分子遗传学在衣原体分类和快速检测中的应用

衣原体为严格真核细胞寄生菌,可在动物和人中引起多种疾病。近年来,分子遗传学方法大大促进了衣原体分类和快速检测的发展。根据16s/23s rRNA的同源性将衣原体分为4个科,衣原体科分2个属。同时基因诊断方法的出现促进了衣原体检测的发展,靶序列主要是主要外膜蛋白基因、16s／23s rRNA基因和16s/23s rRNA本身、或者是与靶序列结合的探针。     

衣原体目分类的最新进展

本文简要介绍衣原体目分类的最近进展,包括分类原则、新分离出衣原体株的鉴定和分类以及新发现的新科和新种。     

鹦鹉热衣原体的B598_0590基因编码包涵体膜蛋白

目的:鹦鹉热衣原体的B598_0590基因与沙眼衣原体的毒力基因CT135同源,本研究旨在分析该基因的表达和定位。方法:生物信息学方法分析B598_0590基因的进化地位,比较B598_0590蛋白和沙眼衣原体毒力蛋白CT135的氨基酸疏水特征;重组表达、纯化鹦鹉热衣原体的B598_0590蛋白,免疫小鼠制备抗血清;共聚焦免疫荧光观察鹦鹉衣原体在正常培养条件和使用Lpx C抑制剂时B598_0590基因的表达和定位。结果:衣原体属内12个种的基因组均含有CT135同源基因,它们编码的蛋白质有相似的疏水特征;B598_0590与CT135的氨基酸同源性为21%;B598_0590的免疫荧光染色特征与包涵体膜蛋白Inc A相似,浓染包涵体膜;Lpx C抑制剂可抑制网状体的分裂、包涵体的生长及网状体向原体转化,包涵体膜蛋白的染色呈现典型的空泡结构。结论:Lpx C抑制剂可用于鉴定未知的鹦鹉热衣原体包涵体膜蛋白;鹦鹉热衣原体的B598_0590基因编码此前尚未鉴定的包涵体膜蛋白。     

16S rRNA基因检测在细菌学中的应用

16S rRNA普遍存在于原核单细胞生物体内,利用体外扩增16S rRAN基因,借助各种检测手段或序列分析,可用于各种细菌、螺旋体、支原体、衣原体和立克次体种系发生的分析和种属鉴定。在种系发生学研究中,16S rRNA基因几乎是“金标准”;在用于鉴定方面,某些情况下虽然尚需要其他方法的配合,但是就单一检测方法的准确性和检测效率来看,针对16S rRNA的细菌鉴定方法仍然是最好的方法之一。     

肺炎衣原体毒力相关基因结构与功能的研究进展

肺炎衣原体是引起人类呼吸道和心血管疾病的重要病原体.目前血清分类法只有1个血清型,近年来对它的基因分析提示可能存在不同的基因型.由属特异抗原基因编码的主要外膜蛋白、热休克蛋白、脂多糖作为毒力因子,在肺炎衣原体致病过程中起主要作用,另外还有一些种特异抗原基因编码的毒力因子和由肺炎衣原体介导宿主产生的毒力因子.     

血清E型沙眼衣原体的Real-time PCR定量分析

目的沙眼衣原体感染是最常见的性传播疾病,本文拟建立一种准确快速、标准化的感染动物组织衣原体载量检测体系。方法体外扩增感染用沙眼衣原体血清E型,克隆衣原体特异基因OMP1基因片段作为标准品,用Real time PCR法测定衣原体基因组拷贝数进行衣原体定量。结果 Real time PCR在OMP1基因片段200至2×108拷贝检测结果成线性,在模板中加入小鼠基因组未出现非特异扩增,同时未影响扩增效率。结论针对衣原体特异基因OMP1的实时定量PCR方法可以较为灵敏的特异的定量检测感染动物样本中的衣原体。     

鹦鹉热嗜衣原体禽鸟株的分离鉴定及小鼠呼吸道感染模型的建立

【目的】优化鹦鹉热嗜衣原体(Chlamydophila psittaci,C.psittaci,Cps)禽鸟株分离培养技术,建立Cps呼吸道感染的小鼠模型。【方法】从禽鸟肝组织中抽提总DNA,PCR法体外扩增Cps ompA基因,初步鉴定Cps阳性标本;同时将阳性标本的肝组织匀浆液接种到HeLa和Vero细胞中培养,Giemsa和免疫荧光染色法鉴定衣原体包涵体。将临床株扩大培养后,用2×104、2×105、2×106 IFU三个剂量鼻内接种小鼠,分别于感染后5 d和10 d处死小鼠,显微镜观察受染小鼠各脏器病理变化。【结果】采用PCR扩增Cps ompA基因,从100只禽鸟标本中检测到阳性Cps标本6例(6%),并成功地在HeLa及Vero细胞中培养出3例,且Vero细胞内的衣原体包涵体体积大,结构致密,对衣原体感染引起的宿主细胞溶解耐受性较HeLa细胞强,更适合用于Cps的分离培养及体外研究。成功建立Cps的鼠呼吸道感染模型,105 IFU是建立Cps呼吸道感染小鼠模型的适宜菌量。【结论】优化了Cps禽鸟株的分离培养技术,成功建立了Cps呼吸道感染小鼠模型,为Cps流行病学调查及研究衣原体的致病性和致病机制奠定基础。     

肺炎衣原体分型的研究进展

肺炎衣原体与诸多慢性临床疾病相关,是否像沙眼衣原体那样存在不同的亚型导致不同的临床疾病,由此引起的肺炎衣原体亚型研究从未间断。已有学者发现世界各地分离的肺炎衣原体菌株抗原性并不一致,而新近的全基因组测序提示在不同菌株之间基因组存在差别。在AR-39基因组中首次发现整合有噬菌体基因,研究初步证明整合有噬菌体基因的肺炎衣原体与血管疾病相关。     

沙眼衣原体包涵体膜蛋白的研究进展

沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis,Ct)是一种专性细胞内寄生的革兰阴性病原体,在宿主细胞内增殖形成包涵体,通过包涵体与宿主细胞发生相互作用。包涵体膜蛋白(inclusion membrane proteins,Inc蛋白)是一类定位于衣原体包涵体膜上的含独特双叶片状疏水性基序结构的衣原体蛋白。Inc蛋白广泛存在于衣原体属各个种内,每种衣原体既有各自独特的Inc蛋白,又有其关键Inc蛋白同系物,基于生物信息学方法,预测Ct有59个Inc蛋白。Inc蛋白在衣原体与宿主细胞相互作用过程中发挥重要作用。在过去的十年内,鉴定Inc蛋白并对其功能进行研究受到了重视,但对于Inc蛋白的功能仍知之甚少。衣原体基因操控技术的应用,推动了Inc蛋白等衣原体单个蛋白的功能研究。现就Ct Inc蛋白的鉴定及其功能研究进展作一概述。     

Cpn0308基因真核载体构建及鉴定

目的:构建Cpn0308基因真核表达重组质粒,为肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae,Cpn)核酸疫苗的研制做准备。方法:用PCR技术从Cpn AR39株基因组DNA中扩增Cpn 0308基因,经双酶切、连接等反应,重组入pcDNA3.1/HisA真核表达载体,转化到感受态细胞,再经含氨苄青霉素的LB培养基筛选,酶切、PCR扩增及测序鉴定。结果:从Cpn AR39株基因组DNA中扩增出特异的Cpn 0308基因,约400bp;酶切、重组、转化、筛选鉴定出pcDNA3.1/HisA-Cpn0308重组质粒;序列测定证实与GenBank登录的肺炎衣原体Cpn AR39株Cpn0308基因一致。结论:功地构建了pcDNA3.1/HisA-Cpn0308重组质粒,为肺炎衣原体核酸疫苗的研制奠定了基础。     

鹦鹉热衣原体主要外膜蛋白基因序列的扩增、克隆和原核表达

主要外膜蛋白在鹦鹉热衣原体感染过程中起主要作用。扩增了主要外膜蛋白基因,克隆入pGEM-T和pET32a( ),经PCR筛选和酶切鉴定,进行诱导表达和重组蛋白的纯化与复性研究,为进一步进行鹦鹉热衣原体的诊断试剂和疫苗研究创造了条件。     

鹦鹉嗜衣原体禽鸟株的分离鉴定及小鼠呼吸道感染模型的建立

摘要：【目的】优化鹦鹉热嗜衣原体（Chlamydophila psittaci,C. psittaci,Cps）禽鸟株分离培养技术,建立Cps呼吸道感染的小鼠模型。【方法】从禽鸟肝组织中抽提总DNA,PCR法体外扩增Cps ompA基因,初步鉴定Cps阳性标本;同时将阳性标本的肝组织匀浆液接种到HeLa和Vero细胞中培养,Giemsa和免疫荧光染色法鉴定衣原体包涵体。将临床株扩大培养后,用2×104 、2×105 、2×106 IFU三个剂量鼻内接种小鼠,分别于感染后5d和10d处死小鼠,显微镜观察受染小鼠各脏器病理变化。【结果】采用PCR扩增Cps ompA基因,从100只禽鸟标本中检测到阳性Cps标本6例（6%）,并成功地在HeLa及Vero细胞中培养出3例,且Vero细胞内的衣原体包涵体体积大,结构致密,对衣原体感染引起的宿主细胞溶解耐受性较HeLa细胞强,更适合用于Cps的分离培养及体外研究。成功建立Cps的鼠呼吸道感染模型,105IFU 是建立Cps呼吸道感染小鼠模型的适宜菌量。【结论】优化了Cps临床株的分离培养技术,成功建立了Cps呼吸道感染小鼠模型,为Cps流行病学调查及研究衣原体的致病性和致病机制奠定基础。     

衣原体主要外膜蛋白的研究现状

衣原体主要外膜蛋白作为外膜复合物中的主要成分,与衣原体致病密切相关。该蛋白是一种跨膜蛋白,为衣原体引起机体免疫应答的重要免疫原,并为衣原体菌株进化及分类提供相关依据。因此,探讨衣原体主要外膜蛋白的结构与功能将有助于对衣原体致病机制及其诊断和预防等方面的研究。     

Pgp3生物学特性与致病机制研究进展

衣原体具有广泛的致病谱，能够引起多种疾病，而分泌性蛋白在衣原体致病过程中发挥了重要的作用。Pgp3 (plasmid gene protein 3)是由衣原体质粒基因编码的一种主要定位于宿主细胞质的分泌性蛋白，具有调控炎症反应、细胞凋亡、自噬等多种生物学功能。Pgp3也是一种免疫优势抗原，可用于衣原体疾病的诊断和作为疫苗研制的靶点。全面、深入地研究该蛋白功能将有助于进一步了解衣原体的致病机制，为衣原体感染的诊断和防治提供新的思路。     

衣原体的检查法

<正>衣原体的分类和主要疾病 现在衣原体是按包涵体的形态,对磺胺类药物的敏感性以及DNA杂交成功率等分为沙眼群和鹦鹉热群。人的疾患,可以大致区分为自然宿主本来就是人的沙眼衣原体引起的各种疾病,和鸟类是其自然宿主偶尔人罹患的鹦鹉热衣原体,除人以外其他哺乳类,鸟类也有分布,并且可以引起各     

红色毛癣菌的研究进展

红色毛癣菌是最常见的也是世界范围内传播是广的一种皮肤癣菌,属毛癣菌属,本文简述了最近几年在该菌的基因鉴定,基因分类,基因结构的分子生物学研究和免疫学研究方面的主要进展,在基因鉴定中发展了红色毛癣菌特异性探针TR20S和毛癣菌属特异性引物TR1、TR2和NS5,NS6;利用测序方法对毛癣菌属进行了重新分类,并且用探针,限制性片段多态性分析等方法对红色毛癣菌进行了种内分型研究。     

基于同源基因的病原菌鉴定和分型靶位点的功能基因组学研究

利用病原菌序列差异,对病原菌特定基因和位点进行检测,可以快速发现和鉴别病原菌的分类和特征,对传染病快速诊断和溯源具有基础性意义和重要价值.本文旨在覆盖中国重要传染病的103种病原菌,寻找各分类阶元中特有的同源基因,并从中挑选出适合用于病原菌鉴定、分型的候选基因.利用生物信息学和基因组学方法,对已有全基因组序列的275株病原菌的836415个基因进行比对分析,进一步明确菌株的门、纲、目、科、属各分类阶元中特有的同源基因集合;通过COG功能分类方法,对同源基因集合进行功能注释,并分析在不同分类阶元内的保守基因功能的变化规律.本研究寻找到适合鉴定和分型的不同分类阶元（门、纲、目、科、属）的同源基因集合共19563个（门2891个、纲1016个、目3601个、科10130个、属1925个）.对同源基因功能的分析表明,适合对病原菌进行鉴定的基因在不同分类阶元中,表现的功能存在较大差异.革兰氏阳性和阴性病原菌在不同分类阶元中,同源基因表现出的功能也存在差异.该结果将为对在中国广泛存在的病原菌进行检测所涉及的探针、芯片设计提供理论依据,加快目标探针的筛选工作.同时,研究也是首次将世界范围内的全基因组数据和中国重大传染病涉及的病原菌紧密联系结合,为利用功能基因组学开展区域性、有针对性的病原检测和监测,提供候选基因和位点筛选的新方法.相关结果在细菌的元基因组学研究中也具有一定的应用价值.     

青海藏区B型沙眼衣原体的分离培养与鉴定

【目的】对青海藏区沙眼患者标本进行沙眼衣原体分离培养与鉴定。【方法】分别采集患者的单眼结膜和结膜囊拭子标本至1 mL样本保护培养基中。取50μL样本采用离心法感染BGM细胞,37°C培养72 h,连续传代3次,相差显微镜观察衣原体包涵体。对临床样本和分离株分别进行主要外膜蛋白基因ompA序列分析。【结果】共采集了45例活动性沙眼患者的115份临床样本,其中54份样本为ompA PCR阳性,15份样本为沙眼衣原体培养阳性。ompA分析发现,青海藏区沙眼衣原体有3个不同的同源ompA变异株,均为基因B型,都包含有一个泌尿生殖道型沙眼衣原体特有密码子。分离株QH111L和QH111R分别来自编号111患者的左眼和右眼样本,它们ompA基因的可变区有一个非同义碱基差异。该碱基变异仅存在于111号患者的左眼样本中,说明QH111L可能是新出现的ompA突变体。【结论】青海藏区的眼型沙眼衣原体流行株为基因B型,至少存在3个不同的ompA变异株。从青海藏区分离培养了15株眼型沙眼衣原体,发现同一患者的左右眼样本中的沙眼衣原体有不同ompA。本研究为研制沙眼疫苗和诊断试剂奠定了基础,也将有助于理解沙眼的进化和传播。     

CT358蛋白在沙眼衣原体感染细胞中的定位及特性分析

确定沙眼衣原体CT358蛋白在衣原体感染细胞中的位置并初步鉴定其生物学功能．采用PCR方法从D型沙眼衣原体的基因组中扩增CT358基因,并克隆入pGEX和pDSRedC1表达载体中．将重组质粒pGEX-CT358转化到XL1-blue宿主菌,并诱导表达融合蛋白GST-CT358．纯化后的CT358融合蛋白免疫小鼠制备抗体,应用间接免疫荧光技术对CT358蛋白在衣原体感染细胞内的定位及表达模式进行分析．同时,pDSRedC1-CT358重组质粒瞬时转染HeLa细胞,观察CT358蛋白对衣原体感染的影响．实验结果证明CT358蛋白为沙眼衣原体包涵体膜蛋白．该蛋白质在衣原体感染12 h后就表达定位于包涵体膜上,直至持续到整个感染周期,转基因在胞浆表达的CT358融合蛋白不影响其后的衣原体感染．该研究为深入研究衣原体与宿主细胞间相互作用提供了新的线索,并可为衣原体性的治疗、预防提供新方向．     

沙眼衣原体分子生物学分型方法研究进展

沙眼衣原体(chlamydia trachomatis,CT)引起的泌尿生殖感染是最常见的细菌性性传播疾病之一。明确CT分子生物学特征对衣原体疾病病理生理机制的阐明具有重要意义。CT的传统分型方法为血清型分型。CT的分子生物学分型方法主要基于编码CT主要外膜蛋白的omp A基因的序列分析。随着时间进展,新的高分辨率基因分型方法,如多位点序列分析技术、多位点数目可变串联重复序列分析技术、DNA-杂交技术、DAN芯片技术和全基因序列分析技术等为CT分型提供了极大的分辨率。本文对当下应用的多种CT分子生物学方法做一综述,从中获得的信息有助于衣原体相关疾病的针对性预防和治疗优化,旨在减少疾病传播。