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陆承平 《Virologica Sinica》2003,18(3):307-309
1 SARS病毒横空出世 2003年4月16日世界卫生组织宣布,肆虐人类的SARS(Severe Acute Respiratory Syndrome,严重急性呼吸道综合征)即所谓非典型性肺炎的病原体已经确定,它是一种全新的冠状病毒,并建议命名为SARS病毒。得出这一结论是基于基因序列和动物试验的两个重要依据,其一,包括中国在内 相似文献
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本文利用生物信息学方法比较SARS病毒和其他冠状病毒基因组。通过数据库搜索,找出与SARS病毒基因组相似的核酸或蛋白质序列,并对相似序列进行比对,分析它们的共性和差异。结果表明,SARS病毒在基因组的组织上及结构蛋白质方面与现有冠状病毒有比较大的相似性,SARS病毒基因组与冠状病毒基因组相关。但是,SARS病毒基因组还存在一些特异性序列,ORF1a和S蛋白(特别是S1)的变化以及SARS—CoV特异性的非结构蛋白可能是SARS发病机理与传染特性区别于其他冠状病毒的分子基础。在全基因组水平上进行核酸单词出现频率分析,结果表明,SARS病毒远离已知的其他冠状病毒,单独成为一类。 相似文献
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本文利用生物信息学方法比较SARS病毒和其他冠状病毒基因组.通过数据库搜索,找出与SARS病毒基因组相似的核酸或蛋白质序列,并对相似序列进行比对,分析它们的共性和差异.结果表明,SARS病毒在基因组的组织上及结构蛋白质方面与现有冠状病毒有比较大的相似性,SARS病毒基因组与冠状病毒基因组相关.但是,SARS病毒基因组还存在一些特异性序列,ORF1a和S蛋白(特别是S1)的变化以及SARS-CoV特异性的非结构蛋白可能是SARS发病机理与传染特性区别于其他冠状病毒的分子基础.在全基因组水平上进行核酸单词出现频率分析,结果表明,SARS病毒远离已知的其他冠状病毒,单独成为一类. 相似文献
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SARS病毒及相关冠状病毒的生物学特征 总被引:7,自引:0,他引:7
重症急性呼吸综合征 (severeacuterespiratorysyndrome ,SARS) ,临床表现为非典型肺炎。2 0 0 2年底我国广东发现此种当时不明病因的疾病 ,此后在越南、中国香港、加拿大、美国等三十多个国家和地区也相继发现类似病例。由于SARS具有很高的传染性 ,死亡率也高 ,各国和世界卫生组织 (WHO)对此病高度重视。WHO迅速建立起由全球 10个国家的 13个实验室组成的协作研究和监测网络。一种新型的冠状病毒 (coronavirus)被认为极可能是SARS的病原体 ,因为它满足了 6个科赫要点 (Koch’spostulates)。2 0 0 3年 4月 12日 ,加拿大科学家首次公布了SARS病毒Tor2的基因组序列。4月 16日 ,WHO正式确认SARS病毒是SARS的病原体。目前我国SARS的病情仍然十分严峻 ,现就SARS病毒及相关冠状病毒的生物学特征和可能的药物防治靶点作一综述。 相似文献
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采集急性期病人的咽拭子或漱口液,用Vero、Vero E6、MDCK、Hela、Hep-2等传代细胞,人胚肺二倍体细胞(HEL)和人胚肺(HP)细胞分离培养严重急性呼吸系统综合症(SARS)的病原体。结果用Vero、Vero E6、MDCK和HP细胞从标本中分离到一株病毒。间接免疫荧光试验发现,恢复期病人血清可与所分离的病毒起反应,在胞膜和胞浆中出现翠绿色荧光;中和试验结果表明,恢复期病人血清能中和病毒对细胞的致细胞病变作用;电镜下可观察到冠状病毒样颗粒;RT-PCR法可扩增到冠状病毒特异性基因片段,且其核苷酸序列与国内外发表的SARS冠状病毒(SARS-Cov)相应的基因序列相符,同源性达到100%。从传染性非典型肺炎病人的漱口液中分离到SARS冠状病毒,这种病毒与传染性非典型肺炎密切相关。 相似文献
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SARS冠状病毒的分离培养与鉴定 总被引:7,自引:0,他引:7
采集急性期病人的咽拭子或漱口液,用Vero 、Vero E6、MDCK、Hela 、Hep-2等传代细胞,人胚肺二倍体细胞(HEL)和人胚肺(HP)细胞分离培养严重急性呼吸系统综合症(SARS)的病原体.结果用Vero、Vero E6、MDCK和HP细胞从标本中分离到一株病毒.间接免疫荧光试验发现,恢复期病人血清可与所分离的病毒起反应,在胞膜和胞浆中出现翠绿色荧光;中和试验结果表明,恢复期病人血清能中和病毒对细胞的致细胞病变作用;电镜下可观察到冠状病毒样颗粒;RT-PCR法可扩增到冠状病毒特异性基因片段,且其核苷酸序列与国内外发表的SARS冠状病毒(SARS-Cov)相应的基因序列相符,同源性达到100%.从传染性非典型肺炎病人的漱口液中分离到SARS冠状病毒,这种病毒与传染性非典型肺炎密切相关. 相似文献
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SARS-Cov及其他冠状病毒基因组比较分析 总被引:7,自引:0,他引:7
摘要:对病毒种内和种间基因组的比较分析能获得很多关于病毒起源与演化的信息。对17株SARS-CoV的种内基因组变异分析发现共有137个变异位点,估算出SARS-CoV的突变率为8.04×10-3核苷酸替换/位点/年。变异位点在基因组上的分布不均匀,变异位点最多的是基因组中编码S1蛋白的区域,而在编码依赖于RNA的RNA聚合酶区域中几乎没有变异位点。核苷酸和氨基酸替换的偏性预示变异可能不仅仅是由随机漂变产生。对冠状病毒种间基因组结构比较分析发现,SARS-CoV的基因组结构与IBV很相似;而保守基因系统发育分析表明,SARS-CoV属于冠状病毒的一个新分支,并且与血清型第二组冠状病毒进化关系较近。对其他某些分子特征的分析发现,在不同的方面SARS-CoV和不同组冠状病毒有不同的相似点。进一步对基因组非保守开放阅读框(ORF)的基序(motif)和跨膜区分析发现,各组冠状病毒基因组中位于基因S-E间的非保守ORF可能是同源的,但不是绝对必要的;而IBV和SARS-CoV的基因组中位于基因M-N间ORF可能不是同源的。综合分析SARS-CoV与3组血清型冠状病毒进化关系、宿主分布,以及SARS-CoV和IBV的s2m的进化关系,可以推测SARS-CoV有可能来自禽类。
Abstract:The genome comparison of inter-species and intra-species can give us much information about the origin and evolution of viruses.There are 137 mutation sites in the 17 genomes of SARS-CoV,and the mutation rate is about 8.04×10-3 substitution/site/year.The distribution of the segregating sites is not steady,the most variable region appears in S1 protein,and the nucleotide sequence of RNA-dependent RNA polymerase has very few mutation sites.The substitution bias of nucleotide acids and amino acids indicates the non-random drift products.The comparison of genome structures of SARS-CoV and other coronaviruses shows that SARS-CoV and IBV share the same genome structure.Phylogenetic analyses of conserved genes of coronaviruses indicate that SARS-CoV is a new branch of coronaviruses and appears more close to the group II coronaviruses.Interestingly,SARS-CoV shares some different features with different groups of coronaviruses.Additional analyses show that the first ORFs between S and E genes of some coronaviruses are transmembrane proteins and share the common motif,indicating the possible common ancestor.From the host distribution of different groups of coronaviruses and the phylogeny of s2m,we can deduce that avian is the probable natural host of SARS-CoV. 相似文献
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焦磷酸测序技术在确认北京严重急性呼吸综合征(SARS)病毒株并检测基因突变中的应用 总被引:3,自引:0,他引:3
结合严重急性呼吸综合征(SARS)病毒株序列信息分析和高通量测序技术,建立一种快速、简单地确定SARS病毒株并筛查SARS病毒突变位点和突变频率的方法。从感染人SARS病毒的Vero-6细胞中提取病毒RNA,反转录为cDNA后,PCR扩增目的基因片段,采用焦磷酸测序技术(Pyrosequencing Technology,PSQ)进行第2601、7919、9479、19838多个碱基突变位点测序和突变频率分析。通过测序分析多个可能出现突变的位点,确定了该病毒为北京流行株,同时发现第7919位碱基发生了A/G突变。PSQ技术对于高通量筛选研究病毒基因的突变和确定病毒株型别有着简单、快速、灵敏的特点。利用生物信息学分析核酸多态性,结合实验验证,可以确定SARS病毒流行株的特征,有利于对突发事件及早确定传染来源。 相似文献
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Joanna Iwanicka Tomasz Iwanicki Marcin Kaczmarczyk Wodzimierz Mazur 《Polish journal of microbiology》2022,71(2):141
The rapidly spreading Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) pandemic has led to a global health crisis and has left a deep mark on society, culture, and the global economy. Despite considerable efforts made to contain the disease, SARS-CoV-2 still poses a threat on a global scale. The current epidemiological situation caused an urgent need to understand the basic mechanisms of the virus transmission and COVID-19 severe course. This review summarizes current knowledge on clinical courses, diagnostics, treatment, and prevention of COVID-19. Moreover, we have included the latest research results on the genetic characterization of SARS-CoV-2 and genetic determinants of susceptibility and severity to infection. 相似文献