药用植物艾纳香基因组DNA提取方法研究

以药用植物艾纳香为研究对象,以-20℃保存、4℃保存、室温自然干燥和硅胶干燥四种样品保存方式,并采用SDS法、CTAB法、SDS-CTAB法和改良CTAB法4种不同的基因组DNA提取方法进行了对比试验,以期建立艾纳香的较好的样品保存方法和基因组DNA提取方法。结果表明,-20℃保存是艾纳香的较理想的样品保存方式;改良CTAB法是艾纳香基因组DNA提取较适宜的方法,该方法提取的DNA经紫外检测,其A_(260)/A_(280)为1.8左右,明显优于SDS法(1.1～1.5)、CTAB法(1.2～1.5)和SDS-CTAB法(1.4～1.6),琼脂糖凝胶电泳、酶切检测和PCR扩增也得出了同样的结论。     

基于ITS DNA条形码技术的牛至及其混伪品鉴定研究

目的:采用ITS DNA条形码技术鉴定牛至(Origanum vulgare L.)及其混伪品.方法:试剂盒法提取样品基因组DNA,通用引物5F-4R扩增ITS序列,Sanger测序法双向测序.使用BLAST法、遗传距离Kimura双参数模型法、单核苷酸多态性分析、邻近树4种不同方法对牛至及其混伪品74条ITS序列进行...     

孢子丝菌病快速诊断方法的探究

目的研究申克孢子丝菌DNA提取方法;探索申克孢子丝茵的种特异性引物,运用聚合酶链反应方法鉴定申克孢子丝菌;从而为临床孢子丝茵病的分子诊断奠定基础。方法用Viscozyme L酶替代液氮研磨破壁提取孢子丝菌的基因组DNA;根据申克孢子丝茵钙调蛋白基因序列设计一对寡核苷酸引物,分别对52株申克孢子丝菌及3种6株普通真茵的基因组DNA进行PCR扩增。结果用Viscozyme L酶替代液氮研磨破壁成功提取出孢子丝菌的基因组DNA。特异性引物对52株申克孢子丝菌可扩增出一条约430 bp的片段,而对念珠菌、曲霉、黑霉基因组DNA扩增结果均为阴性。结论用Viscozyme L酶替代液氮研磨破壁提取孢子丝菌基因组DNA与传统的CTAB法相比不仅操作更简便,而且避免了液氮研磨过程中难于避免的污染。运用我们所设计的特异性引物,结合PCR方法对申克孢子丝菌进行分子鉴定,结果显示不仅该引物对申克孢子丝菌特异、敏感而且该方法简便、快捷;可用于申克孢子丝菌病的临床诊断。     

烟粉虱全基因组DNA四种提取方法的比较

获得大量、高质量的全基因组DNA是在DNA水平上研究许多生物的分子机制的基本前提。微小昆虫由于其体型微小,单头提取DNA浓度低,无法满足部分试验所需。为寻找一种方便、快捷、高效的全基因组提取方法,参考国内外单头微小昆虫基因组DNA提取常用方法,以烟粉虱为研究材料,选取醋酸钾(KAc)法、盐析法、氯仿-异戊醇法和苯酚提取法四种方法进行多头烟粉虱的全基因组DNA提取。通过微量核酸蛋白分析仪、基因组DNA直接琼脂糖凝胶电泳、甲基化敏感扩增多态性(Methylation sensitive amplification polymorphism,MSAP)引物扩增产物的琼脂糖凝胶电泳对DNA样品进行检测,比较提取DNA的产量、质量,并综合分析各提取方法所需时间及所用试剂的毒性大小。结果表明,盐析法提取的DNA平均浓度为521 ng/μL,纯度能满足分子检测要求,用MSAP引物能得到较好的扩增结果,相比其它方法,盐析法更简便、快速且无毒。因此盐析法是多头烟粉虱全基因组DNA提取的最佳方法。     

用于鉴别大西洋鲑和虹鳟的生物传感检测方法

旨在开发用于水产品物种鉴定的检测方法,以鉴别虹鳟(Oncorhynchus mykiss)假冒大西洋鲑(Salmo salar)的现象。根据大西洋鲑和虹鳟基因组序列相似性比对结果,在核基因肌红蛋白基因区设计了三对聚合酶链式反应扩增引物,分别为大西洋鲑特异性引物、虹鳟特异性引物和鲑鳟通用引物。在上游引物5'端标记生物素分子,使扩增产物被亲和素修饰的电极表面捕获锚定,在下游引物5'端标记二茂铁分子,使扩增产物带有电化学信号。基于以上方法构建了电化学生物传感体系,通过循环伏安信号检测特定扩增引物,从而能够鉴别样品是否来源于大西洋鲑或虹鳟。本研究构建的电化学生物传感检测方法具有准确、清洁的特点,能够用于成鱼、鱼苗、鱼卵、鱼肉及其加工制品的物种鉴定,并能够从混有其他物种DNA的样品如鱼泥中成功检测鱼肉DNA的物种来源。     

哈蟆油基原考证及DNA条形码物种鉴定研究

哈蟆油为我国珍稀名贵中药材,存在混伪品多、基原有争议、系统分类历史复杂、鉴定困难等难题.本研究首先通过本草考证和现代研究资料整理,结合基于线粒体全基因组的分子系统发育关系分析,以及哈蟆油传统产区与原动物地理分布叠加比较,证实中国林蛙、东北林蛙和黑龙江林蛙均为有效种,中国林蛙仅限于华北和华东分布,拉丁名应为"R. chensinensis David, 1875",《中国药典》采用"Rana temporariachensinensis David"为中国林蛙拉丁名不妥,哈蟆油的基原应为东北林蛙R. dybowskii Günther, 1876.然后设计新的PCR引物以解决蛤蟆油COI序列的非特异性扩增难题,建立包含哈蟆油及其混伪品的DNA条形码物种鉴定数据库.最后,基于市售药材验证所建立的哈蟆油DNA条形码物种鉴定方法,发现市场中存在青蛙油、牛蛙油等混伪品, DNA条形码技术可将哈蟆油及其混伪品准确鉴定到物种水平.本研究将为保障哈蟆油的临床用药安全和消费者的合法权益提供技术支持.     

两种等位基因特异性扩增方法在结肠癌K-ras癌基因点突变检测中的应用比较

针对传统电泳检测方法存在操作复杂、费时等缺点,提出一种用于检测K-ras癌基因点突变的实时荧光等位基因特异性扩增（Allele specific amplification,ASA）方法。该法采用突变型引物对结肠癌基因组中的K-ras基因进行等位基因特异性扩增,只有突变型样品能被顺利扩增出双链DNA产物,该产物能与双链DNA染料SYBR GreenⅠ结合,产生荧光信号从而被检测到。通过对荧光域值和溶解曲线分析来区分不同的基因突变类型。该法可以检测到野生型DNA中含量为1/1 000的突变型DNA,整个检测时间小于1 h。我们用该法检测31例结肠癌样品中K-ras基因密码子12发生的点突变,其中有15例检出为阳性。此外,还采用等位基因特异性扩增结合电泳分析对样品进行了检测,并对两种方法进行了比较。结果显示：实时荧光等位基因特异性扩增方法具有操作简便、快速、检测成本低等优点,为临床诊断基因突变引起的疾病提供了一种可行的手段。     

16S rDNA用作荧光定量PCR靶基因快速检测铜绿假单胞菌

对20余种细菌16SrDNAs进行多序列比对与进化树分析,设计铜绿假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa,PA)荧光定量PCR(fluorescencequantitativePCR,FQ-PCR)特异性引物。提取PA基因组DNA,以特异性引物扩增16SrDNA靶片段,并构建重组质粒pMDT-Pfr。将梯度稀释的pMDT-Pfr质粒作为模板,用于建立定量标准曲线。以SYBRGreenI荧光染料建立20μL反应体系,对不同浓度的PADNA样品进行FQ-PCR检测。同时,以金黄色葡萄球菌、伤寒杆菌、福氏志贺菌、变形杆菌、表皮葡萄球菌、大肠杆菌和结核杆菌的基因组DNA作阴性对照,验证FQ-PCR方法检测PA的特异性。结果显示,设计的FQ-PCR引物的靶向序列,仅对PA16SrDNA有高度同源性;FQ-PCR方法检测PA,其灵敏度达3.6pg/μL的基因组DNA或(2.1×103±3.1×102)拷贝/μL的16SrDNA基因,并且具有很强的特异性;从细菌DNA提取到FQ-PCR检测,可在2h左右完成PA鉴定。较传统的培养鉴定法而言,以16SrDNA作为FQ-PCR靶基因快速检测PA,具有很好的研究价值与应用前景。     

古DNA实时荧光定量PCR实验中标准品的制备

实时荧光定量PCR技术通过对PCR每一循环扩增产物的实时检测,可对模板的精确拷贝数进行绝对定量,从而用于古DNA实验中提取和扩增条件的比较和优化.本研究采用异硫氰酸胍碱裂解-SiO2吸附的方法,从采自黑龙江省的晚更新世斑鬣狗化石材料中提取得到了斑鬣狗线粒体基因组古DNA.经常规PCR扩增后,将纯化的扩增产物克隆到微生物体内使其大量复制,再用M13通用引物扩增出含少量外源DNA的古DNA目标片段,从而建立了适用于古DNA荧光定量PCR扩增的标准品的制备方法.经检测分析,运用该方法制备的标准品性质稳定,能够准确地指示反应体系中较为精确的古DNA模板拷贝数,从而反映古DNA的提取和扩增效率,用于比较并优化古DNA提取和扩增条件.     

基因导流杂交法于低密度基因芯片平台上检测乙肝病毒

运用基因导流杂交法在低密度基因芯片平台上检测乙肝病毒DNA（HBV DNA）。设计特异性引物,对HBV基因组DNA中的编码HBV多聚酶蛋白的一段序列进行PCR扩增;根据被扩增片段,设计保守的特异性探针,并将该探针固定在杂交膜上,制备低密度基因芯片：使用导流杂交法将上述扩增产物和低密度基因芯片进行杂交,根据显色反应判断被检测样本有无HBV DNA。基因导流杂交法在低密度基因芯片平台上可以方便、快速、准确地检测乙肝病毒。     

PCR方法在蕲蛇中的鉴别应用

目的探讨PCR方法在蕲蛇鉴别中的可行性。方法采用PCR方法对蕲蛇对照品、蕲蛇正品和蕲蛇混淆品目的基因扩增及琼脂糖凝胶电泳分析。结果蕲蛇对照品、蕲蛇正品在291bp处有目的条带,而蕲蛇混淆品未出现目的条带。结论PCR方法鉴别蕲蛇是一种可行、客观且易于操作的有效方法。     

通用引物双重PCR在节肢动物物种鉴定中的应用

【目的】本研究旨在使用基于线粒体基因通用引物的双重PCR技术同时扩增单一样本中两条标记基因,从而达到简化节肢动物物种鉴定流程的目的。【方法】在一次PCR实验中同时加入可扩增线粒体COI基因和16S rDNA两个不同分子标记的引物,对3纲8目14科的14种节肢动物物种标本的基因组DNA进行扩增;扩增产物经电泳和胶回收后测序,并BLAST在线搜索相似序列,验证基于通用引物的双重PCR在不同的动物类群中用于物种鉴定的有效性。【结果】应用基于COI和16S rDNA的引物从分属于3纲8目14科的14种节肢动物基因组DNA中均可成功扩增目的基因;扩增产物测序结果进一步证实了扩增的准确性。【结论】通过本方法进行物种的分子鉴定,不仅可以保证物种鉴定的高准确率,还可以明显减少时间与DNA样本量的消耗,这对需要快速准确鉴定物种或珍稀的材料样本十分重要。     

RAPD及SRAP两种分子标记技术对苦瓜杂交种纯度的鉴定分析

以F1代苦瓜杂交种如玉11号及其亲本为材料,利用RAPD及SRAP两种分子标记技术对这3种苦瓜基因组DNA进行比较分析,以获得该杂交种及其亲本（或母本）差异目的基因片段。经过多次对该3种苦瓜叶片DNA提取,PCR扩增及其PCR产物的琼脂糖凝胶电泳分析,在供试的46个RAPD引物及121对SRAP引物中,筛选出1个RAPD引物及1对SRAP引物能区分该苦瓜杂交种及其母本种子,通过进一步验证分析,证明该两种分子标记的特异引物可作为如玉11号苦瓜杂交种子的纯度鉴定之用。     

油茶白绢病原菌齐整小核菌分子检测的研究

目的：设计特异性引物建立油茶白绢病齐整小核菌的快速分子检测体系。方法：扩增齐整小核菌核糖体DNA ITS区并测定其序列,比较该序列与GenBank中近似种的ITS序列差异,设计了特异性引物BF1和BR2。结果：该引物可以从齐整小核菌中扩增得到约540bp特异性条带,而扩增其它近似或相关菌株时没有相应的特异性条带。在25μL PCR反应体系中,引物BF1和BR2检测灵敏度为1pg浓度DNA。结论：利用设计的BF1和BR2特异性引物结合PCR方法可快速的扩增出齐整小核菌DNA,检测灵敏度为1pg.但在生产实践中诊断油茶白绢病发病前组织中的齐整小核菌还需要进一步研究。     

Identification of the pathogenic Aspergillus species by nested PCR using a mixture of specific primers to DNA topoisomerase II gene

For PCR-based identification of Aspergillus species, a common primer of the DNA topoisomerase II genes of Candida, Aspergillus and Penicillium, and species-specific primers of the genomic sequences of DNA topoisomerase II of A. fumigatus, A. niger, A. flavus (A. oryzae), A. nidulans and A. terreus were tested for their specificities in PCR amplifications. The method consisted of amplification of the genomic DNA topoisomerase II gene by a common primer set, followed by a second PCR with a primer mix consisting of 5 species-specific primer pairs for each Aspergillus species. By using the common primer pair, a DNA fragment of approximately 1,200 bp was amplified from the Aspergillus and Penicillium genomic DNAs. Using each species-specific primer pair, unique sizes of PCR products were amplified, all of which corresponded to a species of Aspergillus even in the presence of DNAs of several fungal species. The sensitivity of A. fumigatus to the nested PCR was found to be 100 fg of DNA in the reaction mixture. In the nested PCR obtained by using the primer mix (PsIV), the specific DNA fragment of A. fumigatus was amplified from clinical specimens. These results suggest that this nested PCR method is rapid, simple and available as a tool for identification of pathogenic Aspergillus to a species level.     

A large-subunit mitochondrial ribosomal DNA sequence translocated to the nuclear genome of two stone crabs (Menippe)

Two DNA sequences that appear to be homologous to large-subunit mitochondrial ribosomal RNA genes have been identified in the stone crabs Menippe mercenaria and M. adina. Amplification from whole genomic DNA by polymerase chain reaction (PCR) with oligonucleotide primers based on conserved portions of large-subunit mitochondrial rRNA genes consistently amplified two products of similar length (565 and 567 bp). These products differed at 3% of their nucleotide bases, and could be distinguished by a HindIII site. Only one of these sequences (designated the A sequence) was detected by PCR in purified mitochondrial DNA. The other (designated the B sequence) hybridized to total genomic DNA at a level consistent with a nuclear genome location. It is unlikely that the type B product would have been recognized as a nuclear copy by examination of its sequence alone. This is the first report of a mitochondrial gene sequence translocated into the nuclear genome of a crustacean.      

Universal method for single nucleotide substitution identification

A new approach to the identification of point mutations by allele-specific PCR was proposed. The mutation R408W of the human phenylalanine hydroxylase gene was used as a model. A high specificity of the approach was achieved by the use of primers partially complementary to the genomic DNA. Polyethylene glycol covalently attached to one of the allele-specific primers provides for the differential identification of the PCR products due to a change in electrophoretic mobility.     

潮霉素抗性3T3细胞的建立和鉴定

目的　建立具有潮霉素 (hygromycin)抗性的 3T3细胞系 ,用于转染目的基因 (pTRE Ins human)的ES阳性细胞克隆筛选的饲养层。方法　通过脂质体转染的方法 ,将含有潮霉素B磷酸转移酶基因的质粒pHyg导入 3T3细胞中 ,利用潮霉素的药物选择特性 ,对转染细胞进行压力筛选 ,并对其进行PCR鉴定。结果　经 5 0 0 μg ml的潮霉素压力筛选后 ,获得了抗性细胞克隆。抗性 3T3细胞的形态和生长速度与正常 3T3细胞没有差异 ,特异性核苷酸引物检测抗性细胞基因组DNA ,可以扩增出对应的核苷酸片段。结论　成功地培育了潮霉素抗性的 3T3细胞 ,为进行目的基因 (pTRE Ins human)转染ES细胞的阳性细胞克隆筛选奠定了基础。     

应用xMAP液念芯片多重快速检测四种病原微生物的研究

目的:建立一种多重、快速、特异性好、灵敏度高的病原微生物检测方法。方法:根据GenBank数据库中的小肠结肠炎耶尔森氏菌、单核细胞增生性李斯特菌、产气荚膜梭菌、鼠疫耶尔森氏菌基因序列,分别针对ail、hly、cpe、3a基因设计4对引物和4条探针。通过重叠PCR扩增各目的基因并构建重组质粒,以该重组质粒DNA为模板,通过多重PCR同时扩增上述4个基因,建立xMAP液态芯片检测技术,在此基础上对标准菌株基因组DNA进行检测并验证该方法的特异性和敏感性。结果:xMAP液态芯片对质粒DNA和标准菌株基因组DNA的检测结果与多重PCR结果一致。该方法能在3.5 h内同时完成对4种病原菌的检测,特异性好,且敏感性要高于PCR方法,灵敏度最高可达200CFU/ml。结论:xMAP液态芯片技术是病原微生物的多重快速检测的新方法,具有很好的应用价值和前景。     

应用xMAP液态芯片多重快速检测四种病原微生物的研究

目的：建立一种多重、快速、特异性好、灵敏度高的病原微生物检测方法。方法：根据GenBank数据库中的小肠结肠炎耶尔森氏菌、单核细胞增生性李斯特菌、产气荚膜梭菌、鼠疫耶尔森氏菌基因序列,分别针对ail、hly、cpe、3a基因设计4对引物和4条探针。通过重叠PCR扩增各目的基因并构建重组质粒,以该重组质粒DNA为模板,通过多重PCR同时扩增上述4个基因,建立xMAP液态芯片检测技术,在此基础上对标准菌株基因组DNA进行检测并验证该方法的特异性和敏感性。结果：xMAP液态芯片对质粒DNA和标准菌株基因组DNA的检测结果与多重PCR结果一致。该方法能在3.5 h内同时完成对4种病原菌的检测,特异性好,且敏感性要高于PCR方法,灵敏度最高可达200CFU/ml。结论：xMAP液态芯片技术是病原微生物的多重快速检测的新方法,具有很好的应用价值和前景。