携带多种耐药基因、毒力基因或形成生物被膜等方式快速适应生存环境而产生耐药性,使得常规抗菌药物难以达到理想的治疗效果,因此,金黄色葡萄球菌感染的治疗一直是一个难题。从抗菌肽、植物次生代谢物及其他独特作用机制的新药等三方面进行阐述,以期为抗金黄色葡萄球菌感染的新药研发提供新的思路。     

Improved high-performance liquid chromatographic separation of peptidoglycan isolated from various Staphylococcus aureus strains for mass spectrometric characterization

Reversed-phase high-performance liquid chromatography (RP-HPLC) of muropeptides, obtained by muramidase digestion of peptidoglycan in combination with amino acid analysis and plasma desorption time-of-flight mass spectrometry is today by far the best tool to analyze the fine structure of the peptidoglycans. Here we report further improvements of the RP-HPLC separation of muropeptides for analyzing the peptidoglycans of various methicillin-resistant strains of Staphylococcus aureus, with emphasis on a more detailed characterization of the interpeptide bridge of the peptidoglycans of this species.     

金黄色葡萄球菌病防治研究进展

金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus, SA)被认为是最常见的食源性致病菌之一,引起人畜的感染性疾病,导致皮肤、软组织和血液感染,引发脓毒症和中毒性休克综合征。随着抗生素的滥用,金黄色葡萄球菌的耐药性逐渐增强,导致耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin resistant Staphylococcus aureus, MRSA)的出现,并且在全球范围内散播,严重危害公共卫生安全。目前亟需有效控制SA感染的新疗法,因此本文对金黄色葡萄球菌防治技术的研究进展进行综述,并对其防治前景进行了分析,以期对金黄色葡萄球菌尤其是MRSA的控制提供理论指导。     

金黄色葡萄球菌肠毒素中毒的免疫治疗策略

金黄色葡萄球菌肠毒素（staphylococcal enterotoxins,SEs）是由金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）分泌的一类具有呕吐活性的细菌外毒素，可引起严重的炎症反应和食物中毒。SEs具有超抗原活性，可与T细胞受体的可变区和MHC II类分子形成三元复合物（TCR-SEs-MHC II），直接刺激T淋巴细胞大量产生肿瘤坏死因子-α (tumor necrosis factor α,TNF-α)、白介素（interleukin,IL）-2、IL-6和γ干扰素（interferon γ,IFN-γ）等细胞因子，从而导致中毒性休克综合征（toxicshocksyndrome, TSS）。在临床常见的SEs中，肠毒素A (staphylococcalenterotoxin A, SEA)和肠毒素B(staphylococcal enterotoxin B,SEB)是出现频率最高、毒性最大、危害最严重的两种。目前尚没有针对SEs中毒治疗策略的综述性研究。本文首先概述了SEs的分类、结构及毒性作用，重点围绕SEA和SEB，分析了TCR-SEs-MHC II类...     

吡唑啉酮铜配合物P-FAH-Cu-phen对金黄色葡萄球菌的转录组影响分析

【背景】金黄色葡萄球菌是目前食品和临床引起感染的重要病原菌,迫切需要开发新型抗菌药物。【目的】分析吡唑啉酮铜配合物P-FAH-Cu-phen对金黄色葡萄球菌的转录组影响和主要代谢信号通路。【方法】采用液体稀释法测定P-FAH-Cu-phen作用金黄色葡萄球菌的最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration, MIC)和最低杀菌浓度(minimum bactericidal concentration, MBC)。将终浓度2 μg/mL的配合物分别作用于对数生长期的金黄色葡萄球菌30 min和2 h,进行转录组测序及分析。【结果】 P-FAH-Cu-phen作用金黄色葡萄球菌的MIC和MBC分别为2 μg/mL和4 μg/mL。与空白对照相比,配合物处理细菌30 min后,其差异基因共有356个,其中上调表达180个、下调表达176个;配合物处理细菌2 h后,其差异基因共有23个,其中上调表达3个、下调表达20个。差异基因功能主要富集于膜的组成部分、细胞质、质膜、ATP结合、发病机制、金属离子结合、组氨酸生物合成过程、DNA结合、水解酶活性、跨膜转运蛋白活性、硝酸盐同化、硝酸盐代谢过程、硝酸还原酶复合物、硝酸还原酶活性等。差异基因涉及的信号通路主要有双组分系统、群体感应、氮代谢、三羧酸循环、氨基酸代谢等。【结论】影响细菌质膜组成、毒素生成、生物膜形成、细胞壁合成、能量代谢等可能是吡唑啉酮铜配合物P-FAH-Cu-phen对金黄色葡萄球菌的主要抑菌作用。研究为揭示吡唑啉酮铜配合物抑制金黄色葡萄球菌分子机制提供了理论依据。     

牛源金黄色葡萄球菌FnBPA-A分子不同遗传多态性重组质粒的免疫生物学特性的比较

【目的】为了解Fn BPA-A分子遗传多态性对新疆部分地区牛源金黄色葡萄球菌免疫生物学特性的影响。【方法】对采自新疆不同地区的牛源金黄色葡萄球菌Fn BPA-A氨基酸序列进行分析,构建了Fn BPA-A 8个不同遗传多态性的真核重组质粒,分别免疫C57BL/6小鼠,收集免疫后的抗血清。对不同重组质粒免疫小鼠后免疫保护力进行比较分析。【结果】进化树显示GS801、GS819、GS856属于同一分支,GW10-1、GW20-2、GY288、GY309为同一分支,GY278为一分支。免疫小鼠并进行攻击保护检测,GW20-2、GS801、GS819、GS856与GY288免疫组对小鼠的免疫保护率较高,GY278免疫组免疫保护率最低。【结论】Fn BPA-A分子的遗传多态性可以影响免疫小鼠的免疫水平和攻毒保护力。     

万古霉素敏感性下降金黄色葡萄球菌(VISA/hVISA)的研究进展

万古霉素敏感性下降的金黄色葡萄球菌(VISA/hV ISA)日益增多,已经成为公共健康的重要威胁。来自临床或实验室的VISA/hV ISA菌株表现出一些共同特征,如细胞壁增厚,自溶活性降低,毒力减弱,醋酸盐代谢异常。金葡菌从VSSA到VISA/hV ISA的转化是一个逐步演变的过程,VISA中一些调控基因的变异,特别是如wal KR、graRS、vra SR、rpo B、rpo C、rpo D、agr、msrR、fdh2、sle1等基因连续的变异与金葡菌对万古霉素的耐药性相关。VISA/hV ISA中相应基因的变异也是VISA/hV ISA对宿主毒力减弱,持续定殖及对宿主适应性改变的遗传基础。为了预防和控制VISA/hI VSA感染,应全面了解其生物学特性,开发简便有效的检验方法,探索制定灵活的治疗策略,达到有效防治的目的。     

生鲜猪肉中金黄色葡萄球菌的耐药特征、毒力基因及agr分型

为研究市售生鲜猪肉中金黄色葡萄球菌的污染状况,分两个季节从雅安市雨城区采集351份生鲜猪肉样本,采用K-B法检测分离株的耐药性,PCR技术对分离株的mecA基因、传统肠毒素基因、中毒休克综合征毒素基因、杀白细胞毒素基因、溶血素基因和脱皮毒素基因进行分析和agr分型。结果表明,夏、冬季总体检出率分别为15.28%和28.69%;分离株对青霉素、四环素、红霉素的耐受性最强;5种传统肠毒素的检出率为80%,sea、sed的检出率均为4.11%,seb、sec的检出率均为12.33%;中毒休克综合征毒素基因的检出率为15.07%,溶血毒素基因检出率最高,杀白细胞毒素基因和脱皮毒素基因检出率最低。分离株以agrⅠ型为主（50.68%）,未检测出agrⅣ 。综上表明,该地区生鲜猪肉中金黄色葡萄球菌的污染较为严重,分离株呈多重耐药谱,毒力基因分布多样,部分菌株致病性较强,具有的潜在危险应引起重视。     

馒头中金黄色葡萄球菌生长预测模型的建立

以传统面制品馒头作为研究对象,采用修正的Gompertz（SGompertz）和修正的Logistic（SLogistic）作为一级生长模型,应用Origin 9.0软件分别拟合馒头中金黄色葡萄球菌在10、15、25、30和37 ℃的生长情况,获得其最大比生长速率（μ_max）和迟滞期(λ)。采用平方根模型和二次多项式模型建立馒头中金黄色葡萄球菌的二级生长模型,并对该模型进行验证。结果表明,SGompertz模型能较好地拟合馒头中金黄色葡萄球菌的生长。以μ_max建立的平方根和二次多项式模型,R²分别为0.931 5和0.932 0,偏差因子（B_f）分别为1.123 2和1.050 1,准确因子（A_f）分别为1.221 0和1.190 2,表明采用μ_max进行拟合时,二次多项式模型的拟合效果较好;以迟滞期λ建立的平方根和二次多项式模型,R²分别为0.948 4和0.969 6,B_f分别为0.890 1和0.912 2,A_f分别为1.541 1和1.180 3,表明采用迟滞期λ进行拟合时,二次多项式模型的拟合效果较好。本研究可为馒头等传统面制品的定量风险评估提供参考。