基于贝叶斯网络的DNA序列剪接位点预测

采用基于贝叶斯网络的建模方法,预测真核生物DNA序列中的剪接位点．分别建立了供体位点和受体位点模型,并根据两种位点的生物学特性,对模型的拓扑结构和上下游节点的选择进行了优化．通过贝叶斯网络的最大似然学习算法求出模型参数后,利用10分组交互验证方法对测试数据进行剪接位点预测。结果显示,受体位点的平均预测准确率为92．5％,伪受体位点的平均预测准确率为94．0％,供体位点的平均预测准确率为92．3％,伪供体位点的平均预测准确率为93．5％,整体效果要好于基于使用独立和条件概率矩阵、以及隐Markov模型的预测方法．表明利用贝叶斯网络对剪接位点建模是预测剪接位点的一种有效手段．     

植物MYB蛋白与其靶定DNA结合位点之间的相互作用

MYB转录因子是植物转录因子中最大的家族之一,在植物生长发育和对环境胁迫的应激反应中发挥重要作用。MYB蛋白通过识别和结合特定的DNA序列调控靶基因的表达,进而发挥其多样性的作用。近几十年来,MYB蛋白与其靶定DNA结合位点之间的相互作用研究取得了很大的进展。主要综述了植物MYB蛋白与DNA的结合特性及其DNA结合位点的序列特异性,并对检测蛋白质与DNA之间相互作用的新兴技术做了简要阐述。     

小鼠胰岛素样生长因子结合蛋白-7真核表达载体的构建及序列分析

利用PCR技术,从质粒pRSET／mIGFBP-7中获得目的基因小鼠胰岛素样生长因子结合蛋白-7（mIGFBP-7）,将其插入质粒pcDNA3．1／HisB中,构建了含mIGFBP-7的真核表达重组质粒pcDNA3．1／mIGFBP-7。经测序鉴定,重组质粒构建正确,为下一步对其功能研究奠定了基础。     

用比较聚类法寻找转录因子的结合位点

将动态序列比较和自动聚类算法相结合,对９２个ｍＲＮＡ的转录调控区域的所有８元碱基片段进行了分析,得到了５２个聚类中心,并与已知的转录因子结合位点相比较,结果表明,用本方法寻找蛋白质基因调控区的转录因子结合位点是简单可行的。     

胰岛素样生长因子结合蛋白-7基因的克隆和表达

IGFBP-7是胰岛素样生长因子结合蛋白(IGFBP)家族中的一员,具有一些抑癌基因的特征。利用重组PCR技术获得了IGFBP-7基因的全长编码区序列,并将其克隆到pcDNA3．1／His—Myc真核表达载体中,得到重组质粒pcDNA3．1／His—Myc—IGFBP-7。将该重组质粒瞬时转染人胚胎肾293T细胞,Westem-blot分析表明,IGFBP-7在293T细胞中获得了表达,为进一步研究IGFBP-7的功能奠定了基础。     

人类连接蛋白基因Cx26的新调控区序列

人类连接蛋白２６基因（ｃｏｎｎｅｘｉｎ２６,Ｃｘ２６）已被看作乳腺癌上皮细胞中的抑瘤基因候选者。为了阐明此基因的调控机理,本文对其转译起始点上游的一个ＤＮａｓｅ１超敏区片段１．６ｋｂ进行了序列分析和ＣＡＴ报告基因分析。结果表明此１．６ｋｂ片段具有强效启动子功能,其中含有两个ＧＴ盒（分别位于－６１５８ｂｐ和－６２１３ｂｐ）,一个非ＴＡＴＡ的ＴＴＡＡＡＡ盒位于－６２３７ｂｐ,这是在人类Ｃｘ２６基因中新发现的第二个启动区。     

特异AT序列结合蛋白-1促进胰岛素样生长因子 结合蛋白-2在K562细胞中的表达

探讨过表达特异AT序列结合蛋白-1 ( special AT-rich sequence binding protein ,SATB1)核基质结合区（MAR）结合蛋白对胰岛素样生长因子结合蛋白-2（IGFBP2）基因表 达的影响,并对其影响机制进行初步探索．首先用脂质体将SATB1的真核表达载体pcDNA3.1-SATB1转染至K562细胞,通过6周G418的筛选获得阳性克隆,RT-PCR、实时PCR及Western 印迹验证过表达情况,对阳性克隆细胞中IGFBP2的表达用RT-PCR、实时PCR及Western 印迹方法进行检测;然后用RNAi的方法干扰阳性细胞中SATB1 的表达后,同样用上述3种方法再次检测IGFBP2的表达状况;用生物信息学方法对IGFBP2基因进行MAR序列与SATB1结合位点搜索分析,寻找SATB1影响IGFBP2基因表达的机制．结果显示,在稳定转染的情况下,实验组K562-SATB1细胞与转染空载体pcDNA3.1的K562-3.1细胞和未转染细胞K562相比,IGFBP2 mRNA水平上调了近7倍,而蛋白水平变化不明显．RNA干扰后,IGFBP2的表达在mRNA水平也相应下调,蛋白水平的变化同样不明显．通过生物信息学分析发现,IGFBP2第1个内含子中可能存在2. 5 kb MAR样序列,且MAR样序列上存在多个SATB1的潜在结合位点．综上所述,过表达SATB1可以使K562细胞中IGFBP2 mRNA表达水平提高,而且其调控机制可能与SATB1直接和IGFBP2基因中的MAR样序列结合有关．     

马铃薯甲虫气味结合蛋白的序列和基因表达谱分析

【目的】昆虫气味结合蛋白(OBPs)在昆虫嗅觉行为中发挥着重要作用。马铃薯甲虫Leptinotarsa decemlineata是马铃薯上一种最主要的毁灭性害虫。为阐明该虫嗅觉识别分子机制,本研究对马铃薯甲虫26个OBP基因序列特征及组织表达谱进行研究。【方法】基于马铃薯甲虫触角转录组测序数据,利用生物信息学方法及qRT-PCR技术,分别对马铃薯甲虫26个LdecOBPs (LdecOBP1-LdecOBP26)的系统进化及基因的组织表达谱进行分析。【结果】除LdecOBP26基因外,其余25个LdecOBPs基因序列均具有完整的开放阅读框,编码120~255个氨基酸残基,预测的蛋白分子量为13.66~29.38 kD,等电点为4.12~8.42,它们属于两个亚家族,其中13个为Classical-C OBPs, 12个为Minus-C OBPs。除LdecOBP3和LdecOBP26外,其他24个LdecOBPs的N端均由16~23个氨基酸组成的信号肽序列。不同的OBPs亚家族均具有各自典型保守的Cys残基。LdecOBPs之间高度分化,氨基酸序列一致性在3.20%~41.91%。系统进化树分析表明,LdecOBPs与沙葱萤叶甲Galeruca daurica的GdauOBPs亲缘关系最近。基因表达谱分析显示,26个LdecOBPs基因在马铃薯甲虫的不同组织中表达,其中有12个LdecOBPs基因(LdecOBP2, LdecOBP4, LdecOBP6, LdecOBP9, LdecOBP10, LdecOBP12, LdecOBP13, LdecOBP16, LdecOBP20-22和LdecOBP24)在触角中高表达,2个LdecOBPs基因(LdecOBP5和LdecOBP17)在足中高表达,其他12个LdecOBPs基因(LdecOBP1, LdecOBP3, LdecOBP7, LdecOBP8, LdecOBP11, LdecOBP14, LdecOBP15, LdecOBP18, LdecOBP19, LdecOBP23, LdecOBP25和LdecOBP26)在触角、头(去除触角)、胸、腹、足和翅这些组织中均表达。【结论】本研究结果为进一步研究马铃薯甲虫嗅觉识别分子机制奠定了基础。     

三链DNA的形成抑制DNA结合蛋白与启动子的结合

电泳迁移分析方法及DNaseⅠ足迹实验表明21nt脱氧寡核苷酸G3TG2T GT2G5TG2TGT(CP1)与乙肝病毒(HBV)核心启动子(Cp)片段之间三链DNA的形成有较高的特异性及稳定性.凝胶滞留实验显示, 在大鼠肝细胞核提取物体外转录系统中, CP1可特异地抑制DNA结合蛋白与Cp片段的结合, 而不能与Cp结合形成三链DNA的脱氧寡核苷酸CP3(TGTG2TG5T2GTG2TG3)对蛋白与Cp的结合并无抑制作用.这些结果表明, 三链DNA的形成有可能抑制HBV DNA的转录.     

AVP_（4－8）结合点在大鼠海马内的分布和AVP_（4－8）对其受体发育的影响：放射自显影研究

本文利用放射自显影方法结合神经毒对海马神经元的选择性损毁观察ＡＶＰ（４－８）结合点在大鼠海马内的分布和定位;利用外源性ＡＶＰ（４－８）对新生大鼠的处理,观察海马ＡＶＰ（４－８）结合点的发育调节。在成年大鼠海马内,ＡＶＰ（４－８）结合点集中分布在整个海马的锥体细胞层和齿回的颗粒细胞层。秋水仙碱处理后,齿回颗粒细胞层消失,齿回区的ＡＶＰ（４－８）结合点也消失。红藻氨酸（Ｋａｉｎｉｃａｃｉｄ）处理后海马ＣＡ３－ＣＡ４的锥体细胞层消失,该区的ＡＶＰ（４－８）结合点也消失。新生大鼠海马锥体细胞层的ＡＶＰ（４－８）结合点在出生后第６天开始出现,齿回颗粒细胞层的ＡＶＰ（４－８）结合点在出生后第７天开始出现。然而,新生大鼠每天经外源性ＡＶＰ（４－８）处理,海马锥体细胞层和齿回颗粒细胞层的结合点均在出生后第５天已变得十分稠密。本文就大鼠海马ＡＶＰ（４－８）结合点的特异性分布和ＡＶＰ（４－８）处理促进海马ＡＶＰ（４－８）结合点的发育与成年后大鼠学习能力的提高的相互关系作了讨论。     

PARTIAL CLONING AND CHARACTERIZATION OF THE cDNA OF GENERAL ODORANT BINDING PROTEIN 1 GENE IN THE ANTENNA OF HELICOVERPA ARMIGERA (HÜBNER)*

Abstract Using RT‐PCR and RACE techniques, part of the cDNA encoding the general odorant binding protein 1 gene (named as GOBP1‐Harra) from the antenna of Helwoverpa armigera (Hubner) has been cloned. The cDNA length of GOBP1‐Harm is 876 bp. The results of sequencing and structural analysis showed that the mature protein reading frame of GOBPl‐Harm is 435 base pairs in length and 145 amino acids encoded. The predicted MW and pl are 17.0 kD and 4.89, respectively. The deduced amino acid sequence showed a highly similarity to the sequence of GOBP1 from different moth species and shared several common structural features with odorant binding proteins from other insects.     

几种游蛇的Cyt b基因片段序列分析及其演化关系

分别从蛇类药材和冷冻保存的新鲜蛇类肌肉标本中提取DNA,经PCR扩增出12种蛇共25个样品的Cyt b基因片段,并用银染测序的方法对DNA序列进行了分析.在此基础上用MEGA软件重建的系统发生树表明,研究的11种游蛇科蛇类可以分为3组:第一组为赤链蛇和水赤链游蛇,第二组为乌梢蛇和灰鼠蛇,第三组为锦蛇属的蛇,它们与第二组较近.锦蛇属是一高度分化的属,该组至少可分为两类,一类包括百花锦蛇和黑眉锦蛇;另一类包括玉斑锦蛇、棕黑锦蛇、红点锦蛇、王锦蛇和双斑锦蛇.后一类还可进一步分为3个亚组,玉斑锦蛇和棕黑锦蛇为第一亚组,红点锦蛇单独为第二亚组,王锦蛇和双斑锦蛇为第三亚组.本研究结果还表明,多年保存的陈旧药材标本可以用DNA序列分析的方法对其进行分子系统演化关系的研究.     

核酸-蛋白质结合能在剪切位点识别中的应用

把最大信息原理应用到核酸序列的保守位点分析中。利用最大信息原理,推导出了核酸和蛋白质特异性结合时的结合能表达式,并且估计了和蛋白质发生相互作用的核酸序列上的位点范围。为了检验此理论是否较为成功地反映了核酸和蛋白质结合时的实际情况,把它应用到基因内含子剪切位点的识别中,识别结果达到了较高的敏感性和特异性,这说明利用最大信息原理推导结合能表达式及估计核酸序列上参与反应的位点范围的理论是较为成功的。此研究结果一方面有助于核酸和蛋白质相互作用的理解,另一方面,也有助于和蛋白质发生相互作用的各种核酸序列的计算机识别研究。     

膈肌肌质网非序列依赖性DNA结合蛋白与膈肌功能的关系

目的：探讨膈肌纤维肌质网是否存在非序列依赖性DNA结合蛋白,并观察它与膈肌功能的关系。方法：Wistar大鼠随机分为对照组、急性气胸组和心痛定组,差速离心法分离大鼠膈肌纤维肌质网（sarcoplasmic reticulum,SR）膜蛋白,采用Western免疫印迹技术分离出SR非序列依赖性DNA结合蛋白,并观察此蛋白在急性气胸和给予心痛定时的变化特征。结果：大鼠膈肌SR上存在非序列依赖性DNA结合蛋白,相对分子质量分别为60000道尔顿和78000道尔顿。急性气胸时和给予心痛定时,非序列依赖性DNA结合蛋白的量有变化。结论：大鼠膈肌纤维SR上存在非序列依赖性DNA结合蛋白,该DNA结合蛋白可能与膈肌功能状态和Ca^2 信号系统密切相关,它在膈肌和骨骼肌的病理生理过程中起重要作用。     

PHYLOGENY OF THE BATRACHOSPERMALES (RHODOPHYTA) INFERRED FROM rbcL AND 18S RIBOSOMAL DNA GENE SEQUENCES

The sequence data from the large subunit of ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase ( rbc L) gene and 18S ribosomal DNA (small subunit) of taxa in the freshwater rhodophyte order Batrachospermales were used to construct phylogenetic hypotheses. Taxa examined in this study represent four families, eight genera, and six sections of the genus Batrachospermum . In addition, Rhododraparnaldia oregonica Sheath, Whittick et Cole, was included in the analysis because it shares particular ultrastructural, reproductive, and morphological characteristics with members of the Batrachospermales and Acrochaetiales. The trees generated from each gene, as well as a combined data set, were largely congruent. Rhododraparnaldia consistently occurs on an early branch within the Acrochaetiales – Palmariales clade and does not appear to be a member of the Batrachospermales. In addition, Thorea violacea Bory de St. Vincent was not closely related to the other taxa of the Batrachospermales in all trees and hence the family Thoreaceae does not appear to be a natural grouping within this order. All other taxa analyzed, which are presently classified within this order, formed a monophyletic clade in most analyses. Psilosiphon scoparium Entwisle was not closely allied with the taxa of the Lemaneaceae, lending support to the newly proposed family Psilosiphonaceae. Sequence data from the remaining taxa of the Lemaneaceae support the concept of a derived monophyletic clade. The genus Batrachospermum appears to comprise many morphologically similar but distantly related taxa, which will need further investigation to resolve their taxonomic status. Tuomeya, Sirodotia and Nothocladus are retained at the generic level until further data are obtained.     

运用生色基因标记黄瓜根围促生菌(PGPR)筛选菌株

采用三亲交配方法 ,通过Tn7转座系统将lacZY标记基因导入黄瓜根围促生菌 (PG PR)筛选菌株PseudomonasfluorescensCN1 1 6和PseudomonascorrugataCN31的利福平抗性突变株中 ;标记假单胞菌菌株则被赋予了利用乳糖作为唯一碳源的能力 ,在只有乳糖的M9培养基上生长能分解X Gal,菌落显出特有的蓝色 ;经Southern杂交分析 ,证明标记基因lacZY存在于转化菌株的染色体上 ;经验证标记菌株标记性状稳定 ,与对应的野生菌株比较其它性状如培养性状、形态特征、生防效果等基本不变 ;PGPR菌株利福平抗性和生色基因标记的结合 (双标记 )能最大限度地将土壤中引入的PGPR菌株与土著细菌分开 ,检测下限可达 1 0CFU mL ,为PGPR在根围的分子生态学研究提供了一个较好的工具。